View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4813_low_1 (Length: 721)

Name: NF4813_low_1
Description: NF4813
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4813_low_1
NF4813_low_1
[»] chr8 (9 HSPs)
chr8 (11-702)||(5193485-5194176)
chr8 (43-696)||(6230167-6230838)
chr8 (11-697)||(5203728-5204435)
chr8 (50-687)||(5174589-5175247)
chr8 (41-524)||(5183347-5183846)
chr8 (98-378)||(1797048-1797332)
chr8 (199-391)||(5170705-5170897)
chr8 (407-577)||(1797340-1797510)
chr8 (637-694)||(1797525-1797582)
[»] chr7 (5 HSPs)
chr7 (43-577)||(5177216-5177759)
chr7 (31-388)||(8552425-8552785)
chr7 (199-388)||(8305858-8306047)
chr7 (632-696)||(5177139-5177203)
chr7 (637-690)||(8553028-8553081)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (205-354)||(49610984-49611133)
chr4 (637-687)||(49610657-49610707)
chr4 (412-577)||(49610752-49610917)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (207-380)||(1180942-1181115)
chr6 (44-107)||(1181215-1181278)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 660; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 660; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 702
Target Start/End: Complemental strand, 5194176 - 5193485
Alignment:
Q  11 atactcaccgcaatttgcttaaagatgaacagggatagagatgacaaaacattttgaggtttgatgttttgcacaaattccctcaagttacaaagatgac 110  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5194176 atactcaccgcaattcgcttaaagatgaacagggatagagatgacaaaacattttgaggtttgatgttttgcacaaattccctcaagttacaaagatgac 5194077  T
Q  111 gataatcaatggaaaaatccatataaacttttagctgactagaacttcttagaaaagatataatagtctctaaactacaatcaccgtgatatacacatga 210  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5194076 gataatcaatggaaaaatccatatcaacttttagctgactagaacttcttagaaaagatataatagtctctaaactacaatcaccgtgatatacacatga 5193977  T
Q  211 taatagatttggagcatcaatgttgacctccttcaagttagaacaattagataaccccaacaccttaagttgatcacttgaaatatcaatcctctcggcc 310  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5193976 taatagatttggagcatcaatgttgacctccttcaagttagaacaattagataaccccaacaccttaagttgatcacttgaaatatcaatcctctcggcc 5193877  T
Q  311 attgtacagttgttcaatttcaaactctcaaggaaaggaaattttggaaacagttcgagaaaccatttgtcggtgataatatctctcatcagagacaaat 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5193876 attgtacagttgttcaatttcaaactctcaaggaaaggaaattttggaaacagttcgagaaaccatttgtcagtgataatatctctcatcagagacaaat 5193777  T
Q  411 atttcaaattttggcacctatcaaaatcaatcttaaatggttcgtcaaaataaccaggacaataaaataatttctcaagacacggggtgtcaatgtaaat 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  5193776 atttcaaattttggcacctatcaaaatcaatcttaaatggttcgtcaaaataaccaggacaataaaataatttctcaagacacggggcgtcaatgtaaat 5193677  T
Q  511 ctcttgtattcctcgaagatcaaccgtcttcaacttaagtagaccaaccatactcaaagacttcatgctcccctcaagtagacgatttgttgcgccatta 610  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5193676 ctcttgtattcctcgaacatcaaccgtcttcaacttaagtagaccaaccatactcaaagacttcatgctcccctcaagtagacgatttgttgcgccatta 5193577  T
Q  611 gggcgcaacactgaacaaaagctcacagttatatgttcaattgaaggacaacaagaaatgagatgttcaattgcatgttcgtctctcacaag 702  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  5193576 gggcgcaacactgaacaaaagctcacagttatatgttcaatcaaaggacaacaagaaatgagatgttcgattgcatgttcgtctctcacaag 5193485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 356; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 43 - 696
Target Start/End: Complemental strand, 6230838 - 6230167
Alignment:
