View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF4804-Insertion-2 (Length: 1003)
Name: NF4804-Insertion-2
Description: NF4804
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF4804-Insertion-2 |
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| [»] scaffold1330 (2 HSPs) |
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| [»] scaffold0345 (2 HSPs) |
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| [»] scaffold0105 (9 HSPs) |
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| [»] scaffold0496 (2 HSPs) |
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Alignment Details
Target: scaffold1330 (Bit Score: 750; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold1330
Description:
Target: scaffold1330; HSP #1
Raw Score: 750; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 770
Target Start/End: Complemental strand, 1471 - 706
Alignment:
| Q |
5 |
acatggatcacaaccaccggctagtattgcaatttctccaagactagccgaaccaaacaagcatctcggagtattcatcatatttccaactgaccacata |
104 |
Q |
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| T |
1471 |
acatggatcacaaccaccggctagtattgcaatttctccaagactagccgaaccaaacaagcatctcggagtattcatcatatttccaactgaccacata |
1372 |
T |
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| Q |
105 |
tttgtcagaaggctatacttatgaatgataggatccattaattcctttccaaagactagaagctcagtaccaacagccaacgattccctatctgccaggg |
204 |
Q |
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| T |
1371 |
tttgtcagaaggctatacttatgaatgataggatccattaattcctttccaaagactagaagctcagtaccaacagccaacgattccctatctgccagcg |
1272 |
T |
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| Q |
205 |
aaaaacatgcatcacaagtcatttttggcaaatgtatccatcgattacgatttggatcaaaagcctcccatttaagggcttcagaagagaagtacaccca |
304 |
Q |
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| T |
1271 |
aaaaacatgcatcacaagtcatttttggcaaatgtatccatcgattacgatttggatcaaaagcctcccatttaagggcttcagaagagaagtacaccca |
1172 |
T |
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| Q |
305 |
atgttctactatgcccgcttttctccgtaacttatatagttctcctgatctaattagagatctaaagctcttgtttattgcagcaattgaaccataatca |
404 |
Q |
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| T |
1171 |
atgttctactatgcccgcttttctccgtaacttatatagttctcctgatctaattagagatctaaagctcttgtttattgcagcaattgaaccataatca |
1072 |
T |
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| Q |
405 |
gatcttgacaatcgaagaagacaatggattgatatatctcgaccgagatgctcactaagcaaatttgagtcagaaaccataatgtcatacctttttccat |
504 |
Q |
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| T |
1071 |
gatcttgacaaccgaagaagacaatggattgatatatctcgaccgagatgctcactaagcaaatttgagtcagaaaccataatgtcatacctttttccat |
972 |
T |
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| Q |
505 |
tcccgttgtctatggaatggacaggaaaaatgacatcattttgcatatcctcttcttcattcttcgacttttcctcttcctttggatcaactacttgctt |
604 |
Q |
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| T |
971 |
tcccgttgtctatggaatggacaggaaaaatgacatcattttgcatatcctcttcttcattcttcgacttttcctcttcctttggatcaactacttgctt |
872 |
T |
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| Q |
605 |
ttctaacttttttgacatacactgcttttcttctacatcaagctgatgattattgcttggaagatccatcaagtgatcagcctcaaaattcaactggttc |
704 |
Q |
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| T |
871 |
ttctaactcttttgacatacactgcttttcttctacatccagctgatgattattgcttggaagatccatcaagtgatcagcctcaaaattcaactggttc |
772 |
T |
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| Q |
705 |
tcttccttatatgagtttgacatcaaacacacataagcccacacagaaacctgagtaaacatgcat |
770 |
Q |
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| T |
771 |
tcttccttatatgagtttgacatcaaacacacataagcccacacagaaacctgagtaaacatgcat |
706 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold1330; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 834 - 957
Target Start/End: Complemental strand, 640 - 516
Alignment:
| Q |
834 |
tttaattcaa-tgaagaagaaatttcatgttgaatcataa-ttaatgctttatggatacacaaatttcacacaaggatcacaaacatggaagttgagtaa |
931 |
Q |
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| T |
640 |
tttaattcaaatgaagaagaaatttcatgttgaatcataaattaatgctttatggatacacaaatttcacacaaggatcacaaacatggaag-tgagtat |
542 |
T |
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| Q |
932 |
