View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4811-Insertion-4 (Length: 686)

Name: NF4811-Insertion-4
Description: NF4811
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4811-Insertion-4
NF4811-Insertion-4
[»] chr6 (7 HSPs)
chr6 (8-686)||(376525-377203)
chr6 (9-679)||(347297-347964)
chr6 (9-679)||(355956-356623)
chr6 (118-510)||(336917-337312)
chr6 (246-510)||(340955-341222)
chr6 (127-301)||(332875-333049)
chr6 (329-390)||(332126-332187)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 663; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 663; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 686
Target Start/End: Complemental strand, 377203 - 376525
Alignment:
Q  8 gtactacttgtgatcccttctcttgattcatcaaagtggttaacaaatcacccatttcatcaatatttttggtacctttccttagctccactcttttgga 107  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  377203 gtactacttgtgatcccttctcttcattcatcaaagtggttaacaaatcacccatttcatcaatatttttggtacctttccttagctccactcttttgga 377104  T
Q  108 ctctatatttgaatatataaattgatcaaattctttgcatgctttggtcatctttttctcttgaccaacttgaagtaattgttgcaacctccaaacactt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  377103 ctctatatttgaatatataaattgatcaaattctttgcatgctttggtcatctttttctcttgaccaacttgaagtaattgttgcaacctccaaacactt 377004  T
Q  208 cttggcacaacatgcctatagaatatgcattcttcaatttggtcaaaagccttctcacaagcaacgtctgggaattcaatggaaagacagttaggatcgc 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  377003 cttggcacaacatgcctatagaatatgcattcttcaatttggtcaaaagccttctcacaagcaacgtctgggaagtcaatggaaagacagttaggatcgc 376904  T
Q  308 atccaagaactacagaacaagtgttatcaaatgtgaagcgattgaagacatcttgtaaatcaaccactgacccttgttgttgtacatggtccaacaaagg 407  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  376903 atccaagaactacagaacaaatgttatcaaatgtgaagcgattgaagacatcttgtaaatcaaccactgacccttgttgttgtacatggtccaacaaagg 376804  T
Q  408 aatcaaacttctctccaacttgttttgaatgattttctcttgaaacaattcaaagcttctttgtttgaaaatagagtgaagaagagacctattatatttc 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  376803 aatcaaacttctctccaacttgttttgaatgattttctcttgaaacaattcaaagcttctttgtttaaaaatagagtgaagaagagacctattatatttc 376704  T
Q  508 catgtctttgaatcagcgttgaatattccatctccaaaggcttcaaatatctcatgaaattcatgacccttcacataattgtcaaaacgcttgctcatta 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  376703 catgtctttgaatcagcgttgaatattccatctccaaaggcttcaaatatctcatgaaattcatgacccttcacataattgtcaaaacgcttgctcatta 376604  T
Q  608 tgtgatgcacattcatggggtcactagtgatgaaataattcattttggtaaaccaaggtcccatgaactcaccactacc 686  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  376603 tgtgatgcacattcatggggtcactagtgatgaaataattcattttggtaaaccaaggtcccatgaactcaccactacc 376525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 357; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 679
Target Start/End: Original strand, 347297 - 347964
Alignment:
Q  9 tactacttgtgatcccttctcttgattcatcaaagtggttaacaaatcacccatttcatcaatatttttggtacctttccttagctccactcttttggac 108  Q
    |||||||||||| ||||||||||  ||||||||||| |||| ||||||| |||||||    ||||||||| ||| ||| ||||  |||  |||| | ||     
T  347297 tactacttgtgagcccttctcttctttcatcaaagttgttagcaaatcaaccatttcc---atatttttgctacattttcttatgtcctttcttctagat 347393  T
Q  109 tctatatttgaatatataaattgatcaaattctttgcatgctttggtcatctttttctcttgaccaacttgaagtaattgttgcaacctccaaacacttc 208  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||  ||| ||||||| |||||||||||     
T  347394 tctatatttgcatatacaaattgatcaaatactttgcatgctttggtcatttttttctcttcaccaatttgaagccatttttgcaacttccaaacacttt 347493  T
Q  209 ttggcacaacatgcctatagaatatgcattcttcaatttggtcaaaagccttctcacaagcaacgtctgggaattcaatggaaagacagttaggatcgca 308  Q
    | ||||| | ||| |||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||| || || || || || ||||| |||||||| || ||||| ||    
