View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4782-Insertion-2 (Length: 735)

Name: NF4782-Insertion-2
Description: NF4782
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4782-Insertion-2
NF4782-Insertion-2
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (13-735)||(41559166-41559873)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 505; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 505; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 735
Target Start/End: Original strand, 41559166 - 41559873
Alignment:
Q  13 ttggttagtgttattaaataacaacgctatagcatagcataattggggacaaatcgcttatgttctcggatacactgtttattacaaaatattgtcaaat 112  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41559166 ttggttagtgttattaaatagcaacgctatagcatagcataatttgg-acaaatcgcttatgttctcagatacactgtttattacaaaatattgtcaaat 41559264  T
Q  113 agatactatagtaacacgtgtacnnnnnnnngaagatattatagtaacattatagcattattgcacaacgaaattcgaacaaacaactatagatactata 212  Q
    ||||||||||||||||| |||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41559265 agatactatagtaacacatgtacaaaaaaa--aagatattatagtaacattatagcattattgcacaacaaaattcgaacaaacaactatagatactata 41559362  T
Q  213 gtgacattatagcattattgcatagcgaaattcgaacaaacaactatttaccgcaattcacaattgacaacactaggttgaacatgtttcctaaaattat 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41559363 gtgacattatagcattattgcatagcgaaattcgagcaaacaactatttaccgcaattcacaattgacaacactaggttgaacatgtttcctaaaattat 41559462  T
Q  313 tcnnnnnnnnnnnnnnaaggaggcatcctagaacaattcttttaattagtcaaatcattgttgtaatgattgacaacccgtgattgaacatat--atata 410  Q
    ||                 |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||  |||||    
T  41559463 tctttttttttttt-----gaggcatcctagaataattcttttaattagtcaaatcattgttgtaatgattgacaacccatgattgaatatatatatata 41559557  T
Q  411 aaagaacttctacggtacaccttataaagatacacttaaaaataaaacattaagaggcgtattaccccattcaaatatccttcgaaaaactagttttaaa 510  Q
    ||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||    
T  41559558 aaagaacttttacgatacacctcataaagatacacttaaaaataaaacattaaaaggcgtattatcccattcaaatatccttcgacaaaatagttttaaa 41559657  T
Q  511 accgctcccaattttcctaactggctctttggttaaaccaattcaaacccaccgccaactcaagagacatcaaaattttccaccatcttgatggaaacta 610  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  41559658 accgctcccaattttcctaactggctc-ttggttaaaccaattcaaacccaccgccaactcaagagacatcaaaattttccaccatcttgatggaaactc 41559756  T
Q  611 ccatgggtcatctccaccaacttgcatgtcccctccacaagagttttactattaactttggctgttatatgatagggtggttcttggaataatatattat 710  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  41559757 ccatgggtcatctccaccaacttgcatatcccctccaca--------actattaactttggctgttatatgataggctggttcttggaataatatattat 41559848  T
Q  711 tcgtgaatacagttttttacttgag 735  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  41559849 tcgtgaatacagttttttacttgag 41559873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University