View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4780-Insertion-6 (Length: 839)

Name: NF4780-Insertion-6
Description: NF4780
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4780-Insertion-6
NF4780-Insertion-6
[»] chr2 (6 HSPs)
chr2 (7-555)||(5117611-5118159)
chr2 (7-555)||(5100052-5100600)
chr2 (7-555)||(5081386-5081934)
chr2 (666-831)||(5082327-5082492)
chr2 (571-829)||(5099760-5100023)
chr2 (666-735)||(5117465-5117534)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (7-555)||(14413691-14414239)
chr6 (657-831)||(14414300-14414474)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (7-534)||(16884342-16884872)
[»] scaffold0830 (1 HSPs)
scaffold0830 (705-830)||(1270-1395)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 325; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 325; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 555
Target Start/End: Complemental strand, 5118159 - 5117611
Alignment:
Q  7 aatatttccattaattccacaagaatttgcccaaaagtgttctacggataagtttccaatggacttgggaagttttgatggtaaactattccctgatact 106  Q
    |||||||||| ||||||||||||| | ||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5118159 aatatttccaataattccacaagattctgcctgaaagtgttctacggataagtttccaatggacttgggaagttttgatggtaaactattccctgatact 5118060  T
Q  107 tcaagatatttcagatatctgcaacttgtaagtgaagtaaggaagtttatttcaagagaatcatcaattaacgtcatgttattgccacttatgcggagaa 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||  ||||  |||||| ||  || |  |||||    
T  5118059 tcaagatatttcagatatctgcaacttgtaagtgaagtaaggaagttgaattgaagagaatcatcaattactgtcaaattattgtcagctaagttgagaa 5117960  T
Q  207 aattgaggaatcttaaatctccaaaagaattggtcataattccactaaattcattatcactaaagtcaacttgcaaaagatttgaagcattggatatagt 306  Q
    | | |||   ||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||   || |||||||||||||||||||||||    
T  5117959 attggagttgtcttaaatccccaaaagaattgggaataattccactaaattcattatcgctaaagctaactgaaaagagatttgaagcattggatatagt 5117860  T
Q  307 atttggaatttttccaacaaatttgtttccagatatttctagtctttgtaggttaggaaggccaaatccagaatttgatggaagcatgcctgagaaggaa 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||  ||   ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||    
T  5117859 atttggaatttttccaacaaatttgtttccatacatttggaggaattgtaggttaggaagtccaaatccaaaatttgatggaagcatgcctgagaaagaa 5117760  T
Q  407 tttagttcaagactcaaaatttccaatgttgaaatgttgaagacttttgaaggaataggtccactcaagctgttatatcccatttgtagaagctgaagtt 506  Q
    ||||||||||||| ||||  || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |  |||   ||||||||||||||    
T  5117759 tttagttcaagacgcaaatatttcaatgttgaaatgttgaagacttgtgaaggaataggcccactcaagctgttatttttcataaatagaagctgaagtt 5117660  T
Q  507 gattgagatggccaatctccattggtattgaacctaacatcacatatca 555  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5117659 gattgagatggccaatctcctttggtattgaacctaacatcacatatca 5117611  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 313; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 7 - 555
Target Start/End: Complemental strand, 5100600 - 5100052
Alignment:
Q  7 aatatttccattaattccacaagaatttgcccaaaagtgttctacggataagtttccaatggacttgggaagttttgatggtaaactattccctgatact 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||  |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| |    
T  5100600 aatatttccattaattccacaagaatctgccaaaaagtgttctacagataagtttgtaatggacttgggaagttttgatagtaagctattccctgataat 5100501  T
Q  107 tcaagatatttcagatatctgcaacttgtaagtgaagtaaggaagtttatttcaagagaatcatcaattaacgtcatgttattgccacttatgcggagaa 206  Q
     |||||||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||  |||||||||| ||||| |||||    
T  5100500 acaagatattttagatatttgcaacttgcaagtgaagtaaggaagtttatttcaagagattcatcaattaatgtcaaattattgccacctatgccgagaa 5100401  T
