View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4804-Insertion-1 (Length: 1020)

Name: NF4804-Insertion-1
Description: NF4804
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4804-Insertion-1
NF4804-Insertion-1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-915)||(53459926-53460835)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 820; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 820; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 915
Target Start/End: Original strand, 53459926 - 53460835
Alignment:
Q  8 cttcctctctgtctgaagattcgatgactggcaaggcttcctttcaactttctttttaacaggtttcttagaaaggtcaatccgaattacaattgtcaaa 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  53459926 cttcctctctgtctgaagattcgatgactggcaaggcttcctttcaactttctttttaacaggtttcttagaaaggtcaatccgaataacaattgtcaaa 53460025  T
Q  108 acacaagttaaggaaacaaagatcaagtttaaaaggcacatcataggataaacaagaaataagaatggtgctgtttaagagtacaaaaccattcaaaatg 207  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  53460026 acgcaagttaaggaaacaaagatcaagtttaaaaggcacatcataggataaacaagaaataagaatggtgttgtttaagagtacaaaaccattcgaaatg 53460125  T
Q  208 ttgcataaaggaagacatcgaatcagaaagggtcactaactttgtcaagtgtgcgagtttaccatgataaggagttccaaaaggtagagagatattgata 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  53460126 ttgcataaaggaagacatcgaatcagaaagggtcacgaactttgtcaagcgtgcaagtttaccatgataaggagttccaataggtagagagatattgata 53460225  T
Q  308 tcttgaaaacttgaaacataaatagcattcaaccataattgtagaagtcaaagaaggcaacctgcatttgaaaggtaatcttgactctttgaaagagtgt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53460226 tcttgaaaacttgaaacataaatagcattcaaccataattgtagaagtcaaagaaggcaacctgcatttgaaaggtaatcttgactctttgaaagagtgt 53460325  T
Q  408 catataagtcagtgcaaaattcataaagccaagtcaaaatgtttacttaatataacatcctttccctcacgaagaaatcaggctaaggaaaggaatgcaa 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53460326 catataagtcagtgcaaaattcataaagccaagtcaaaatgtttacttaatataatatcctttccctcacgaagaaatcaggctaaggaaaggaatgcaa 53460425  T
Q  508 tgtactcgttatctgaaccatctttttgctttgattgattgttttggatgaattgaatataccttgaagaagttaagtttgctttgagggattgacatta 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53460426 tgtactcgttatctgaaccatctttttgctttgattgattgttttggatgaattgaatataccttgaagaagttaagtttgctttgagggattgacatta 53460525  T
Q  608 tcaagcatagacctaaaagcatcgtgagttatctcaaaaaatctagggttgatagggcctttgaaatccaaaaaagaaaatgaatgatgattggcgaata 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53460526 tcaagcatagacctaaaagcatcgtgagttatctcaaaaaatctagggttgatagggcctttgaaatccaaaaaagaaaatgaatgatgattggcgaata 53460625  T
Q  708 aagactcaacatgttttagatggttggaaggnnnnnnngttcctaaaaaagcataattttggtccttcaaaatgaa---aataattaactgggctctaat 804  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||| |||||||||    
T  53460626 aagactcaacatgttttagatggttggaaggaaaaaaagttcctaaaaaagcataattttggtccttcaaaatgaaatgaataattaactaggctctaat 53460725  T
Q  805 ggaatttttagtattaatgtgggttaagatagtatatagtgcccgttttgatcccttttgaacaacatcgccactattcagcgagattgtgattttcgac 904  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  53460726 ggaatttttagtattaatgt-ggttaagatagtatatagtgcccgttttgatcccttttgaacaacatcgccactattcagcgagattgtgatttttgac 53460824  T
Q  905 gtggtctgaaa 915  Q
     ||||||||||    
T  53460825 atggtctgaaa 53460835  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University