View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4815-Insertion-7 (Length: 864)

Name: NF4815-Insertion-7
Description: NF4815
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4815-Insertion-7
NF4815-Insertion-7
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (7-864)||(10317434-10318291)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 846; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 846; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 864
Target Start/End: Original strand, 10317434 - 10318291
Alignment:
Q  7 agtaacaagctcatcaccacatgccgaagcatcacttccagattcagagaaatccctagagcatgttcttactttttcacgctcaataactcgataagca 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10317434 agtaacaagctcatcaccacatgccgaagcatcacttccagattcagagaaatccctagagcatgttcttactttttcacgctcaataactcgataagca 10317533  T
Q  107 aacatttgaaaaggaatattagatattggcgacaattcagaacttccccaagaaggaaacttcctcaaaagtgctgactctatatcacagtaatctacaa 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10317534 aacatttgaaaaggaatattagatattggcgacaattcagaacttccccaagaaggaaacttcctcaaaagtgctgactctatatcacagtaatctacaa 10317633  T
Q  207 gtggcactggcgggtctgtctctctattgtaaccaggattcaatacaagaaatctttttacataacgaagaactctacatatggacgaaaaattcggacg 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10317634 gtggcactggcgggtctgtctctctattgtaaccaggattcaatacaagaaatctttttacataacgaagaactctacatatggacgaaaaattcggacg 10317733  T
Q  307 ttgatttggatcggtatgccaacatctctttgttaagttgataacatattttggtgaattgagtggaaaaagtggcctctctcctgcccttatgtttctg 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10317734 ttgatttggatcggtatgccaacatctctttgttaagttgataacatatttcggtgaattgagtggaaaaagtggcctctctcctgcccttatgtttctg 10317833  T
Q  407 ctcattttctccccttgaagatgactatcttcaaaaggaacttttccagttagaagctcaaagcaaaccattccaaaactgtacacatcagatttctccg 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10317834 ctcattttctccccttgaagatgactatcttcaaaaggaacttttccagttagaagctcaaagcaaaccattccaaaactgtacacatcagatttctccg 10317933  T
Q  507 tgtacttggatatcgacacaccccctgagtgttcttgctcttcaagtacctctggagagtaccaaatgaatgagagggttccattttgatttgcattccc 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10317934 tgtacttggatatcgacacaccccctgagtgttcttgctcttcaagtacctctggagagtaccaaatgaatgagagggttccattttgatttgcattccc 10318033  T
Q  607 tttctggttcaagtccttaacagagggtagaccgaaacctgataccttgcaatgcaagtaaccttctggagaggtacttctaggcttaacaagaatgttt 706  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10318034 tttctggttcaagtccttaacagaaggtagaccgaaacctgataccttgcaatgcaagtaaccttctggagaggtacttctaggcttaacaagaatgttt 10318133  T
Q  707 gaagggtttagttctccatgatacactttctttgaatgaatatattccattcctcttgcaatctgaagcataatatcaaccgcgacatgaagcaagaatg 806  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  10318134 gaagggtttagttctccatgatacactttctttgaatgaatatattccattcctcttgcaatctgaagcataatatcaaccgctacatgaagcaagaatg 10318233  T
Q  807 gtaatcgcttcctcggaccataaacctctttaatatgattgctaagtgttttgctcat 864  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10318234 gtaatcgcttcctcggaccataaacctctttaatatgattgctaagtgttttgctcat 10318291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University