View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4783-Insertion-2 (Length: 1001)

Name: NF4783-Insertion-2
Description: NF4783
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4783-Insertion-2
NF4783-Insertion-2
[»] scaffold0002 (3 HSPs)
scaffold0002 (575-1001)||(464156-464586)
scaffold0002 (292-555)||(463906-464169)
scaffold0002 (8-294)||(462544-462822)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (575-1001)||(35898334-35898764)
chr5 (292-555)||(35898751-35899014)
chr5 (8-294)||(35900098-35900376)
[»] chr3 (6 HSPs)
chr3 (575-1001)||(52053565-52053995)
chr3 (575-1001)||(53573176-53573605)
chr3 (292-555)||(52053315-52053578)
chr3 (292-555)||(53572926-53573189)
chr3 (8-294)||(52051954-52052232)
chr3 (8-294)||(53569312-53569590)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (575-1001)||(31355873-31356303)
chr1 (575-1001)||(16993159-16993593)
chr1 (292-555)||(16993580-16993843)
chr1 (292-555)||(31356290-31356554)
chr1 (8-294)||(31357639-31357917)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (575-1001)||(30198321-30198750)
chr2 (292-555)||(30198071-30198334)
chr2 (8-294)||(30194557-30194835)


Alignment Details
Target: scaffold0002 (Bit Score: 362; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: scaffold0002
Description:

Target: scaffold0002; HSP #1
Raw Score: 362; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 575 - 1001
Target Start/End: Original strand, 464156 - 464586
Alignment:
Q  575 caagaaaagtaaatggatgttttacttgcattgacatttgacagcacctaatcaaacaacaaagaaatagtacaataattgtaaaaggggcttatgtaat 674  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  464156 caagaaaagcaaatggatgttttacttgcattgacatttgacagcacctaatcaaacaacaaagaaatagtacaataattgtaaaaggggcttatgtaaa 464255  T
Q  675 gcaacacctaattaaaaattcatgataacactttaataactaatcaaaaatagcagctaatnnnnnnnn----ctcatgtcaacactgaatttgtatcat 770  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||    
T  464256 gcaacacctaattaaaaattcatgataacacttaaataactaatcaaaaatagcagctaataaaaaaaaaaaactcatgtcaacactgaatttgtatcat 464355  T
Q  771 aagttcttcaacatctcgatacaactatgggcctcaattcaagtctctggtaccatcatcaagttgctcctataatttaaaaaatgcaagttaatattat 870  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  464356 aagctcttcaacatctcgatacaactatgggcctcaattcaagtctctggtaccatcatcaagttgctcctataatttaaaaaatgcaaattaatattat 464455  T
Q  871 atatatagatttgaaagtgaatcgtataatttgaaatttaccatcaataagttagtaaaactagcaacaccgaattgactagaagtttcatcgtctccct 970  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  464456 atatatagatttgaaagtgaatcgtataatttgaaatttaccatcaataagctagtaaaactagcaacaccgaattgactagaagttccatcgtctccct 464555  T
Q  971 acataaaacccaaaataatttaaacactaaa 1001  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  464556 acataaaacccaaaataatttaaacactaaa 464586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #2
Raw Score: 227; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 292 - 555
Target Start/End: Original strand, 463906 - 464169
Alignment:
Q  292 ttacatacactactgtttgaaagaaaaacaaaccaaaagccatagcagccaacatccgcgcatgaccagcccttgaagcatgaactggnnnnnnnccacc 391  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||       |||||    
T  463906 ttacctacactactgtttgaaagaaaaacaaaccaaaagccatagcagccaacatccgtgcatgaccagcccttgaagcatgaactggaaaaaaaccacc 464005  T
Q  392 ccacaaacaaaaccaaagacaactactgcaccttcaatttgtgtgagtgtgtccaaatgttttacatttgtggtttccacacaagtattcatcctcattt 491  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  464006 ccacaaacaaaaccaaagacagctactgcaccttcaatttgtgtgagtgtgtccaaatgttttacatttgtggtttccacacaagtattcatcctcattt 464105  T