T  347494 taggcactatatgtctatagaatatgcactcttcaatttggttaaaagctttctcacacgcgacatcgggaaaatcaatcgaaagacaattgggatcaca 347593  T
Q  309 tccaagaactacagaacaagtgttatcaaatgtgaagcgattgaagacatcttgtaaatcaaccactgacccttgttgttgtacatggtccaacaaagga 408  Q
    |||||||||||| |||||| |||| |  |||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  347594 tccaagaactacggaacaaatgttgttgaatgtgaaacgattgaagacatcttgtaaatccaccactgacccttgttgttgtacatggtcaaacaaagga 347693  T
Q  409 atcaaacttctctccaacttgttttgaatgattttctcttgaaacaattcaaagcttctttgtttgaaaatagagtgaagaagagacctattatatttcc 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  347694 atcaaacttctctccaacttgttttgaatgattttcttttgaaacaattcaaaatctctttgtttgaaaatagagtgaaaaagagacctattgtatttcc 347793  T
Q  509 atgtctttgaatcagcgttgaatattccatctccaaaggcttcaaatatctcatgaaattcatgacccttcacataattgtcaaaacgcttgctcattat 608  Q
    || |||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||| ||||||||| ||    
T  347794 atttctccgaatcagcgttgaatattccatctccaaaggcttcaaaaatctcatgaaattcttgaccctttacataattatcaaaacacttgctcatcat 347893  T
Q  609 gtgatgcacattcatggggtcactagtgatgaaataattcattttggtaaaccaaggtcccatgaactcac 679  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| |  ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  347894 gtgatgcacgttcatagggtcactagtaaccaaatagttcatgttggtaaaccaaggtcccatgaactcac 347964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 9 - 679
Target Start/End: Original strand, 355956 - 356623
Alignment:
Q  9 tactacttgtgatcccttctcttgattcatcaaagtggttaacaaatcacccatttcatcaatatttttggtacctttccttagctccactcttttggac 108  Q
    |||||||||||| ||||| ||||  ||||||||||| |||| ||||||| |||| ||||   |||||||  ||| ||| ||||||||  | || || |||    
T  355956 tactacttgtgaccccttttcttctttcatcaaagttgttagcaaatcaaccatctcat---tattttttctacatttgcttagctcttccctctttgac 356052  T
Q  109 tctatatttgaatatataaattgatcaaattctttgcatgctttggtcatctttttctcttgaccaacttgaagtaattgttgcaacctccaaacacttc 208  Q
    | |||||||| ||||| |||||||||| |   ||||||||| |||||||| |||||||||| ||||| ||||||  ||| ||||||| |||||||||||     
T  356053 tttatatttgcatatacaaattgatcataggttttgcatgccttggtcatatttttctcttcaccaatttgaagccatttttgcaacttccaaacacttt 356152  T
Q  209 ttggcacaacatgcctatagaatatgcattcttcaatttggtcaaaagccttctcacaagcaacgtctgggaattcaatggaaagacagttaggatcgca 308  Q
    | |||||   ||| |||||||||||||  ||||| |||||||  |||||||||||||| || || || || || |||||||||||||| |||||||| ||    
T  356153 taggcactttatgtctatagaatatgccctcttcgatttggttgaaagccttctcacacgcgacatcgggaaaatcaatggaaagacaattaggatcaca 356252  T
Q  309 tccaagaactacagaacaagtgttatcaaatgtgaagcgattgaagacatcttgtaaatcaaccactgacccttgttgttgtacatggtccaacaaagga 408  Q
    ||||||||| || |||||| |||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  356253 tccaagaaccacggaacaaatgttgtcgaatgtgaaacgattgaagacatcttgtaaatccaccactgagccttgttgttgtacatggtccaacaaagga 356352  T
Q  409 atcaaacttctctccaacttgttttgaatgattttctcttgaaacaattcaaagcttctttgtttgaaaatagagtgaagaagagacctattatatttcc 508  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||   ||||  ||| ||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  356353 atcaaacttttctccaacttgttttgaatgattttcttttgaaacatttcaaaatctcttattttcaaaatagagtgaaaaagagacctattgtatttcc 356452  T
Q  509 atgtctttgaatcagcgttgaatattccatctccaaaggcttcaaatatctcatgaaattcatgacccttcacataattgtcaaaacgcttgctcattat 608  Q
    ||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||  |||||| |  ||    
T  356453 atgtctccgaatcagtgttgaatattccatctccaaaggcttcaaatatctcatgatattcatgacccttaacataattgtcaaaagacttgcttaacat 356552  T
Q  609 gtgatgcacattcatggggtcactagtgatgaaataattcattttggtaaaccaaggtcccatgaactcac 679  Q
    ||||||||  || ||||||||||||||||  ||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||    
T  356553 gtgatgcaagttgatggggtcactagtgaccaaatagttcatgctggtaaaccaaggtcccatgaactcac 356623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 118 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 337312 - 336917
