View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4788_low_6 (Length: 239)

Name: NF4788_low_6
Description: NF4788
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4788_low_6
NF4788_low_6
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (1-217)||(14027495-14027711)
chr6 (1-222)||(14017454-14017675)
chr6 (5-222)||(14049286-14049503)
chr6 (1-222)||(13943389-13943613)
chr6 (5-216)||(13872588-13872796)
chr6 (1-180)||(13890477-13890656)
chr6 (1-216)||(14087037-14087252)
chr6 (1-216)||(13470360-13470572)
chr6 (1-217)||(13860450-13860669)
chr6 (1-222)||(14112888-14113109)
chr6 (101-216)||(14000431-14000543)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 165; Significance: 2e-88; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 165; E-Value: 2e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 217
Target Start/End: Original strand, 14027495 - 14027711
Alignment:
Q  1 aaggtcgagcataagcacatggccagtgatgttgtggcaaccaattccataccattggcagcaatcttcagttgtccaggatgacaacatgccaaatttg 100  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  14027495 aaggtcgagcataagtacatggccagtgatattgctgcaaccaattccataccattcgcagcaatcttctgttgtccaagatgacaacatgccaaatttg 14027594  T
Q  101 tcaacaaggccaaacttgaattgcaggagtgcctgcctctcactttgaatgcatctaacaacctcttttgaacaaacaagttggtatgcttgaaacaaca 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||| |||| ||    
T  14027595 tcaacaaggccaaacttgaattgcaggagtgcctgcctctcactttgaatgcatctaacaacctcttttgaacaaacaaactggtctgcttgcaacacca 14027694  T
Q  201 aacacatgagaaatatg 217  Q
    |||| ||||||||||||    
T  14027695 aacatatgagaaatatg 14027711  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Original strand, 14017454 - 14017675
Alignment:
Q  1 aaggtcgagcataagcacatggccagtgatgttgtggcaaccaattccataccattggcagcaatcttcagttgtccaggatgacaacatgccaaatttg 100  Q
    ||||| ||||||||| ||||| ||||||| ||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |      
T  14017454 aaggttgagcataagtacatgaccagtgaggttgctgcaaccaattccataccattcgcagcaatcttctgttgtccaagatgacaacatgccaaactca 14017553  T
Q  101 tcaacaaggccaaacttgaattgcaggagtgcctgcctctcactttgaatgcatctaacaacctcttttgaacaaacaagttggtatgcttgaaacaaca 200  Q
    |||||||||||| ||||||| || || ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||    
T  14017554 tcaacaaggccatacttgaactgtagaagtgccttcctctcactttgaatacatctaacaacctcttttgaacaaataagttggtctgcttgaaacacca 14017653  T
Q  201 aacacatgagaaatatgatttg 222  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  14017654 aacacatgagaaatatgatttg 14017675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 134; E-Value: 7e-70
Query Start/End: Original strand, 5 - 222
Target Start/End: Original strand, 14049286 - 14049503
Alignment:
Q  5 tcgagcataagcacatggccagtgatgttgtggcaaccaattccataccattggcagcaatcttcagttgtccaggatgacaacatgccaaatttgtcaa 104  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||  ||||    
T  14049286 tcgagcataagtacatggccagtgatattgctgcaaccaattccataccattggcagcaatcttcagttgtccaaaatgacaacatgtcaaattcatcaa 14049385  T
Q  105 caaggccaaacttgaattgcaggagtgcctgcctctcactttgaatgcatctaacaacctcttttgaacaaacaagttggtatgcttgaaacaacaaaca 204  Q
     ||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||||||||| |||||||| |||| |||||| |||| ||||||    
T  14049386 taaggccagacttgaattgcagaagtgcctgtctctcactttgtatgcacctgacaacctcttttgagcaaacaagctggtctgcttgcaacaccaaaca 14049485  T
Q  205 catgagaaatatgatttg 222  Q
    ||||||||||||||||||    
