View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4795_low_1 (Length: 673)

Name: NF4795_low_1
Description: NF4795
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4795_low_1
NF4795_low_1
[»] chr4 (13 HSPs)
chr4 (17-673)||(35252820-35253497)
chr4 (17-349)||(35240568-35240900)
chr4 (125-569)||(35270789-35271242)
chr4 (49-575)||(35246229-35246773)
chr4 (476-570)||(35241041-35241135)
chr4 (41-408)||(35286411-35286784)
chr4 (464-576)||(35283327-35283439)
chr4 (464-576)||(35277813-35277928)
chr4 (81-237)||(35277398-35277554)
chr4 (103-225)||(35282967-35283089)
chr4 (476-567)||(35286869-35286963)
chr4 (151-238)||(35237675-35237762)
chr4 (207-253)||(35275093-35275139)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 544; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 544; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 673
Target Start/End: Original strand, 35252820 - 35253497
Alignment:
Q  17 caaccacctcgtatacttttatagttttaataggttcaactatgactgagtctaactgtataacctctgtaacatttacttaaacagagatatagatggg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  35252820 caaccacctcgtatacttttatagttttaataggttcaactatgactgagtctaactgtataacctctgtaacatttacttaa-cagagatatagatggg 35252918  T
Q  117 actcaatgatcataatagaagcgcagggaagtgtttacctgaaaaccagcaacaactaacacattagggtatcgaggatggaatatgacagactgaaaca 216  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  35252919 acttaatgatcataatagaagcgcagggaagtgtttacctgaaaaccagcaacaactaagacgttagggtatcgaggatggaatatgacagactgaaacc 35253018  T
Q  217 tcttcccgtttgattgatactcgaatatgcatcgtctgtccgaccagacacgtacttcatcttcactgacagaggcaatcatatttccagtgacatccaa 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||    
T  35253019 tcttcccgtttgattgatactcgaatatgcatcgtctgtccgaccagacacgtacttcatcttcactgacagaggcaatcatattcccagtgacgtccaa 35253118  T
Q  317 acatatggaattgatgtctttgacgtgtccctaatatcgaatgagaatcagagtcatggtgcagtaataatagagtcatgatacacaacttatatatgat 416  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||    
T  35253119 acatatggaattgatgtctttgacgtgtccctaatatcgaatgagaatcagagacacggtgcagtaataatagtatcatgatacacaacttatatatgat 35253218  T
Q  417 atgtgaagctcacctgaagttggtcaataacaaccatagtcggagtatcaattatggtaataacatttcgattagcaactgccaaaagcttccctgatcc 516  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35253219 atgtgaagctcacctgaagttggtcaataacaaccatagtcggagtatcaattatggtaataacatttcgattagcaactgccaaaagcttccctgatcc 35253318  T
Q  517 aggctgaaatctcactaggcttcctgtctgaaattcatttttatacaagtcattttactccgtgattctgttttgaatactataaaag------------ 604  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||                
T  35253319 aggctgaaatctcactaggcttcctgcctgaaattcatttttatacaagtcattttactctgtgattctgttttgaatactttaaaagatgagttttgaa 35253418  T
Q  605 ----------atgagtttaagactaaccttaaattcgttaactatgacattcttatggagatcccatactttaattaca 673  Q
              |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35253419 tactgcaaaaatgagtttaagactaaccttaaattcgttaactaagacattcttatggagatcccatactttaattaca 35253497  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 17 - 349
Target Start/End: Original strand, 35240568 - 35240900
Alignment:
Q  17 caaccacctcgtatacttttatagttttaataggttcaactatgactgagtctaactgtataacctctgtaacatttacttaaacagagatatagatggg 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  35240568 caaccacctcgtatacttttatagttttaataggttcaactatgactgagtctaactgta--acctctgtaacatttacttaaacggagatatagatggg 35240665  T
Q  117 actcaatgatcata--atagaagcgcagggaagtgtttacctgaaaaccagcaacaactaacacattagggtatcgaggatggaatatgacagactgaaa 214  Q
