View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4793-Insertion-1 (Length: 1030)

Name: NF4793-Insertion-1
Description: NF4793
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4793-Insertion-1
NF4793-Insertion-1
[»] chr4 (23 HSPs)
chr4 (38-427)||(5195137-5195547)
chr4 (38-427)||(5181739-5182153)
chr4 (38-427)||(5159504-5159905)
chr4 (660-988)||(5159793-5160123)
chr4 (660-988)||(5195435-5195765)
chr4 (660-914)||(5182041-5182293)
chr4 (458-661)||(5195097-5195300)
chr4 (497-659)||(5181738-5181900)
chr4 (660-988)||(4842486-4842816)
chr4 (207-427)||(4842704-4842927)
chr4 (660-914)||(5172709-5172961)
chr4 (239-427)||(5172630-5172821)
chr4 (661-988)||(5213602-5213928)
chr4 (458-663)||(5159467-5159657)
chr4 (459-602)||(4843028-4843172)
chr4 (38-142)||(4843028-4843132)
chr4 (38-142)||(5172490-5172594)
chr4 (493-602)||(5172485-5172594)
chr4 (802-914)||(4857038-4857148)
chr4 (498-597)||(5212716-5212815)
chr4 (319-417)||(5213602-5213703)
chr4 (38-137)||(5212716-5212815)
chr4 (948-988)||(5172999-5173039)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 256; Significance: 1e-142; HSPs: 23)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 256; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 38 - 427
Target Start/End: Original strand, 5195137 - 5195547
Alignment:
Q  38 gcagatgttcaacatttgaaaaatttgaaaatgttaagtttaacctataatcaaatgaagggctcaattgaaggtatcaatactatcaaacataaataat 137  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  5195137 gcagatgttcaacatttgaaaaatttgaaaatgttaagtttaaacgataatcaaatgaacggctcaattgaaggtatcaatactaccaaacacaaataat 5195236  T
Q  138 taattcataactgcttcacgggatggttttggggatggattgttacaatgaagataacttttt-----------------aaataattaacaaaaacaat 220  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||                 |||||||||||||||||||     
T  5195237 taattcataattgcttcacgggatggttttggggatcgattgttacaatgaagataacttttttttttattttaaattttaaataattaacaaaaacaac 5195336  T
Q  221 gaaataagttaattaatgtatatattgatgccattggaaaagcttt-aagatttttatgataatgtcaatttttgtaaagatgacaggacatagttaatt 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5195337 gaaataagttaattaatgtatatattgacgccattggaaaaacttttaagatttttatgataatgtcaatttttgtaaagatgacaggacatagttaatt 5195436  T
Q  320 atgacatgactatgcaatttgaaggatttggtagaattggatatcagctataacatgttta-agc--aacttcccgagtgtttaagcaacttaacaaacc 416  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||  ||  ||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  5195437 atgacaggactatgcaattttaaggatttggtagaactggatatcagcaaaaacatgtttagtgctaaacttccagattgtttaagcaacttaacaaacc 5195536  T
Q  417 tcagagttctt 427  Q
    |||||||||||    
T  5195537 tcagagttctt 5195547  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 38 - 427
Target Start/End: Original strand, 5181739 - 5182153
Alignment:
Q  38 gcagatgttcaacatttgaaaaatttgaaaatgttaagtttaacctataatcaaatgaagggctcaattgaaggtatcaatactatcaaacataaataat 137  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||   ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  5181739 gcagatgttcaacatttgaaaaacttgaaaatgttaagtttaagaaataatcaaatgaacggctcaattgaaggtatcaatactaccaaacacaaataat 5181838  T
Q  138 taattcataactgcttcacgggatggttttggggatggattgttacaatgaagataactttt-----------------taaataattaacaaaaacaat 220  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                 ||||||||||||||||| |||    
T  5181839 taattcataattgcttcacgggatggttttggggatggattgttacaatgaagataacttttatattgattttaaattttaaataattaacaaaaagaat 5181938  T
Q  221 gaaataagttaattaatgtatatattgatgccattggaaaagcttt-aagatttttatgataatgtcaatttttgtaaagatgacaggacatagttaa-- 317  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||      
T  5181939 gaaataagttaattaatgtatatattgacgccattggaaaaacttttaagatttttatgataatgtcaatttttgtatagatgacaggacatagttaatt 5182038  T