tcagtttacgatactatcttataaaa |
957 |
Q |
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| T |
541 |
cctgtttacgatactatcctataaaa |
516 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0345 (Bit Score: 750; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0345
Description:
Target: scaffold0345; HSP #1
Raw Score: 750; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 770
Target Start/End: Original strand, 3907 - 4672
Alignment:
| Q |
5 |
acatggatcacaaccaccggctagtattgcaatttctccaagactagccgaaccaaacaagcatctcggagtattcatcatatttccaactgaccacata |
104 |
Q |
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| T |
3907 |
acatggatcacaaccaccggctagtattgcaatttctccaagactagccgaaccaaacaagcatctcggagtattcatcatatttccaactgaccacata |
4006 |
T |
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| Q |
105 |
tttgtcagaaggctatacttatgaatgataggatccattaattcctttccaaagactagaagctcagtaccaacagccaacgattccctatctgccaggg |
204 |
Q |
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| T |
4007 |
tttgtcagaaggctatacttatgaatgataggatccattaattcctttccaaagactagaagctcagtaccaacagccaacgattccctatctgccagcg |
4106 |
T |
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| Q |
205 |
aaaaacatgcatcacaagtcatttttggcaaatgtatccatcgattacgatttggatcaaaagcctcccatttaagggcttcagaagagaagtacaccca |
304 |
Q |
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| T |
4107 |
aaaaacatgcatcacaagtcatttttggcaaatgtatccatcgattacgatttggatcaaaagcctcccatttaagggcttcagaagagaagtacaccca |
4206 |
T |
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| Q |
305 |
atgttctactatgcccgcttttctccgtaacttatatagttctcctgatctaattagagatctaaagctcttgtttattgcagcaattgaaccataatca |
404 |
Q |
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| T |
4207 |
atgttctactatgcccgcttttctccgtaacttatatagttctcctgatctaattagagatctaaagctcttgtttattgcagcaattgaaccataatca |
4306 |
T |
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| Q |
405 |
gatcttgacaatcgaagaagacaatggattgatatatctcgaccgagatgctcactaagcaaatttgagtcagaaaccataatgtcatacctttttccat |
504 |
Q |
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| T |
4307 |
gatcttgacaaccgaagaagacaatggattgatatatctcgaccgagatgctcactaagcaaatttgagtcagaaaccataatgtcatacctttttccat |
4406 |
T |
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| Q |
505 |
tcccgttgtctatggaatggacaggaaaaatgacatcattttgcatatcctcttcttcattcttcgacttttcctcttcctttggatcaactacttgctt |
604 |
Q |
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| T |
4407 |
tcccgttgtctatggaatggacaggaaaaatgacatcattttgcatatcctcttcttcattcttcgacttttcctcttcctttggatcaactacttgctt |
4506 |
T |
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| Q |
605 |
ttctaacttttttgacatacactgcttttcttctacatcaagctgatgattattgcttggaagatccatcaagtgatcagcctcaaaattcaactggttc |
704 |
Q |
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| T |
4507 |
ttctaactcttttgacatacactgcttttcttctacatccagctgatgattattgcttggaagatccatcaagtgatcagcctcaaaattcaactggttc |
4606 |
T |
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| Q |
705 |
tcttccttatatgagtttgacatcaaacacacataagcccacacagaaacctgagtaaacatgcat |
770 |
Q |
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| T |
4607 |
tcttccttatatgagtttgacatcaaacacacataagcccacacagaaacctgagtaaacatgcat |
4672 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0345; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 834 - 957
Target Start/End: Original strand, 4738 - 4862
Alignment:
| Q |
834 |
tttaattcaa-tgaagaagaaatttcatgttgaatcataa-ttaatgctttatggatacacaaatttcacacaaggatcacaaacatggaagttgagtaa |
931 |
Q |
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|
|
| T |
4738 |
tttaattcaaatgaagaagaaatttcatgttgaatcataaattaatgctttatggatacacaaatttcacacaaggatcacaaacatggaag-tgagtat |
4836 |
T |
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| Q |
932 |
tcagtttacgatactatcttataaaa |
957 |
Q |
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| T |
4837 |
cctgtttacgatactatcctataaaa |
4862 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0105 (Bit Score: 750; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: scaffold0105
Description:
Target: scaffold0105; HSP #1
Raw Score: 750; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 770
Target Start/End: Complemental strand, 35072 - 34307