    || |||  ||||||  ||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| || | ||| ||||||||||||||||||| |||||||||    
T  35240666 acacaacaatcatataatagaagcagagggaagagtttacctgaaaaccagcaacaactaagacgtcaggatatcgaggatggaatatgatagactgaaa 35240765  T
Q  215 catcttcccgtttgattgatactcgaatatgcatcgtctgtccgaccagacacgtacttcatcttcactgacagaggcaatcatatttccagtgacatcc 314  Q
    | ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  35240766 cctcttcccgtctgattgatactcgaatatgcattgtccgtccgaccagacacgtacatcatcttcactgacagaggcaatcatattcccagtgacatcc 35240865  T
Q  315 aaacatatggaattgatgtctttgacgtgtcccta 349  Q
     ||||||||||||| |||||||||||||| |||||    
T  35240866 caacatatggaatttatgtctttgacgtgacccta 35240900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 164; E-Value: 3e-87
Query Start/End: Original strand, 125 - 569
Target Start/End: Original strand, 35270789 - 35271242
Alignment:
Q  125 atcataatagaagcgcagggaagtgtttacctgaaaaccagcaacaactaacacattagggtatcgaggatggaatatgacagactgaaacatcttcccg 224  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| | ||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||     
T  35270789 atcataatggaagcggagggaagtgtttacctgaaaacaaccaataactaagacgttagggtatcgaggatggaatatgacggactgaaacctcttccca 35270888  T
Q  225 tttgattgatactcgaatatgca-tcgtctgt-----ccgaccagacacgtacttcatcttcactgacagaggcaatcatatttccagtgacatccaaac 318  Q
    |||||| |||||||  ||||| | || |   |     | ||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||    
T  35270889 tttgatggatactcatatatggactctttcataaaaactgacaaaacacgtacatcatcttcactgacagaggcaatcatattcccagtggcatcccaac 35270988  T
Q  319 atatggaattgatgtctttgacgtgtccctaatatcgaatgagaatcagagtcatggtgcagtaataatagagtcatgatacacaacttatatatgatat 418  Q
    |||| || || || |||||||||||||||||||   |||||||| ||||| |||||||| ||||||| | | ||||||||||||| ||||||||||||||    
T  35270989 atatagacttaatttctttgacgtgtccctaattaggaatgagattcagattcatggtgaagtaatactggtgtcatgatacacagcttatatatgatat 35271088  T
Q  419 gtgaagctcacctgaagttggtcaataacaaccatagtcggagtatcaattatggtaataacatttcgattagcaactgccaaaagcttccctgatccag 518  Q
    |||||||||||||||| || ||  | ||||  || |  | |||||| || |||||| ||||||||| |||||||||||||||||| | |||| |||||||    
T  35271089 gtgaagctcacctgaaatttgtggaaaacactcaaatcctgagtattaaatatggttataacattttgattagcaactgccaaaaacgtcccagatccag 35271188  T
Q  519 gctgaaatctcactaggctt---cctgtctgaaattcatttttatacaagtcat 569  Q
    |||||||||||||| | |||   |||  ||||||||||| ||||||||||||||    
T  35271189 gctgaaatctcacttgccttccaccttcctgaaattcatgtttatacaagtcat 35271242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 49 - 575
Target Start/End: Original strand, 35246229 - 35246773
Alignment:
Q  49 ggttcaactatgactgagtctaactgtataacctctgtaacatttacttaaacagagatatagatgggactcaatgatcataatagaagcgcagggaagt 148  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||| |||||||||  ||||||||||||| || ||  ||||||||||| |||  ||| ||||    
T  35246229 ggttcaactatgactgagtctaagtgta--acctctgtaacagttacttaaatggagatatagatggcacacac-gatcataatagtagcagaggaaagt 35246325  T
Q  149 gtttacctgaaaaccagcaacaactaacacattagggtatcgaggatggaatatgacagactgaaacatcttcccgtttgattgatactcgaatatgcat 248  Q
     ||||||||||||||| ||| |||||| ||   |||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||| ||||||   | ||||||    
T  35246326 atttacctgaaaaccaccaataactaagacgccagggtatcgaggatggaatatgacagactgaaacctgttcccatttgatggatacttatacatgcat 35246425  T
Q  249 cgtct---------gtccgaccagacacgtacttcatcttcactgacagaggcaatcatatttccagtgacatccaaacatatggaattgatgtctttga 339  Q