Q  43 ggatagagatgacaaaacattttgaggtttgatgttttgcacaaattccctcaagttacaaagatgacgataatcaatggaaaaatccatataaactttt 142  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| || |||||||| ||| |||    
T  6230838 ggatagagatgacaaaacattttgaggtttgatgttttgcacaaattccctcaagttacaaagatgatgatgatcaatgggaatatccatatcaaccttt 6230739  T
Q  143 agctgactagaacttcttagaaaagatataatagtctctaaactacaatcaccgtgatatacacatgataatagatttggagcatcaatgttgacctcct 242  Q
    || |||||||||||| |||| ||||||||||||| |||| ||  || ||||| |  ||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  6230738 agttgactagaacttgttaggaaagatataataggctctgaatcaccatcactgcaatatacacacgataatagatttggagcatcaatattaacctcct 6230639  T
Q  243 tcaagttagaacaattagataaccccaacaccttaagttgatcacttgaaatatcaatcctctcggccattgtacagttgttcaatttcaaactctcaag 342  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |  | ||||||||||||||||||    
T  6230638 tcaagttagaacaatcagataactccaacaccttaagttgaacacttgaaatattaatcctctcggccattgtacaatcatccaatttcaaactctcaag 6230539  T
Q  343 gaaaggaaattttggaaacagttcgagaaaccatttgtcggtgataatatctctcatcagagac------aaatatttcaaattttggcacctatcaaaa 436  Q
    |||| ||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||   |||| ||      |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  6230538 gaaacgaaattttctaaacagttcaagaaaccatttgtcggtgataataccactgtccagacacaagtctaaatatttcaaattttggcatctatcaaaa 6230439  T
Q  437 tcaatcttaaatggttcgtcaaaataaccaggacaataaaataatttctcaagacacggggtgtcaatgtaaatctcttgtattcctcgaagatcaaccg 536  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||| ||||||  ||||| |||| ||||||||||||| ||| ||||||||    
T  6230438 tcaatcttaaatggtgcgtcaaaataaccaggacaataacgtaatttctcgagagacggggaatcaatataaacctcttgtattccttgaacatcaaccg 6230339  T
Q  537 tcttcaacttaagtagaccaaccatactcaaagacttcatgctccc------------ctcaagtagacgatttgttgcgccattagggcgcaacactga 624  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||  |||             ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||    
T  6230338 tcttcaacttaagtagaccatccatactcaaagacttgatgaccccagaggtgtgagattcaagtagatgatttgttgcgccattagggctcaacattga 6230239  T
Q  625 acaaaagctcacagttatatgttcaattgaaggacaacaagaaatgagatgttcaattgcatgttcgtctct 696  Q
    ||||   |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6230238 acaatccctcaaagttatatgttcaattaaaggacaacaagaaatgagatgttcaattgcatgttcgtctct 6230167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 299; E-Value: 1e-168
Query Start/End: Original strand, 11 - 697
Target Start/End: Complemental strand, 5204435 - 5203728
Alignment:
Q  11 atactcaccgcaatttgcttaaagatgaacagggatagagatgacaaaacattttgaggtttgatgttttgcacaaattccctcaagttacaaagatgac 110  Q
    ||||||||| || || ||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||       
T  5204435 atactcacctcagttggctgaaagatgaatagagatagagatgacaaaacattttgaggtttgatgttttgaagagattccctcaagttacaaagatcca 5204336  T
Q  111 gataatcaatggaaaaatccatataaacttttagctgactagaacttcttagaaaagatataatagtctctaaactacaatcaccgtgatatacacatga 210  Q
    ||||||||||||  |  | || ||  |||| ||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||| || | |||| | | ||||||| ||    
T  5204335 gataatcaatggggatttgcaaatcgacttctagttgactagaacttctaagaaaagatataataggctctgaaccaccaccaccataaaatacacacga 5204236  T
Q  211 taatagatttggagcatcaatgttgacctccttcaagttagaacaattagataaccccaacaccttaagttgatcacttgaaatatcaatcctctcggcc 310  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||  |    
T  5204235 taatagatttggagcgtcaatgttgacctccttcaagttagaacaattagataactccaacaccttaagttgaacacttgaaatattaatcctctcgaac 5204136  T