Alignment:
| Q |
5 |
acatggatcacaaccaccggctagtattgcaatttctccaagactagccgaaccaaacaagcatctcggagtattcatcatatttccaactgaccacata |
104 |
Q |
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| T |
35072 |
acatggatcacaaccaccggctagtattgcaatttctccaagactagccgaaccaaacaagcatctcggagtattcatcatatttccaactgaccacata |
34973 |
T |
|
| Q |
105 |
tttgtcagaaggctatacttatgaatgataggatccattaattcctttccaaagactagaagctcagtaccaacagccaacgattccctatctgccaggg |
204 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
34972 |
tttgtcagaaggctatacttatgaatgataggatccattaattcctttccaaagactagaagctcagtaccaacagccaacgattccctatctgccagcg |
34873 |
T |
|
| Q |
205 |
aaaaacatgcatcacaagtcatttttggcaaatgtatccatcgattacgatttggatcaaaagcctcccatttaagggcttcagaagagaagtacaccca |
304 |
Q |
| |
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|
| T |
34872 |
aaaaacatgcatcacaagtcatttttggcaaatgtatccatcgattacgatttggatcaaaagcctcccatttaagggcttcagaagagaagtacaccca |
34773 |
T |
|
| Q |
305 |
atgttctactatgcccgcttttctccgtaacttatatagttctcctgatctaattagagatctaaagctcttgtttattgcagcaattgaaccataatca |
404 |
Q |
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| T |
34772 |
atgttctactatgcccgcttttctccgtaacttatatagttctcctgatctaattagagatctaaagctcttgtttattgcagcaattgaaccataatca |
34673 |
T |
|
| Q |
405 |
gatcttgacaatcgaagaagacaatggattgatatatctcgaccgagatgctcactaagcaaatttgagtcagaaaccataatgtcatacctttttccat |
504 |
Q |
| |
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|
| T |
34672 |
gatcttgacaaccgaagaagacaatggattgatatatctcgaccgagatgctcactaagcaaatttgagtcagaaaccataatgtcatacctttttccat |
34573 |
T |
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| Q |
505 |
tcccgttgtctatggaatggacaggaaaaatgacatcattttgcatatcctcttcttcattcttcgacttttcctcttcctttggatcaactacttgctt |
604 |
Q |
| |
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| T |
34572 |
tcccgttgtctatggaatggacaggaaaaatgacatcattttgcatatcctcttcttcattcttcgacttttcctcttcctttggatcaactacttgctt |
34473 |
T |
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| Q |
605 |
ttctaacttttttgacatacactgcttttcttctacatcaagctgatgattattgcttggaagatccatcaagtgatcagcctcaaaattcaactggttc |
704 |
Q |
| |
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| T |
34472 |
ttctaactcttttgacatacactgcttttcttctacatccagctgatgattattgcttggaagatccatcaagtgatcagcctcaaaattcaactggttc |
34373 |
T |
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| Q |
705 |
tcttccttatatgagtttgacatcaaacacacataagcccacacagaaacctgagtaaacatgcat |
770 |
Q |
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|
| T |
34372 |
tcttccttatatgagtttgacatcaaacacacataagcccacacagaaacctgagtaaacatgcat |
34307 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0105; HSP #2
Raw Score: 746; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 770
Target Start/End: Complemental strand, 48672 - 47907
Alignment:
| Q |
5 |
acatggatcacaaccaccggctagtattgcaatttctccaagactagccgaaccaaacaagcatctcggagtattcatcatatttccaactgaccacata |
104 |
Q |
| |
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|
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| T |
48672 |
acatggatcacaaccaccggctagtattgcaatttctccaagactagccgaaccaaacaagcatctcggagtattcatcatatttccaactgaccacata |
48573 |
T |
|
| Q |
105 |
tttgtcagaaggctatacttatgaatgataggatccattaattcctttccaaagactagaagctcagtaccaacagccaacgattccctatctgccaggg |
204 |
Q |
| |
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|
|
| T |
48572 |
tttgtcagaaggctatacttatgaatgataggatccattagttcctttccaaagactagaagctcagtaccaacagccaacgattccctatctgccagcg |
48473 |
T |
|
| Q |
205 |
aaaaacatgcatcacaagtcatttttggcaaatgtatccatcgattacgatttggatcaaaagcctcccatttaagggcttcagaagagaagtacaccca |
304 |
Q |
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| T |
48472 |
aaaaacatgcatcacaagtcatttttggcaaatgtatccatcgattacgatttggatcaaaagcctcccatttaagggcttcagaagagaagtacgccca |
48373 |
T |
|
| Q |
305 |
atgttctactatgcccgcttttctccgtaacttatatagttctcctgatctaattagagatctaaagctcttgtttattgcagcaattgaaccataatca |
404 |
Q |
| |
|
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|
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| T |
48372 |
atgttctactatgcccgcttttctccgtaacttatatagttctcctgatctaattagagatctaaagctcttgtttattgcagcaattgaaccataatca |
48273 |
T |
|
| Q |
405 |
