View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4799_high_1 (Length: 383)

Name: NF4799_high_1
Description: NF4799
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4799_high_1
NF4799_high_1
[»] chr5 (2 HSPs)
chr5 (23-360)||(20648763-20649100)
chr5 (23-360)||(20632667-20633001)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 270; Significance: 1e-151; HSPs: 2)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 270; E-Value: 1e-151
Query Start/End: Original strand, 23 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 20649100 - 20648763
Alignment:
Q  23 catcatcaaatgattctgatgcatatgcatttgtgaatggtattgaagttgtttcaataccaaatggtttatacattggtggtgatgattcccctattgc 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  20649100 catcatcaaatgattctgatgcatatgcatttgtgaatggtattgaagttgtttcaataccaaatggtttatacattggtggtgatgattcccctattcc 20649001  T
Q  123 tttagttggccaggatgcaaatgttgtttacatttataatgattcagctatggaaactttgtatagattgaatgtaggaggggaacaaattctaccgaaa 222  Q
    |||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20649000 tttagttggccacgatacaaaagttgtttacatttataatgattcagctatggaaactttgtatagattgaatgtaggaggggaacaaattctaccgaaa 20648901  T
Q  223 tttgatactggtatgtttcgcaattgggatatcgatgatggttacatctttatgagatatggtattaaacgcttcaataagagcattgaagttttgtata 322  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |  | |||  ||||||| |||||||| ||||||  ||||||||||||    
T  20648900 tatgatactggtatgtttcgcaattgggatatcgatgatggttacatctttggggtagatgaaattaaacccttcaataggagcatgaaagttttgtata 20648801  T
Q  323 ctgatcatgttcccgagtatactgctcctgatgatgtc 360  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  20648800 ctgatcatgttccggagtatactgctcctgatgatgtc 20648763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 23 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 20633001 - 20632667
Alignment:
Q  23 catcatcaaatgattctgatgcatatgcatttgtgaatggtattgaagttgtttcaataccaaatggtttatacattggtggtgatgattcccctattgc 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  20633001 catcatcaaatgattctgatgcatatgcatttgtgaatggtattgaagttgtttcaataccaaatggtttatacattggtggtgatgattcccctattcc 20632902  T
Q  123 tttagttggccaggatgcaaatgttgtttacatttataatgattcagctatggaaactttgtatagattgaatgtaggaggggaacaaattctaccgaaa 222  Q
    ||| | |||||| ||| |||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20632901 tttcgctggccacgatacaa---ttgtttacatttataatgattcagctatggaaactttgtatagattgaatgtaggaggggaacaaattctaccgaaa 20632805  T
Q  223 tttgatactggtatgtttcgcaattgggatatcgatgatggttacatctttatgagatatggtattaaacgcttcaataagagcattgaagttttgtata 322  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||| | |||||| |||||||||||||||  ||||||||||||    
T  20632804 tatgatactggtatgtttcgcaattgggatatcgatgatggttacatctttgggggatatgattttaaacacttcaataagagcatgaaagttttgtata 20632705  T
Q  323 ctgatcatgttcccgagtatactgctcctgatgatgtc 360  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  20632704 ctgatcatgttccggagtatactgctcctgatgatgtc 20632667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University