Q  311 attgtacagttgttcaatttcaaactctcaaggaaaggaaattttggaaacagttcgagaaaccatttgtcggtgataatatctctcatcagagac---- 406  Q
    ||  |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| |||||||||   ||| ||| ||||        
T  5204135 atcctacaattgttcaacttcaaactctcaaggaaaggaaattttgaaaacagttcaagaaaccatttgtctgtgataatactactcttcaaagacaaca 5204036  T
Q  407 -----aaatatttcaaattttggcacctatcaaaatcaatcttaaatggttcgtcaaaataaccaggacaataaaataatttctcaagacacggggtgtc 501  Q
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||  ||    
T  5204035 agtctaaatatttcaaattttggcacctatcaaaatcaatcttaaacggtgcgtcaaaatcaccaggacaataacaaaatttctcaagacacggggcatc 5203936  T
Q  502 aatgtaaatctcttgtattcctcgaagatcaaccgtcttcaacttaagtagaccaaccatactcaaagacttcatgctccc------------ctcaagt 589  Q
    ||| |||| ||| ||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||  |||             ||||||    
T  5203935 aatataaacctcctgtattccttgaacatcaactgtcttcaacttaagtagaccatgcatattcaaagacttcatgaccccagaggtgtcagattcaagt 5203836  T
Q  590 agacgatttgttgcgccattagggcgcaacactgaacaaaagctcacagttatatgttcaattgaaggacaacaagaaatgagatgttcaattgcatgtt 689  Q
    |||  |||||||||| ||||||||  ||| || |||||| |  ||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5203835 agaaaatttgttgcgacattagggatcaatacagaacaacacttcaaagttatatgttcaatcaaaggacaacaagaaatgagatgctcaattgcatgtt 5203736  T
Q  690 cgtctctc 697  Q
    | ||||||    
T  5203735 catctctc 5203728  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 50 - 687
Target Start/End: Complemental strand, 5175247 - 5174589
Alignment:
Q  50 gatgacaaaacattttgaggtttgatgttttgcacaaattccctcaagttacaaagatgacgataatcaatggaaaaatccatataaacttttagctgac 149  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||| ||||  |||||||| ||||    
T  5175247 gatgtcaaaacattttgaggtttgatgttttgcacaaattccctcaagttacaaagatgacgataatgaatgggaatatctatattgacttttagttgac 5175148  T
Q  150 tagaacttcttagaaaagatataatagtctctaaactacaatcaccgtgatatacacatgataatagatttggagcatcaatgttgacctccttcaagtt 249  Q
    |||||||||||||||| |||||||||| |||| |||||| | |||||  |||||||||  ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  5175147 tagaacttcttagaaaggatataataggctctgaactaccaacaccgcaatatacacacaataatagatttggcgcatcaatgttgacctccttcaagtt 5175048  T
Q  250 agaacaattagataaccccaacaccttaagttgatcacttgaaatatcaatcctctcggccattgtacagttgttcaatttcaaactctcaaggaaagga 349  Q
    |||||||| | ||| | ||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||| ||| || || |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  5175047 agaacaatcaaatagctccaacaccttaagttgaacacttgaaatattaatcttctcggacatagtgcaattgtccaatttcaaactctcaaggaaagga 5174948  T
Q  350 aattttggaaacagttcgagaaaccatttgtcggtgataatatctctcatcagagac---------aaatatttcaaattttggcacctatcaaaatcaa 440  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    ||||||| ||||         || | ||| ||||||| |||||| ||||||||||    
T  5174947 aatttaggaaacagttcaagaaaccatttgtcggtgataatgatgctcatcaaagacaacaagtttaacttttttaaatttttgcacctttcaaaatcaa 5174848  T
Q  441 tcttaaatggttcgtcaaaataaccaggacaataaaataatttctcaagacacggggtgtcaatgtaaatctcttgtattcctcgaagatcaaccgtctt 540  Q
    ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| | || ||||||||||||||||  ||||| |||| ||||||||||||| ||| |||||| |||||    
T  5174847 tcttaaatggtgcgtcaaaatcaccaggacaataacaaaaattctcaagacacggggcatcaatataaacctcttgtattccttgaacatcaactgtctt 5174748  T
Q  541 caacttaagtagaccaaccatactcaaagacttcatgctccc------------ctcaagtagacgatttgttgcgccattagggcgcaacactgaacaa 628  Q
