View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF4800-Insertion-1 (Length: 911)
Name: NF4800-Insertion-1
Description: NF4800
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF4800-Insertion-1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 541; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 541; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 597
Target Start/End: Complemental strand, 39230151 - 39229562
Alignment:
| Q |
8 |
agagtttatcatgatgctattttgtactagtgtatttcaaaaaatatcaatgcaatgaggtctaattggatgatcgtgcaaataatttttaatattagtg |
107 |
Q |
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| T |
39230151 |
agagtttatcatgatgctattttgtactagtgtatttcaaaaaatatcaatgcaatgaggtctgattggatgatcgtgcaaataatttttaatattagtg |
39230052 |
T |
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| Q |
108 |
tatctaaactctatcaatcttacatatgcaatactttgcttagatatcatcatcctttaattggataagtataaaactaccgatgctcaataatttaagc |
207 |
Q |
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|
| T |
39230051 |
tatctaaactctattaatcttacatatgcaatactttgcttagatatcatcatcctttaattggataagtataaaactaccgatgctcaataatttaagc |
39229952 |
T |
|
| Q |
208 |
ttgtttaaagatgattaatgacatagtattattagaacttttataatggaccagtaattatgtaataaaacttttaattggatagatatcatcatcctta |
307 |
Q |
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||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
39229951 |
ttgttgaaagatgattaatgacatagtattattagaacttttataatggaccagtaattatctaataaaacttttaattggatagatatcatcatcctta |
39229852 |
T |
|
| Q |
308 |
gtattttcatatattcttgtgaataataagaaagcaacacgttgggtaatgacaccaccacttcctcctcttattaagaagcaaagaaatnnnnnnntaa |
407 |
Q |
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| T |
39229851 |
gtattttcatatattcttgtgaataataagaaagcaacccgttgggtaatgacaccaccacttcctcctcttattaagaagcaaagaaataaaaaaataa |
39229752 |
T |
|
| Q |
408 |
atgtacactcagcatgcatattgttttcaatttattcctacccatgattggtatttgtgatatggtctaaagattgtatgctttgtcatatcttctactt |
507 |
Q |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |
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| T |
39229751 |
atgtacactcagcatgcatattgttttcaatttattcctacccatgattggtatttgtgatatggtctaaagattgtatgctatgtcatatcttctactt |
39229652 |
T |
|
| Q |
508 |
caaatgaagattctaaatctgattcaactttgcttgtggacttggtttatgaaatcagataaagcttaagggctcaaaaaccaatagaac |
597 |
Q |
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| T |
39229651 |
caaatgaagattctatatctgattcaactttgcttgtggacttggtttatgaaatcagataaagcttaagggctcaaaaaccaatagaac |
39229562 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 530; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 593
Target Start/End: Complemental strand, 25549486 - 25548900
Alignment:
| Q |
8 |
agagtttatcatgatgctattttgtactagtgtatttcaaaaaatatcaatgcaatgaggtctaattggatgatcgtgcaaataatttttaatattagtg |
107 |
Q |
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| T |
25549486 |
agagtttatcatgatgctattttgtactagtgtatttcaaaaaatatcaatgcaatgaggtctgattggatgatcgtgcaaataatttttaatattagtg |
25549387 |
T |
|
| Q |
108 |
tatctaaactctatcaatcttacatatgcaatactttgcttagatatcatcatcctttaattggataagtataaaactaccgatgctcaataatttaagc |
207 |
Q |
| |
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|
| T |
25549386 |
tatctaaactctattaatcttacatatgcaatactttgcttagatatcatcatcctttaattggataagtataaaactactgatgctcaataatttaagc |
25549287 |
T |
|
| Q |
208 |
ttgtttaaagatgattaatgacatagtattattagaacttttataatggaccagtaattatgtaataaaacttttaattggatagatatcatcatcctta |
307 |
Q |
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| T |
25549286 |
ttgttgaaagatgattaatgacatagtattaatagaacttttataatggaccagtaattatgtaataaaacttttaattggatagatatcatcatcctta |
25549187 |
T |
|
| Q |
308 |
gtattttcatatattcttgtgaataataagaaagcaacacgttgggtaatgacaccaccacttcctcctc-ttattaagaagcaaagaaatnnnnnnnta |
406 |
Q |
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| T |
25549186 |
gtattttcatatattcttgtgaataataagaaagcaacacgttgggtaatgacaccaccacttccgcctctttattaagaagcaaagaaataaaaatata |
25549087 |
T |
|
| Q |
407 |
aatgtacactcagcatgcatattgttttcaatttattcctacccatgattggtatttgtgatatggtctaaagattgtatgctttgtcatatcttctact |
506 |
Q |
| |
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|
| T |
25549086 |
aatgtacactcagcatgcatattgttttcaatttattcctacccatgattggtatttgtgatatggtctaaagattgtatgctatgtcatatcttctact |
25548987 |
T |
|
| Q |
507 |
tcaaatgaagattctaaatctgattcaactttgcttgtggacttggtttatgaaatcagataaagcttaagggctcaaaaaccaata |
593 |
Q |
| |
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|
|
| T |
25548986 |
tcaaatgaagattctaaatctgattcaactttgcttgtggacttggtttatgaaatcagataaagcttaagggctcaaaaaccaata |
25548900 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 711 - 845
Target Start/End: Complemental strand, 25548792 - 25548659
Alignment:
| Q |
711 |
aattgattttgtaaaagagagctaaaggtaaagagatatatgctaggataaatgttcaagtaaaggcgagttaaattataatagcttcaaacctatttca |
810 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |
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|
| T |
25548792 |
aattgattttgtaaaagagagctaaaggtaaagagatatatgctaggataaatattcaagtaaaagcgagttaaattataatagcttcaaaccta-ttca |
25548694 |
T |
|
| Q |
811 |
agtaaaggtctcatgttagatttcctcttgtgcca |
845 |
Q |
| |
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| ||||||||||| ||| |||||||||| ||||| |
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|
| T |
25548693 |
aataaaggtctcaggttccatttcctcttatgcca |
25548659 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 95; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 620 - 774
Target Start/End: Complemental strand, 39229534 - 39229382
Alignment:
| Q |
620 |
gatttaaatatattttttgttctcacagataaatgaattttatttgtagtgtatgttaggttatgcggtgatgataattgannnnnnnnnaaattgattt |
719 |
Q |
| |
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||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| | |||||||||| |
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|
| T |
39229534 |
gatttaaatatatttttaattctcacagataaatgaattttatttgtagtgtatgttaggttatgtggtgacgataattaa--ttttttaaaattgattt |
39229437 |
T |
|
| Q |
720 |
tgtaaaagagagctaaaggtaaagagatatatgctaggataaatgttcaagtaaa |
774 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||| |
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|
| T |
39229436 |
tgtaaaagagagctaaaggtaaagagatatatgcaaggataaatattcaagtaaa |
39229382 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 622 - 690
Target Start/End: Complemental strand, 25548866 - 25548798
Alignment:
| Q |
622 |
tttaaatatattttttgttctcacagataaatgaattttatttgtagtgtatgttaggttatgcggtga |
690 |
Q |
| |
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|||||| || ||||| |||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |
|
|
| T |
25548866 |
tttaaaaatgtttttaattctcacaaataaatcaattttatttgtagtgtatcttaggttatgcggtga |
25548798 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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