Q  318 --ttatgacatgactatgcaatttgaaggatttggtagaattggatatcagctataacatgttta-agc--aacttcccgagtgtttaagcaacttaaca 412  Q
      |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||  ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5182039 aattatgacaggactatgcaatttgaaggatttggtagaattggatatcagctataacatgtttagtgctaaacttccagagtgtttaagcaacttaaca 5182138  T
Q  413 aacctcagagttctt 427  Q
    ||||| |||||||||    
T  5182139 aaccttagagttctt 5182153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 38 - 427
Target Start/End: Original strand, 5159504 - 5159905
Alignment:
Q  38 gcagatgttcaacatttgaaaaatttgaaaatgttaagtttaacctataatcaaatgaagggctcaattgaaggtatcaatactatcaaacataaataat 137  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||||    
T  5159504 gcagatgttcaacatttgaaaaacttgaaaatgttaactttaagctataatcaaatgaacggctcaattgaaggtatgaatactaccaaacacaaataat 5159603  T
Q  138 taattcataactgcttcacgggatggttttggggatggattgttacaatgaagataacttttt-----------------aaataattaacaaaaacaat 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||                 ||||||||||||||||||||    
T  5159604 taattcataactgcttcacgggatgg------------attgttacaatgaagataacttttttattgattttaaattttaaataattaacaaaaacaat 5159691  T
Q  221 gaaataagttaattaatgtatatattgatgccattggaaaagctttaagatttttatgataatgtcaatttttgtaaagatgacaggacatag----tta 316  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||    
T  5159692 gaaataagttaattaatgtatatattgacgccattggaaaaactttaagatttttatgataatgtcaatttttgtaaagatgacaggacatagttaatta 5159791  T
Q  317 attatgacatgactatgcaatttgaaggatttggtagaattggatatcagctataacatgttta-agc--aacttcccgagtgtttaagcaacttaacaa 413  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||  ||  || |||| ||||||||||||||||||||||    
T  5159792 attatgacaggactatgcaatttgaaggatttggtagaactggatatcagccagaacatgtttagtgctaaatttcctgagtgtttaagcaacttaacaa 5159891  T
Q  414 acctcagagttctt 427  Q
    ||||||||||||||    
T  5159892 acctcagagttctt 5159905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 153; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 660 - 988
Target Start/End: Original strand, 5159793 - 5160123
Alignment:
Q  660 ttatgacaggactatgcaatttaaaggatttggtagaactggatatcagctgtaacatgtttggtgctaaacttcctgagtgtttaaggaacttaaacaa 759  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||    
T  5159793 ttatgacaggactatgcaatttgaaggatttggtagaactggatatcagccagaacatgtttagtgctaaatttcctgagtgtttaagcaactt-aacaa 5159891  T
Q  760 acctcagagttcttgaacttagccataatctattcagcggagattttccatccttcacctaccaatctcacatctctgggatacttatccttctatggaa 859  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| ||| | |||||||| ||||  || |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  5159892 acctcagagttcttgaacttagtaataatctgttcagtggaaagtttccatctttca-ttagcaatctcacatcactggcatacttatccttctatggaa 5159990  T
Q  860 attacatggaaggatcattttcattgactactttggctaatcacaccaatcttcaagtggctatata-ttcatcaca----agtattggagcccacattg 954  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||  |||||||| | ||  ||||||| ||||||| |    | ||||||||   ||||||    
T  5159991 attacatgcaaggatcattttcattgagcactttggctaatcattccaatcttgaggt-tctatatatttcatcaaaaaacaatattggagtagacattg 5160089  T
Q  955 aaactgaaaaaataaaggggtttcctaaatttca 988  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  5160090 aaactgaaaaaacaaagtggtttcctaaatttca 5160123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 153; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 660 - 988
Target Start/End: Original strand, 5195435 - 5195765
Alignment:
Q  660 ttatgacaggactatgcaatttaaaggatttggtagaactggatatcagctgtaacatgtttggtgctaaacttcctgagtgtttaaggaacttaaacaa 759  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||   ||||||||| ||||||||||||| || |||||||| ||||| |||||    