    || |||   || ||||  ||| |||||||| |||||| ||||             |||| |||| ||||||| | | || |||||| |||||||||||||    
T  5174747 cagctttgataaaccacgcatgctcaaagatttcatgatcccaggggtatcagattcaaatagatgatttgtggtgacactagggctcaacactgaacaa 5174648  T
Q  629 aagctcacagttatatgttcaattgaaggacaacaagaaatgagatgttcaattgcatg 687  Q
     |  ||| |||||||||||||||  ||||||||| |||||| ||||  |||||||||||    
T  5174647 cacttcaaagttatatgttcaatcaaaggacaacgagaaatcagattctcaattgcatg 5174589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 41 - 524
Target Start/End: Complemental strand, 5183846 - 5183347
Alignment:
Q  41 agggatagagatgacaaaacattttgaggtttgatgttttgcacaaattccctcaagttacaaa----gatgacgataatcaatggaaaaatccatataa 136  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    ||||| ||||||||||| |||||  ||||| |    
T  5183846 agggacagagatgacaaaacattttgaggtttgatgttttgcacaaattccctcaagtcacaaacaaagatgatgataatcaatgaaaaaagtcatatca 5183747  T
Q  137 acttttagctgactagaacttcttagaaaagatataatagtctctaaactacaatcaccgtgatatacacatgataatagatttggagcatcaatgttga 236  Q
    |||||||| |||||||||||| | | |||||||||||||| |||| ||  |  | || ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |    
T  5183746 acttttagttgactagaacttgtcaaaaaagatataataggctctgaatcaacaccatcgcaatatacacatgataatagatttggagcatcaatattaa 5183647  T
Q  237 cctccttcaagttagaacaattagataaccccaacaccttaagttgatcacttgaaatatcaatcctctcggccattgtacagttgttcaatttcaaact 336  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||| |||||| |||| |  | |||||| |||||    
T  5183646 cctccttcaagttagaacaattagataacttcaacaccttaagttgaacacttgaaatattaatcgtctcagccattttacaataatgcaattttaaact 5183547  T
Q  337 ctcaaggaaaggaaattttggaaacagttcgagaaaccatttgtcggtgataatatctctcatcagagac---------aaatatttcaaattttggcac 427  Q
    ||||||||||||| ||| || ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||  |||| ||| | ||         ||||||||||||||||||||     
T  5183546 ctcaaggaaaggatattctgaaaacagttcaagaaaccatttatcggtgataatacttctcctcaaatacaacaattttaaatatttcaaattttggcat 5183447  T
Q  428 ctatcaaaatcaatcttaaatggttcgtcaaa---ataaccaggacaataaaataatttctcaagacacggggtgtcaatgtaaatctcttgtattcctc 524  Q
    ||||||||| ||||||||||| || ||| |||   |  |||||||| |||| | |||||||||||| || |||  ||||| |||| ||| || |||||||    
T  5183446 ctatcaaaaacaatcttaaattgtgcgttaaaacgaagaccaggactataacaaaatttctcaagatactgggcatcaatataaacctcctggattcctc 5183347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 146; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 98 - 378
Target Start/End: Original strand, 1797048 - 1797332
Alignment:
Q  98 ttacaaagatgacgataatcaatggaaaaatccatataaacttttagctgactagaacttcttagaaaagatataatagtctctaaactacaatcaccgt 197  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||| ||||||      
T  1797048 ttacaaagatgatgataatcaatgaaaaaattcatatcaacttttagttgactagaacttcttagataagatataataggctctgaactaccatcaccac 1797147  T
Q  198 gat-----atacacatgataatagatttggagcatcaatgttgacctccttcaagttagaacaattagataaccccaacaccttaagttgatcacttgaa 292  Q
    |||     | | | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  1797148 gattaaaaaaaaaaatgataatagatttggagcatcaatgttgacctccttcaagttagaacaatgagataactccaacaccttaagttgaacacttgaa 1797247  T
Q  293 atatcaatcctctcggccattgtacagttgttcaatttcaaactctcaaggaaaggaaattttggaaacagttcgagaaaccattt 378  Q
    |||| |||| | |||||||||||||| |    ||||||| ||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  1797248 atattaatcttgtcggccattgtacaataacccaatttc-aactctctaggaaatgaaattttggaaacagttcaagaaaccattt 1797332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 93; E-Value: 7e-45
