View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4798-Insertion-2 (Length: 940)

Name: NF4798-Insertion-2
Description: NF4798
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4798-Insertion-2
NF4798-Insertion-2
[»] chr8 (4 HSPs)
chr8 (8-933)||(3056106-3057024)
chr8 (8-933)||(3035232-3036156)
chr8 (8-933)||(3069888-3070815)
chr8 (773-866)||(3048990-3049081)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (472-729)||(21457475-21457736)
chr2 (556-701)||(28445438-28445582)
chr2 (556-613)||(28437989-28438046)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 843; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 843; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 933
Target Start/End: Original strand, 3056106 - 3057024
Alignment:
Q  8 tgcttttgggtagctctactattctcaatgttgtattcattgtagcaatatgtgtttgtacctccttcatttttcagtacaagaagaagcttagaagagt 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3056106 tgcttttgggtagctctactattctcaatgttgtattcattgtagcaatatgtgtttgtacctccttcatttttcagtacaagaagaagcttagaagagt 3056205  T
Q  108 tagcaaaagtgacacttctgttgaaaccaatttgcgttgcttcacttatgaagagcttgaagaagctaccaatggatttgacaaagagctaggaagggga 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3056206 tagcaaaagtgacacttctgttgaaaccaatttgcgttgcttcacttatgaagagcttgaagaagctaccaatggatttgacaaagagctaggaagggga 3056305  T
Q  208 gcttttggaatagtctacgaaggagtcatcaacaacaacacaacttgcaaaactcgcgtggcagtgaagaagttgaacagttttctgttggatcaagctc 307  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3056306 gcttttggaatagtttacgaaggagtcatcaacaacaacacaacttgcaaaactcgcgtggcagtgaagaagttgaacagttttctgttggatcaagctc 3056405  T
Q  308 atcgggaattcaggaatgagctgaatgtcattggtctcactcatcacaagaacttggttcgtttacttggattttgcgggagtggaagtgaaagattgct 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3056406 atcgggaattcaggaatgagctgaatgtcattggtctcactcatcacaagaacttggttcgtttacttggattttgcgggagtggaagtgaaagattgct 3056505  T
Q  408 tgtttatgagtacatgagcaatagcactttggcaagttttcttttcaatgaagaaaaacagaagccaaattggaaactaaggctagaacttgcaatagga 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3056506 tgtttatgagtacatgagcaatagcactttggcaagttttcttttcaatgaagaaaaacagaagccaaattggaaactaaggctagaacttgcaatagga 3056605  T
Q  508 atagctagaggacttgtgtatttacatgaagagtgcatcactaggattatccattgtgacataaagcctcaaaacatactcctggatgattatttcaatg 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3056606 atagctagaggacttgtgtatttacatgaagagtgcatcactaggattatccattgtgacataaagcctcaaaacatactcctggatgattatttcaatg 3056705  T
Q  608 caaagaatttctgattttggattagccaagttgttgaacatgaatcaaagcaaaaccaacactggcataagaggaacaaaagggtatgttgcacttgaat 707  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3056706 c-aagaatttctgattttggattagccaagttgttgaacatgaatcaaagcaaaaccaacactggcataagaggaacaaaagggtatgttgcacttgaat 3056804  T
Q  708 ggtttaagaacatgcctatcacagctaaggtggatgtgtatagttatggtgtagtgctacttgagataatttcatgtagaaaatgtgttgaagaaatgga 807  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3056805 ggtttaaaaacatgcctatcacagctaaggtggatgtgtatagttatggtgtagtgctacttgagataatttcatgtagaaaatgtgttgaagaaatgga 3056904  T
Q  808 tgaagaaagatgaagacaaagcaattttaactgattgggcttatgatttgctacaaagatgggtggctttaggtgcattggttgaaggttgacattgaag 907  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||   |||||| |||||||||||| ||| ||||| |||||    
