View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4793-Insertion-4 (Length: 870)

Name: NF4793-Insertion-4
Description: NF4793
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4793-Insertion-4
NF4793-Insertion-4
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (8-853)||(1836441-1837295)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 705; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 705; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 853
Target Start/End: Complemental strand, 1837295 - 1836441
Alignment:
Q  8 acatttgcatccatgtaggaggagaatccataggcgaatcattaatcgcttgaatttgacttggagagagtctgaccctcagaggcgccaccgcatcagt 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1837295 acatttgcatccatgtaggaggagaatccataggcgaatcgttaatcgcttgaatttgacttggagagagtctgaccctcagaggcgccaccgcatcagt 1837196  T
Q  108 ggaactggctgagc---ctgttccactgttgttatctggtggcgccaacatgttgg------ctctcaacctcaaggcggcttcatgtgctgccattcga 198  Q
    ||||||||||||||   |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1837195 ggaactggctgagcagcctgttccactgttgttatctagtggcgccaacatgttggtgttggctctcaacctcaaggcggcttcatgtgctgccattcga 1837096  T
Q  199 atgtggtcagcattgttgcttagaggacgaggaagagtgtttgcaagttccgggaaattgagcctggcttcacgtcccctgaaatgcaaggcagctacgt 298  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1837095 atgtggtcagcattgttgcttagaggacgaggaagagtgtttgcaagttccgggaaattgagcctggcttcacgtcccctgaaatgcaaggcagctacgt 1836996  T
Q  299 cgtatgcagccgctgccatctctggtgtctcgaaacttcctaaccagattcttgttttggtgccgggctcacgaatttcggaaacccatttaccccattt 398  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  1836995 cgtatgcagccgctgccatctctggtgtctcgaaacttcctaaccagattcttgttttggtgccgggctcgcgaatttcggaaacccatttaccccattt 1836896  T
Q  399 tctcttacggactcctctgtatgcagaactagcagcaccacttgaagacattgttcatgcaaattaagtatagtttttatcgaaatataattatgtccat 498  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  1836895 tctcttacggactcctctgtatgcagaactagcagcaccacttgaagacattgttcatgcaaattaagtatagtttttatcgaaatatatttatgtcaat 1836796  T
Q  499 gttagttggtacttgatattgatactttctagtgagaaattttgtctatgccatagaaaggtatttatagatattgtgattgtgcgtacctagctttcag 598  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1836795 gttagttggtacttgatattgttactttctagtgagaaattttgtctatgccatagaaaggtatttatagatattgtgattgtgcgtacctagctttcag 1836696  T
Q  599 gtgaaactctttggaagtgagtttcctcgtaggtgcacaaaatttgtgtttgtatgtgctgctacac-nnnnnnnnnnacttagtttatttaattgtgaa 697  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           ||||||||||||||||||||||    
T  1836695 gtgaaactctttggaagtgagtttcctcgtaggtgcacaaaatttgtgtttgtatgtgctgctacactttttttttttacttagtttatttaattgtgaa 1836596  T
Q  698 aatgcttatgtgccatttagcacggatcagatttttatattgtacattaaatgttgactgaaagtgaaattacgagcatgtcaattaatgttacagtgac 797  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |||||||  ||||||||||| ||||||    
T  1836595 aatgcttatgtgcaatttagcacggatgagatttttatattgtatattaaatgttgattgaaagtgaaattaagagcatggtaattaatgttagagtgac 1836496  T
Q  798 atgtgtgtgacccctttttgaacttgaaattatgggaatggattggcccaaggttt 853  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
T  1836495 atgtgtgtgaccac-ttttgaacttgaaattatgggaatggattggcgcaatgttt 1836441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University