gatcttgacaatcgaagaagacaatggattgatatatctcgaccgagatgctcactaagcaaatttgagtcagaaaccataatgtcatacctttttccat |
504 |
Q |
| |
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| T |
48272 |
gatcttgacaaccgaagaagacaatggattgatatatctcgaccgagatgctcactaagcaaatttgagtcagaaaccataatgtcatacctttttccat |
48173 |
T |
|
| Q |
505 |
tcccgttgtctatggaatggacaggaaaaatgacatcattttgcatatcctcttcttcattcttcgacttttcctcttcctttggatcaactacttgctt |
604 |
Q |
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| T |
48172 |
tcccgttgtctatggaatggacaggaaaaatgacatcattttgcatatcctcttcttcattcttcgacttttcctcttcctttggatcaactacttgctt |
48073 |
T |
|
| Q |
605 |
ttctaacttttttgacatacactgcttttcttctacatcaagctgatgattattgcttggaagatccatcaagtgatcagcctcaaaattcaactggttc |
704 |
Q |
| |
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| T |
48072 |
ttctaacttttttgacatacactgcttttcttctacatccagctgatgattattgcttggaagatccatcaagtgatcagcctcaaaattcaactggttc |
47973 |
T |
|
| Q |
705 |
tcttccttatatgagtttgacatcaaacacacataagcccacacagaaacctgagtaaacatgcat |
770 |
Q |
| |
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|
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| T |
47972 |
tcttccttatatgagtttgacatcaaacacacataagcccacacagaaacctgagtaaacatgcat |
47907 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0105; HSP #3
Raw Score: 742; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 770
Target Start/End: Original strand, 10102 - 10867
Alignment:
| Q |
5 |
acatggatcacaaccaccggctagtattgcaatttctccaagactagccgaaccaaacaagcatctcggagtattcatcatatttccaactgaccacata |
104 |
Q |
| |
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|
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| T |
10102 |
acatggatcacaaccaccggctagtattgcaatttctccaagactagccgaaccaaacaagcatctcggagtattcatcatatttccaactgaccacata |
10201 |
T |
|
| Q |
105 |
tttgtcagaaggctatacttatgaatgataggatccattaattcctttccaaagactagaagctcagtaccaacagccaacgattccctatctgccaggg |
204 |
Q |
| |
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| T |
10202 |
tttgtcagaaggctatacttatgaatgataggatccattaattcctttccaaagactagaagctcagtaccaacagccaacgattccctatctgccagcg |
10301 |
T |
|
| Q |
205 |
aaaaacatgcatcacaagtcatttttggcaaatgtatccatcgattacgatttggatcaaaagcctcccatttaagggcttcagaagagaagtacaccca |
304 |
Q |
| |
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| T |
10302 |
aaaaacatgcatcacaagtcatttttggcaaatgtatccatcgattacgatttggatcaaaagcctcccatttaagggcttcagaagagaagtacgccca |
10401 |
T |
|
| Q |
305 |
atgttctactatgcccgcttttctccgtaacttatatagttctcctgatctaattagagatctaaagctcttgtttattgcagcaattgaaccataatca |
404 |
Q |
| |
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| T |
10402 |
atgttctactatgcccgcttttctccgtaacttatatagttctcctgatctaattagagatctaaagctcttgtttattgcagcaattgaaccataatca |
10501 |
T |
|
| Q |
405 |
gatcttgacaatcgaagaagacaatggattgatatatctcgaccgagatgctcactaagcaaatttgagtcagaaaccataatgtcatacctttttccat |
504 |
Q |
| |
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| T |
10502 |
gatcttgacaaccgaagaagacaatggattgatatatctcgaccgagatgctcactaagcaaatttgagtcagaaaccataatgtcatacctttttccat |
10601 |
T |
|
| Q |
505 |
tcccgttgtctatggaatggacaggaaaaatgacatcattttgcatatcctcttcttcattcttcgacttttcctcttcctttggatcaactacttgctt |
604 |
Q |
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| T |
10602 |
tcccgttgtctatggaatggacaggaaaaatgacatcattttgcatatcctcttcttcattcttcgacttttcctcttcctttggatcaactacttgctt |
10701 |
T |
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| Q |
605 |
ttctaacttttttgacatacactgcttttcttctacatcaagctgatgattattgcttggaagatccatcaagtgatcagcctcaaaattcaactggttc |
704 |
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| T |
10702 |
ttctaactcttttgacatacactgcttttcttctacatccagctgatgattattgcttggaagatccatcaagtgaacagcctcaaaattcaactggttc |
10801 |
T |
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| Q |
705 |
tcttccttatatgagtttgacatcaaacacacataagcccacacagaaacctgagtaaacatgcat |
770 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
10802 |
tcttccttatatgagtttgacatcaaacacacataagcccacacagaaacctgagtaaacatgcat |
10867 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0105; HSP #4
Raw Score: 738; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 770
Target Start/End: Original strand, 4020 - 4785
Alignment:
| Q |
5 |
