View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4780-Insertion-2 (Length: 1020)

Name: NF4780-Insertion-2
Description: NF4780
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4780-Insertion-2
NF4780-Insertion-2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-997)||(2115612-2116599)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 867; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 867; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 997
Target Start/End: Complemental strand, 2116599 - 2115612
Alignment:
Q  8 atattagcatcattatcatcaacaatcatatcatggtttgaaaaaggttagcctagtaatgtgtaataaatatttgcatgctaataaatattttatatat 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2116599 atattagcatcattatcatcaacaatcatatcatggtttgaaaaaggttagcctagtaatgtgtaataaatatttgcatgctaataaatattttatatat 2116500  T
Q  108 tcattaatttatgnnnnnnnnccatcacagatattagcatatagcataaccaaatctagaagctgaagttcatcaattcaatcatacagcatgagtacca 207  Q
    |||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2116499 tcattaatttatgttttttttccatcacagatattagcatatagcataaccaaatctagaagctgaagttcatcaattcaatcatacagcatgagtacca 2116400  T
Q  208 gtttgtgtgtgcaactgctattggtgtgaatcattgaagaaagactcagatactaaaatccaagctatgaatctgtgctacacatgcaagcagcctcatg 307  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  2116399 gtttgtgtgtgcaagtgctattggtgtgaatcattgaagaaagactcagatactaaaatccaagctatgaatctgtgctacacatgcaagcagcctcttg 2116300  T
Q  308 tgtatgatatattttctatcattgtctagcattgcagaaaataatggttttggtcagattcaatcagacacattattcaagtcttctgtttccttgcagc 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2116299 tgtatgatatattttctatcattgtctagcattgcagaaaataatggttttggtcagattcaatcagacacattattcaagtcttctgtttccttgcagc 2116200  T
Q  408 aaataatggtacctttgaaagacctatataccctaccctatgaatttatttttgacctacataaaaattagaggaaattttcttttattaggtgtaaact 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||    
T  2116199 aaataatggtacctttgaaagacctatataccctaccctatgaatttatttttgacctacataaaaattagaggaagtttttttttattaggtgtaaact 2116100  T
Q  508 agcggcgcattatgcatcaaccacttgcgctagacctagtaattcattagaggttattgctaattactaattaaaagaaacagattttgcttagagcaat 607  Q
    | |||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||    
T  2116099 accggcacattatgcatcaaccacttgcaccagacctagtaattcattagaggttattgctaattactaatt-aaagaaacagattttgcttaaagcgat 2116001  T
Q  608 ctttgaggaggttatcatgtgtacctatggtgagaactagttctaatccaaattccacaaacagttcattttcctagctatctttgaattgaaagagttc 707  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2116000 ctttgaggaggttatcatgtgtatctatggtgagaac-agttctaatccaaattccacaaacagttcattttcctagctatctttgaattgaaagagttc 2115902  T
Q  708 ttattcatggaaagtgatagagaggaataccaaggtggtagcaaccagataggaatctctagtaacaaactcaaaatcaagattgcaacaagtagtatca 807  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  2115901 ttattcatggaaagtgatagagaggaataccaaggttgtagcaaccagataggaatctctagtaacaaactcaaaatcaagattgcaccaagtagtatca 2115802  T
Q  808 aaaaacaaggtgaagacaatgcttcaaatttaccttcaccaaacacaaaaacttccatagaatcatcaccttatgaatcacctcttgtttctccaccttc 907  Q
    | |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2115801 agaaacaaggtgaagacaatacttcaaatttaccttcaccaaacacaaaaacttccatagaatcatcaccttatgaatcacctcttgtttctccaccttc 2115702  T
Q  908 atcagcatttgtttcagcattgcaatctccaatatatatctccaagagctacaattccaaatcctactactagtactattac-acatccac 997  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2115701 atcagcatttgtttcagcattgcaatctcc-atatatatctccaagagccacaattccaaaccctactactagtactattactacatccac 2115612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University