View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4802-Insertion-1 (Length: 1009)

Name: NF4802-Insertion-1
Description: NF4802
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4802-Insertion-1
NF4802-Insertion-1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (8-1000)||(37661271-37662268)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 559; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 559; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1000
Target Start/End: Original strand, 37661271 - 37662268
Alignment:
Q  8 aatttaacacagcaatgaatcaagtaaccttgaaaaggaaactgaaacaataaaagttccacatgctttttaagtctatttgctgcaaaatgcnnnnnnn 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||           
T  37661271 aatttaacacagcaatgaatcaagtaaccttgaaaaggaaactgaaacaataaaagttccacatgctttttaagtctatttggtgtaaaatgcttttttt 37661370  T
Q  108 nnnnnatatgaaatgtgttcgatcaatttcggaaattcatatcaaaggtggacgggtctcaaggannnnnnnctt-cttcttctaatgtgtcacgatatc 206  Q
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        || |||||||||||||||||| |||||    
T  37661371 g----atatgaaatgtgttcgatcaatttcggaaattcatatcaaaggtggacgggtctcaaggaattttttttttcttcttctaatgtgtcacaatatc 37661466  T
Q  207 gaacttaagtcatatggttgaagaactcattatcaacctaatgattataggataatcaatcatgtcaccgtcgcactctacatgcatgcacattgcttat 306  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  37661467 gaacttaagtcatatggctgaagaactcattatcaacctaatgattataggataatcaatcatgtcaccatcgcgctctacatgcatgcacattgcttat 37661566  T
Q  307 atatcaaattcgagtaaaatggatggctaaatgatcaatgcaactaggcttattactatttaccggttgattctcctctc--aaaatattattcaccggt 404  Q
    |||||||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| ||||||    
T  37661567 atatcaaatttgagtaaaacggacggctaaatgatcaatgcaactaggcttattactatttaccggttgattctcctctcaaaaaatattatttaccggt 37661666  T
Q  405 tgattcttatcatacgattgaaatgataattaatatttcgaaacagtgagtatgagtttgtgtatcggtgtacgtatactagatattgttgatttat-nn 503  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||       
T  37661667 tgattcttatcatacgactgaaatgataattaatatttcgaaatagtaagtatgagtttgtgtatcggtgtacttatactagatattgttgatttataca 37661766  T
Q  504 nnnnnnnnnnnnnntga-ggggacaatc-ttattatcagtctaggatttttaagaaaaatttaatggctccaaaaaataaaacaatgttacgtgaatata 601  Q
                  ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37661767 aaaataaaataaaatgagggggacaatctttattatcagtctaggatttttaagaaaaatttaatggctccaaaaaataaaacaatgttacgtgaatata 37661866  T
Q  602 ccctaaaatattgacgactcgatatgaatttaatgtcttaatttgtgcannnnnnngacatggctgtaaagttttgaggataaataaaatacaatggtac 701  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||       |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37661867 ccctaaaatattgacgagtcgatatgaatttaatgtctaaatttgtgcatttttttgacatggcggtaaagttttgaggataaataaaatacaatggtac 37661966  T
Q  702 aaaaacatgtcttcaattgtcaatg-ttttgacatgtcttaatgtcttcaattgtcaatgttttttattatgctatagttttgttagatatcatacnnnn 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        
T  37661967 aaaaacatgtcttcaattgtcaatgtttttgacatgtcttaatgtcttcaattgtcaatgttttttattatgctatagttttgttagatatcatacgggg 37662066  T
Q  801 nnnccagttctgtttctgagaagaataaataca---nnnnnnnnnnnngaggggagaaaaaataaataacatgtctgccctcacttaatcatattcactt 897  Q
       |||||||||||| |||||||||||||||||               |||||||| || ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  37662067 gggccagttctgtttatgagaagaataaatacatttttttttttttttgaggggag-aagaataaat-acatgtctgtcctcacttaatcatattcactt 37662164  T
Q  898 tccttcgtcccttcgtaagaactttaa-------aagctaatttcgtactttacacccaaaattccaaattctacccgtttagtttgaaacccaataacc 990  Q
    | |||||| ||||||||||||||| ||        |||||| |||||||||||||||||||| |||| | |||| ||||||||||||||| ||||||||     
T  37662165 t-cttcgt-ccttcgtaagaacttgaagttggggtagctaa-ttcgtactttacacccaaaa-tccacaatcta-ccgtttagtttgaaa-ccaataacg 37662258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University