acatggatcacaaccaccggctagtattgcaatttctccaagactagccgaaccaaacaagcatctcggagtattcatcatatttccaactgaccacata |
104 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4020 |
acatggatcacaaccaccggctagtattgcaatttctccaagactagccgaaccaaacaagcatctcggagtattcatcatatttccaactgaccacata |
4119 |
T |
|
| Q |
105 |
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204 |
Q |
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| T |
4120 |
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4219 |
T |
|
| Q |
205 |
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304 |
Q |
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| T |
4220 |
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4319 |
T |
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| Q |
305 |
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404 |
Q |
| |
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| T |
4320 |
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4419 |
T |
|
| Q |
405 |
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504 |
Q |
| |
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| T |
4420 |
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4519 |
T |
|
| Q |
505 |
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604 |
Q |
| |
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| T |
4520 |
tcccgttgtctatggaatggacaggaaaaatgacatcattttgcatatcctcttcttcattcttcgacttttcctcttcctttggatcaactacttgctt |
4619 |
T |
|
| Q |
605 |
ttctaacttttttgacatacactgcttttcttctacatcaagctgatgattattgcttggaagatccatcaagtgatcagcctcaaaattcaactggttc |
704 |
Q |
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| T |
4620 |
ttctaacttttttgacatacactgcttttcttctacatccagctgatgattattgcttggaagatccatcaagtgatcagcctcaaaattcaactggttc |
4719 |
T |
|
| Q |
705 |
tcttccttatatgagtttgacatcaaacacacataagcccacacagaaacctgagtaaacatgcat |
770 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
4720 |
tcttccttatatgagtttgacatcaaacacacataagcccacacagaaacctgagtaaacatgcat |
4785 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0105; HSP #5
Raw Score: 479; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 268 - 770
Target Start/End: Original strand, 11638 - 12140
Alignment:
| Q |
268 |
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367 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
11638 |
cctcccatttaagggcttcagaagagaagtacgcccaatgttctactatgcccgcttttctccgtaacttatatagttctcctgatctaattagagatct |
11737 |
T |
|
| Q |
368 |
aaagctcttgtttattgcagcaattgaaccataatcagatcttgacaatcgaagaagacaatggattgatatatctcgaccgagatgctcactaagcaaa |
467 |
Q |
| |
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| T |
11738 |
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11837 |
T |
|
| Q |
468 |
tttgagtcagaaaccataatgtcatacctttttccattcccgttgtctatggaatggacaggaaaaatgacatcattttgcatatcctcttcttcattct |
567 |
Q |
| |
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|
| T |
11838 |
tttgagtcagaaaccataatgtcatacctttttccattcccgttgtctatggaatggacaggaaaaatgacatcattttgcatatcctcttcttcattct |
11937 |
T |
|
| Q |
568 |
tcgacttttcctcttcctttggatcaactacttgcttttctaacttttttgacatacactgcttttcttctacatcaagctgatgattattgcttggaag |
667 |
Q |
| |
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| T |
11938 |
tcgacttttcctcttcctttggatcaactacttgcttttctaactcttttgacatacactgcttttcttctacatccagctgatgattattgcttggaag |
12037 |
T |
|
| Q |
668 |
atccatcaagtgatcagcctcaaaattcaactggttctcttccttatatgagtttgacatcaaacacacataagcccacacagaaacctgagtaaacatg |
767 |
Q |
| |
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|
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| T |
12038 |
atccatcaagtgaacagcctcaaaattcaactggttctcttccttatatgagtttgacatcaaacacacataagcccacatagaaacctgagtaaacatg |
12137 |
T |
|
| Q |
768 |
cat |
770 |
Q |
| |
|
||| |
|
|
| T |
12138 |
cat |
12140 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0105; HSP #6
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 834 - 957
Target Start/End: Original strand, 4851 - 4975
Alignment:
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Q |
| |
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|
|
| T |
4851 |
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T |
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| Q |
