View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4809-Insertion-11 (Length: 938)

Name: NF4809-Insertion-11
Description: NF4809
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4809-Insertion-11
NF4809-Insertion-11
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (83-938)||(5171895-5172741)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 669; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 669; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 83 - 938
Target Start/End: Complemental strand, 5172741 - 5171895
Alignment:
Q  83 gtttacctattcataaaatagaaacttaaaaagttaccatattctgagttcacatcaactgaaaacttgctatgttttcacattagtagtggcaaacaaa 182  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5172741 gtttacctattcataaaatagaaacttaaaaagttaccatactctgggttcacatcaactgaaaacttgctatgttttcacgttagtagtggcaaacaaa 5172642  T
Q  183 tttgtatgttttcacattcttgctcttaaaagcgatgttatttgtaaaacatcaacactaaccgaagacagtatctttgatttaatctacatcaaactcg 282  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5172641 tttgtatgttttcacattcttgctcttaaaagcgatgttatttgtaaaacatcaacactaaccgaagacaacatctttgatttaatctacatcaaactcg 5172542  T
Q  283 atttttaactatatcaaataattcatcagaagttgattctttataactaaaaagaaaacgagtatttttcagcaaaagccacaaacccaaccaaaatagc 382  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  5172541 atttttaactatatcaaataattcatcagaagttgattctttataactaaaa-gaaaacgtgtatttttcagcaaaatccacaaagccaaccaaaatagc 5172443  T
Q  383 tatgaagcaatccctgttactataatgaagacctctaaattggcatattatgtacatatttgttgtctcagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntatcatgc 482  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                     ||||||||    
T  5172442 tatgaagcaatccctgttactataatgaagacctctaaattggcatattatgtacatatttgttgtctcagaaaaataaaaatagaaaaaaatatcatgc 5172343  T
Q  483 ttatctaccaaccaaactagaacattacaatgaattgagatttgattgatacactgtttcatgttagttaaacatgagtcacatctatccagcaatgctc 582  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5172342 ttatctaccaaccaaactaaaacattacaatgaattgagatttgattgatacactgtttcatgttagttaaacatgagtcacatctatccagcaatgctc 5172243  T
Q  583 gaagactaactcaaaaatatcttattgtctcgcattatcgcataaaccaaaaacaaagatgctactatccatcaaattcaaaggttcaaaaccatcaaat 682  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5172242 gaacactaactcaaaaatatcttattgtctcgcattatcgcataaacc-aaaacaaagatgctactatccatcaaattcaaaggttcaaaaccatcaaat 5172144  T
Q  683 tcttgtgcattaattgtgggacattattgcgctatgagaggtggaaggatccaagatgatataaggcctcatatttttctgtattaagcttaaagctcat 782  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  5172143 tcttgtgcatt-attgtgggacattattgcgctatgagaggtggaa-gatccaagatgatataaggcctcata-ttttctgtattaagcttaaagctcat 5172047  T
Q  783 atttctcaccatagaaatctcgtaggaccccttcatcattcctaacacacctgaattttacagattggaacgtggctgttgtacccaacactaacagttt 882  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5172046 atttctcaccatagaaatctcgtaggaccccttcatcattcctaacacagctgaattttacagattgaaacgtggctgttgtacccaacactaacagttt 5171947  T
Q  883 ggttgttgtggtctatataaactgtggcttttatgttgggcccttttgttacctct 938  Q
     |||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  5171946 -gttgttgt-gtctatataacctgt-gcttttatgttgggccc-tttgttacctct 5171895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University