Q  492 tatactttggttctaattataacaatatagaattcatttacttttgtaaacaagaaaagtaaat 555  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  464106 tatactttggttctaattataacaatatagaattcatttacttttgtaaacaagaaaagcaaat 464169  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0002; HSP #3
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 8 - 294
Target Start/End: Original strand, 462544 - 462822
Alignment:
Q  8 attttaactaatatttcttctgcaattttatggtattggtggcttagctttaaaattgcctcagtctcaaattcggacaattattagaattgtttttgga 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  462544 attttaactaatatttcttctgcaattttctggtattggtggcttagctttaaaattgcctcagtctcaaattcggacaattattagaattgtttttgga 462643  T
Q  108 ggatgatcgcggttttcattgagttcgagttggacatccacatctcaagccatgctcttgtcataggattatgtttgtattttgccatgtgagttgttgg 207  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  462644 ggatgatcgcatttttcattgagttcgagttggacatccacatctcaagccatgctcttgtcataggattatgtttgtattttgccatgtgagttgttgg 462743  T
Q  208 gttgcaattagagttattgacttattggctttactggattttgtatggcatttaggatgnnnnnnnagtaaaagttagttctcctta 294  Q
    ||||||||||        || ||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |       |||||||||||||||||||||    
T  462744 gttgcaatta--------gatttattggctttactggattttgtactgcatttaggaggtttttttagtaaaagttagttctcctta 462822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 362; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 362; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 575 - 1001
Target Start/End: Complemental strand, 35898764 - 35898334
Alignment:
Q  575 caagaaaagtaaatggatgttttacttgcattgacatttgacagcacctaatcaaacaacaaagaaatagtacaataattgtaaaaggggcttatgtaat 674  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  35898764 caagaaaagcaaatggatgttttacttgcattgacatttgacagcacctaatcaaacaacaaagaaatagtacaataattgtaaaaggggcttatgtaaa 35898665  T
Q  675 gcaacacctaattaaaaattcatgataacactttaataactaatcaaaaatagcagctaatnnnnnnnn----ctcatgtcaacactgaatttgtatcat 770  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||    
T  35898664 gcaacacctaattaaaaattcatgataacacttaaataactaatcaaaaatagcagctaataaaaaaaaaaaactcatgtcaacactgaatttgtatcat 35898565  T
Q  771 aagttcttcaacatctcgatacaactatgggcctcaattcaagtctctggtaccatcatcaagttgctcctataatttaaaaaatgcaagttaatattat 870  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  35898564 aagctcttcaacatctcgatacaactatgggcctcaattcaagtctctggtaccatcatcaagttgctcctataatttaaaaaatgcaaattaatattat 35898465  T
Q  871 atatatagatttgaaagtgaatcgtataatttgaaatttaccatcaataagttagtaaaactagcaacaccgaattgactagaagtttcatcgtctccct 970  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  35898464 atatatagatttgaaagtgaatcgtataatttgaaatttaccatcaataagctagtaaaactagcaacaccgaattgactagaagttccatcgtctccct 35898365  T
Q  971 acataaaacccaaaataatttaaacactaaa 1001  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35898364 acataaaacccaaaataatttaaacactaaa 35898334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 227; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 292 - 555
Target Start/End: Complemental strand, 35899014 - 35898751
Alignment:
Q  292 ttacatacactactgtttgaaagaaaaacaaaccaaaagccatagcagccaacatccgcgcatgaccagcccttgaagcatgaactggnnnnnnnccacc 391  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||       |||||    
T  35899014 ttacctacactactgtttgaaagaaaaacaaaccaaaagccatagcagccaacatccgtgcatgaccagcccttgaagcatgaactggaaaaaaaccacc 35898915  T
Q  392 ccacaaacaaaaccaaagacaactactgcaccttcaatttgtgtgagtgtgtccaaatgttttacatttgtggtttccacacaagtattcatcctcattt 491  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35898914 ccacaaacaaaaccaaagacagctactgcaccttcaatttgtgtgagtgtgtccaaatgttttacatttgtggtttccacacaagtattcatcctcattt 35898815  T
