View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4788-Insertion-3 (Length: 810)

Name: NF4788-Insertion-3
Description: NF4788
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4788-Insertion-3
NF4788-Insertion-3
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (10-701)||(5125095-5125785)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 644; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 644; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 10 - 701
Target Start/End: Complemental strand, 5125785 - 5125095
Alignment:
Q  10 atttgggttaagattaatccatttgtgagcaaagttgatagttcagccatctctcagacttgtatttctattgattgttaagtctcataacacaaacaat 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5125785 atttgggttaagattaatccatttgtgagcaaagttgatagttcagccatctctcagacttgtatttctattgattgttaagtctcataacacaaacaat 5125686  T
Q  110 tgtgcttgccaaaaagttttgaccatatgttaaagatatggattatatgtgaagatgttgatgatgattcaatctgcaaggtgtgcaaaagttctttgtt 209  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5125685 tgtgcttgccaaaaagttttgaccatatgttaaagagatggattatatgtgaagatgttgatgatgattcaatctgcaaggtgtgcaaaagttctttgtt 5125586  T
Q  210 gaaatgtgtaagcatcttgaattgtaaggttgtgtacttctttctttccatgctttggacaaactttctatgtaaagagaccaataattgactggttata 309  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5125585 gaaatgtgtaagcattttgaattgtaaggttgtgtacttctttctttccatgctttggacaaactttctatgtaaagagaccaataattgactggttata 5125486  T
Q  310 gatatgaatgtaaaaatagtggtattttctttctttcttttgatctaaaaattgaaattattttgagatgcaattataatcatgtaactccgactaatta 409  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  5125485 gatatcaatgtaaaaatagtggtattttctttctttcttttgatctaaaaattgaaattattttgagatgcaattataatcatgtaacaacgactaatta 5125386  T
Q  410 gtttacttaaatatttcactttttatgttgagatgtgttatttagatgcacaaaagtcaaacaccgtataaaatattattcgaatgtatgttatgttaaa 509  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  5125385 gtttacttaaatatttcactttttatgttgagatgtgttatttagatgcacaaaagttaaacaccgtataaaatattatttgaatgtatgttatgttaaa 5125286  T
Q  510 atgaggaaagagaaaaatactatgaaaaagtcggaatccatttatatatataatgtggatgtcatattttatgttagagaaacatttatgtttcacacga 609  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5125285 atgaggaaagagaaaaatactatgaaaaagtcggaatccatttatatatacaatgtggatgtcatattttgtgttagagaaacatttatgtttcacacga 5125186  T
Q  610 taccaaacaaatgaattaaaaatttgagtacataactttgtaaatcggaattcaagagaatccattggcgttaaaactctttatagagagaa 701  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  5125185 taccaaacaaatgaattaaaaatttgagtacataactttgtaaatc-gaattcaagagaatccattggcgttaaaactcttcatagagagaa 5125095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University