T  3056905 tgaag-aagatgaagacaaagcaattttaactgattgggcttatga-ttgctacaaagatgg--tgctttatgtgcattggttg-agggtgacaatgaag 3056999  T
Q  908 cattggaaggacaggaaaaatttgga 933  Q
    |||||| |||||| | ||||||||||    
T  3057000 cattgg-aggacaaggaaaatttgga 3057024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 630; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 933
Target Start/End: Original strand, 3035232 - 3036156
Alignment:
Q  8 tgcttttgggtagctctactattctcaatgttgtattcattgtagcaatatgtgtttgtacctccttcatttttcagtacaagaagaagcttagaagagt 107  Q
    ||||||||||||| ||| || ||||||||| |||||| |||||||| || ||| |  | |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  3035232 tgcttttgggtagttctgctgttctcaatgctgtattgattgtagctatctgtatcagcacctccctcatttttaagtacaagaagaagcttagaagagt 3035331  T
Q  108 tagcaaaagtgacacttctgttgaaa------ccaatttgcgttgcttcacttatgaagagcttgaagaagctaccaatggatttgacaaagagctagga 201  Q
    ||||||||||||| ||  | ||||||      || ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
T  3035332 tagcaaaagtgacgctagttttgaaattgaatcccatttgcgttgcttcacttatgcagagcttgaagaagctactaatggattcgacaaagagctagga 3035431  T
Q  202 aggggagcttttggaatagtctacgaaggagtcatcaacaacaacacaacttgcaaaactcgcgtggcagtgaagaagttgaacagttttctgttggatc 301  Q
    |||||||||||||| || || || ||||||||| |||||||||||||  ||| |||| |||| |||||||| || ||||||||||||||| |||||||||    
T  3035432 aggggagcttttggtattgtttatgaaggagtcgtcaacaacaacaccgcttccaaagctcgtgtggcagtaaaaaagttgaacagttttatgttggatc 3035531  T
Q  302 aagctcatcgggaattcaggaatgagctgaatgtcattggtctcactcatcacaagaacttggttcgtttacttggattttgcgggagtggaagtgaaag 401  Q
    ||||||||  |||||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||    
T  3035532 aagctcataaggaatttaggaatgaactgaatgccattggtctcactcatcacaagaacttggttcgtttacttggattttgtgagagtggaagtgaaag 3035631  T
Q  402 attgcttgtttatgagtacatgagcaatagcactttggcaagttttcttttcaatgaagaaaaacagaagccaaattggaaactaaggctagaacttgca 501  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3035632 actgcttgtttatgagtacatgagcaatagcactttggcaagttttcttttcaatgaagaaaaacagaagccaaattggaaactaaggctagaacttgca 3035731  T
Q  502 ataggaatagctagaggacttgtgtatttacatgaagagtgcatcactaggattatccattgtgacataaagcctcaaaacatactcctggatgattatt 601  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  3035732 ataggaatagctagaggacttgtgtatttacatgaagagtgcatcactaggatcattcattgtgacataaagcctcaaaacatactccttgatgattact 3035831  T
Q  602 tcaatgcaaagaatttctgattttggattagccaagttgttgaacatgaatcaaagcaaaaccaacactggcataagaggaacaaaagggtatgttgcac 701  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  3035832 tcaatgc-aagaatttctgattttggattagcaaagttgttgaacatgaatcaaagcaaaaccaacaccggcataagaggaataaaagggtatgttgcac 3035930  T
Q  702 ttgaatggtttaagaacatgcctatcacagctaaggtggatgtgtatagttatggtgtagtgctacttgagataatttcatgtagaaaatgtgttgaaga 801  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3035931 ttgaatggtttaaaaacatgcctatcacagctaaggtggatgtgtatagttatggtgtagtgctacttgagataatttcatgtagaaaatgtgttgaaga 3036030  T
Q  802 aatggatgaagaaagatgaagacaaagcaattttaactgattgggcttatgatttgctacaaagatgggtggctttaggtgcattggttgaaggttgaca 901  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||   ||||||| ||||||||||| ||| |||||    
