View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4802-Insertion-3 (Length: 750)

Name: NF4802-Insertion-3
Description: NF4802
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4802-Insertion-3
NF4802-Insertion-3
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-747)||(39529132-39529871)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 681; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 681; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 747
Target Start/End: Complemental strand, 39529871 - 39529132
Alignment:
Q  8 gttacaattttaattttgtttattcttgttgatctcgtatttcattatatgttacataatatttgtgtgattttgcgaggatctgcgtgagatagaatag 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39529871 gttacaattttaattttgtttattcttgttgatctcgtatttcattatatgttacataatatttgtgtgattttgcgaggatctgcgtgagatagaatag 39529772  T
Q  108 aagtgtactattgttgttttgatcatgtagttttgcctatttagtgaatgttttattgtgcagtaagaaaaaggatggaaaatttgcaatgatttcacag 207  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39529771 aagagtactattgttgttttgatcatgtagttttgcctatttagtgaatgttttattgtgcattaagaaaaaggatggaaaatttgcaatgatttcacag 39529672  T
Q  208 gcgtgtttaaaatacatgattaggacttgattaggaattaggaggatcagaggatattttattctacattgtctctggagtcttatgaacagagggaata 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  39529671 gcgtgtttaaaatacatgattaggacttgattaggaattaggaggatcagaggatattttattctacattgtctctggagtattatgaacagagggaata 39529572  T
Q  308 gatctaaatttaaggtgtaataataatatgttgattttgattcggtgcgaaattgtttcgattaggaattaaactagctgattgtaaattcattctcact 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  39529571 gatctaaatttaaggtgtaataataatatgttgattttgattcggtgcgaaattgtttcgattaggaattaaactagctgattgtaaattcattctcgct 39529472  T
Q  408 ttactcatgcgctgaccatatcttcatgtttacgttggtgaagtgctagagtgagaagaagagcttttattagcaattgtaggaattattttcaagggat 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39529471 ttactcatgcgctgaccatatcttcatgtttacgttggtgaagtgctagagtgagaagaagagcttttattagcaattgtaggaattattttcaagggat 39529372  T
Q  508 catatttatgacatttttgccatttttgtcgatgaagcacaaacaagatatgagtatcggatgcgatacgttaaggatgcttagtttgtaatgctccttg 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  39529371 catatttatgacatttttgccatttttgtcgacgaagcacaaacaagatatgagtatcggatgcgatacgttaaggatacttagtttgtaatgctccttg 39529272  T
Q  608 tttatgtctgttaccaacttatcatgc-aggttactcaaaatagaaatatatcttctttgtcatgttgtttcggtttcaacttttgcattttcttttccc 706  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  39529271 tttatgtctgttaccaacttatcatgcaaggttacttaaaatagaaacatatcttctttgccatgttgtttaggtttcaacttttgcattttcttttccc 39529172  T
Q  707 cctttcctactggctaggatcttggacaaatttgttaatcg 747  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  39529171 cctttcctacttgctaggatctt-gacaaatttgttaatcg 39529132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University