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957 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
4950 |
ccagtttacgatactatcttataaaa |
4975 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0105; HSP #7
Raw Score: 90; E-Value: 6e-43
Query Start/End: Original strand, 834 - 957
Target Start/End: Complemental strand, 34241 - 34117
Alignment:
| Q |
834 |
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931 |
Q |
| |
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|
|
| T |
34241 |
tttaattcaaatgaagaagaaatttcatgttgaatcataaattaatgctttatggatacacaaatttcacacaaggatcacaaacatggaag-tgagtat |
34143 |
T |
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| Q |
932 |
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957 |
Q |
| |
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| T |
34142 |
ccagtttacgatactatcctataaaa |
34117 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0105; HSP #8
Raw Score: 86; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 834 - 957
Target Start/End: Original strand, 12206 - 12330
Alignment:
| Q |
834 |
tttaattcaa-tgaagaagaaatttcatgttgaatcataa-ttaatgctttatggatacacaaatttcacacaaggatcacaaacatggaagttgagtaa |
931 |
Q |
| |
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|
| T |
12206 |
tttaattcaaatgaagaagaaatttcatgttgaatcataaattaatgctttatggatacacaaatttcacacaaggatcacaaatatggaag-tgagtat |
12304 |
T |
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| Q |
932 |
tcagtttacgatactatcttataaaa |
957 |
Q |
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| T |
12305 |
ccagtttacgatactatcctataaaa |
12330 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0105; HSP #9
Raw Score: 79; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 834 - 926
Target Start/End: Original strand, 10933 - 11027
Alignment:
| Q |
834 |
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926 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
10933 |
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11027 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0496 (Bit Score: 514; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0496
Description:
Target: scaffold0496; HSP #1
Raw Score: 514; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 681
Target Start/End: Complemental strand, 2666 - 1993
Alignment:
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107 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
2666 |
tggatcacaaccaccagctagtattgcaatttctccaagactagccgaaccaaacaagcatcttggagtattcatcatttttccaactgaccacatattt |
2567 |
T |
|
| Q |
108 |
gtcagaaggctatacttatgaatgataggatccattaattcctttccaaagactagaagctcagtaccaacagccaacgattccctatctgccagggaaa |
207 |
Q |
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| T |
2566 |
gtcagaaagttatacttatgaatgataggagccattaattcctttccaaagactagaagctcagtaccaacagccaatgattccctatctgacaacgtaa |
2467 |
T |
|
| Q |
208 |
aacatgcatcacaagtcatttttggcaaatgtatccatcgattacgatttggatcaaaagcctcccatttaagggcttcagaagagaagtacacccaatg |
307 |
Q |
| |
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|
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| T |
2466 |
aacattgatcacaagtcattataggcaaatgcatccatcgattacgatttggatcaaaagcctcccactcaagggcttcagaagagaagtaaacccaatg |
2367 |
T |
|
| Q |
308 |
ttctactatgcccgcttttctccgtaacttatatagttctcctgatctaattagagatctaaagctcttgtttattgcagcaattgaaccataatcagat |
407 |
Q |
| |
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|
|
| T |
2366 |
ttctactatgcccgcttttctccttaacttatatagttctcctgatctaattagcgatcgaaagctcttgttcaatgcagcaattgaaccataatcagat |
2267 |
T |
|
| Q |
408 |
cttgacaatcgaagaagacaatggattgatatatctcgaccgagatgctcactaagcaaatttgagtcagaaaccataatgtcatacctttttccattcc |
507 |
Q |
| |
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|
|
| T |
2266 |
cttgacaattgaagaagacaatggattgatatatctcgaccgagatggtcactaagcaaatttgagtcagaaaccatattggcataccttttcccattcc |
2167 |
T |
|
| Q |
508 |
cgttgtctatggaatggacaggaaaaatgacatcattttgcatatcctcttcttcattcttcgacttttcctcttcctttggatcaactacttgcttttc |
607 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||| || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |
|
|
| T |
2166 |
cgttgtctatggaatggacaggaaaagtggcattattttgcatatcctcttcttcattcttcgacttttcctcttccttgggatcatctacttgcttttc |