T  14049486 catgagaaatatgatttg 14049503  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Original strand, 13943389 - 13943613
Alignment:
Q  1 aaggtcgagcataagcacatggccagtgatgttgtggcaaccaattccataccattggcagcaatcttcagttgtccaggatgacaacatgc---caaat 97  Q
    ||||||||||||||  ||||| ||||||| ||||  |||||||||||| | |||||||||||||||||| || ||||| ||||||| ||||    || ||    
T  13943389 aaggtcgagcataattacatgaccagtgacgttgctgcaaccaattcccttccattggcagcaatcttctgtcgtccaagatgacagcatgttgtcatat 13943488  T
Q  98 ttgtcaacaaggccaaacttgaattgcaggagtgcctgcctctcactttgaatgcatctaacaacctcttttgaacaaacaagttggtatgcttgaaaca 197  Q
    |  |||| |||||||   |||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13943489 tcatcaataaggccagctttgaattgtagaagtgcttgcctctcactttgtatgcacctaacaacctcttttgaacaaacaagttggtatgcttgaaaca 13943588  T
Q  198 acaaacacatgagaaatatgatttg 222  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  13943589 acaaacacatgagaaatatgatttg 13943613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 5 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 13872796 - 13872588
Alignment:
Q  5 tcgagcataagcacatggccagtgatgttgtggcaaccaattccataccattggcagcaatcttcagttgtccaggatgacaacatgccaaatttgtcaa 104  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||      ||||    
T  13872796 tcgagcataagtacatggccagtgaggttgctgcaacgaattccataccattggcagcaatctgccgttgtccaagatgacaacatgccattcacatcaa 13872697  T
Q  105 caaggccaaacttgaattgcaggagtgcctgcctctcactttgaatgcatctaacaacctcttttgaacaaacaagttggtatgcttgaaacaacaaaca 204  Q
     |||||||  ||||||||  ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||   ||| |||||| |||  ||||||    
T  13872696 taaggccagccttgaatttaaggagtgcctgtctctcactttgtatgcacctaacaacctcttttgaacaaacaa---ggtctgcttgcaacgccaaaca 13872600  T
Q  205 catgagaaatat 216  Q
    ||||||||||||    
T  13872599 catgagaaatat 13872588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 13890656 - 13890477
Alignment:
Q  1 aaggtcgagcataagcacatggccagtgatgttgtggcaaccaattccataccattggcagcaatcttcagttgtccaggatgacaacatgccaaatttg 100  Q
    |||||||||| |||| ||||| ||||||| ||||  |||||||||||||||||||| |||||||||| | || ||||| ||||||||||||||| |||      
T  13890656 aaggtcgagcttaagtacatgaccagtgaggttgctgcaaccaattccataccattcgcagcaatctgccgtcgtccaagatgacaacatgccatattca 13890557  T
Q  101 tcaacaaggccaaacttgaattgcaggagtgcctgcctctcactttgaatgcatctaacaacctcttttgaacaaacaag 180  Q
    ||   ||| |||  ||||||||| || ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  13890556 tcggtaagaccagccttgaattgaagaagtgcatgcctctcactttgaatgcatttaacaacctcttttgaacaaacaag 13890477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 1 - 216
Target Start/End: Original strand, 14087037 - 14087252
Alignment:
Q  1 aaggtcgagcataagcacatggccagtgatgttgtggcaaccaattccataccattggcagcaatcttcagttgtccaggatgacaacatgccaaatttg 100  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||| || ||||| ||||||| ||||||| ||       
T  14087037 aaggttgagcataagtacatggccagtgaggttgttgcaaccaattcccttccattggcagcaatcttctgtcgtccaagatgacagcatgccatatgga 14087136  T
Q  101 tcaacaaggccaaacttgaattgcaggagtgcctgcctctcactttgaatgcatctaacaacctcttttgaacaaacaagttggtatgcttgaaacaaca 200  Q
    |||  |||| ||  ||| ||||| || |||||   |||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| | |||| |||| ||    
T  14087137 tcagtaagggcagccttaaattgaagaagtgctgtcctctcactttgtatgcacctaacaacctcttttgaacaaacaagctggtctacttgcaacacca 14087236  T
Q  201 aacacatgagaaatat 216  Q
    || | |||||||||||    
