View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4793-Insertion-9 (Length: 771)

Name: NF4793-Insertion-9
Description: NF4793
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4793-Insertion-9
NF4793-Insertion-9
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-761)||(37547076-37547829)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 711; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 711; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 761
Target Start/End: Original strand, 37547076 - 37547829
Alignment:
Q  8 gcatgtgcactttcttttgtcggtggagttgcaatggctcaataagtggtggtttctcttcttacgtacactatgcaaacaattattctcccaatgcacg 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37547076 gcatgtgcactttcttttgtcggtggagttgcaatggctcaataagtggtggtttctcttcttacgtacactatgcaaacaattattctcccaatgcacg 37547175  T
Q  108 tttgtagttagctagaaaaaatgaaaagtgatttgtgcggatgggcgcagaaactacataatatctattggaacaacttcatccaacctaagttgatagg 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37547176 tttgtagttagctagaaaaaatgaaaagtgatttgtgcggatgggcgcagaaactacataatatctattggaacaacttcatccaacctaagttgatagg 37547275  T
Q  208 gttaagggatcacaactttaataaatatttcatcaagaagttgggatggggagtggggggactaagcctaatgttctttaggtccaggtctttcctaagt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37547276 gttaagggatcacaactttaataaatatttcatcaagaagttgggatggggagtggggggactaagcctaatgttctttaggtccaggtctttcctaagt 37547375  T
Q  308 aagtatgaggtttgaaggtagaacttactctat-taatattttgatcattaaaatatatctaccacactcatacttagagtaagttctacattcaattat 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  37547376 aagtatgaggtttgaaggtagaacttactctatataatattctgatcattataatatatctaccacactcatacttaaagtaagttctacattcaattat 37547475  T
Q  407 tcagaggtttgaaggtagaacttactctatataatattatgaaattttcttaaaaggtaccaaatggaggtgatccaatttagaagcatgttcctcttgt 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37547476 tcagaggtttgaaggtagaacttactctatataatattatgaaattttcttaaaaggtaccaaatggaggtgatccaatttagaagcatgttcctcttgt 37547575  T
Q  507 ggaatattcttaaaaattaaaaatgaatttaggcttaacatatattgtgcatcctccagtttgtgtcctatatctctagtatattacccaaaactacgtt 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37547576 ggaatattcttaaaaattaaaaatgaatttaggcttaacatatattgtgcatcctccagtttgtgtcctatatctctagtatattacccaaaactacgtt 37547675  T
Q  607 acatgcacttcgagactgcgagaaggttgtgtaaacttgggagttggatttcgtataatattgattgcgatcgggtaataaatgtgaatgttagttggtc 706  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||     
T  37547676 acatgcacttcgagactgcgagaatgttgtgtaaacttgggagttggatttcgtataatattgattgcgatcgggtaatggatgtgaatgttagttggt- 37547774  T
Q  707 cctatttgattttatcatatcccccatttggtttgaaagaaataacggaagtgat 761  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37547775 cctatttgattttatcatatcctccatttggtttgaaagaaataacggaagtgat 37547829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University