T  3036031 aatggatgaag-aagatgaagacaaagcaattttaactgattgggcttatga-ttgctacaatgatgg--tgctttagatgcattggttg-agggtgaca 3036125  T
Q  902 ttgaagcattggaaggacaggaaaaatttgga 933  Q
     ||||||||||| |||||| | ||||||||||    
T  3036126 atgaagcattgg-aggacaaggaaaatttgga 3036156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 587; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 933
Target Start/End: Complemental strand, 3070815 - 3069888
Alignment:
Q  8 tgcttttgggtagctctactattctcaatgttgtattcattgtagcaatatgtgtttgtacctccttcatttttcagtacaagaagaagcttagaagagt 107  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||  | ||||||   ||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  3070815 tgctttttggtagctctgctattctcaatgttgtattgattgtaacaatctgtgtcagcacctcc---atttttcagcacaagaaaaagcttagaagagt 3070719  T
Q  108 tagcaaaagtgacacttctgttgaaa------ccaatttgcgttgcttcacttatgaagagcttgaagaagctaccaatggatttgacaaagagctagga 201  Q
    || |||| ||||||| | ||||||||      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3070718 tatcaaaggtgacacgtgtgttgaaattaaatccaatttgtgttgcttcacttatgaagagcttgaagaagctaccaatggatttgacaaagagctagga 3070619  T
Q  202 aggggagcttttggaatagtctacgaaggagtcatcaacaacaacacaacttgcaaaactcgcgtggcagtgaagaagttgaacagttttctgttggatc 301  Q
    |||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||| |||||  || ||||||||| ||||||||| | ||||| ||||||||| |||||||||    
T  3070618 aggggagcttttggtattgtttacgaaggagtcatcaacaacgacacagattccaaaactcgggtggcagtgcaaaagttaaacagttttttgttggatc 3070519  T
Q  302 aagctcatcgggaattcaggaatgagctgaatgtcattggtctcactcatcacaagaacttggttcgtttacttggattttgcgggagtggaagtgaaag 401  Q
    |||| ||| ||||||||||||||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | || ||||||||||    
T  3070518 aagcccatagggaattcaggaatgagttgaattccattggtctcactcatcacaagaacttggttcgtttacttggattttgtgagtgtagaagtgaaag 3070419  T
Q  402 attgcttgtttatgagtacatgagcaatagcactttggcaagttttcttttcaatg------aagaaaaacagaagccaaattggaaactaaggctagaa 495  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||      | || ||||| || |||| |||||||||||||||||||    
T  3070418 attgcttgtttatgagtacatgagcaatggcactttggcaagttttcttttcaatgctgatgatgagaaacaaaaaccaagttggaaactaaggctagaa 3070319  T
Q  496 cttgcaataggaatagctagaggacttgtgtatttacatgaagagtgcatcactaggattatccattgtgacataaagcctcaaaacatactcctggatg 595  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||    
T  3070318 cttgcaataggtatagctagaggacttgtgtatttacatgaagagtgcatcactaggatcatccattgtgacataaagcctcagaacatactccttgatg 3070219  T
Q  596 attatttcaatgcaaagaatttctgattttggattagccaagttgttgaacatgaatcaaagcaaaaccaacactggcataagaggaacaaaagggtatg 695  Q
    |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3070218 attacttcaatgcaa-gaatttctgattttggattagcaaagctgttgaacatgaatcaaagcaaaaccaacactggcataagaggaacaaaagggtatg 3070120  T
Q  696 ttgcacttgaatggtttaagaacatgcctatcacagctaaggtggatgtgtatagttatggtgtagtgctacttgagataatttcatgtagaaaatgtgt 795  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3070119 ttgcacttgaatggtttaaaaacatgcctatcacagctaaggttgatgtgtatagttatggtgtagtgctacttgagataatttcatgtagaaaatgtgt 3070020  T
