View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4822-Insertion-1 (Length: 1015)

Name: NF4822-Insertion-1
Description: NF4822
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4822-Insertion-1
NF4822-Insertion-1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-963)||(53625375-53626328)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 847; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 847; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 963
Target Start/End: Original strand, 53625375 - 53626328
Alignment:
Q  8 acatgattgcttcaaggagcccgaaagtttggaatgtgtggagagtgtgaacaagattgctgaagacaactggaggaagtttacagatgatgattttaag 107  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53625375 acatgaatgcttcaaggagcccgaaagtttggaatgtgtggagagtgtgaacaagattgctgaagacaactggaggaagtttacagatgatgattttaag 53625474  T
Q  108 ccattgcaagggcacattatggagtaccccatcaaagtgaatgcaaatgggaaagtaagttctttacctggatatgagtctttcccagacgtcggcggca 207  Q
    |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53625475 ccattgcaagggcatattatgaagtaccccatcaaagtgaatgcaaatgggaaagtaagttctttacctggatatgagtctttcccagacgtcggcggca 53625574  T
Q  208 aagtgcttggttcccgttctacccttccaaatgctctaaccacgtagacataacctcatcagttctaattaaattgatctctagtgatgatctgaaaccc 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  53625575 aagtgcttggttcccgttctacccttccaaatgctctaaccacgtagacataacctcatcagttctaattaaattgatctctagtgataatctgaaaccc 53625674  T
Q  308 tactcacctatactattttttatnnnnnnnnnnnnnntctaccgaagataagtacccgttctcaaataagggagagaattggatcgcatgacgtgctggg 407  Q
    |||||||||||||||||||||||              |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53625675 tactcacctatactattttttataaaaaataaaaaaatctacctaagataagtacccgctctcaaataagggagagaattggatcgcatgacgtgctggg 53625774  T
Q  408 caaaattttaacaactcgttgtccctggatttttcttttccatctacaggcaataggctgcatataccacagccacactgtatatttgtttgtattgatt 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53625775 caaaattttaacaactcgttgtccctggatttttcttttccatctacaggcaataggctgcatataccacagccacactgtatatttgtttgtattgatt 53625874  T
Q  508 gtttgctacataaagtttgggggcttcaggtgcttaataacaaaccatcatttcctagctccacaccaattccgacggccaatgttttcgaggatgttaa 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53625875 gtttgctacataaagtttgggggcttcaggtgcttaataacaaaccatcatttcctagctccacaccaattccgacggccaatgttttcgaggatgttaa 53625974  T
Q  608 tgttattataattgttccaatgagaacttcactttcgaggtaatatattgtttgaaatttaatttatactttggtgttttaattttataactcgttgaca 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53625975 tgttattataattgttccaatgagaacttcactttcgaggtaatatattgtttgaaatttaatttatactttggtgttttaattttataactcgttgaca 53626074  T
Q  708 taacctcatatatttgagctagattaaccacttaaagttgtggcaaaagatgttcaattttagttgttcaaatataagacaattgtacgcggcaggtctt 807  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  53626075 taacctcatatatttgagctagattaaccacttaaagttgtggcaaaagatgttcaattttagttgttcaaatataaaacaattgtacgcggcaggtctt 53626174  T
Q  808 catgtctagttatgtaaatgaattacattacattgcaccagttcatctcatacaaatagtatttcataacaacaacgattaatttaagctcttctac-ag 906  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||    
T  53626175 catgtctagttatgtaaatgaattacattacattgcaccagttcatctcatacaaatagtatttcataacaacaacgattaa-ttaagctcttctacaag 53626273  T
Q  907 aacaaaatttaacaataacaaaccatatttataaataggagacgaggcattttaact 963  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||    
T  53626274 aacaaaa-ttaacaataacaaaccata-ttataaataggagacaaagcattttaact 53626328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University