View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4806-Insertion-3 (Length: 775)

Name: NF4806-Insertion-3
Description: NF4806
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4806-Insertion-3
NF4806-Insertion-3
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (7-775)||(37835613-37836375)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 581; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 581; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 775
Target Start/End: Complemental strand, 37836375 - 37835613
Alignment:
Q  7 acttatgtttctaatcgtttatgctttgtcctattgatagtctcttctccacagattttgttaattcacaacagaggaattattgttcaaaacaaaacaa 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  37836375 acttatgtttctaatcgtttatgctttgtcctattgatagtctctactccacagattttgttaattcacaatagaggaattattgttcaaaacaaaacaa 37836276  T
Q  107 agatatatagctgtcaccctgctacaaacaagagaaagttgtatcataaatttataatacttctagttatttatcttttagaggaaaataaagttaattt 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  37836275 agatatatagctgtcaccctgctacaaacaagagaaagttgtatcataaatttataatacttctagttatttaacttt-agaggaaaataaagttaattt 37836177  T
Q  207 ttgttggagtgtgaagtgtgacttagaggtgtcgcataagatgaaaatatgaacattagataatgtataagtgaagaaatctatatacataatgtttaat 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37836176 ttgttggagtgtgaagtgtgacttagaggggtcacataagatgaaaatatgaacattagataatgtataagtgaagaaatctatatacataatgtttaat 37836077  T
Q  307 aatatggatcaagatgtgatgttcaaatcacttgagcaattgcttttaataaaatatgatgaatcttgatgtttaaggttcccatcgctagtcaagtgtg 406  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37836076 aatatggattaagatgtgatgttcaaatcatttgagcgattgctcttaataaaatttgatgaatcttgatgtttaaggttcccatcgctagtcaagtgtg 37835977  T
Q  407 atatc-gagtcgactccttacatcaaaactctttttcacaatgtggtggtcatgcaacattttgattagtgtatgtaaatctgcggaggtgcaagcataa 505  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  37835976 atatcagagtcgactccttacatcaaaactctttttcacaatgtggtggtcatgtaacattttgattagtgtatgtaaatctgtggaggtgcaagcataa 37835877  T
Q  506 gtctacgtaaatgaaaaagttacgtttaaagaggagcgtagatgaaaggat-gagctcacacgaggatggttaagtgtcaaatgtaaataagaagtttcg 604  Q
    ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  37835876 gtctacgcaaatgaaaaagttaggtttaaagaggagcgtagatgaaaggataaagctcacacgaggatggttaagtgtcaaatgtaaataagaagtttca 37835777  T
Q  605 cattaaatag-aaatgtaaatgttgaacaacatataatgatgagttatgttggaccatgaaaggaaattcatacatcatccacattggaccaagagcaaa 703  Q
     ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||     
T  37835776 tattaaatagaaaatgtaaatgttgaacaacatataatgatgagttatattggatcatg-aaggaaattcatacatcatccacattggtctaagagcaa- 37835679  T
Q  704 caaaacaagtggagttttttctcctaaaatcttagcgaaaatcttctcatctcaatgtcaatctatatcttc 775  Q
      |||||| | ||| ||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  37835678 -caaacaaat-gag-tttttct-ctaaaatcttagcg-aagtcttctcatctcaatg-ccatctatatcttc 37835613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University