T  5195435 ttatgacaggactatgcaattttaaggatttggtagaactggatatcagcaaaaacatgtttagtgctaaacttccagattgtttaagcaactt-aacaa 5195533  T
Q  760 acctcagagttcttgaacttagccataatctattcagcggagattttccatccttcacctaccaatctcacatctctgggatacttatccttctatggaa 859  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||| ||| |||||||||| ||||  || |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  5195534 acctcagagttcttgaacttagtaataatctgttcagtggaaattttccatctttca-ttagcaatctcacatcactggcatacttatccttctatggaa 5195632  T
Q  860 attacatggaaggatcattttcattgactactttggctaatcacaccaatcttcaagtggctatata-ttcatcaca----agtattggagcccacattg 954  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||  |||||||| | ||  ||||||| ||||||| |    | ||||||||   ||||||    
T  5195633 attacatgcaaggatcattttcattgagcactttggctaatcattccaatcttgaggt-tctatatatttcatcaaaaaacaatattggagtagacattg 5195731  T
Q  955 aaactgaaaaaataaaggggtttcctaaatttca 988  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  5195732 aaactgaaaaaacaaagtggtttcctaaatttca 5195765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 151; E-Value: 2e-79
Query Start/End: Original strand, 660 - 914
Target Start/End: Original strand, 5182041 - 5182293
Alignment:
Q  660 ttatgacaggactatgcaatttaaaggatttggtagaactggatatcagctgtaacatgtttggtgctaaacttcctgagtgtttaaggaacttaaacaa 759  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||    
T  5182041 ttatgacaggactatgcaatttgaaggatttggtagaattggatatcagctataacatgtttagtgctaaacttccagagtgtttaagcaactt-aacaa 5182139  T
Q  760 acctcagagttcttgaacttagccataatctattcagcggagattttccatccttcacctaccaatctcacatctctgggatacttatccttctatggaa 859  Q
    |||| |||||||||||||||||  ||||||| ||||| ||| |||||||||| ||||  || |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  5182140 accttagagttcttgaacttagtaataatctgttcagtggaaattttccatctttca-ttagcaatctcacatcactggcatacttatccttctatggaa 5182238  T
Q  860 attacatggaaggatcattttcattgactactttggctaatcacaccaatcttca 914  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| | ||||||||    
T  5182239 attacatgcaaggatcattttcattgagcactttggctaatcactcaaatcttca 5182293  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 148; E-Value: 1e-77
Query Start/End: Original strand, 458 - 661
Target Start/End: Original strand, 5195097 - 5195300
Alignment:
Q  458 aattatatctctaactatttactcttttttctatctttttgcagatgttcaacatttgaaaaatttgaaaatcttaagtttaagcaagaatcaaatgaac 557  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||| | |  || ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | | ||||||||||||    
T  5195097 aattatatctctaactatgtactctctttttttttcttctgcagatgttcaacatttgaaaaatttgaaaatgttaagtttaaacgataatcaaatgaac 5195196  T
Q  558 ggctcaattgaaggtatcaatactaccaaacacaaataattaattcataactgcttcacaggatggttttggggatggattgttacaatgaagataactt 657  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5195197 ggctcaattgaaggtatcaatactaccaaacacaaataattaattcataattgcttcacgggatggttttggggatcgattgttacaatgaagataactt 5195296  T
Q  658 tttt 661  Q
    ||||    
T  5195297 tttt 5195300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 139; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 497 - 659
Target Start/End: Original strand, 5181738 - 5181900
Alignment:
Q  497 tgcagatgttcaacatttgaaaaatttgaaaatcttaagtttaagcaagaatcaaatgaacggctcaattgaaggtatcaatactaccaaacacaaataa 596  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5181738 tgcagatgttcaacatttgaaaaacttgaaaatgttaagtttaagaaataatcaaatgaacggctcaattgaaggtatcaatactaccaaacacaaataa 5181837  T
Q  597 ttaattcataactgcttcacaggatggttttggggatggattgttacaatgaagataactttt 659  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5181838 ttaattcataattgcttcacgggatggttttggggatggattgttacaatgaagataactttt 5181900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 137; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 660 - 988