2067 |
T |
|
| Q |
608 |
taacttttttgacatacactgcttttcttctacatcaagctgatgattattgcttggaagatccatcaagtgat |
681 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
2066 |
taacttttttgacatgacttgcttttcttctacatctagctgatgattattgcttggaatatccatcaagtgat |
1993 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: scaffold0496; HSP #2
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 834 - 957
Target Start/End: Complemental strand, 1927 - 1803
Alignment:
| Q |
834 |
tttaattcaa-tgaagaagaaatttcatgttgaatcataa-ttaatgctttatggatacacaaatttcacacaaggatcacaaacatggaagttgagtaa |
931 |
Q |
| |
|
|||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||| |||||| |
|
|
| T |
1927 |
tttaattcaaatgaagaagaaattttatgttgaatcataaatttatgctttatggatacaaaaatttgacacaaggatcactgacatggaag-tgagtat |
1829 |
T |
|
| Q |
932 |
tcagtttacgatactatcttataaaa |
957 |
Q |
| |
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|
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| T |
1828 |
ccagtttatgacaccatcttacaaaa |
1803 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 514; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 514; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 681
Target Start/End: Complemental strand, 7411738 - 7411065
Alignment:
| Q |
8 |
tggatcacaaccaccggctagtattgcaatttctccaagactagccgaaccaaacaagcatctcggagtattcatcatatttccaactgaccacatattt |
107 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
7411738 |
tggatcacaaccaccagctagtattgcaatttctccaagactagccgaaccaaacaagcatcttggagtattcatcatttttccaactgaccacatattt |
7411639 |
T |
|
| Q |
108 |
gtcagaaggctatacttatgaatgataggatccattaattcctttccaaagactagaagctcagtaccaacagccaacgattccctatctgccagggaaa |
207 |
Q |
| |
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||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || | || |
|
|
| T |
7411638 |
gtcagaaagttatacttatgaatgataggagccattaattcctttccaaagactagaagctcagtaccaacagccaatgattccctatctgacaacgtaa |
7411539 |
T |
|
| Q |
208 |
aacatgcatcacaagtcatttttggcaaatgtatccatcgattacgatttggatcaaaagcctcccatttaagggcttcagaagagaagtacacccaatg |
307 |
Q |
| |
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||||| ||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| |||||||| |
|
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| T |
7411538 |
aacattgatcacaagtcattataggcaaatgcatccatcgattacgatttggatcaaaagcctcccactcaagggcttcagaagagaagtaaacccaatg |
7411439 |
T |
|
| Q |
308 |
ttctactatgcccgcttttctccgtaacttatatagttctcctgatctaattagagatctaaagctcttgtttattgcagcaattgaaccataatcagat |
407 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
7411438 |
ttctactatgcccgcttttctccttaacttatatagttctcctgatctaattagcgatcgaaagctcttgttcaatgcagcaattgaaccataatcagat |
7411339 |
T |
|
| Q |
408 |
cttgacaatcgaagaagacaatggattgatatatctcgaccgagatgctcactaagcaaatttgagtcagaaaccataatgtcatacctttttccattcc |
507 |
Q |
| |
|
||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||| |
|
|
| T |
7411338 |
cttgacaattgaagaagacaatggattgatatatctcgaccgagatggtcactaagcaaatttgagtcagaaaccatattggcataccttttcccattcc |
7411239 |
T |
|
| Q |
508 |
cgttgtctatggaatggacaggaaaaatgacatcattttgcatatcctcttcttcattcttcgacttttcctcttcctttggatcaactacttgcttttc |
607 |
Q |
| |
|
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|
|
| T |
7411238 |
cgttgtctatggaatggacaggaaaagtggcattattttgcatatcctcttcttcattcttcgacttttcctcttccttgggatcatctacttgcttttc |
7411139 |
T |
|
| Q |
608 |
taacttttttgacatacactgcttttcttctacatcaagctgatgattattgcttggaagatccatcaagtgat |
681 |
Q |
| |
|
||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
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| T |
7411138 |
taacttttttgacatgacttgcttttcttctacatctagctgatgattattgcttggaatatccatcaagtgat |
7411065 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 1e-71
Query Start/End: Original strand, 5 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 7457820 - 7457371
Alignment:
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5 |
acatggatcacaaccaccggctagtattgcaatttctccaagactagccgaaccaaacaagcatctcggagtattcatcatatttccaactgaccacata |
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Q |
| |
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| T |
7457820 |
acatggatcacaaccacctgctaatattgcaatttctccaaggctggatgaaccgaacgagcatcttggagtattcaacatttttccaattgaccacgta |
