View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4825_low_7 (Length: 370)

Name: NF4825_low_7
Description: NF4825
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4825_low_7
NF4825_low_7
[»] chr4 (9 HSPs)
chr4 (18-351)||(55665285-55665618)
chr4 (18-351)||(54861893-54862226)
chr4 (18-351)||(55635333-55635671)
chr4 (19-345)||(55659076-55659405)
chr4 (34-351)||(54627131-54627449)
chr4 (264-352)||(3671718-3671806)
chr4 (278-349)||(52985585-52985656)
chr4 (234-332)||(50191786-50191881)
chr4 (19-120)||(3671868-3671969)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (19-351)||(9889619-9889949)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (18-351)||(13401511-13401850)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (260-332)||(46154649-46154721)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (260-336)||(37310521-37310597)
chr1 (263-336)||(22514480-22514553)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 322; Significance: 0; HSPs: 9)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 55665618 - 55665285
Alignment:
Q  18 ctgatcccgctgttaacccagttgaatgagcaagcaaagctttctatgctgagagttgccacgtggaccctgtcaagcttttgcaaaggcaagccaccac 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55665618 ctgatcccgctgttaacccagttgaatgagcaagcaaagctttctatgctgagagttgccacgtggaccctgtcaagcttttgcaaaggcaagccaccac 55665519  T
Q  118 ccccaattgagcaggtagttgttgtttttgttaaattaaaattgaacctgcaagacatttgtctctgtattaatactaggttttttatggacaggtgagg 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55665518 ccccaattgagcaggtagttgttgtttttgttaaattaaaattgaacctgcaagacatttgtctgtgtattaatactaggttttttatggacaggtgagg 55665419  T
Q  218 ccagcgctgccctctattgagcgtttgattttgtccaatgacgatgaagaagtcctgactgatgcatgttgggcattctcatatctttctgatggaacaa 317  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55665418 ccagcgctgccctctcttgagcgtttgattttgtccaatgacgatgaagaagtcctgagtgatgcatgttgggcattctcatatctttctgatggaacaa 55665319  T
Q  318 atgacaaaatccaagctgtgatcgaggcaggtgt 351  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55665318 atgacaaaatccaagctgtgatcgaggcaggtgt 55665285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 18 - 351
Target Start/End: Complemental strand, 54862226 - 54861893
Alignment:
Q  18 ctgatcccgctgttaacccagttgaatgagcaagcaaagctttctatgctgagagttgccacgtggaccctgtcaagcttttgcaaaggcaagccaccac 117  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||| ||| || |||||| |||  |||||  |||||  |||||| |||||| ||||||||  |||||||||| ||    
T  54862226 ctgatcccgctgttatcccagttgaatgaccaaacagagctttatatattgagaaatgccatttggaccttgtcaaacttttgcaggggcaagccacaac 54862127  T
Q  118 ccccaattgagcaggtagttgttgtttttgttaaattaaaattgaacctgcaa---gacatttgtctctgtattaatactaggttttttatggacaggtg 214  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||   ||| ||| ||| ||||||||||||||  |||| |||||||| ||    
T  54862126 ccccacttgagcaggtaattgttgtttttattaaattaaaactgaacctacaagacgacctttatctgtgtattaatactagaattttgatggacagatg 54862027  T
Q  215 aggccagcgctgccctctattgagcgtttgattttgtccaatgacgatgaagaagtcctgactgatgcatgttgggcattctcatatctttctgatggaa 314  Q
    ||||||||||| ||| || |  ||| |||| |||| ||||| |||   ||||||||||| || |||||||| |||||| |||| ||||||||||||||||    
T  54862026 aggccagcgcttcccgctctcaagcatttggttttttccaaagac---gaagaagtcctaaccgatgcatggtgggcactctcgtatctttctgatggaa 54861930  T
Q  315 caaatgacaaaatccaagctgtgatcgaggcaggtgt 351  Q
    |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  54861929 caaatgacaatatccaagcggtgatcgaggcaggtgt 54861893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 18 - 351