T  14087237 aatatatgagaaatat 14087252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 13470572 - 13470360
Alignment:
Q  1 aaggtcgagcataagcacatggccagtgatgttgtggcaaccaattccataccattggcagcaatcttcagttgtccaggatgacaacatgccaaatttg 100  Q
    ||||| ||||||||  |||||  |||||| ||||  |||||||||||| | |||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||| | |      
T  13470572 aaggttgagcataattacatgatcagtgaggttgctgcaaccaattcccttccattggcagcaatcttctgtcgtccaagatgacaacatgccatagtca 13470473  T
Q  101 tcaacaaggccaaacttgaattgcaggagtgcctgcctctcactttgaatgcatctaacaacctcttttgaacaaacaagttggtatgcttgaaacaaca 200  Q
    |||| |||| ||  ||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| || ||||| | ||||||||||||||     |||||||| |||| ||    
T  13470472 tcaataagggcagccttgaattgaagaagtgcctgcctctcactttgtatgcacctgacaactttttttgaacaaacaa---aatatgcttgcaacacca 13470376  T
Q  201 aacacatgagaaatat 216  Q
    |||| |||||||||||    
T  13470375 aacagatgagaaatat 13470360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 1 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 13860669 - 13860450
Alignment:
Q  1 aaggtcgagcataagcacatggccagtgatgttgtggcaaccaattccataccattggcagcaatcttcagttgtccaggatgacaacatgc---caaat 97  Q
    ||||||||||||||  ||||| ||||| | ||||  |||||||||||| | |||||||||||||||||| || ||||| ||||||| ||||    || |     
T  13860669 aaggtcgagcataattacatgaccagttacgttgctgcaaccaattcccttccattggcagcaatcttctgtcgtccaagatgacagcatgttgtcatac 13860570  T
Q  98 ttgtcaacaaggccaaacttgaattgcaggagtgcctgcctctcactttgaatgcatctaacaacctcttttgaacaaacaagttggtatgcttgaaaca 197  Q
       |||  |||||||  ||||||||| || || ||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||  ||||| ||||    
T  13860569 acatcagtaaggccagccttgaattgtagaagcgcctgcctctcactttgtatgcacctaacaaactcttttgaacaaacaagctggtcagcttgcaaca 13860470  T
Q  198 acaaacacatgagaaatatg 217  Q
     |||||| ||||||||||||    
T  13860469 ccaaacatatgagaaatatg 13860450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Original strand, 14112888 - 14113109
Alignment:
Q  1 aaggtcgagcataagcacatggccagtgatgttgtggcaaccaattccataccattggcagcaatcttcagttgtccaggatgacaacatgc---caaat 97  Q
    ||||||||||||||  ||||| | ||||| ||||  |||||||||||| | |||||||||||||||||| ||  |||| ||||||| ||||    || |     
T  14112888 aaggtcgagcataattacatgacaagtgacgttgctgcaaccaattcccttccattggcagcaatcttctgtcctccaagatgacagcatgttgtcatac 14112987  T
Q  98 ttgtcaacaaggccaaacttgaattgcaggagtgcctgcctctcactttgaatgcatctaacaacctcttttgaacaaacaagttggtatgcttgaaaca 197  Q
       |||  |||||||  ||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||   ||| |||||| ||||    
T  14112988 acatcagtaaggccagccttgaattgtagaagtgcctgcctctcactttgtatgcacctaacagcctcttttgaacaaacaa---ggtctgcttgcaaca 14113084  T
Q  198 acaaacacatgagaaatatgatttg 222  Q
     |||| |||||||||||| ||||||    
T  14113085 ccaaagacatgagaaataggatttg 14113109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 101 - 216
Target Start/End: Original strand, 14000431 - 14000543
Alignment:
Q  101 tcaacaaggccaaacttgaattgcaggagtgcctgcctctcactttgaatgcatctaacaacctcttttgaacaaacaagttggtatgcttgaaacaaca 200  Q
    |||| |||||||  ||||||||| || ||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||| ||||||    || |||||| |||| ||    
T  14000431 tcaataaggccagccttgaattgaagaagtgctttcctctcactttgtatgcatctaacaacctcctttgaataaacaa---agtctgcttgcaacacca 14000527  T
Q  201 aacacatgagaaatat 216  Q
    |||| |||||||||||    
T  14000528 aacagatgagaaatat 14000543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University