View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4806-Insertion-5 (Length: 690)

Name: NF4806-Insertion-5
Description: NF4806
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4806-Insertion-5
NF4806-Insertion-5
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (15-690)||(4976617-4977279)
chr2 (15-690)||(4994524-4995186)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 513; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 513; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 690
Target Start/End: Original strand, 4976617 - 4977279
Alignment:
Q  15 tatgttaaaattacagcgatctactaaaatcaaagtgggccatcgtgtttcgggcatacaattataattaccaaacatacacttgattaaaaacttaatg 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||| | |       |||||||||||||||       ||||||||||||||||    
T  4976617 tatgttaaaattacagcgatctactaaaattaaagtggaccatcgtgattctgac-------tataattaccaaaca-------gattaaaaacttaatg 4976702  T
Q  115 gcttcacatgccacatcaatttcttgggaaatcgttttagacgtcagcttgtgactcttacaagtgcaagcatgacagcaacatatcttactcttgaata 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4976703 gcttcacatgccacatcaatttcttgggaaatagttttagacgtcagcttgtgactcttacaagtgcaagcatgacagcaacatatcttactcttgaata 4976802  T
Q  215 tgagttaacacctcnnnnnnngaaatggatatttgtctcataatataaatcttgcgtgtaagatgaaatcatccattacgtacccttctcttgtatcacg 314  Q
    ||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4976803 tgagttaacacctctttttttgaaatggatatttgtctcataatataaatcttgcgtgtaagatgaaatcatccattacgtacccttctcttgtgtcacg 4976902  T
Q  315 ttttctcactgtttatgtttgcatgtgcaccgtgtcccctaaaacataaaccatctttaattttacacacaattctgactatgtacactctcatgtcact 414  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4976903 ttttctcactgtttatgtttgcatgtgcaccgtgtcccctgaaacataaaccatctttaattttacacacaattctgactatgtacactctcatgtcact 4977002  T
Q  415 ccaaaatagattgatgatgtaatattgaaccgacattattgcttcttcttctccaacacttctcaaactccctaagaggacatatattttattcactttc 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4977003 ccaaaatagattgatgatgtaatattgaaccgacattattgcttcttcttctccaacacttctcaaacttcctaagaggacatagattttattcactttc 4977102  T
Q  515 tccttttgctatcataatagttcaaaattcaatttcatcacattaaaaatctcttagttatgtgtctttgaacacttcaattcatactagnnnnnnntct 614  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||       |||    
T  4977103 t-cttttgctatcataatagttcaaaattcaatttcatcacattaaaaatctcttagttatgtgtctttgaatactttaattcatactagaaaaaaatct 4977201  T
Q  615 attgaaactgataatcatgatttttataatgtactttttcaatc--tatatacttccaccattaatttttcttcttca 690  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4977202 attgaaactgataatcatgatttttataatatactttttcaatctatatatacttccaccattaatttttcttcttca 4977279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 513; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 15 - 690
Target Start/End: Original strand, 4994524 - 4995186
Alignment:
Q  15 tatgttaaaattacagcgatctactaaaatcaaagtgggccatcgtgtttcgggcatacaattataattaccaaacatacacttgattaaaaacttaatg 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||| | |       |||||||||||||||       ||||||||||||||||    
T  4994524 tatgttaaaattacagcgatctactaaaattaaagtggaccatcgtgattctgac-------tataattaccaaaca-------gattaaaaacttaatg 4994609  T
Q  115 gcttcacatgccacatcaatttcttgggaaatcgttttagacgtcagcttgtgactcttacaagtgcaagcatgacagcaacatatcttactcttgaata 214  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4994610 gcttcacatgccacatcaatttcttgggaaatagttttagacgtcagcttgtgactcttacaagtgcaagcatgacagcaacatatcttactcttgaata 4994709  T
Q  215 tgagttaacacctcnnnnnnngaaatggatatttgtctcataatataaatcttgcgtgtaagatgaaatcatccattacgtacccttctcttgtatcacg 314  Q
    ||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4994710 tgagttaacacctctttttttgaaatggatatttgtctcataatataaatcttgcgtgtaagatgaaatcatccattacgtacccttctcttgtgtcacg 4994809  T
Q  315 ttttctcactgtttatgtttgcatgtgcaccgtgtcccctaaaacataaaccatctttaattttacacacaattctgactatgtacactctcatgtcact 414  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4994810 ttttctcactgtttatgtttgcatgtgcaccgtgtcccctgaaacataaaccatctttaattttacacacaattctgactatgtacactctcatgtcact 4994909  T
Q  415 ccaaaatagattgatgatgtaatattgaaccgacattattgcttcttcttctccaacacttctcaaactccctaagaggacatatattttattcactttc 514  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4994910 ccaaaatagattgatgatgtaatattgaaccgacattattgcttcttcttctccaacacttctcaaacttcctaagaggacatagattttattcactttc 4995009  T
Q  515 tccttttgctatcataatagttcaaaattcaatttcatcacattaaaaatctcttagttatgtgtctttgaacacttcaattcatactagnnnnnnntct 614  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||       |||    
T  4995010 t-cttttgctatcataatagttcaaaattcaatttcatcacattaaaaatctcttagttatgtgtctttgaatactttaattcatactagaaaaaaatct 4995108  T
Q  615 attgaaactgataatcatgatttttataatgtactttttcaatc--tatatacttccaccattaatttttcttcttca 690  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4995109 attgaaactgataatcatgatttttataatatactttttcaatctatatatacttccaccattaatttttcttcttca 4995186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University