     || |           ||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||| |||| ||||||| ||||||||||     
T  35246426 tgtttcaccataaaaaccgaccaaacacgtacatcatcttcagtgacagaggcaatcattttaccagtgacatcccaacacatggaatagatgtctttgg 35246525  T
Q  340 cgtgtccctaatatcgaatgagaatcagagt---------catggtgcagtaataatagagtcatgatacacaacttatatatgatatgtgaagctcacc 430  Q
     ||||||||||||  ||| |||| |||||||          || ||||||||||| ||| | |||||| ||||||||||||| ||||| |||| ||||||    
T  35246526 tgtgtccctaatagggaacgagattcagagtttcagacagaattgtgcagtaatactagtgccatgattcacaacttatatacgatatttgaaactcacc 35246625  T
Q  431 tgaag-ttggtcaataacaaccatagtcggagtatcaattatggtaataacatttcgattagcaactgccaaaagcttccctgatccaggctgaaatctc 529  Q
    ||||| ||| ||   ||||     |  |     ||||  |||||| ||||||||| ||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||    
T  35246626 tgaagattgatc-cgaacattgggatcctttaaatcatgtatggtgataacattttgattagcaactgccaaatgcctcccagatccaggctgaaatctc 35246724  T
Q  530 actaggctt---cctgtctgaaattcatttttatacaagtcattttact 575  Q
    |||||||||   |||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||    
T  35246725 actaggcttccacctgcctgcaattcatttttatacaagtcattgtact 35246773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 83; E-Value: 6e-39
Query Start/End: Original strand, 476 - 570
Target Start/End: Original strand, 35241041 - 35241135
Alignment:
Q  476 ataacatttcgattagcaactgccaaaagcttccctgatccaggctgaaatctcactaggcttcctgtctgaaattcatttttatacaagtcatt 570  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  35241041 ataacattttgattagctactgccaaaagcttccctgatccaggctgaaatctcactaggcttcctgcctgaaattcatttttatacaagtcatt 35241135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 41 - 408
Target Start/End: Original strand, 35286411 - 35286784
Alignment:
Q  41 ttttaataggttcaactatgactgagtctaactgtataacctctgtaacatttacttaaacagagatatagatgggactcaatgatcataatagaagcgc 140  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||  ||||| |||||| |||| ||||   | ||||| | |  || | |||| |||||| ||||| |    
T  35286411 ttttaaaaggttcaactatgactgaggctaaatgta--acctcagtaacagttacataaaagtatatataaaagaaacaccatgaacataatggaagcac 35286508  T
Q  141 agggaagtgtttacctgaaaaccagcaacaactaacacattagggtatcgaggatggaatatgacagactgaaacatcttcccgtttgattgatactcga 240  Q
    ||||||| |||||||||||||||| |||||||||| || ||| |||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||| || ||| |||||||      
T  35286509 agggaagagtttacctgaaaaccaccaacaactaagacgttacggtatcgaggatggaatatgacggacataaacatcttccctttcgatggatactcat 35286608  T
Q  241 atatgcatcgtctgtc---------cgaccagacacgtacttcatcttcactgacagaggcaatcatatttccagtgacatccaaacatatggaattgat 331  Q
    ||| |||  ||| |||         || ||||||||||||  ||||| ||||||||||||| ||||| |  |||||||||||| |||||| ||||   ||    
T  35286609 ataagcactgtccgtccatagaaagcgtccagacacgtacaccatctgcactgacagaggcgatcatttgcccagtgacatcccaacataaggaacaaat 35286708  T
Q  332 gtctttgacgtgtccctaatatcgaatgagaatcagagtcatggtgcagtaataatagagtcatgatacacaactta 408  Q
     | ||||||||| ||||||||  |||||||| ||||| ||||| || ||||||| ||   |||||||||||||||||    
T  35286709 atatttgacgtggccctaatagggaatgagattcagactcatgctgtagtaatacta-tttcatgatacacaactta 35286784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 81; E-Value: 9e-38
Query Start/End: Original strand, 464 - 576
Target Start/End: Original strand, 35283327 - 35283439
Alignment:
Q  464 tcaattatggtaataacatttcgattagcaactgccaaaagcttccctgatccaggctgaaatctcactaggcttcctgtctgaaattcatttttataca 563  Q
    |||| |||||| ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| | |    