Query Start/End: Original strand, 199 - 391
Target Start/End: Complemental strand, 5170897 - 5170705
Alignment:
Q  199 atatacacatgataatagatttggagcatcaatgttgacctccttcaagttagaacaattagataaccccaacaccttaagttgatcacttgaaatatca 298  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||||||  |||||||||||||||| | ||||  |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  5170897 atatacacatgacaatagattgggagcatcaatgccgacctccttcaagttatagcaatgtgataactccaacaccttaagttgaacacttgaaatatta 5170798  T
Q  299 atcctctcggccattgtacagttgttcaatttcaaactctcaaggaaaggaaattttggaaacagttcgagaaaccatttgtcggtgataata 391  Q
    ||||| |||| |||| | || || | ||||||||| |||||||||||||| |||||| |||| || ||||||||||||||||| || ||||||    
T  5170797 atcctttcggacattttgcaattttgcaatttcaacctctcaaggaaagggaattttcgaaagagatcgagaaaccatttgtctgtaataata 5170705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 8e-20
Query Start/End: Original strand, 407 - 577
Target Start/End: Original strand, 1797340 - 1797510
Alignment:
Q  407 aaatatttcaaattttggcacctatcaaaatcaatcttaaatggttcgtcaaaataaccaggacaataaaataatttctcaagacacggggtgtcaatgt 506  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||     ||||| | | ||||||||| | | |||||||||| ||||||  ||||| |    
T  1797340 aaatatttcaaattttggcatctatcaaaatcaatcttatatggtgaaaaaaaatcatccggacaataacaaagtttctcaagatacggggcatcaatat 1797439  T
Q  507 aaatctcttgtattcctcgaagatcaaccgtcttcaacttaagtagaccaaccatactcaaagacttcatg 577  Q
    | | ||| || ||||||  || |||||| ||||| | |||||||||||||  ||| |||||||||||||||    
T  1797440 atacctcctggattccttcaacatcaactgtcttgagcttaagtagaccatgcatgctcaaagacttcatg 1797510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 637 - 694
Target Start/End: Original strand, 1797525 - 1797582
Alignment:
Q  637 agttatatgttcaattgaaggacaacaagaaatgagatgttcaattgcatgttcgtct 694  Q
    |||||||||||||||  | |||||||||||||| | |||||||||| |||||||||||    
T  1797525 agttatatgttcaatcaacggacaacaagaaataaaatgttcaattacatgttcgtct 1797582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 207; Significance: 1e-113; HSPs: 5)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 43 - 577
Target Start/End: Complemental strand, 5177759 - 5177216
Alignment:
Q  43 ggatagagatgacaaaacattttgaggtttgatgttttgcacaaattccctcaagttacaaagatgacgataat---caatggaaaaatccatataaact 139  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||| |||||| ||||||||||    
T  5177759 ggatagagatgacaaaacattttgaggtttgatgttttgcacaaattccctcaagttacaaagatgatgataataatcaatgaaaaaattcatataaact 5177660  T
Q  140 tttagctgactagaacttcttagaaaagatataatagtctctaaactacaatcacc------gtgatatacacatgataatagatttggagcatcaatgt 233  Q
    ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||  ||| |||||| |  |||      || ||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  5177659 tttagttgactagaacttcttagataagatataatagggtctgaactaccacaaccaacactgtaatatacaaacgataatagatttggagcatcaatgt 5177560  T
Q  234 tgacctccttcaagttagaacaattagataaccccaacaccttaagttgatcacttgaaatatcaatcctctcggccattgtacagttgttcaatttcaa 333  Q
    ||| |||||||| || |||||||  ||||| | ||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||| | ||| || ||  ||| ||||| |||    
T  5177559 tgatctccttcatgtcagaacaaaaagatatctccaacaccttaagttgaacacttgaaatattaatcttctcagacatagtgcaactgtccaattccaa 5177460  T
Q  334 actctcaaggaaaggaaattttggaaacagttcgagaaaccatttgtcggtgataatatctctcatcagagacaaatatttcaaattttggcacctatca 433  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  | |||||||   |||  ||||||||||||||||||||||||||| |||||     