Q  492 tatactttggttctaattataacaatatagaattcatttacttttgtaaacaagaaaagtaaat 555  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  35898814 tatactttggttctaattataacaatatagaattcatttacttttgtaaacaagaaaagcaaat 35898751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 8 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 35900376 - 35900098
Alignment:
Q  8 attttaactaatatttcttctgcaattttatggtattggtggcttagctttaaaattgcctcagtctcaaattcggacaattattagaattgtttttgga 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35900376 attttaactaatatttcttctgcaattttctggtattggtggcttagctttaaaattgcctcagtctcaaattcggacaattattagaattgtttttgga 35900277  T
Q  108 ggatgatcgcggttttcattgagttcgagttggacatccacatctcaagccatgctcttgtcataggattatgtttgtattttgccatgtgagttgttgg 207  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35900276 ggatgatcgcatttttcattgagttcgagttggacatccacatctcaagccatgctcttgtcataggattatgtttgtattttgccatgtgagttgttgg 35900177  T
Q  208 gttgcaattagagttattgacttattggctttactggattttgtatggcatttaggatgnnnnnnnagtaaaagttagttctcctta 294  Q
    ||||||||||        || ||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |       |||||||||||||||||||||    
T  35900176 gttgcaatta--------gatttattggctttactggattttgtactgcatttaggaggtttttttagtaaaagttagttctcctta 35900098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 362; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 362; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 575 - 1001
Target Start/End: Original strand, 52053565 - 52053995
Alignment:
Q  575 caagaaaagtaaatggatgttttacttgcattgacatttgacagcacctaatcaaacaacaaagaaatagtacaataattgtaaaaggggcttatgtaat 674  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  52053565 caagaaaagcaaatggatgttttacttgcattgacatttgacagcacctaatcaaacaacaaagaaatagtacaataattgtaaaaggggcttatgtaaa 52053664  T
Q  675 gcaacacctaattaaaaattcatgataacactttaataactaatcaaaaatagcagctaatnnnnnnnn----ctcatgtcaacactgaatttgtatcat 770  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||    
T  52053665 gcaacacctaattaaaaattcatgataacacttaaataactaatcaaaaatagcagctaataaaaaaaaaaaactcatgtcaacactgaatttgtatcat 52053764  T
Q  771 aagttcttcaacatctcgatacaactatgggcctcaattcaagtctctggtaccatcatcaagttgctcctataatttaaaaaatgcaagttaatattat 870  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  52053765 aagctcttcaacatctcgatacaactatgggcctcaattcaagtctctggtaccatcatcaagttgctcctataatttaaaaaatgcaaattaatattat 52053864  T
Q  871 atatatagatttgaaagtgaatcgtataatttgaaatttaccatcaataagttagtaaaactagcaacaccgaattgactagaagtttcatcgtctccct 970  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  52053865 atatatagatttgaaagtgaatcgtataatttgaaatttaccatcaataagctagtaaaactagcaacaccgaattgactagaagttccatcgtctccct 52053964  T
Q  971 acataaaacccaaaataatttaaacactaaa 1001  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52053965 acataaaacccaaaataatttaaacactaaa 52053995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 360; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 575 - 1001
Target Start/End: Original strand, 53573176 - 53573605
Alignment:
Q  575 caagaaaagtaaatggatgttttacttgcattgacatttgacagcacctaatcaaacaacaaagaaatagtacaataattgtaaaaggggcttatgtaat 674  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  53573176 caagaaaagcaaatggatgttttacttgcattgacatttgacagcacctaatcaaacaacaaagaaatagtacaataattgtaaaaggggcttatgtaaa 53573275  T
Q  675 gcaacacctaattaaaaattcatgataacactttaataactaatcaaaaatagcagctaatnnnnnnnn---ctcatgtcaacactgaatttgtatcata 771  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||           ||||||||||||||||||||||||||||    
T  53573276 gcaacacctaattaaaaattcatgataacacttaaataactaatcaaaaatagcagctaataaaaaaaaaaactcatgtcaacactgaatttgtatcata 53573375  T
Q  772 agttcttcaacatctcgatacaactatgggcctcaattcaagtctctggtaccatcatcaagttgctcctataatttaaaaaatgcaagttaatattata 871  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  53573376 agctcttcaacatctcgatacaactatgggcctcaattcaagtctctggtaccatcatcaaattgctcctataatttaaaaaatgcaaattaatattata 53573475  T
