View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4783-Insertion-1 (Length: 1066)

Name: NF4783-Insertion-1
Description: NF4783
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4783-Insertion-1
NF4783-Insertion-1
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (8-1065)||(29819635-29820695)
chr7 (9-985)||(29827879-29828851)
chr7 (8-830)||(29571575-29572397)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (94-437)||(11123939-11124282)
chr8 (610-682)||(11124458-11124530)
[»] scaffold0060 (1 HSPs)
scaffold0060 (420-524)||(20885-20990)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (323-365)||(6589823-6589865)
chr4 (323-365)||(6713950-6713992)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 949; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 949; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1065
Target Start/End: Original strand, 29819635 - 29820695
Alignment:
Q  8 ccttctccattggatctaagctctcataacttatttccagtttatcttggattttacgtagaggcacacttcttannnnnnnaatggcactatgccaaag 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||    
T  29819635 ccttctccattggatctaagctctcataacttatttccagtttatcttggattttacgtagaggcacacttcttatttttttaatggcactatgccaaag 29819734  T
Q  108 atcaacatttcttccataaagataggaaccaaacacctcaagtgccaatggaagaccaccagtatagtccaccacttctttggacaaatccaaatagcct 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29819735 atcaacatttcttccataaagataggaaccaaacacctcaagtgccaatggaagaccaccagtatagtccaccacttctttggacaaatccaaatagcct 29819834  T
Q  208 tcttgtggtttatctcctttaaaggctttcaaacaaaagagattaagagcttcattttggaataacatccaaacctcataagttttatgtactccatgtg 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29819835 tcttgtggtttatctcctttaaaggctttcaaacaaaagagattaagagcttcattttggaataacatccaaacctcataagttttatgtactccatgtg 29819934  T
Q  308 tcattaacaagtgtttatctctcgttgtgattattactctacttcccggaccaaaccagtcttgcttcccagccatattctccaactggtttaattcatt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29819935 tcattaacaagtgtttatctctcgttgtgattattactctacttcccggaccaaaccagtcttgcttcccagccatattctccaactggtttaattcatt 29820034  T
Q  408 cacatcatcaagaacaagtagaaccttttttctacggaaagagttttgtattgnnnnnnngccatcatacaaattatgaaaatcattcctacttatactc 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29820035 cacatcatcaagaacaagtagaacctttttcctacggaaagagttttgtattgtttttttgccatcatacaaattatgaaaatcattcctacttatactc 29820134  T
Q  508 atatgagaaagaagttgtctttgtaagtgaactaaaccatttgtctcagatatctctctaacattttctagaaagcaagtaagttgaaattcacatcgga 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29820135 atatgagaaagaagttgtctttgtaagtgaactaaaccatttgtctcagatatctctctaacattttctagaaagcaagtaagttgaaattcacatcgga 29820234  T
Q  608 ttgcttcatagaccgctctagcaatagttgacttgcctatgccacccataccccatatgcctataaagcgaacgtcattcaaccccatacctatgagctt 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29820235 ttgcttcatagaccgctctagcaatagttgacttgcctatgccacccataccccatatgccgataaagcgaacgtcattcaaccccatacctatgagctt 29820334  T
Q  708 gttcacttcctccacctttgactcaatcccaacaaggttctctgtacaagatgacaatttaggaaccagctttctatgtatgtgttgagcaatgctttca 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29820335 gttcacttcctccacctttgactcaatcccaacaaggttctctgtacaagatgacaatttaggaaccagctttctatgtatgtgttgagcaatgctttca 29820434  T
Q  808 actagtaatgcctcatgcctgttcagatc-aacaaaagcagccaacaaccaaaccttaagcaaataaattgaaac-aactaaaaatataagttcttattt 905  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  29820435 actagtaatgcctcatgcctgttcagatcaaacaaaagcagccaacaaccaaaccttaagcaaataaattgaaacaaactaaaaatataagttcttattt 29820534  T