7457721 |
T |
|
| Q |
105 |
tttgtcagaaggctatacttatgaatgataggatccattaattcctttccaaagactagaagctcagtaccaacagccaacgattccctatctgccaggg |
204 |
Q |
| |
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| T |
7457720 |
tttgatagatagtcatacttatgaatggtaggacccatcaattcccttccaaaaactagaagctcagtaccgacagccaacgactccttatcacacaaca |
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T |
|
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aaaaacatgcatcacaagtcatttttggcaaatgtatccatcgattacgatttggatcaaaagcctcccatttaagggcttcagaagagaagtacaccca |
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Q |
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| T |
7457620 |
taaaaactttatcacaaggaattttaggcaattgaataaatcgaccacgacttggatcaaatgcctcccatttaagtaaatcacaagagaagtaaaccca |
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T |
|
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atgttctactatgcccgcttttctccgtaacttatatagttctcctgatctaattagagatctaaagctcttgtttattgcagcaattgaaccataatca |
404 |
Q |
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| T |
7457520 |
atgttcttctatgcccaattttcgtcgtagctgatgtagctcccctgatctaattagtgatcgaaaattcttgttcaatgcagaaattaagccataatca |
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T |
|
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405 |
gatcttgacaatcgaagaagacaatggattgatatatctcgaccgagatg |
454 |
Q |
| |
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|| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |
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| T |
7457420 |
gaccttgacaattgaagaagacaatggattgatatatcccgaccaagatg |
7457371 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 61; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 10 - 437
Target Start/End: Complemental strand, 44919871 - 44919444
Alignment:
| Q |
10 |
gatcacaaccaccggctagtattgcaatttctccaagactagccgaaccaaacaagcatctcggagtattcatcatatttccaactgaccacatatttgt |
109 |
Q |
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| T |
44919871 |
gatcacaaccaccggctaatattgcaatttctccgaggctggcagaaccaaacaagcatctaggagtattcattttcattcccttcaaccatgaatttgt |
44919772 |
T |
|
| Q |
110 |
cagaaggctatacttatgaatgataggatccattaattcctttccaaagactagaagctcagtaccaacagccaacgattccctatctgccagggaaaaa |
209 |
Q |
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| T |
44919771 |
cagaatgctatacttatatatggcaaggccagttatttctcttccaaaaacaagaagctccgtaccaacagctagtgactccttgtctgaaagcataaaa |
44919672 |
T |
|
| Q |
210 |
catgcatcacaagtcatttttggcaaatgtatccatcgattacgatttggatcaaaagcctcccatttaagggcttcagaagagaagtacacccaatgtt |
309 |
Q |
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| T |
44919671 |
catatattagaactcattttcggcagttgcatcaaccgatcacgatttggatcataggcctcccatttaaggacatcacaagaaaagtaaacccaatgtt |
44919572 |
T |
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| Q |
310 |
ctactatgcccgcttttctccgtaactt-atatagttctcctgatctaattagagatctaaagctcttgtttattgcagcaattgaaccataatcagatc |
408 |
Q |
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| T |
44919571 |
ccactatgcccatttttcgcc-taagttgatataattctccagtagtaataagtgatcgaaaacttcggtttaatgcagcgattgagccataatcagacc |
44919473 |
T |
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| Q |
409 |
ttgacaatcgaagaagacaatggattgat |
437 |
Q |
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| T |
44919472 |
ttgacacccgaaggagacaatggattgat |
44919444 |
T |
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Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 54; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 834 - 957
Target Start/End: Complemental strand, 7410999 - 7410875
Alignment:
| Q |
834 |
tttaattcaa-tgaagaagaaatttcatgttgaatcataa-ttaatgctttatggatacacaaatttcacacaaggatcacaaacatggaagttgagtaa |
931 |
Q |
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| T |
7410999 |
tttaattcaaatgaagaagaaattttatgttgaatcataaatttatgctttatggatacaaaaatttgacacaaggatcactgacatggaag-tgagtat |
7410901 |
T |
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| Q |
932 |
tcagtttacgatactatcttataaaa |
957 |
Q |
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| T |
7410900 |
ccagtttatgacaccatcttacaaaa |
7410875 |
T |
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