View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4813_low_2 (Length: 652)

Name: NF4813_low_2
Description: NF4813
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4813_low_2
NF4813_low_2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (19-652)||(1245710-1246341)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (12-652)||(42010365-42011002)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 594; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 594; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 652
Target Start/End: Original strand, 1245710 - 1246341
Alignment:
Q  19 atcgtcttcatcacgtttatctcctcggctttacaagattcaaaagcagcattcacttccacaaaacatggaggcgaggaagttggataaagggaagaaa 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1245710 atcgtcttcatcacgtttatctcctcggctttacaagattcaaaagcagcattcacttccacaaaacatggaggcgaggaagttggataaagggaagaaa 1245809  T
Q  119 attctaatgcctagtattagtagcctttttcctaggnnnnnnngcttgcaggttgagagaggacttccttcttaccttccaggtgagactcctttgtgaa 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1245810 attctaatgcctagtattagtagcctttttcctaggaaaaaaagcttgcaggttgagagaggacttccttcttaccttccaggtgagactcctttgtgaa 1245909  T
Q  219 aaatttgttctaattttgtgagagtagcatgttgatttatgtgagagtagagttctatgctatcagatttttgtcttcatcatagagtatgagggaaatg 318  Q
    |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1245910 a--tttgttctaattttgtgagagtagcatgttgatttatgtgagagtagagttctatgctatcagatttttgtcttcatcatagagtatgagggaaatg 1246007  T
Q  319 aattttgaaatatcagtagtttggtaacaaattcaggttgaatgttgcagtagattattgttgctgaattttgaggtttcatgttttgtagtctgataaa 418  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  1246008 aattttgaaatatcagtagtttggtaacaaattcaggttgaatgttgcagtagattattgttgctgaattttgaggtttcatgttttgtagtttgataaa 1246107  T
Q  419 ctttttgcaacaagcattatgatgataataagcatttggaaaaattgtattcttttttgtcttattctatataatctatcattcatataatttcttgatg 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1246108 ctttttgcaacaagcattatgatgataataagcatttggaaaaattgtattcttttttgtcttattctatataatctatcattcatataatttcttgatg 1246207  T
Q  519 ctttactcctaaattcctgataaagataaggagagacattgcttgaagcaatttctactggcagaacaagaaattatcaaattaaaaatatatttcacat 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1246208 ctttactcctaaattcctgataaagataaggagagacattgcttgaagcaatttctactggcagaacaagaaattatcaaattaaaaatatatttcacat 1246307  T
Q  619 taagaaaatcaagataaagataatttgataattt 652  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1246308 taagaaaatcaagagaaagataatttgataattt 1246341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 565; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 565; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 652
Target Start/End: Original strand, 42010365 - 42011002
Alignment:
Q  12 catcatcatcgtcttcatcacgtttatctcctcggctttacaagattcaaaagcagcattcacttccacaaaacatggaggcgaggaagttggataaagg 111  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  42010365 catcatcatcgtcttcatcacgtttatctcctcggctttacaagattcaaaagcagcattcacttccacaaaacatggaggcgaggaagttggaaaaagg 42010464  T
Q  112 gaagaaaattctaatgcctagtattagtagcctttttcctaggnnnnnnngcttgcaggttgagagaggacttccttcttaccttccaggtgagactcct 211  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42010465 gaagaaaattctattgcctagtattagtagcttttttcctaggaaaaaaagcttgcaggttgagagaggacttccttcttaccttccaggtgagactcct 42010564  T
Q  212 ttgtgaaaaatttgttctaattttgtgagagtagcatgttgatttatgtgagagtagagttctatgctatcagatttttgtcttcatcatagagtatgag 311  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42010565 ttgtgaaa--tttgttctaattttgtgagagtagcatgttgatttatgtgagagtagagttttatgctatcagatttttgtcttcatcatagagtatgag 42010662  T
Q  312 ggaaatgaattttgaaatatcagtagtttggtaacaaattcaggttgaatgttgcagtagattattgttgctgaattttgaggtttcatgttttgtagtc 411  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||     
T  42010663 ggaaatgatttttgaaatatcagtagtttggtaacaaattcagattgaatgttgcagtagattattgttgctgaattttgaggtttcatgttttatagtt 42010762  T
Q  412 tgataaactttttgcaacaagcattatgatgataataagcatttggaaaaattgtattcttttttgtcttattctatataatctatcattcatataattt 511  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42010763 tgataaactttttgcaacaagcattatgatgataataagcatttgg-aaaattgtattcttttttgtcttattctatataatctatcattcatataattt 42010861  T
Q  512 cttgatgctttactcctaaattcctgataaagataaggagagacattgcttgaagcaatttctactggcagaacaagaaattatcaaattaaaaatatat 611  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42010862 cttgatgctttactcctaaattcctgataaagataaggagagacattgcttgaagcaatttctactggcagaacaagaaattatcaaattaaaaatatat 42010961  T
Q  612 ttcacattaagaaaatcaagataaagataatttgataattt 652  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  42010962 ttcacattaagaaaatcaagagaaagataatttgataattt 42011002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University