Q  872 tatatagatttgaaagtgaatcgtataatttgaaatttaccatcaataagttagtaaaactagcaacaccgaattgactagaagtttcatcgtctcccta 971  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  53573476 tatatagatttgaaagtgaatcgtataatttgaaatttaccatcaataagctagtaaaactagcaacaccgaattgactagaagttccatcgtctcccta 53573575  T
Q  972 cataaaacccaaaataatttaaacactaaa 1001  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53573576 cataaaacccaaaataatttaaacactaaa 53573605  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 227; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 292 - 555
Target Start/End: Original strand, 52053315 - 52053578
Alignment:
Q  292 ttacatacactactgtttgaaagaaaaacaaaccaaaagccatagcagccaacatccgcgcatgaccagcccttgaagcatgaactggnnnnnnnccacc 391  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||       |||||    
T  52053315 ttacctacactactgtttgaaaaaaaaacaaaccaaaagccatagcagccaacatccgtgcatgaccagcccttgaagcatgaactggaaaaaaaccacc 52053414  T
Q  392 ccacaaacaaaaccaaagacaactactgcaccttcaatttgtgtgagtgtgtccaaatgttttacatttgtggtttccacacaagtattcatcctcattt 491  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52053415 ccacaaacaaaaccaaagacaactactgcaccttcaatttgtgtgagtgtgtccaaatgttttacatttgtggtttccacacaagtattcatcctcattt 52053514  T
Q  492 tatactttggttctaattataacaatatagaattcatttacttttgtaaacaagaaaagtaaat 555  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  52053515 tatactttggttctaattataacaatatagaattcatttacttttgtaaacaagaaaagcaaat 52053578  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 292 - 555
Target Start/End: Original strand, 53572926 - 53573189
Alignment:
Q  292 ttacatacactactgtttgaaagaaaaacaaaccaaaagccatagcagccaacatccgcgcatgaccagcccttgaagcatgaactggnnnnnnnccacc 391  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||       |||||    
T  53572926 ttacctacactactgtttgaaagaaaaacaaaccaaaagccatagcaaccaacatccgtgcatgaccagcccttgaagcatgaactggaaaaaaaccacc 53573025  T
Q  392 ccacaaacaaaaccaaagacaactactgcaccttcaatttgtgtgagtgtgtccaaatgttttacatttgtggtttccacacaagtattcatcctcattt 491  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53573026 ccacaaacaaaaccaaagacagctactgcaccttcaatttgtgtgagtgtgtccaaatgttttacatttgtggtttccacacaagtattcatcctcattt 53573125  T
Q  492 tatactttggttctaattataacaatatagaattcatttacttttgtaaacaagaaaagtaaat 555  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  53573126 tatactttggttctaattataacaatatagaattcatttacttttgtaaacaagaaaagcaaat 53573189  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 8 - 294
Target Start/End: Original strand, 52051954 - 52052232
Alignment:
Q  8 attttaactaatatttcttctgcaattttatggtattggtggcttagctttaaaattgcctcagtctcaaattcggacaattattagaattgtttttgga 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52051954 attttaactaatatttcttctgcaattttctggtattggtggcttagctttaaaattgcctcagtctcaaattcggacaattattagaattgtttttgga 52052053  T
Q  108 ggatgatcgcggttttcattgagttcgagttggacatccacatctcaagccatgctcttgtcataggattatgtttgtattttgccatgtgagttgttgg 207  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52052054 ggatgatcgcatttttcattgagttcgagttggacatccacatctcaagccatgctcttgtcataggattatgtttgtattttgccatgtgagttgttgg 52052153  T
Q  208 gttgcaattagagttattgacttattggctttactggattttgtatggcatttaggatgnnnnnnnagtaaaagttagttctcctta 294  Q
    ||||||||||        || ||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |       |||||||||||||||||||||    
T  52052154 gttgcaatta--------gatttattggctttactggattttgtactgcatttaggaggtttttttagtaaaagttagttctcctta 52052232  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 205; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 8 - 294