T  5177459 actctcaaggaaaggaaattttggaaacagttcaagaaaccatttgtttgcgataatacaactctccagagacaaatatttcaaattttggcatctatcg 5177360  T
Q  434 aaatcaatcttaaatggttcgtcaaaataaccaggacaataaaataatttctcaagacacggggtgtcaatgtaaatctcttgtattcctcgaagatcaa 533  Q
    ||| |||||||| ||||| ||  ||||| | | |||||| ||   |||||||||||| ||||||  ||||| || | ||| || ||||||  ||  | ||    
T  5177359 aaaccaatcttatatggtgcgaaaaaatcatcgggacaaaaacgcaatttctcaagatacggggcatcaatatatacctcctggattccttcaactttaa 5177260  T
Q  534 ccgtcttcaacttaagtagaccaaccatactcaaagacttcatg 577  Q
    | ||||| | |||||||||||||   || |||||||||||||||    
T  5177259 ctgtcttgagcttaagtagaccatgaatgctcaaagacttcatg 5177216  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 95; E-Value: 4e-46
Query Start/End: Original strand, 31 - 388
Target Start/End: Original strand, 8552425 - 8552785
Alignment:
Q  31 aaagatgaacagggatagagatgacaaaacattttgaggtttgatgttttgcacaaattccctcaagttacaaagatgacgataatcaatggaaaaatcc 130  Q
    ||||||||| || ||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||| ||||||||| |||||    |||||||||| | |  |      
T  8552425 aaagatgaatagagatagtgatgtcaaaacattttcaggtttgatgttttggagaaattccttcaagttaccaagatccaaataatcaatgtagatttga 8552524  T
Q  131 atataaacttttagctgactagaacttcttagaaaagatataatagtctctaaact---acaatcaccgtgatatacacatgataatagatttggagcat 227  Q
    | || |||||| || | |||||||||||||| |||||| |||||||  ||||||     |  ||||  |  |||| ||||||| ||||||||||||||||    
T  8552525 acatcaactttcagtttactagaacttcttacaaaagaaataataggttctaaatgttgagtatcaatgatatattcacatgacaatagatttggagcat 8552624  T
Q  228 caatgttgacctccttcaagttagaacaattagataaccccaacaccttaagttgatcacttgaaatatcaatcctctcggccattgtacagttgttcaa 327  Q
    ||||||||||||| |||| ||||   |||  ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||| |||| | |||||| || |||   ||    
T  8552625 caatgttgacctctttcatgttatggcaaccagataactccaacaccttaagttgaacacttgaaatattaatcgtctcagacattgtgcatttgacaaa 8552724  T
Q  328 tttcaaactctcaaggaaaggaaattttggaaacagttcgagaaaccatttgtcggtgata 388  Q
    |||||| |||||||||||||| ||||| | ||||| ||| |||||||||||||| ||||||    
T  8552725 tttcaatctctcaaggaaagggaatttcgaaaacaattcaagaaaccatttgtctgtgata 8552785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 78; E-Value: 6e-36
Query Start/End: Original strand, 199 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 8306047 - 8305858
Alignment:
Q  199 atatacacatgataatagatttggagcatcaatgttgacctccttcaagttagaacaattagataaccccaacaccttaagttgatcacttgaaatatca 298  Q
    |||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||   |||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  8306047 atattcacatgacaatagatttggagcatcaatgttgacctctttcatgttatggcaatgagataactccaacaccttaagttgaacacttgaaatatta 8305948  T
Q  299 atcctctcggccattgtacagttgttcaatttcaaactctcaaggaaaggaaattttggaaacagttcgagaaaccatttgtcggtgata 388  Q
    ||| |||| | |||||| || |||   |||||||| |||||||||||||  |||||   ||||| ||| |||||||||||||| ||||||    
T  8305947 atcgtctcagacattgtgcatttgacaaatttcaatctctcaaggaaagcgaatttcaaaaacaattcaagaaaccatttgtctgtgata 8305858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 632 - 696
Target Start/End: Complemental strand, 5177203 - 5177139
Alignment:
Q  632 ctcacagttatatgttcaattgaaggacaacaagaaatgagatgttcaattgcatgttcgtctct 696  Q
    |||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  5177203 ctcaaagttatatgttcaatcaaaggacaacaagaaatgagatgttcaattgcattttcgtctct 5177139  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 637 - 690