Q  906 taccttttgatccaaggt-aaatctgaaacacattcaatgtcaaactatgaaggaccaagtaaactcaaaagtcaaggctattaaatgtaatttgtaaat 1004  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29820535 taccttttgatccaaggtaaaatctgaaacacattcaatgtcacactatgaaggaccaagtaaactcaaaagtcaaggctattaaatgtaatttgtaaat 29820634  T
Q  1005 gattatg-cccgtcagaatgaaatatgaggtaaagc-aaacacatggtgtgattttgattttt 1065  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||    
T  29820635 gattatgccccgtcag-atgaaatatgaggtaaagcaaaacacat-gtgtgattttgaatttt 29820695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 593; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 985
Target Start/End: Original strand, 29827879 - 29828851
Alignment:
Q  9 cttctccattggatctaagctctcataacttatttccagtttatcttggattttacgtagaggcacacttcttannnnnnnaatggcactatgccaaaga 108  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||       ||| |||||||||||||||    
T  29827879 cttctccatggcatctaagctctcataacttattttcagtttatcttggatttcacgtagaggagcacttcttatatttttaatagcactatgccaaaga 29827978  T
Q  109 tcaacatttcttccataaagataggaaccaaacacctcaagtgccaatggaagaccaccagtatagtccaccacttctttggacaaatccaaatagcctt 208  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  29827979 tcaacacttcttccataaagataggaacctaacacctcaagtgccaatggaagaccaccagcatattccaccacttctttagacaaatccaaatagcctt 29828078  T
Q  209 cttgtggtttatctcctttaaaggctttcaaacaaaagagattaagagcttcattttggaataacatccaaacctcataagttttatgtactccatgtgt 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||||||    
T  29828079 cttgtggtttatctcctttaaaggctttcaaacaaaagacattaagggcttcgttttggaatagcatcccaacctcataaggttgatgtactccatgtgt 29828178  T
Q  309 cattaacaagtgtttatctctcgttgtgattattactctacttcccggaccaaaccagtcttgcttcccagccatattctccaactggtttaattcattc 408  Q
     || ||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||    
T  29828179 tatcaaccagtgtttatctcttgttgtgattattactctacttcctggaccaaaccaatcttgcttcccagccaaattctccaactgatttatttcattc 29828278  T
Q  409 acatcatcaagaacaagtagaaccttttttctacggaaagagttttgtattgnnnnnnngccatcatacaaattatgaaaatcattcctacttatactca 508  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| ||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |    
T  29828279 acatcatcaagaacaagtagaaccttttttctgcataaagaattttgtattgtttttttgccatcatacaaattatgaaaatcatttctacttatactta 29828378  T
Q  509 tatgagaaagaagttgtctttgtaagtgaactaaaccatttgtctcagatatctctctaacattttctagaaagcaagtaagttgaaattcacatcggat 608  Q
     ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||||||||| ||||    
T  29828379 gatgagaaagaagttgcctttgtatgtgaactaaaccatttgcctcagatatctctctaacattttcaagaaagcaagtagtttgaaattcacattggat 29828478  T
Q  609 tgcttcatagaccgctctagcaatagttgacttgcctatgccacccataccccatatgcctataaagcgaacgtcattcaaccccatacctatgagcttg 708  Q
    |||||| || || |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||    
T  29828479 tgcttcgtaaacagctctagcaatagttgtcttacctatgccacccataccccatatgcctataaagcgaacatcattcaaccccatacctaagagcttg 29828578  T
Q  709 ttcacttcctccacctttgactcaatcccaacaaggttctctgtacaagatgacaatttaggaaccagctttctatgtatgtgttgagcaatgctttcaa 808  Q
    |||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29828579 ttcacttcctccacttttgaagcaatcccaacaaggttctctgtacaagatggcaatttaggaaccaactttctatgtatgtgttgagcaatgctttcaa 29828678  T