Alignment:
Q  118 gaatatataaattgatcaaattctttgcatgctttggtcatctttttctcttgaccaacttgaagtaattgttgcaacctccaaacacttcttggcacaa 217  Q
    |||||||  |||||||||||| ||||||||||||  ||||| |||||||||| ||| | ||||||  |   ||||||| |||||||||     ||||||     
T  337312 gaatataggaattgatcaaatactttgcatgcttcagtcatttttttctcttcaccgatttgaagccaactttgcaacttccaaacacaagccggcacag 337213  T
Q  218 catgcctatagaatatgcattcttcaatttggtcaaaagccttctcacaagcaacgtctgggaattcaatggaaagacagttaggatcgcatccaagaac 317  Q
      || || ||||| ||| ||||||||  ||||| |||||||||||| ||  |||| || ||||| |||||||||||||| ||||| ||   ||||||||     
T  337212 tgtgtctgtagaagatggattcttcagcttggttaaaagccttctcgcacacaacttcagggaaatcaatggaaagacaattagggtcatgtccaagaat 337113  T
Q  318 tacagaacaagtgttatcaaatgtgaagcgattgaagacatcttgtaaatcaaccactgaccc---ttgttgttgtacatggtccaacaaaggaatcaaa 414  Q
    ||  |||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||   ||||||||| ||||| | ||| |||||||||||     
T  337112 tattgaacaaatgttatcaaatgtgaagcgattgaacacgtcttgtaaatcgaccaccgacccattttgttgttgaacatgattcaataaaggaatcaat 337013  T
Q  415 cttctctccaacttgttttgaatgattttctcttgaaacaattcaaagcttctttgtttgaaaatagagtgaagaagagacctattatatttccat 510  Q
      | |||| |  ||||| ||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||| | | | || ||||||  |||||| |||||||||    
T  337012 gatttctcaactttgttgtgaatgattttctcttgaaaagcttcaaagcttctttgtttgaagagatattggagaagattcctattgtatttccat 336917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 246 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 341222 - 340955
Alignment:
Q  246 ttggtcaaaagccttctcacaagcaacgtctgggaattcaatggaaagacagttaggatcgcatccaagaactacagaacaagtgttatcaaatgtgaag 345  Q
    ||||| ||||||||||||| | | ||| || ||||| ||  | |||||||| || |||||   |||||||| ||   ||||| ||||||| ||||||||     
T  341222 ttggttaaaagccttctcagatggaacttcggggaaatctgttgaaagacaatttggatcatgtccaagaattatcaaacaaatgttatcgaatgtgaat 341123  T
Q  346 cgattgaagacatcttgtaaatcaaccactgacccttgttgttgt---acatggtccaacaaaggaatcaaacttctctccaacttgttttgaatgattt 442  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||   ||||| | ||| |  ||||||||   | |||| |  ||||| ||||| || |    
T  341122 cgattgaacacatcttgtaaatcgaccaccgaccctttttgttgtagaacatgattcaatattggaatcaatgatttctcaactttgttgtgaattatct 341023  T
Q  443 tctcttgaaacaattcaaagcttctttgtttgaaaatagagtgaagaagagacctattatatttccat 510  Q
    ||||||||||   ||||||||||||||||||||| | | | || ||||||  |||||| |||||||||    
T  341022 tctcttgaaaagcttcaaagcttctttgtttgaagagatattggagaagattcctattgtatttccat 340955  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 127 - 301
Target Start/End: Complemental strand, 333049 - 332875
Alignment:
Q  127 aattgatcaaattctttgcatgctttggtcatctttttctcttgaccaacttgaagtaattgttgcaacctccaaacacttcttggcacaacatgcctat 226  Q
    |||| ||||||| |||||||||| | |||||| ||||||||||  |||| ||||||  ||| ||||| | || ||||||     ||||| |  || ||||    
T  333049 aatttatcaaatactttgcatgcctcggtcatttttttctcttccccaatttgaagccatttttgcatcttctaaacacaaacgggcacgatgtgtctat 332950  T
Q  227 agaatatgcattcttcaatttggtcaaaagccttctcacaagcaacgtctgggaattcaatggaaagacagttag 301  Q
    |||| ||||||||||||  ||||| ||||||||||||||| ||||| |  || || ||||| |||||||||||||    
T  332949 agaagatgcattcttcagcttggttaaaagccttctcacacgcaacttgaggaaaatcaatagaaagacagttag 332875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 329 - 390
Target Start/End: Complemental strand, 332187 - 332126
Alignment:
Q  329 tgttatcaaatgtgaagcgattgaagacatcttgtaaatcaaccactgacccttgttgttgt 390  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||  ||||||| |||||||    
T  332187 tgttatcgaatgtgaagcgattgaatacatcttgtaaatcgaccatcgaccctttttgttgt 332126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University