Target Start/End: Complemental strand, 4842816 - 4842486
Alignment:
Q  660 ttatgacaggactatgcaatttaaaggatttggtagaactggatatcagctgtaacatgtttggtgctaaacttcctgagtgtttaaggaacttaaacaa 759  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||   ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  4842816 ttatgacaggactatgcaatttgaaggatttggaagaactggatatcagcaaaaacatgtttggggctaaacttcctgagtgtttaagtaactt-aacaa 4842718  T
Q  760 acctcagagttcttgaacttagccataatctattcagcggagattttccatccttcacctaccaatctcacatctctgggatacttatccttctatggaa 859  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||| ||| | ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||  || ||||||  |||||| ||    
T  4842717 acctcagaattcttgaccttagccataatctgttcggtggaaattttccatccttca-ctaccaatctcacatccttgacattcttatcactctatgaaa 4842619  T
Q  860 attacatggaaggatcattttcattgactactttggctaatcacaccaatcttcaagtggctatata-ttcatc----acaagtattggagcccacattg 954  Q
    |||||||| |||||||||||||| | |  | ||||||||||||| ||||||||| ||   ||||||| ||||||    |  ||||||||||  |||||||    
T  4842618 attacatgcaaggatcattttcacttatcaatttggctaatcactccaatcttc-agcatctatatatttcatctaaaaacagtattggagtacacattg 4842520  T
Q  955 aaactgaaaaaataaaggggtttcctaaatttca 988  Q
    |||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  4842519 aaactgaaaaaacaaagtggtttcctaaatttca 4842486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 130; E-Value: 8e-67
Query Start/End: Original strand, 207 - 427
Target Start/End: Complemental strand, 4842927 - 4842704
Alignment:
Q  207 ttaacaaaaacaatgaaataagttaattaatgtatatattgatgccattggaaaagctttaagatttttatgataatgtcaatttttgtaaagatgacag 306  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||||| |    
T  4842927 ttaacaaaaacaatgaaataagtaaattaatttatatattgagtccattggaaaaactttaagatttttatgataatgttaattttttgaaagatgaccg 4842828  T
Q  307 gacatagttaattatgacatgactatgcaatttgaaggatttggtagaattggatatcagctataacatgtttaag---caacttcccgagtgtttaagc 403  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||| | |||||||||  |    ||||||| |||||||||||     
T  4842827 gacatagttaattatgacaggactatgcaatttgaaggatttggaagaactggatatcagcaaaaacatgtttggggctaaacttcctgagtgtttaagt 4842728  T
Q  404 aacttaacaaacctcagagttctt 427  Q
    |||||||||||||||||| |||||    
T  4842727 aacttaacaaacctcagaattctt 4842704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 127; E-Value: 5e-65
Query Start/End: Original strand, 660 - 914
Target Start/End: Original strand, 5172709 - 5172961
Alignment:
Q  660 ttatgacaggactatgcaatttaaaggatttggtagaactggatatcagctgtaacatgtttggtgctaaacttcctgagtgtttaaggaacttaaacaa 759  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  5172709 ttatgacaggactatgcaatttgaaggatttggtagaactggatatcagcaaaaacatgtttggggctaaacttcctgagtgtttaagtaactt-aacaa 5172807  T
Q  760 acctcagagttcttgaacttagccataatctattcagcggagattttccatccttcacctaccaatctcacatctctgggatacttatccttctatggaa 859  Q
    |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||  ||  |||||||||||  ||  || ||||||  |||||| ||    
T  5172808 acctcagaattcttgaccttagccataatctattcagtggaaattttccatccttca-ttagtaatctcacatccttgacattcttatcactctatgaaa 5172906  T
Q  860 attacatggaaggatcattttcattgactactttggctaatcacaccaatcttca 914  Q
    |||||||| |||||||||||||| | |  | ||||||||||||| ||||||||||    
T  5172907 attacatgcaaggatcattttcacttatcattttggctaatcactccaatcttca 5172961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 118; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 239 - 427
Target Start/End: Original strand, 5172630 - 5172821
Alignment:
Q  239 tatatattgatgccattggaaaagctttaagatttttatgataatgtcaatttttgtaaagatgacaggacatagttaattatgacatgactatgcaatt 338  Q