Q  796 tgaagaaatggatgaagaaagatgaagacaaagcaattttaactgattgggcttatgatttgctacaaagatgggtggctttaggtgcattggttgaagg 895  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||   ||||||||||||||||||| |||    
T  3070019 tgaagaaatggatgaag-aagatgaagacaaagctatcttaactgattgggcttatga-ttgctacaaatatgg--tgctttaggtgcattggttg-agg 3069925  T
Q  896 ttgacattgaagcattggaaggacaggaaaaatttgga 933  Q
     ||||| ||| ||||||| |||||| | ||||||||||    
T  3069924 gtgacaatgaggcattgg-aggacaaggaaaatttgga 3069888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 50; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 773 - 866
Target Start/End: Complemental strand, 3049081 - 3048990
Alignment:
Q  773 ataatttcatgtagaaaatgtgttgaagaaatggatgaagaaagatgaagacaaagcaattttaactgattgggcttatgatttgctacaaaga 866  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||| || |||||||| |||||||||||  |||||||||||    
T  3049081 ataatttcatgtagaagatgtgttgaagaaatggatcaagaaa-atgaatacaaagctatcttaactgaatgggcttatga-ctgctacaaaga 3048990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 96; Significance: 1e-46; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 96; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 472 - 729
Target Start/End: Original strand, 21457475 - 21457736
Alignment:
Q  472 ccaaattggaaactaaggctagaacttgcaataggaatagctagaggacttgtgtatttacatgaagagtgcatcactaggattatcca-----ttgtga 566  Q
    ||||||||||||||||| || |||  ||||||||| |||||||||| ||| || | |||||||||||||| ||||| |||||| ||| |     ||||||    
T  21457475 ccaaattggaaactaagacttgaaaatgcaatagggatagctagagtactggtat-tttacatgaagagtccatcaataggatcatctattgacttgtga 21457573  T
Q  567 cataaagcctcaaaacatactcctggatgattatttcaatgcaaagaatttctgattttggattagccaagttgttgaacatgaatcaaagcaaaaccaa 666  Q
    |||||||||||||||||||| | | |||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||   ||| |||||||    
T  21457574 cataaagcctcaaaacatacccattgatgattacttcaatgc-aagaatttctgactttggattagcaaaattgttgaacatgaatttgagcgaaaccaa 21457672  T
Q  667 cactggcataagaggaacaaaagggtatgttgcacttgaatgg-tttaagaacatgcctatcac 729  Q
    ||||| |||||| |||| |||| ||||| || ||||||||||| ||||| ||||||| ||||||    
T  21457673 cactgccataaggggaagaaaatggtatctttcacttgaatggttttaaaaacatgcatatcac 21457736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 556 - 701
Target Start/End: Original strand, 28445438 - 28445582
Alignment:
Q  556 atccattgtgacataaagcctcaaaacatactcctggatgattatttcaatgcaaagaatttctgattttggattagccaagttgttgaacatgaatcaa 655  Q
    |||||||| || |||||||| ||||| ||||| || |||||| | | |||||||| ||||||| |||||||||||||| ||||| |||   || ||||||    
T  28445438 atccattgcgatataaagccacaaaatatacttctagatgatcaatacaatgcaa-gaatttcagattttggattagcaaagttattgttgattaatcaa 28445536  T
Q  656 agcaaaaccaacactggcataagaggaacaaaagggtatgttgcac 701  Q
    ||| | ||| | ||||| ||||||||||| || || ||||||||||    
T  28445537 agccataccgaaactggaataagaggaactaagggatatgttgcac 28445582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 556 - 613
Target Start/End: Original strand, 28437989 - 28438046
Alignment:
Q  556 atccattgtgacataaagcctcaaaacatactcctggatgattatttcaatgcaaaga 613  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||| ||| |||||| ||||    
T  28437989 atccattgtgacataaagccacaaaacatacttctagatgatgattacaatgctaaga 28438046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University