View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4819-Insertion-1 (Length: 964)

Name: NF4819-Insertion-1
Description: NF4819
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4819-Insertion-1
NF4819-Insertion-1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-964)||(31829162-31830121)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 737; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 737; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 964
Target Start/End: Original strand, 31829162 - 31830121
Alignment:
Q  8 gaatttggtacaccagttttgtctttagattttggagtgcttgtttgcaattggtgatctaagtgtgcattgttagtttatcttttggg----------- 96  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||               
T  31829162 gaatttggtacaccagttttgtctttagattttggagtgcttgtttgcaattggtgatctaagtgtgcgttgttagtttatcttttgggatttatgcaag 31829261  T
Q  97 ----------tctagttgcaaaactaagatatctatttctgggccagaaaattgtgtactgtgagatgagcagcaatgcacttcggaggctacaattgaa 186  Q
              ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  31829262 ttatcttgggtctagttgcaaaactgagatatctatttctgggccagaaaattgtgtactgtgagatgagcagcaatgcacctctgaggctacaattgaa 31829361  T
Q  187 tggactgtttccatacaagccaaacgattatagtttactgaataatttgaagttccaaccagctgcagagattaacccaaaggagaaccgtgtagagtat 286  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31829362 tggactgtttccatacaagccaaacgattttagtttattgaataatttgaagttccaaccagctgcagagattaacccaaaggagaaccgtgtagagtat 31829461  T
Q  287 catgtgatttgaagctttgaagcccctagaccaggttatgatctaacaacctagacaggcggcttccacgtcagggccttgtgctgttcgtatgtttgac 386  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31829462 catgtgatttgaagcattgaagcccctagaccaggttatgatctaacaacctagacaggcagcttccacgtcagggccttgtgctgttcgtatgtttgac 31829561  T
Q  387 gagcatttgtatgctcaggcaagtttcactaaatagcaaaacctttcttttcactttgtttatttatttattgaagcgccgacacaaacattggacagga 486  Q
    |||||||||||||||||||||||||                     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31829562 gagcatttgtatgctcaggcaagtt---------------------cttttcactttgtttatttatttattgaagcgccgacacaaacattggacagga 31829640  T
Q  487 tggtacattgatacataaacggtaatactttgaggaactgtaattaactaaacgtagctacatgtgcctctattggacatcagaaacaccttcaatatga 586  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31829641 tggtacattgatacgtaaacggtaatactttgaggaactgtaattaactaaacgtaactacatgtgcctctattggacatcagaaacaccttcaatatga 31829740  T
Q  587 agtgtcaggctaaattgatttagatatttaggcatcgctattctcacgtttaccagcttccactttaatttagattgtgcagcaaccaaattgattcact 686  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31829741 agtgtcaggctaaattgatttagatatttaggcatcgctattctcatgtttaccagcttcaactttgatttagattgtgcagcaaccaaattgattcact 31829840  T
Q  687 acggttttttgccatatatgccctaatgaggttgctgaagagcctcaatcacactcaagaaacttacatcggaggaatttatcacgatgaatgtgtttta 786  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  31829841 acggttttttgccatatatgccctaatgaggttgctgaagagcctcaatcacactcaagaaacttacatcggaggaatttaccacgatgaatgtgtttta 31829940  T
Q  787 aatgcagatatataaagtaactagccaattttagatgtggcttctctgttcaaaattcaatctgtatattgtaataaaggtgtgctaatt-aaatgtgca 885  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  31829941 aatgcagatatataaagtaactagccaattttagatgtggcttctctgttcaaaattcattctgtatattgtaataaaggtgtgctaattaaaatgtgca 31830040  T
Q  886 gtgtcacaatggacctagctgaattttcagcggat-acctgc-acacattccattttcttgtgattttcacagaagtttta 964  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  | || |||||| |||||| | | |||||||||||||||||||||||||||    
T  31830041 gtgtcacaatggacctagctgaattttcacagaataacctgcaacacatccaactttcttgtgattttcacagaagtttta 31830121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University