View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4801-Insertion-3 (Length: 910)

Name: NF4801-Insertion-3
Description: NF4801
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4801-Insertion-3
NF4801-Insertion-3
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (8-898)||(39558649-39559539)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 753; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 753; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 898
Target Start/End: Original strand, 39558649 - 39559539
Alignment:
Q  8 gttatttgcatgatagcttccccctgatttagcctttt-aagattctgcagattttgtgtcccatgcatgattgttcgtgagatgacatatacactcttt 106  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39558649 gttatttgcatggtagcttccccctgatttagcctttttaagattctgcagattttgtgtcccatgcatgattgttcgtgagatgacatatacactcttt 39558748  T
Q  107 cttaaattactaagcatcaaatgatcgcaagcannnnnnnacgttaacatttaaaactatagatgataaatactttttgataattcaaatttaatactaa 206  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  39558749 cttaaattactaagcatcaaatgatcgcaaacatttttttacgttaacatttaaaactatagatgataaatactttttgataattcaaatttaataataa 39558848  T
Q  207 cggattcatgattgcatggaatctctttggagtaaatgttggacaaattattaacaaccttatgttacagatgaaatattaaatattttgttaaccttat 306  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39558849 cagattcatgattgcatggaatctctttggagtaaatgttggacaaattattaacaaccttatgttacagatgaaatattaaatattttgttaaccttat 39558948  T
Q  307 acaacaaattcccac-atcctcacctctatctattatgccccactatatatgtataataaaaatagaagatccatgcaaagggtgattgagatgtagcat 405  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39558949 acaacaaattcccaccatcctcacctctatctattatgccccactatatatgtataataaaaatagaagatccatgcaaagggtgattgagatgtagcat 39559048  T
Q  406 tttgttttctaccatgatgacatgtacactttgattgattagatcatgtgtctggcctaagattctgtggctcacacacacagtataagttttgtcaatg 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39559049 tttgttttctaccatgatgacatgtacactttgattgattagatcatgtgtctggcctaagattctgtggctcacacacacagtataagttttgtcaatg 39559148  T
Q  506 cttcttctgcacacagtatataatgttttctatagaccataaaatacgaatatacagaaacaaggccatgcatgcagggcaaattattgtctgcacaatt 605  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39559149 cttcttctgcacacagtatataatgttttctatagaccataaaatacgaatatacagaaacaa-gccatgcatgcagggcaaattattgtctgcacaatt 39559247  T
Q  606 aagttcttgtgtcagttagggttttcttgtttgtaatgatttggtatagaatctttagatacaggatct-ggaatcatattaatcccaataattcaaatt 704  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  39559248 aagttcttgtgtcagttagggttttcttgtttgtaatgatttggtatagaatctttagatacaggatctgggaatcatattaatcccaataattc-aatt 39559346  T
Q  705 tgagtga-gtaaaactttacacccattgtgtttggtgaacatattgacaaacttggagcatcttcaatgctttgtcctttattgtc--aaacttctaaag 801  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||    
T  39559347 tgagtgaggtaaaactttacacccattgtgtttggtgagcatattgacaaacttagagcatcttcaatgctttgtcctttattgtcaaaaacttct-aag 39559445  T
Q  802 accatgttgcatttgagtgaagtaggagtttatttttactcattggttctaggaggaaatgccatggcaaaagaaggagattgttttctatataccg 898  Q
    | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  39559446 aacatgttgcatttgagtgaagtaagagtttatttttactcattggttctaggaggaaatg-cat-gcaaaagaa-gagattgttttctatataccg 39559539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University