    ||||||||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  5172630 tatatattgagtccattggaaaaactttaagatttttatgataatgtcaatttttgtaaagataactggacatagttaattatgacaggactatgcaatt 5172729  T
Q  339 tgaaggatttggtagaattggatatcagctataacatgtttaag---caacttcccgagtgtttaagcaacttaacaaacctcagagttctt 427  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||  |    ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||    
T  5172730 tgaaggatttggtagaactggatatcagcaaaaacatgtttggggctaaacttcctgagtgtttaagtaacttaacaaacctcagaattctt 5172821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 118; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 661 - 988
Target Start/End: Original strand, 5213602 - 5213928
Alignment:
Q  661 tatgacaggactatgcaatttaaaggatttggtagaactggatatcagctgtaacatgtttggtgctaaacttcctgagtgtttaaggaacttaaacaaa 760  Q
    |||||||||||||||||| || |||||||||||||| || |||||||||| |||||||||| | ||  ||||||| ||||||||||| ||||||| ||||    
T  5213602 tatgacaggactatgcaaattgaaggatttggtagagctagatatcagctataacatgtttagcgcgcaacttcccgagtgtttaagcaacttaa-caaa 5213700  T
Q  761 cctcagagttcttgaacttagccataatctattcagcggagattttccatccttcacctaccaatctcacatctctgggatacttatccttctatggaaa 860  Q
    ||| |  ||||||||||||||| ||||| | ||||| ||| |||||||||||||||  ||  ||||||||||| |||| |||||||||| ||| ||||||    
T  5213701 cctgaatgttcttgaacttagctataatttgttcagtggaaattttccatccttcat-tagtaatctcacatcactggcatacttatccctctttggaaa 5213799  T
Q  861 ttacatggaaggatcattttcattgactactttggctaatcacaccaatcttcaagtggctatata-ttcatcac-aagtattggagcccacattgaaac 958  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||| || ||   ||||||| |||||||| ||| ||||| ||  ||||||||||    
T  5213800 ttacatgcaaggatcattttcattgagcactttggctaatcactccaatc-tccagcatctatatatttcatcacaaagcattggtgcaaacattgaaac 5213898  T
Q  959 tgaaaaaataaaggggtttcctaaatttca 988  Q
    |||||| | |||| |||| || ||||||||    
T  5213899 tgaaaagacaaagtggttacccaaatttca 5213928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 111; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 458 - 663
Target Start/End: Original strand, 5159467 - 5159657
Alignment:
Q  458 aattatatctctaactatttactcttttttctatctttttgcagatgttcaacatttgaaaaatttgaaaatcttaagtttaagcaagaatcaaatgaac 557  Q
    |||||||||||||||||| |||||| |||| |   ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||| | ||||||||||||    
T  5159467 aattatatctctaactatgtactctctttttt---tttctgcagatgttcaacatttgaaaaacttgaaaatgttaactttaagctataatcaaatgaac 5159563  T
Q  558 ggctcaattgaaggtatcaatactaccaaacacaaataattaattcataactgcttcacaggatggttttggggatggattgttacaatgaagataactt 657  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5159564 ggctcaattgaaggtatgaatactaccaaacacaaataattaattcataactgcttcac------------gggatggattgttacaatgaagataactt 5159651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 97; E-Value: 4e-47
Query Start/End: Original strand, 459 - 602
Target Start/End: Complemental strand, 4843172 - 4843028
Alignment:
Q  459 attatatctctaactatttactcttttttctatcttttt-gcagatgttcaacatttgaaaaatttgaaaatcttaagtttaagcaagaatcaaatgaac 557  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||| | |||||||||||     
T  4843172 attatatctctaactatgtactcttttttctttcttttttgcagatgttcaacatttgaaaaacttgaaaatgttaaggttaagcgataatcaaatgaag 4843073  T
Q  558 ggctcaattgaaggtatcaatactaccaaacacaaataattaatt 602  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  4843072 ggctcaattgaaggtatcaatactatcaaacataaataattaatt 4843028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 38 - 142
Target Start/End: Complemental strand, 4843132 - 4843028
Alignment:
Q  38 gcagatgttcaacatttgaaaaatttgaaaatgttaagtttaacctataatcaaatgaagggctcaattgaaggtatcaatactatcaaacataaataat 137  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4843132 gcagatgttcaacatttgaaaaacttgaaaatgttaaggttaagcgataatcaaatgaagggctcaattgaaggtatcaatactatcaaacataaataat 4843033  T