Q  809 ctagtaatgcctcatgcctgttcagatcaacaaaagcagccaacaaccaaaccttaagcaaataaattgaaac-aactaaaaatataagttcttatttta 907  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||    |  | |||||| ||||||||||||| ||||||||||||   |||| |||| ||||||||||||||||||||     
T  29828679 ctagtaacgcctcgtgcctgttca----agtagaagcagacaacaaccaaaccgtaagcaaataaa--aaaacaaactgaaaatataagttcttattttt 29828772  T
Q  908 ccttttgatccaaggtaaa-tctgaaacacattcaatgtcaaactatgaaggaccaagtaaactcaaaagtcaaggcta 985  Q
    || ||||||||||||||||  |||||||| |||| ||| || ||||||||||||||| | || |  |||||||||||||    
T  29828773 ccgtttgatccaaggtaaagcctgaaacaaattccatgacacactatgaaggaccaactcaagttgaaagtcaaggcta 29828851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 513; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 830
Target Start/End: Complemental strand, 29572397 - 29571575
Alignment:
Q  8 ccttctccattggatctaagctctcataacttatttccagtttatcttggattttacgtagaggcacacttcttannnnnnnaatggcactatgccaaag 107  Q
    |||||||||| | |||||| || ||||||||||||| ||| |||||||||| | || |  | || | ||||||||       ||  |||||||||||||     
T  29572397 ccttctccatggtatctaaactatcataacttattttcaggttatcttggactctagggtggggaaaacttcttaattttttaacagcactatgccaaac 29572298  T
Q  108 atcaacatttcttccataaagataggaaccaaacacctcaagtgccaatggaagaccaccagtatagtccaccacttctttggacaaatccaaatagcct 207  Q
    ||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| || |||||||| |||    
T  29572297 atcaatatttcttccatacagataggaacctaacacctcaagtgccaatggaagaccaccacaatagtccaccacttctttggataagtccaaataccct 29572198  T
Q  208 tcttgtggtttatctcctttaaaggctttcaaacaaaagagattaagagcttcattttggaataacatccaaacctcataagttttatgtactccatgtg 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| || |||| || | ||||||| | |   | ||| |||||||||||||||||||    
T  29572197 tcttgtggtttatctcctttaaaggctttcaaacaaaagagaacaagggcatcatgtttgcataacattccagttttataggttttatgtactccatgtg 29572098  T
Q  308 tcattaacaagtgtttatctctcgttgtgattattactctacttcccggaccaaaccagtcttgcttcccagccatattctccaactggtttaattcatt 407  Q
    |||||| |||||| || ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  29572097 tcattagcaagtgcttgtctcttgttgtgattattactctacttcccggaccaaaccaatcttgtttcccaaccaaattctccaactggtttagttcatt 29571998  T
Q  408 cacatcatcaagaacaagtagaaccttttttctacggaaagagttttgtattgnnnnnnngccatcatacaaattatgaaaatcattcctacttatactc 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||||||||||        ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  29571997 cacatcatcaagaacaagtagaaccttttttctgcataaagagttttgtattgtttttttcccatcatacaaatcatgaaaatcattcctacttatactc 29571898  T
Q  508 atatgagaaagaagttgtctttgtaagtgaactaaaccatttgtctcagatatctctctaacattttctagaaagcaagtaagttgaaattcacatcgga 607  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  29571897 agatgagaaagaagttgtctttgtaagtgaactaaaccatttgtctcagatatctctctaacattttctagaaagcaagtaagttcaaattcacatcgga 29571798  T
Q  608 ttgcttcatagaccgctctagcaatagttgacttgcctatgccacccataccccatatgcctataaagcgaacgtcattcaaccccatacctatgagctt 707  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||    
T  29571797 ttgtttcatagaccgctctagcaatagttgacttgcctatgccacccataccccatatgcctataaagcgaacgtcattcaaccccatacctaagaactt 29571698  T
Q  708 gttcacttcctccacctttgactcaatcccaacaaggttctctgtacaagatgacaatttaggaaccagctttctatgtatgtgttgagcaatgctttca 807  Q
    ||| |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  29571697 gtttacttcctccacctttgaaacaatcccaacaaggttctctgtacaagatggcaatttaggaaccaactttctatgtatgtgttgagcaatgttttcg 29571598  T
