View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4814-Insertion-1 (Length: 1020)

Name: NF4814-Insertion-1
Description: NF4814
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4814-Insertion-1
NF4814-Insertion-1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (8-1001)||(41128688-41129687)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 864; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 864; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1001
Target Start/End: Original strand, 41128688 - 41129687
Alignment:
Q  8 gttctaacaaaaacattatctcatggatgtggtgaaagttttgcaaaatgaactcaatataactcatcaccggcagcaacaccatcaaattcaagttgtg 107  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  41128688 gttctaacaaaaacattatatcatggatgtggtgaaagttttgcaaaatgaactcaatataactcatcaccgacagcaacgccatcaaattcaagttgtg 41128787  T
Q  108 aagagactgttgtatcagaagtggtatcgtcaacactcaagttggataaatcaccattaagggatgaataactttcatcttcaccgcaaacagaaggggc 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  41128788 aagagactgttgtatcagaagtggtatcgtcaacactcaagttggataaatcaccattaagggatgaataactttcatcttcaccgcaaacggaaggggc 41128887  T
Q  208 aggggaagcttcgggtgtgttggtagtgagagtgctagcaggtgaaggaaatgaatcttcgtcttcggtctgttgttggagactccaatacattatactg 307  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41128888 aggggaagcttcaggtgtgttggtagtgagagtgctagcaggtgaaggaaatgaatcttcgtcttcggtctgttgttggagactccaatacattatactg 41128987  T
Q  308 gctgcaagagtcagaatcatcttctgattaacctgtcataaagttcaacaaaaaattaacacagcagcgataatgttatgctagattatgtgtataaagt 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41128988 gctgcaagagtcagaatcatcttctgattaacctgtcataa-gttcaacaaaaaattaacacagcagcgataatgttatgctagattatgtgtataaagt 41129086  T
Q  408 tgtgtgcgaaatatgaatgaatctcactgatggtggaaactatacctccataatatcctcaggtaacaaatatatggaacaaccaagctttcgtgcgaca 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41129087 tgtgtgcgaaatatgaatgaatctcactgatggtggaaactatacctccataatatcctcaggtaacagatatatggaacaaccaagctttcgtgcgaca 41129186  T
Q  508 ctgattatgtaagtggcattcaacttcttctcatcatctataacttcaacaactttattaatccgtcgatttagtgcatgaactaaagaaatatatctaa 607  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41129187 ctgattatgtaagtggcgttcaacttcttctcatcatctataatttcaacaactttattaatccgtcgatttagtgcatgaactaaagaaatatatctaa 41129286  T
Q  608 aaattagccaaactcaatggtaactattggatttgcaaggaatcataccactttgaccctttgtcactaggttccagttgacaacccttggctctactgc 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41129287 aaattagccaaactcaatggtaactattggatttgcaaggaatcataccactttgaccctttgtcactaggttccagttgacaacccttggctctactgc 41129386  T
Q  708 actgagaagctccaggaagaagagtccacttgacaagctcttatcctgtgcacaaaattgcatccaaaatagtgtaactaataaatcattgttttagtct 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41129387 actgagaagctccaggaagaagagtccacttgacaagctcttatcctgtacacaaaattgcatccaaaatagtgtaactaataaatcattgttttagtct 41129486  T
Q  808 actgttatcgtgcatttaacgggaaataagccatannnnnnncaaaaaccttgaaactctgaatgcgagacgttcttccaatgctattcacttttctg-t 906  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| |||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  41129487 actgttatcgtgcatttaacaggaaataaaccatatttttttcaaaaaccttgaaactctgaatgcgagacgttcttccaatgctattcacttttctgtt 41129586  T
Q  907 tgcccatttaag-atatcagcatcgcttatctcctttccttggg-atgagatctc-aatttctcaaca-atgaagca-tgtgaatctcatc-actgccac 1000  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||  ||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  41129587 tgcccatttaagaatatcagcatcacttatctcctttccttgggaatgagatctcaaatttctcaacagttgaagcattgtgaatctcatcaactgccac 41129686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University