Q  207 aattgaggaatcttaaatctccaaaagaattggtcataattccactaaattcattatcactaaagtcaacttgcaaaagatttgaagcattggatatagt 306  Q
    | |  |||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||| ||| ||| ||| || | |   |||||||||||||||||||| |    
T  5100400 attctaggactcttaaatctccaaaagaattaggcataattccactaaattcattagcaccaaattcagctcgaacgtgatttgaagcattggatatact 5100301  T
Q  307 atttggaatttttccaacaaatttgtttccagatatttctagtctttgtaggttaggaaggccaaatccagaatttgatggaagcatgcctgagaaggaa 406  Q
    |||||||||| ||||||||||| ||||| |  | || ||||||  ||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||  |||    
T  5100300 atttggaattcttccaacaaatctgtttgctaaaatgtctagttgttgtaggttaggaagtccaaatcccaaatttgatggaagcatgcctgagagagaa 5100201  T
Q  407 tttagttcaagactcaaaatttccaatgttgaaatgttgaagacttttgaaggaataggtccactcaagctgttatatcccatttgtagaagctgaagtt 506  Q
    ||| | ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||| |||||||    
T  5100200 ttttgatcaagatacaaaatttccaatgttgaaatgttgaagacttttgaaggaataggtccactcaagctgttatttcccattagtagaagttgaagtt 5100101  T
Q  507 gattgagatggccaatctccattggtattgaacctaacatcacatatca 555  Q
    || ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||    
T  5100100 gactgagatggccaatctccattggtatcgaacctaaaatcaaatatca 5100052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 7 - 555
Target Start/End: Original strand, 5081386 - 5081934
Alignment:
Q  7 aatatttccattaattccacaagaatttgcccaaaagtgttctacggataagtttccaatggacttgggaagttttgatggtaaact-at--tccctgat 103  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||| || ||||  | ||  || | |||    
T  5081386 aatatttccattcattccacaagaatttgcccaaaagtgttctaaagttaagtttccaatggacttgggaagttttaattgtaagttgatcatctcggat 5081485  T
Q  104 acttcaagatatttcagatatctgcaacttgtaagtgaagtaaggaagtttatttcaagagaatcatcaattaacgtcatgttattgccacttatgcgga 203  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||| || |||||||| |||||||| | |||||||||||||||  ||   ||||  |||||||||| || |  ||    
T  5081486 acttcaagatgtttcaaatatctgcaactagtcagtgaagttaggaagttgaattcaagagaatcatctgtt---gtcaaattattgccacctaggacga 5081582  T
Q  204 gaaaattgaggaatcttaaatctccaaaagaattggtcataattccactaaattcattatcactaaagtcaacttgcaaaagatttgaagcattggatat 303  Q
    |  | | ||||||| ||||||||||||| || ||||  || ||||||||||||| |||   ||| ||||||| |   |  ||||||||||||||||||||    
T  5081583 gtgattcgaggaatgttaaatctccaaatgagttgggtatgattccactaaattgatttgaactcaagtcaattatgacgagatttgaagcattggatat 5081682  T
Q  304 agtatttggaatttttccaacaaatttgtttccagatatttctagtctttgtaggttaggaaggccaaatccagaatttgatggaagcatgcctgagaag 403  Q
    | |||||||||||||||||||||| ||||||||  | || | ||||   |||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||     
T  5081683 actatttggaatttttccaacaaacttgtttccgtacatgtgtagttgctgtaggttaggaaggccaaatcccagatttgatggaagcatgcctgagaaa 5081782  T
Q  404 gaatttagttcaagactcaaaatttccaatgttgaaatgttgaagacttttgaaggaataggtccactcaagctgttatatcccatttgtagaagctgaa 503  Q
    |||||| ||||||||  ||||  ||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  5081783 gaattttgttcaagatgcaaatattccaatgttgaaatgttgaagattttcaaaggaataggtccgctcaagctgttatttcccatttgtagaagctgaa 5081882  T
Q  504 gttgattgagatggccaatctccattggtattgaacctaacatcacatatca 555  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  5081883 gttgattgagactgccaatctccattggtatcgaacctaaaatcacatatca 5081934  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 70; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 666 - 831
Target Start/End: Original strand, 5082327 - 5082492
Alignment:
Q  666 atacctgtaaaaaggttattttgtaaatataacttttgtaacgatgtgcaattgccaatcgatcgtggaatggttccttcaagaaaattattgtatagaa 765  Q
    ||||||| ||||| |||||  ||||||  |||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| | |  ||||  |  ||||     
T  5082327 atacctgaaaaaaagttatcctgtaaagttaacgtttgtaacaatgtgcagttgccaatcgatcgtggaatggctccttctaaatgattaccgagtagag 5082426  T
