View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
|
Alignment Overview
Query: NF4813-Insertion-8 (Length: 633)
Name: NF4813-Insertion-8
Description: NF4813
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF4813-Insertion-8 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 289; Significance: 1e-162; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 9 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 26100766 - 26100412
Alignment:
| Q |
9 |
gtaattcttcagaatagtaaactaatgtcaaccacatgagttctatatagagctgattattcagaagatacaatcacttcatgaatatgaaagaactagt |
108 |
Q |
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| T |
26100766 |
gtaattcttcagaagagtaaactaatgtcaaccacatgagttctatatagagctgattattcagaagatacaatcacgtcatgattgtgaaagaactggt |
26100667 |
T |
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| Q |
109 |
tagtatagtttatagagtaaaaggtggcaaatgaacaaaatctgcttactgagtacacacctgaatgttaaaggatcatcaacaatgtccaatgatttcc |
208 |
Q |
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| T |
26100666 |
----atagtttacagagtaaaaggtggcaaaggaacaaaatctgcttactgagtacac--ctgaatgccaaaggatcatcaacaatgtccaatgatttcc |
26100573 |
T |
|
| Q |
209 |
catttttaaattttaaatcaagattaagtaccacattctcaacagcttaggaaagaacaataggtttaccacacaactgctccaactcatcttctaaaat |
308 |
Q |
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| T |
26100572 |
catttttaaattttaaatcaagattaagtaccacattctcaacagcttaggaaagaacaataggtttgccacacaactgctccaactcatcttctaagat |
26100473 |
T |
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| Q |
309 |
tttgtataaatttgctttgttccgcctatatatccaagctttagtaacctgatcccaatca |
369 |
Q |
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| T |
26100472 |
tttgtataaatttgctttgttccgcctatatatccaagctttagtaacctgatcccaatca |
26100412 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 285; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 9 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 25561252 - 25560898
Alignment:
| Q |
9 |
gtaattcttcagaatagtaaactaatgtcaaccacatgagttctatatagagctgattattcagaagatacaatcacttcatgaatatgaaagaactagt |
108 |
Q |
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| T |
25561252 |
gtaattcttcagaagagtaaactaatgtcaaccacatgagttctatatagagctgattattcagaagatacaatcacgtcatgactgtgaaagaactggt |
25561153 |
T |
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| Q |
109 |
tagtatagtttatagagtaaaaggtggcaaatgaacaaaatctgcttactgagtacacacctgaatgttaaaggatcatcaacaatgtccaatgatttcc |
208 |
Q |
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| T |
25561152 |
----atagtttatagagtaagaggtggcaaaggaacaaaatctgcttactgagtacac--ctgaatgccaaaggatcatcaacaatgtccaatgatttcc |
25561059 |
T |
|
| Q |
209 |
catttttaaattttaaatcaagattaagtaccacattctcaacagcttaggaaagaacaataggtttaccacacaactgctccaactcatcttctaaaat |
308 |
Q |
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| T |
25561058 |
catttttaaattttaaatcaagattaagtaccacattctcaacagcttaggaaagaacaataggtttgccagacaactgctccaactcatcttctaagat |
25560959 |
T |
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| Q |
309 |
tttgtataaatttgctttgttccgcctatatatccaagctttagtaacctgatcccaatca |
369 |
Q |
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| T |
25560958 |
tttgtataaatttgctttgttccgcctatatatccaagctttagtaacctgatcccaatca |
25560898 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 9 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 25566797 - 25566443
Alignment:
| Q |
9 |
gtaattcttcagaatagtaaactaatgtcaaccacatgagttctatatagagctgattattcagaagatacaatcacttcatgaatatgaaagaactagt |
108 |
Q |
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| T |
25566797 |
gtaattcttcagaagagtaaactaatgtcaaccacatgagttctatatagagctgattattcagaagatacaatcacgtcatgattgtgaaagaactggt |
25566698 |
T |
|
| Q |
109 |
tagtatagtttatagagtaaaaggtggcaaatgaacaaaatctgcttactgagtacacacctgaatgttaaaggatcatcaacaatgtccaatgatttcc |
