View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4787_high_1_N (Length: 710)

Name: NF4787_high_1_N
Description: NF4787
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4787_high_1_N
NF4787_high_1_N
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (26-684)||(35409851-35410508)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 606; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 606; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 26 - 684
Target Start/End: Complemental strand, 35410508 - 35409851
Alignment:
Q  26 aaccgaacaggttaagaatacacgcatgcatggaaccattaataattgcagctcatcggcaattaagcgtgatgcatcctgtattcaagcttctgcatcc 125  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35410508 aaccgaacaggttaagaatacacgcatgcatggaaccattaataattgcagctcatcggcaattaagcgtgatgcatcctgtattcaagcttctgcatcc 35410409  T
Q  126 ccatatgcgatacacactcaagacaaatgcaacagcccgcgaggtactcgttaatgcagacggttccatagagaaaaactacactcccgggagatactgt 225  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35410408 ccatatgcgatacacactcaagacaaatgcaacagcccgcgaggtactcgttaatgcagacggttccatagagaaaaactacactcccgggagatactgt 35410309  T
Q  226 atgcaaattacgtgtgctgcctataaagattggtggcgatttgacatggaaggtcttcctgccgatcttaaaagaaggtaaagaagatagtttccttcat 325  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35410308 atgcaaattacgtgtgctgcctataaagattggtggcggtttgacatggaaggtcttcctgccgatcttaaaagaaggtaaagaagatagtttccttcat 35410209  T
Q  326 caaagttttctgtgcaatgagcttggttttacttgttctttcatttgttctttcactaagtgaagaagataagatctaactatttattctttcnnnnnnn 425  Q
    ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           
T  35410208 caaagttttctgctcaatgagcttggttttacttgttctttcatttgttctttcactaagtgaagaagataagatctaactatttattctttc-tttttt 35410110  T
Q  426 ncagaggtttggcggttccagatgccactcagccacatggcattagactacttattgaagattatccttatgcggctgatggactcctcatatggactag 525  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  35410109 tcagaggtttggcggttccagatgccactcggccacatggcattagactacttattgaagattatccttatgcggctgatggactcctcatatggtctag 35410010  T
Q  526 tatagagaagttggtcaggacctatgtgaaccattactacaaagatttgaatgccgtttcttctgacaatgaactccagtcctggtacaaagaattcatc 625  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35410009 tatagagaagttggtcaggacctatgtgaaccattactacaaagatttgaatgccatttcttctgacaatgaactccagtcctggtacaaagaattcatc 35409910  T
Q  626 aacatggggcaccctgatcataaaaatgctacctggtggcctaaactaaacacccctga 684  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35409909 aacatggggcaccctgatcataaaaatgctacctggtggcctaaactaaacacccctga 35409851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University