T  35283327 tcaagtatggtgataacattttgattagcgactgccaaaagcttccctgatccaggctgaaatctcactaggcttcctgcctgaaattcatttttacata 35283426  T
Q  564 agtcattttactc 576  Q
    ||||||| |||||    
T  35283427 agtcattgtactc 35283439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 66; E-Value: 8e-29
Query Start/End: Original strand, 464 - 576
Target Start/End: Original strand, 35277813 - 35277928
Alignment:
Q  464 tcaattatggtaataacatttcgattagcaactgccaaaagcttccctgatccaggctgaaatctcactaggctt---cctgtctgaaattcatttttat 560  Q
    |||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| |   |||  |||||||||||||||||    
T  35277813 tcaagtatggtaacaacattttgattagcaactgccaaaagcttcccagatccaggctgaaatctcactgggcatccaccttcctgaaattcatttttat 35277912  T
Q  561 acaagtcattttactc 576  Q
    |||||||||| |||||    
T  35277913 acaagtcattgtactc 35277928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 65; E-Value: 3e-28
Query Start/End: Original strand, 81 - 237
Target Start/End: Original strand, 35277398 - 35277554
Alignment:
Q  81 ctctgtaacatttacttaaacagagatatagatgggactcaatgatcataatagaagcgcagggaagtgtttacctgaaaaccagcaacaactaacacat 180  Q
    |||| ||||| | |||||||  |||||||||| | ||| | ||||||||||| |||||  ||||||| |||||||||||||||  |||||||||| ||||    
T  35277398 ctctataacagtcacttaaaaggagatatagaagagacactatgatcataatggaagcagagggaagagtttacctgaaaaccgccaacaactaagacat 35277497  T
Q  181 tagggtatcgaggatggaatatgacagactgaaacatcttcccgtttgattgatact 237  Q
    || ||||| |||||||||||||||| ||||||||  | |||||||||||| ||||||    
T  35277498 tacggtattgaggatggaatatgaccgactgaaaattattcccgtttgatggatact 35277554  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 51; E-Value: 7e-20
Query Start/End: Original strand, 103 - 225
Target Start/End: Original strand, 35282967 - 35283089
Alignment:
Q  103 gagatatagatgggactcaatgatcataatagaagcgcagggaagtgtttacctgaaaaccagcaacaactaacacattagggtatcgaggatggaatat 202  Q
    |||||||||| | ||| | ||||||||||| |||||  ||| ||| |||||||||||| |||   |||||||| || ||| ||| |||||||||||||||    
T  35282967 gagatatagaagagacaccatgatcataatggaagctgaggaaagagtttacctgaaatccactcacaactaagacgttacggtgtcgaggatggaatat 35283066  T
Q  203 gacagactgaaacatcttcccgt 225  Q
    ||||||||||||| |||||||||    
T  35283067 gacagactgaaacctcttcccgt 35283089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 476 - 567
Target Start/End: Original strand, 35286869 - 35286963
Alignment:
Q  476 ataacatttcgattagcaactgccaaaagcttccctgatccaggctgaaatctcactaggctt---cctgtctgaaattcatttttatacaagtc 567  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||| ||| |   |||| |||||||||||||||||| |||||    
T  35286869 ataacattttgattagcaactgccaaaagcatcccagatacaggctgaaatctcacttggcctacacctgcctgaaattcatttttatataagtc 35286963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 151 - 238
Target Start/End: Original strand, 35237675 - 35237762
Alignment:
Q  151 ttacctgaaaaccagcaacaactaacacattagggtatcgaggatggaatatgacagactgaaacatcttcccgtttgattgatactc 238  Q
    |||||||||| ||| ||| |||||   |||||||||||| ||||||||| ||||  ||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  35237675 ttacctgaaatccaccaataactagtgcattagggtatctaggatggaagatgatggactgaaacctcttcccatttgattgatactc 35237762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 207 - 253
Target Start/End: Original strand, 35275093 - 35275139
Alignment:
Q  207 gactgaaacatcttcccgtttgattgatactcgaatatgcatcgtct 253  Q
    ||||||||| ||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||    
T  35275093 gactgaaacctcttcccatttgatggatactcgtatatgcatcgtct 35275139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University