Q  808 actagtaatgcctcatgcctgtt 830  Q
    |||||| | ||||||||||||||    
T  29571597 actagtgacgcctcatgcctgtt 29571575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 124; Significance: 3e-63; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 94 - 437
Target Start/End: Original strand, 11123939 - 11124282
Alignment:
Q  94 gcactatgccaaagatcaacatttcttccataaagataggaaccaaacacctcaagtgccaatggaagaccaccagtatagtccaccacttctttggaca 193  Q
    |||||||||||||  |||||| ||||||||| |||||  ||||| || ||||||||||| ||||||||||| |  ||||| || |||||||||||| |||    
T  11123939 gcactatgccaaacctcaacagttcttccatgaagatgtgaacctaatacctcaagtgctaatggaagacctcttgtatattcaaccacttctttgcaca 11124038  T
Q  194 aatccaaatagccttcttgtggtttatctcctttaaaggctttcaaacaaaagagattaagagcttcattttggaataacatccaaacctcataagtttt 293  Q
    |   ||||||  ||||||  |||| |  | ||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||  | |||      | ||| ||||||||     
T  11124039 agctcaaatactcttctttaggttgaatttctttaaaggctttcaaacagaagagcttaagtgcttcattttttactaagcctttagccttataagtttc 11124138  T
Q  294 atgtactccatgtgtcattaacaagtgtttatctctcgttgtgattattactctacttcccggaccaaaccagtcttgcttcccagccatattctccaac 393  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| | |||||||||     
T  11124139 atgcactccatgtgtcattaacaagtgcttatctctacttgtgattataactctacttcctggaccaaaccattcttgcttcccagctaaattctccaat 11124238  T
Q  394 tggtttaattcattcacatcatcaagaacaagtagaaccttttt 437  Q
    ||| |||||||  ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  11124239 tggcttaattcgctcacatcatcaagaacaagaagaaccttttt 11124282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 610 - 682
Target Start/End: Original strand, 11124458 - 11124530
Alignment:
Q  610 gcttcatagaccgctctagcaatagttgacttgcctatgccacccataccccatatgcctataaagcgaacgt 682  Q
    |||||||||||   |||||||||||||| ||| || ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  11124458 gcttcatagactaatctagcaatagttgtctttccaatgccacccatgccccatatgcctatgaagcgaacgt 11124530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0060 (Bit Score: 77; Significance: 3e-35; HSPs: 1)
Name: scaffold0060
Description:

Target: scaffold0060; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 420 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 20990 - 20885
Alignment:
Q  420 aacaagtagaaccttttttctacggaaagagttttgtattgnnnnnnn-gccatcatacaaattatgaaaatcattcctacttatactcatatgagaaag 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20990 aacaagtagaaccttttttctacggaaagagttttgtattgttttttttgccatcatacaaattatgaaaatcattcctacttatactcatatgagaaag 20891  T
Q  519 aagttg 524  Q
    ||||||    
T  20890 aagttg 20885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 31; Significance: 0.0000001; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 323 - 365
Target Start/End: Original strand, 6589823 - 6589865
Alignment:
Q  323 tatctctcgttgtgattattactctacttcccggaccaaacca 365  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  6589823 tatctcttgttgtgattattattctactccccggaccaaacca 6589865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 323 - 365
Target Start/End: Complemental strand, 6713992 - 6713950
Alignment:
Q  323 tatctctcgttgtgattattactctacttcccggaccaaacca 365  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  6713992 tatctcttgttgtgatgattactctactccccggaccaaacca 6713950  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University