Target Start/End: Original strand, 53569312 - 53569590
Alignment:
Q  8 attttaactaatatttcttctgcaattttatggtattggtggcttagctttaaaattgcctcagtctcaaattcggacaattattagaattgtttttgga 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53569312 attttaactaatatttcttctgcaattttctggtattggtggcttagctttaaaattgcctcagtctcaaattcggacaattattagaattgtttttgga 53569411  T
Q  108 ggatgatcgcggttttcattgagttcgagttggacatccacatctcaagccatgctcttgtcataggattatgtttgtattttgccatgtgagttgttgg 207  Q
    | ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53569412 gtatgatcgcatttttcattgagttcgagttggacatccacatctcaagccatgctcttgtcataggattatgtttgtattttgccatgtgagttgttgg 53569511  T
Q  208 gttgcaattagagttattgacttattggctttactggattttgtatggcatttaggatgnnnnnnnagtaaaagttagttctcctta 294  Q
    ||||||||||        || ||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |       |||||||||||||||||||||    
T  53569512 gttgcaatta--------gatttattggctttactggattttgtactgcatttaggaggtttttttagtaaaagttagttctcctta 53569590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 362; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 362; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 575 - 1001
Target Start/End: Complemental strand, 31356303 - 31355873
Alignment:
Q  575 caagaaaagtaaatggatgttttacttgcattgacatttgacagcacctaatcaaacaacaaagaaatagtacaataattgtaaaaggggcttatgtaat 674  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  31356303 caagaaaagcaaatggatgttttacttgcattgacatttgacagcacctaatcaaacaacaaagaaatagtacaataattgtaaaaggggcttatgtaaa 31356204  T
Q  675 gcaacacctaattaaaaattcatgataacactttaataactaatcaaaaatagcagctaatnnnnnnnn----ctcatgtcaacactgaatttgtatcat 770  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||    
T  31356203 gcaacacctaattaaaaattcatgataacacttaaataactaatcaaaaatagcagctaataaaaaaaaaaaactcatgtcaacactgaatttgtatcat 31356104  T
Q  771 aagttcttcaacatctcgatacaactatgggcctcaattcaagtctctggtaccatcatcaagttgctcctataatttaaaaaatgcaagttaatattat 870  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  31356103 aagctcttcaacatctcgatacaactatgggcctcaattcaagtctctggtaccatcatcaagttgctcctataatttaaaaaatgcaaattaatattat 31356004  T
Q  871 atatatagatttgaaagtgaatcgtataatttgaaatttaccatcaataagttagtaaaactagcaacaccgaattgactagaagtttcatcgtctccct 970  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  31356003 atatatagatttgaaagtgaatcgtataatttgaaatttaccatcaataagctagtaaaactagcaacaccgaattgactagaagttccatcgtctccct 31355904  T
Q  971 acataaaacccaaaataatttaaacactaaa 1001  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31355903 acataaaacccaaaataatttaaacactaaa 31355873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 354; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 575 - 1001
Target Start/End: Complemental strand, 16993593 - 16993159
Alignment:
Q  575 caagaaaagtaaatggatgttttacttgcattgacatttgacagcacctaatcaaacaacaaagaaatagtacaataattgtaaaaggggcttatgtaat 674  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  16993593 caagaaaagcaaatggatgttttacttgcattgacatttgacagcacctaatcaaacaacaaagaaatagtacaataattgtaaaaggggcttatgtaaa 16993494  T
Q  675 gcaacacctaattaaaaattcatgataacactttaataactaatcaaaaatagcagctaatnnnnnnnn--------ctcatgtcaacactgaatttgta 766  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||                |||||||||||||||||||||||    
T  16993493 gcaacacctaattaaaaattcatgataacacttaaataactaatcaaaaatagcagctaataaaaaaaaaaaaaaaactcatgtcaacactgaatttgta 16993394  T
Q  767 tcataagttcttcaacatctcgatacaactatgggcctcaattcaagtctctggtaccatcatcaagttgctcctataatttaaaaaatgcaagttaata 866  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16993393 tcataagctcttcaacatctcgatacaactatgggcctcaattcaagtctttggtaccatcatcaagttgctcctataatttaaaaaatgcaagttaata 16993294  T