Q  138 taatt 142  Q
    |||||    
T  4843032 taatt 4843028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 89; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 38 - 142
Target Start/End: Original strand, 5172490 - 5172594
Alignment:
Q  38 gcagatgttcaacatttgaaaaatttgaaaatgttaagtttaacctataatcaaatgaagggctcaattgaaggtatcaatactatcaaacataaataat 137  Q
    |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5172490 gcagatgttcaacacttgaaaaaattgaaaatgttaagtttaagctataatcaaatgaacggctcaattgaaggtatcaatactatcaaacataaataat 5172589  T
Q  138 taatt 142  Q
    |||||    
T  5172590 taatt 5172594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 82; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 493 - 602
Target Start/End: Original strand, 5172485 - 5172594
Alignment:
Q  493 tttttgcagatgttcaacatttgaaaaatttgaaaatcttaagtttaagcaagaatcaaatgaacggctcaattgaaggtatcaatactaccaaacacaa 592  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||    
T  5172485 tttttgcagatgttcaacacttgaaaaaattgaaaatgttaagtttaagctataatcaaatgaacggctcaattgaaggtatcaatactatcaaacataa 5172584  T
Q  593 ataattaatt 602  Q
    ||||||||||    
T  5172585 ataattaatt 5172594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 69; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 802 - 914
Target Start/End: Complemental strand, 4857148 - 4857038
Alignment:
Q  802 attttccatccttcacctaccaatctcacatctctgggatacttatccttctatggaaattacatggaaggatcattttcattgactactttggctaatc 901  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  4857148 attttccatccttcac-taccaatctcacatctcttgcatact-atccatctatggaaattacatgcaaggatcattttcattgaccactttggctaatc 4857051  T
Q  902 acaccaatcttca 914  Q
    || | ||||||||    
T  4857050 actcaaatcttca 4857038  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 498 - 597
Target Start/End: Original strand, 5212716 - 5212815
Alignment:
Q  498 gcagatgttcaacatttgaaaaatttgaaaatcttaagtttaagcaagaatcaaatgaacggctcaattgaaggtatcaatactaccaaacacaaataat 597  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||||  |||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  5212716 gcagatgttcaacatttgagaaacttgaaaatgctaagtttatgcaacaatcaaatgaacggctcacttgaaggtattaatattaccaaacacaaataat 5212815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 64; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 319 - 417
Target Start/End: Original strand, 5213602 - 5213703
Alignment:
Q  319 tatgacatgactatgcaatttgaaggatttggtagaattggatatcagctataacatgttta---agcaacttcccgagtgtttaagcaacttaacaaac 415  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5213602 tatgacaggactatgcaaattgaaggatttggtagagctagatatcagctataacatgtttagcgcgcaacttcccgagtgtttaagcaacttaacaaac 5213701  T
Q  416 ct 417  Q
    ||    
T  5213702 ct 5213703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 48; E-Value: 7e-18
Query Start/End: Original strand, 38 - 137
Target Start/End: Original strand, 5212716 - 5212815
Alignment:
Q  38 gcagatgttcaacatttgaaaaatttgaaaatgttaagtttaacctataatcaaatgaagggctcaattgaaggtatcaatactatcaaacataaataat 137  Q
    ||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||  | | ||||||||||| |||||| |||||||||| |||| || |||||| |||||||    
T  5212716 gcagatgttcaacatttgagaaacttgaaaatgctaagtttatgcaacaatcaaatgaacggctcacttgaaggtattaatattaccaaacacaaataat 5212815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 948 - 988
Target Start/End: Original strand, 5172999 - 5173039
Alignment:
Q  948 cacattgaaactgaaaaaataaaggggtttcctaaatttca 988  Q
    ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||    
T  5172999 cacattgaaactgaaaaaacaaagtggtttcctaaatttca 5173039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University