Q  766 aaaacaattcaagttgaggaagttgattacacatctcatctggaagagttccatttaaattgttac 831  Q
     ||| | |||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5082427 taaatatttcaagttgaggaagttgatgacacatctcgtctggaagagttccatttaaattgttac 5082492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 571 - 829
Target Start/End: Complemental strand, 5100023 - 5099760
Alignment:
Q  571 gatgatgaagcgtggtgtaaacacaaatactagtaatattaaaattgtaaaaacaatcaatttaaagtataaagtgaagatagaaagttaaggaa----- 665  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||   ||||| |||||||  | || | |||||||||  || ||||||||||||||||           
T  5100023 gatgatgaagcttggtgtaaaaacaaatactaataatacagaaattttaaaaac--ttaactaaaagtataacatgtagatagaaagttaagggtgtacg 5099926  T
Q  666 --atacctgtaaaaaggttattttgtaaatataacttttgtaacgatgtgcaattgccaatcgatcgtggaatggttccttcaagaaaattattgtatag 763  Q
      ||||||||||||| |||||| ||||||| |||| ||||||| ||||| || || ||||||||| ||||||||  |||||||| |  |||| | | |||    
T  5099925 gtatacctgtaaaaaagttattctgtaaatgtaacgtttgtaatgatgtacagtttccaatcgatggtggaatgaatccttcaaaatgattactttttag 5099826  T
Q  764 aaaaaacaattcaagttgaggaagttgattacacatctcatctggaagagttccatttaaattgtt 829  Q
    | |||| |||| ||||||||||||||||  ||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||    
T  5099825 agaaaataattaaagttgaggaagttgaagacacatctcgtctgggagacttccatttaaattgtt 5099760  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 666 - 735
Target Start/End: Complemental strand, 5117534 - 5117465
Alignment:
Q  666 atacctgtaaaaaggttattttgtaaatataacttttgtaacgatgtgcaattgccaatcgatcgtggaa 735  Q
    ||||||||||||| ||||||    |||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||    
T  5117534 atacctgtaaaaaagttattagtgaaatataacttttgtaaaaatgtgcagttgccaatcgatcgtggaa 5117465  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 294; Significance: 1e-165; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 294; E-Value: 1e-165
Query Start/End: Original strand, 7 - 555
Target Start/End: Original strand, 14413691 - 14414239
Alignment:
Q  7 aatatttccattaattccacaagaatttgcccaaaagtgttctacggataagtttccaatggacttgggaagttttgatggtaaactattccctgatact 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| ||||| |||||||     
T  14413691 aatatttccattaattccacaagaatctgcccaaaagtattctaaagataagtttccaatggacctgggaagttttgatagcaaaatattctctgataca 14413790  T
Q  107 tcaagatatttcagatatctgcaacttgtaagtgaagtaaggaagtttatttcaagagaatcatcaattaacgtcatgttattgccacttatgcggagaa 206  Q
    ||||||| | |||||| | | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||  ||||||| |  ||  | ||||     
T  14413791 tcaagatgtgtcagatgtttacaacttgtaagtgaagtgaggaagtttatttcaagagaatcatccattaatgtcaaattattgctatctaatctgagat 14413890  T
Q  207 aattgaggaatcttaaatctccaaaagaattggtcataattccactaaattcattatcactaaagtcaacttgcaa-aagatttgaagcattggatatag 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |||||||||||||| |  ||| ||||| ||||||||||||||||||||||     
T  14413891 aattgaggaatcttaaatctccaaaagaattgggaataattccactaagttcattatcactaaggctaac-tgcaacaagatttgaagcattggatatac 14413989  T
Q  306 tatttggaatttttccaacaaatttgtttccagatatttctagtctttgtaggttaggaaggccaaatccagaatttgatggaagcatgcctgagaagga 405  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| | ||   ||||  | ||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||| ||    
T  14413990 tatttggaatttttccaacaaacttgtttccatacatgcgtagtactcgtaggttaggaaggccaaatccgagatttgatggaagcatgcctgagaaaga 14414089  T
Q  406 atttagttcaagactcaaaatttccaatgttgaaatgttgaagacttttgaaggaataggtccactcaagctgttatatcccatttgtagaagctgaagt 505  Q
    |||| || |||||  |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||  | ||||||||||| |||||||    
T  14414090 attttgtccaagaaacaaattttccaatgttgaaatgttgaagagttttgaaggaataggtccactcaagttgttattccacatttgtagaatctgaagt 14414189  T
