View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4792-Insertion-4 (Length: 620)

Name: NF4792-Insertion-4
Description: NF4792
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4792-Insertion-4
NF4792-Insertion-4
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (8-620)||(46024176-46024777)
chr4 (271-620)||(46264842-46265191)
chr4 (8-279)||(46263411-46263684)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 555; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 555; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 620
Target Start/End: Complemental strand, 46024777 - 46024176
Alignment:
Q  8 gtttgtgtatcttattttaaaaacttcccaaagatatacacaatacaaggatcgatgaaaatatgaaaaatcttatgacgcacacaacattataattaga 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46024777 gtttgtgtatcttattttaaaaacttcccaaagatatacacaatacaaggatcgatgaaaatatgaaaaatcttatgacgcacacaacattataattaga 46024678  T
Q  108 tcgagaaataaaagcataaacttgtgtacatcaatcagatatatagcggcagcatgcatatgtaacatatatcagatatatagtgaacataaataaatta 207  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||           ||||||||||||||||||    
T  46024677 tcgagaaataaaagcataaatttgtgtacatcaatcagatatatagtggcagcatgcatatgtaacatata-----------gtgaacataaataaatta 46024589  T
Q  208 ataactggaaataaacaaaatgaagaagaatgaatacttaaaacatacttgtttaaggggttatttaattaattaacaatgagaattaagaagcgctgaa 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46024588 ataactggaaataaacaaaatgaagaagaatgaatacttaaaacatacttgtttaaggggttatttaattaattaacaatgagaattaagaagcgctgaa 46024489  T
Q  308 agaaggagcaacaacaacagaagaataaaccttagaatttccaaatgaaattccactacaccctgcagctgtagaaccttcatcatcaggaatagaacag 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  46024488 agaaggagcaacaacaacagaagaataaaccttagaatttccaaatgaaattccactacaccctgcagctgtagaaccttcatcatcaggaatagaacaa 46024389  T
Q  408 actatagtttcctcaacaatcgcgtcaagttggtcatttttccatggcatcatgacagtggaataaacagatgatgatgcagaaactgcatggttcttca 507  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  46024388 actatagtttcttcaacaatcgcgtcaagttggtcatttttccatggcatcatgacagtggaataaacagatgatgatgaagaaactgcatggttcttca 46024289  T
Q  508 tcattgcatgcttaagaagctgaaaagctctaggattcttccctaaaatgctgaaatcttgttcatgagtatttggaaagttagttttggcatttcttcc 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46024288 tcattgcatgcttaagaagctgaaaagctctaggattcttccctaaaatgctgaaatcttgttcatgagtatttggaaagttagttttggcatttcttcc 46024189  T
Q  608 tctaagaagcctt 620  Q
    |||||||||||||    
T  46024188 tctaagaagcctt 46024176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 326; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 271 - 620
Target Start/End: Original strand, 46264842 - 46265191
Alignment:
Q  271 tttaattaattaacaatgagaattaagaagcgctgaaagaaggagcaacaacaacagaagaataaaccttagaatttccaaatgaaattccactacaccc 370  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46264842 tttagttaattaacaatgagaattaagaagcgctgaaagaaggagcaacaacaacagaagaataaaccttagaatttccaaatgaaattccactacaccc 46264941  T
Q  371 tgcagctgtagaaccttcatcatcaggaatagaacagactatagtttcctcaacaatcgcgtcaagttggtcatttttccatggcatcatgacagtggaa 470  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  46264942 tgcagctgtagaaccttcatcatcaggaatagaacaaactatagtttcttcaacaatcgcgtcaagttggtcattttaccatggcatcatgacagtggaa 46265041  T
Q  471 taaacagatgatgatgcagaaactgcatggttcttcatcattgcatgcttaagaagctgaaaagctctaggattcttccctaaaatgctgaaatcttgtt 570  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46265042 taaacagatgatgattaagaaactgcatggttcttcatcattgcatgcttaagaagctgaaaagctctaggattcttccctaaaatgctgaaatcttgtt 46265141  T
Q  571 catgagtatttggaaagttagttttggcatttcttcctctaagaagcctt 620  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46265142 catgagtatttggaaagttagttttggcatttcttcctctaagaagcctt 46265191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 255; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 8 - 279
Target Start/End: Original strand, 46263411 - 46263684
Alignment:
Q  8 gtttgtgtatcttattttaaaaacttcccaaagatatacacaatacaaggatcgatgaaaatatgaaaaatcttatgacgcacacaacattataattaga 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46263411 gtttgtgtatcttattttaaaaacttcccaaagatatacacaatacaaggatcgatgaaaatatgaaaaatcttatgacgcacacaacattataattaga 46263510  T
Q  108 tcgagaaataaaagcataaacttgtgtacatcaatc--agatatatagcggcagcatgcatatgtaacatatatcagatatatagtgaacataaataaat 205  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46263511 tcgagaaataaaagcataaacttgtgtacatcaatcatatatatatagtggcagcatgcatatgtaacatatatcagatatatagtgaacataaataaat 46263610  T
Q  206 taataactggaaataaacaaaatgaagaagaatgaatacttaaaacatacttgtttaaggggttatttaattaa 279  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46263611 taataactggaaataaacaaaatgaagaagaatgaatacttaaaacatacttgtttaaggggttatttaattaa 46263684  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University