208 |
Q |
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| T |
25566697 |
----atagtttatagagtaataggtggcaaaggaacaaaatctgcttactgagtacac--ctgaatgccaaaggatcatcaacaatgtccaatgatttcc |
25566604 |
T |
|
| Q |
209 |
catttttaaattttaaatcaagattaagtaccacattctcaacagcttaggaaagaacaataggtttaccacacaactgctccaactcatcttctaaaat |
308 |
Q |
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| T |
25566603 |
catttttaaattttaaatcaagattaagtaccacattctcaacagcttaggaaagaacaataggtttgccacacaactgctccaactcatcttctaagat |
25566504 |
T |
|
| Q |
309 |
tttgtataaatttgctttgttccgcctatatatccaagctttagtaacctgatcccaatca |
369 |
Q |
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|
| T |
25566503 |
tttgcataaatttgctttattccgcctatatatccaaactttagtaacctgatcccaatca |
25566443 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 8 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 26001027 - 26000681
Alignment:
| Q |
8 |
agtaattcttcagaatagtaaactaatgtcaaccacatgagttctatatagagctgattattcagaagatacaatcacttcatgaatatgaaagaactag |
107 |
Q |
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| T |
26001027 |
agtaattcttcagaagagtaaactaatgtcaaccacatgagttctatatagagctgattattcagaaga-acaatcacgtcatgactgtgaaagaactgg |
26000929 |
T |
|
| Q |
108 |
ttagtatagtttatagagtaaaaggtggcaaatgaacaaaatctgcttactgagtacacacctgaatgttaaaggatcatcaacaatgtccaatgatttc |
207 |
Q |
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| T |
26000928 |
t----atagtttatagagtaaaaggtggcaaaggaacaaaatctgcttactgagtacac--ctgaatgccaaaggatcatcaacaatgtccaatgatttc |
26000835 |
T |
|
| Q |
208 |
ccatttttaaattttaaatcaagattaagtaccacattctcaacagcttaggaaagaacaataggtttaccacacaactgctccaactcatcttctaaaa |
307 |
Q |
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| T |
26000834 |
ccattta--------aaatcaagattaagtaccacattctcaacagcttaggaaagaacaataggtttgccacacaactgctccaactcatcttctaaga |
26000743 |
T |
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| Q |
308 |
ttttgtataaatttgctttgttccgcctatatatccaagctttagtaacctgatcccaatca |
369 |
Q |
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| T |
26000742 |
ttttgtataaatttgctttgttccgcctatatatccaagctttagtaacctgatcccaatca |
26000681 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7 (Bit Score: 270; Significance: 1e-150; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 270; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 8 - 369
Target Start/End: Complemental strand, 33857781 - 33857426
Alignment:
| Q |
8 |
agtaattcttcagaatagtaaactaatgtcaaccacatgagttctatatagagctgattattcagaagatacaatcacttcatgaatatgaaagaactag |
107 |
Q |
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| T |
33857781 |
agtaattcttcagaagagtaaactaatgttaaccacatgagttctatatagagctgattattcagaagatacaatcacgtcatgactgtgaaagaactgg |
33857682 |
T |
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| Q |
108 |
ttagtatagtttatagagtaaaaggtggcaaatgaacaaaatctgcttactgagtacacacctgaatgttaaaggatcatcaacaatgtccaatgatttc |
207 |
Q |
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| T |
33857681 |
t----atagtttatagagtaaaaggtgggaaaggaacaaaatctgcttcctgagttcac--ctgaatgccaaaggatcatcaacaatgtccaatgatttc |
33857588 |
T |
|
| Q |
208 |
ccatttttaaattttaaatcaagattaagtaccacattctcaacagcttaggaaagaacaataggtttaccacacaactgctccaactcatcttctaaaa |
307 |
Q |
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| T |
33857587 |
ccatttttaaattttaaatcaagattaagtactacattctcaacagcttaggaaagaacaataggtttgccagacaactgctccaactcatcttctaaga |
33857488 |
T |
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| Q |
308 |
ttttgtataaatttgctttgttccgcctatatatccaagctttagtaacctgatcccaatca |
369 |
Q |
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| T |
33857487 |
ttttgtataaatttgctttgttccgcctatatatccaagctttagtaacctgatcccaatca |
33857426 |
T |
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