Target Start/End: Original strand, 8553028 - 8553081
Alignment:
Q  637 agttatatgttcaattgaaggacaacaagaaatgagatgttcaattgcatgttc 690  Q
    |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  8553028 agttatatgttcaatgaaaggacaacaagaaatgagatgctcaattgcatgttc 8553081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 70; Significance: 3e-31; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 205 - 354
Target Start/End: Complemental strand, 49611133 - 49610984
Alignment:
Q  205 acatgataatagatttggagcatcaatgttgacctccttcaagttagaacaattagataaccccaacaccttaagttgatcacttgaaatatcaatcctc 304  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||   |||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||| ||    
T  49611133 acatgacaatagatttggagcatcaatgttaacctccttcaagttaaggcaatgagataactccaacaccttaagttgaacacttgaaatattaatcgtc 49611034  T
Q  305 tcggccattgtacagttgttcaatttcaaactctcaaggaaaggaaattt 354  Q
    || | |||||| || |||   ||||||||  ||||||||||||| |||||    
T  49611033 tcagacattgtgcaattggcaaatttcaatatctcaaggaaagggaattt 49610984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 637 - 687
Target Start/End: Complemental strand, 49610707 - 49610657
Alignment:
Q  637 agttatatgttcaattgaaggacaacaagaaatgagatgttcaattgcatg 687  Q
    |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49610707 agttatatgttcaatcaaaggacaacaagaaatgagatgttcaattgcatg 49610657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 412 - 577
Target Start/End: Complemental strand, 49610917 - 49610752
Alignment:
Q  412 tttcaaattttggcacctatcaaaatcaatcttaaatggttcgtcaaaataaccaggacaataaaataatttctcaagacacggggtgtcaatgtaaatc 511  Q
    ||||||||||  ||| |||||||||| ||||||||||||| |||| |||  | || |||||||  |||  ||||||||||| ||||  || |  |||| |    
T  49610917 tttcaaatttctgcagctatcaaaatgaatcttaaatggtgcgtccaaaacatcatgacaatagtatagattctcaagacatggggcatcgacataaacc 49610818  T
Q  512 tcttgtattcctcgaagatcaaccgtcttcaacttaagtagaccaaccatactcaaagacttcatg 577  Q
    |||||||||||| ||| |||||| ||||| | |||  ||||||||| ||| |||||| ||||||||    
T  49610817 tcttgtattccttgaacatcaactgtcttgagctttggtagaccaagcatgctcaaacacttcatg 49610752  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 50; Significance: 3e-19; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 207 - 380
Target Start/End: Complemental strand, 1181115 - 1180942
Alignment:
Q  207 atgataatagatttggagcatcaatgttgacctccttcaagttagaacaattagataaccccaacaccttaagttgatcacttgaaatatcaatcctctc 306  Q
    |||||| ||||||||||| |||||| || | |||||||||||||||  |||     ||| ||||   ||||||| || ||||||||||||||||| |||     
T  1181115 atgatattagatttggagaatcaatattaagctccttcaagttagaggaatgcataaactccaatctcttaagtcgaacacttgaaatatcaatcttctt 1181016  T
Q  307 ggccattgtacagttgttcaatttcaaactctcaaggaaaggaaattttggaaacagttcgagaaaccatttgt 380  Q
     | |||| |||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||| ||| |||||||| ||||    
T  1181015 aggcattttacaattgtttaatttcaaactctcaagaaaagggaatttcggaaacaattcaagaaaccacttgt 1180942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 44 - 107
Target Start/End: Complemental strand, 1181278 - 1181215
Alignment:
Q  44 gatagagatgacaaaacattttgaggtttgatgttttgcacaaattccctcaagttacaaagat 107  Q
    ||||| |||| ||||||||| | |||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  1181278 gatagtgatggcaaaacattgttaggtttaatgttttgcacgaattccctcaagttgcaaagat 1181215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University