Q  867 ttatatatatagatttgaaagtgaatcgtataatttgaaatttaccatcaataagttagtaaaactagcaacaccgaattgactagaagtttcatcgtct 966  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  16993293 ttatatatatagatttgaaagtgaatcgtataatttgaaatttaccatcaataagctagtaaaactagcaacaccgaattgactagaagttccatcgtct 16993194  T
Q  967 ccctacataaaacccaaaataatttaaacactaaa 1001  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16993193 ccctacataaaacccaaaataatttaaacactaaa 16993159  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 227; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 292 - 555
Target Start/End: Complemental strand, 16993843 - 16993580
Alignment:
Q  292 ttacatacactactgtttgaaagaaaaacaaaccaaaagccatagcagccaacatccgcgcatgaccagcccttgaagcatgaactggnnnnnnnccacc 391  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||       |||||    
T  16993843 ttacctacactactgtttgaaagaaaaacaaaccaaaagccatagcagccaacatccgtgcatgaccagcccttgaagcatgaactggaaaaaaaccacc 16993744  T
Q  392 ccacaaacaaaaccaaagacaactactgcaccttcaatttgtgtgagtgtgtccaaatgttttacatttgtggtttccacacaagtattcatcctcattt 491  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16993743 ccacaaacaaaaccaaagacagctactgcaccttcaatttgtgtgagtgtgtccaaatgttttacatttgtggtttccacacaagtattcatcctcattt 16993644  T
Q  492 tatactttggttctaattataacaatatagaattcatttacttttgtaaacaagaaaagtaaat 555  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  16993643 tatactttggttctaattataacaatatagaattcatttacttttgtaaacaagaaaagcaaat 16993580  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 220; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 292 - 555
Target Start/End: Complemental strand, 31356554 - 31356290
Alignment:
Q  292 ttacatacactactgtttgaaagaaaaacaaaccaaaagccatagcagccaacatccgcgcatgaccagcccttgaagcatgaactggnnnnnnnccacc 391  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||       |||||    
T  31356554 ttacctacactactgtttgaaagaaaaacaaaccaaaagccatagcagccaacatccgtgcatgaccagcccttgaagcatgaactggaaaaaaaccacc 31356455  T
Q  392 ccacaaacaaaaccaaagacaactactgcaccttcaatttgtgtgagtgtgtccaaatgttttacatttgtggtttccacacaagtattcatcctcattt 491  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31356454 ccacaaacaaaaccaaagacagctactgcaccttcaatttgtgtgagtgtgtccaaatgttttacatttgtggtttccacacaagtattcatcctcattt 31356355  T
Q  492 tatactttggttctaattataacaatatagaattcatttac-ttttgtaaacaagaaaagtaaat 555  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||    
T  31356354 tatactttggttctaattataacaatatagaattcatttactttttgtaaacaagaaaagcaaat 31356290  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 205; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 8 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 31357917 - 31357639
Alignment:
Q  8 attttaactaatatttcttctgcaattttatggtattggtggcttagctttaaaattgcctcagtctcaaattcggacaattattagaattgtttttgga 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31357917 attttaactaatatttcttctgcaattttctggtattggtggcttagctttaaaattgactcagtctcaaattcggacaattattagaattgtttttgga 31357818  T
Q  108 ggatgatcgcggttttcattgagttcgagttggacatccacatctcaagccatgctcttgtcataggattatgtttgtattttgccatgtgagttgttgg 207  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31357817 ggatgatcgcatttttcattgagttcgagttggacatccacatctcaagccatgctcttgtcataggattatgtttgtattttgccatgtgagttgttgg 31357718  T
Q  208 gttgcaattagagttattgacttattggctttactggattttgtatggcatttaggatgnnnnnnnagtaaaagttagttctcctta 294  Q
    ||||||||||        || ||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |       |||||||||||||||||||||    
T  31357717 gttgcaatta--------gatttattggctttactggattttgtactgcatttaggaggtttttttagtaaaagttagttctcctta 31357639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 360; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 360; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 575 - 1001