Q  506 tgattgagatggccaatctccattggtattgaacctaacatcacatatca 555  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  14414190 tgattgagatggccaatctccattggtaacgaacctaacatcacatatca 14414239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 657 - 831
Target Start/End: Original strand, 14414300 - 14414474
Alignment:
Q  657 gttaaggaaatacctgtaaaaaggttattttgtaaatataacttttgtaacgatgtgcaattgccaatcgatcgtggaatggttccttcaagaaaattat 756  Q
    |||||||  ||||||||||||| |||||| | ||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  14414300 gttaagggtatacctgtaaaaaagttattatataaatataactcttgtaacgatgtgcagttgccaattgatcgtggaatggttccttcaagataattat 14414399  T
Q  757 tgtatagaaaaaacaattcaagttgaggaagttgattacacatctcatctggaagagttccatttaaattgttac 831  Q
    ||| ||| || ||   || |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  14414400 tgtgtaggaagaaacttttaagttgaggaagttgattacacgtctcatgtggaagaattccatttaaattgttac 14414474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 201; Significance: 1e-109; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 7 - 534
Target Start/End: Complemental strand, 16884872 - 16884342
Alignment:
Q  7 aatatttccattaattccacaagaatttgcccaaaagtgttctacggataagtttccaatggacttgggaagttttgatggtaaactattccctgatact 106  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  16884872 aatatttccactaattccacaagaatttgcccaaaagttttctacagataagtttccaatggacttgggaagatttgatggtaaactattctctgatact 16884773  T
Q  107 tcaagatatttcagatatctgcaacttgtaagtgaagtaaggaagtttatttcaagagaatcatcaattaacgtcatgtt---attgccacttatgcgga 203  Q
    ||||||| | | |||||| |||||||||| |||||||| ||||| || | |||||||||||||||  |||| ||||  ||   |||||||| |||   ||    
T  16884772 tcaagatgtgtaagatatgtgcaacttgtcagtgaagtgaggaaattgaattcaagagaatcatctgttaatgtcaaattaggattgccacctataatga 16884673  T
Q  204 gaaaattgaggaatcttaaatctccaaaagaattggtcataattccactaaattcattatcactaaagtcaacttgcaaaagatttgaagcattggatat 303  Q
    |  | |||||||||||||||| ||||||||  ||||  |||||||||||||||| |||   ||| || |||| |   || || |||||||||||||||||    
T  16884672 gtgatttgaggaatcttaaatttccaaaagtgttgggtataattccactaaatttattccaactcaaatcaattatgaagaggtttgaagcattggatat 16884573  T
Q  304 agtatttggaatttttccaacaaatttgtttccagatatttctagtctttgtaggttaggaaggccaaatccagaatttgatggaagcatgcctgagaag 403  Q
    | ||||||||||||| |||||||||||||||    | || |  ||   |||||| ||||||||||||| |||   ||| | |||||||||||||||||      
T  16884572 actatttggaattttcccaacaaatttgtttttgtacatgtgcagctcttgtagattaggaaggccaagtcccatattgggtggaagcatgcctgagaga 16884473  T
Q  404 gaatttagttcaagactcaaaatttccaatgttgaaatgttgaagacttttgaaggaataggtccactcaagctgttatatcccatttgtagaagctgaa 503  Q
    |||||||| ||||||  ||||  ||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  16884472 gaatttagctcaagatgcaaatgttccaatgttgaaatgttgaagagtttagaaggaacatgtccactcaagctgttatttcccatttgtagaacctgaa 16884373  T
Q  504 gttgattgagatggccaatctccattggtat 534  Q
     ||||||||||| |||||||||||| |||||    
T  16884372 tttgattgagattgccaatctccataggtat 16884342  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0830 (Bit Score: 34; Significance: 0.000000001; HSPs: 1)
Name: scaffold0830
Description:

Target: scaffold0830; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 705 - 830
Target Start/End: Complemental strand, 1395 - 1270
Alignment:
Q  705 aacgatgtgcaattgccaatcgatcgtggaatggttccttcaagaaaattattgtatagaaaaaacaattcaagttgaggaagttgattacacatctcat 804  Q
    ||||||||| | |||||||| |||||||||||| ||||||||| |  ||| |||| || | ||||   ||||||||||||||| |||||  | |  ||||    
T  1395 aacgatgtggagttgccaattgatcgtggaatgcttccttcaaaatgattgttgtctaaagaaaaatcttcaagttgaggaagatgattgaaaaaatcat 1296  T
Q  805 ctggaagagttccatttaaattgtta 830  Q
     ||| ||| |||||||||||||||||    
T  1295 ttggtagacttccatttaaattgtta 1270  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University