Target Start/End: Original strand, 30198321 - 30198750
Alignment:
Q  575 caagaaaagtaaatggatgttttacttgcattgacatttgacagcacctaatcaaacaacaaagaaatagtacaataattgtaaaaggggcttatgtaat 674  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  30198321 caagaaaagcaaatggatgttttacttgcattgacatttgacagcacctaatcaaacaacaaagaaatagtacaataattgtaaaaggggcttatgtaaa 30198420  T
Q  675 gcaacacctaattaaaaattcatgataacactttaataactaatcaaaaatagcagctaatnnnnnnnn---ctcatgtcaacactgaatttgtatcata 771  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||           ||||||||||||||||||||||||||||    
T  30198421 gcaacacctaattaaaaattcatgataacacttaaataactaatcaaaaatagcagctaataaaaaaaaaaactcatgtcaacactgaatttgtatcata 30198520  T
Q  772 agttcttcaacatctcgatacaactatgggcctcaattcaagtctctggtaccatcatcaagttgctcctataatttaaaaaatgcaagttaatattata 871  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  30198521 agctcttcaacatctcgatacaactatgggcctcaattcaagtctctggtaccatcatcaaattgctcctataatttaaaaaatgcaaattaatattata 30198620  T
Q  872 tatatagatttgaaagtgaatcgtataatttgaaatttaccatcaataagttagtaaaactagcaacaccgaattgactagaagtttcatcgtctcccta 971  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  30198621 tatatagatttgaaagtgaatcgtataatttgaaatttaccatcaataagctagtaaaactagcaacaccgaattgactagaagttccatcgtctcccta 30198720  T
Q  972 cataaaacccaaaataatttaaacactaaa 1001  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30198721 cataaaacccaaaataatttaaacactaaa 30198750  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 223; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 292 - 555
Target Start/End: Original strand, 30198071 - 30198334
Alignment:
Q  292 ttacatacactactgtttgaaagaaaaacaaaccaaaagccatagcagccaacatccgcgcatgaccagcccttgaagcatgaactggnnnnnnnccacc 391  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||       |||||    
T  30198071 ttacctacactactgtttgaaagaaaaacaaaccaaaagccatagcaaccaacatccgtgcatgaccagcccttgaagcatgaactggaaaaaaaccacc 30198170  T
Q  392 ccacaaacaaaaccaaagacaactactgcaccttcaatttgtgtgagtgtgtccaaatgttttacatttgtggtttccacacaagtattcatcctcattt 491  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30198171 ccacaaacaaaaccaaagacagctactgcaccttcaatttgtgtgagtgtgtccaaatgttttacatttgtggtttccacacaagtattcatcctcattt 30198270  T
Q  492 tatactttggttctaattataacaatatagaattcatttacttttgtaaacaagaaaagtaaat 555  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  30198271 tatactttggttctaattataacaatatagaattcatttacttttgtaaacaagaaaagcaaat 30198334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 205; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 8 - 294
Target Start/End: Original strand, 30194557 - 30194835
Alignment:
Q  8 attttaactaatatttcttctgcaattttatggtattggtggcttagctttaaaattgcctcagtctcaaattcggacaattattagaattgtttttgga 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30194557 attttaactaatatttcttctgcaattttctggtattggtggcttagctttaaaattgcctcagtctcaaattcggacaattattagaattgtttttgga 30194656  T
Q  108 ggatgatcgcggttttcattgagttcgagttggacatccacatctcaagccatgctcttgtcataggattatgtttgtattttgccatgtgagttgttgg 207  Q
    | ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30194657 gtatgatcgcatttttcattgagttcgagttggacatccacatctcaagccatgctcttgtcataggattatgtttgtattttgccatgtgagttgttgg 30194756  T
Q  208 gttgcaattagagttattgacttattggctttactggattttgtatggcatttaggatgnnnnnnnagtaaaagttagttctcctta 294  Q
    ||||||||||        || ||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |       |||||||||||||||||||||    
T  30194757 gttgcaatta--------gatttattggctttactggattttgtactgcatttaggaggtttttttagtaaaagttagttctcctta 30194835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University