Target Start/End: Original strand, 55635333 - 55635671
Alignment:
Q  18 ctgatcccgctgttaacccagttgaatgagcaagcaaagctttctatgctgagagttgccacgtggaccctgtcaagcttttgcaaaggcaagccaccac 117  Q
    ||||| || |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| |||||| |||||| ||||||||  || ||||||| ||    
T  55635333 ctgattccactgttatcccagttgaatgagcaagcaaggctttctatgctgagaattgccacatggaccttgtcaaacttttgcaggggaaagccacaac 55635432  T
Q  118 ccccaattgagcaggtagttgttgtttttgttaaattaaaat-tgaacctgcaaga---catttgtctctgtattaatactaggtt---ttttatggaca 210  Q
    ||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||  | |||||||||||   | ||| | | |||||||||||||| ||   ||||||| |||    
T  55635433 ccctatttgagcaggtaattgttgtttttgttaaattaaaaactaaacctgcaagaagacctttatttgtgtattaatactagattattttttatgtaca 55635532  T
Q  211 ggtgaggccagcgctgccctctattgagcgtttgattttgtccaatgacgatgaagaagtcctgactgatgcatgttgggcattctcat-atctttctga 309  Q
    |||||||||||| || ||| || | |||||||||||||| ||||||   ||||||||||||||| | |||||||| |||||| |||||| || |||||||    
T  55635533 ggtgaggccagcacttcccactctcgagcgtttgattttttccaat---gatgaagaagtcctgtcagatgcatgctgggcactctcataatatttctga 55635629  T
Q  310 tggaacaaatgacaaaatccaagctgtgatcgaggcaggtgt 351  Q
    |||||  ||||||||||||||||| |||||| | ||||||||    
T  55635630 tggaatgaatgacaaaatccaagcagtgatcaacgcaggtgt 55635671  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 19 - 345
Target Start/End: Complemental strand, 55659405 - 55659076
Alignment:
Q  19 tgatcccgctgttaacccagttgaatgagcaagcaaagctttctatgctgagagttgccacgtggaccctgtcaagcttttgcaaaggcaagccaccacc 118  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||| | ||||||||| |||||||| ||| || ||||||||    
T  55659405 tgatcccgctgttatcccagttgaatgagcaagcaaagctttctatgctgagaattgctacgttggccctgtcaaacttttgcagaggaaaaccaccacc 55659306  T
Q  119 cccaattgagcaggtagttgttgtttttgttaaattaaaattgaacctgcaaga--catttgtct-ctgtattaatactaggttttttatggacaggtga 215  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||  || ||||   |||| | |  | |||||||||| |  |||| ||||| ||||||    
T  55659305 cccatttgagcaggtagttgttgtgtttgttaaattaaaactgaatatgtaagaagaatttatttggtttattaatacttgaattttgatggataggtga 55659206  T
Q  216 ggccagcgctgccctctattgagcgtttgattttgtccaatgacgatgaagaagtcctgactgatgcatgttgggcattctcatatctttct---gatgg 312  Q
    ||| ||| || ||  |  |   |||||||||||| ||||||   |||||||||||| |||| || ||||| |||||| ||||||||||||||    ||||    
T  55659205 ggcaagcacttcctaccctcaggcgtttgattttttccaat---gatgaagaagtcgtgacagaagcatgctgggcactctcatatctttctaaatatgg 55659109  T
Q  313 aacaaatgacaaaatccaagctgtgatcgaggc 345  Q
      |||||||| |||||||||| || ||||||||    
T  55659108 ttcaaatgacgaaatccaagcggtaatcgaggc 55659076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 34 - 351
Target Start/End: Original strand, 54627131 - 54627449
Alignment:
Q  34 cccagttgaatgagcaagcaaagctttctatgctgagagttgccacgtggaccctgtcaagcttttgcaaaggcaagccaccacccccaattgagcaggt 133  Q
    ||||| |||||||||||| |  ||||| || |||||||  ||||   ||||| ||||||| ||||||||  |||||||||| |||| || ||||||||||    
T  54627131 cccagctgaatgagcaagaagggctttataggctgagaaatgccgtttggacgctgtcaaacttttgcaggggcaagccacaacccgcacttgagcaggt 54627230  T
Q  134 agttgttgttttt-gttaaattaaaattgaacctgcaaga---catttgtctctgtattaatactaggttttttatggacaggtgaggccagcgctgccc 229  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||| |||||||   |||   | ||| ||| ||||||||||||||  |||| |||||||||||||| ||||||| |||    
T  54627231 agttgttgtttttagttaaaataaaactgaacctctgagatgacctttatctgtgtattaatactagaattttgatggacaggtgaggtcagcgcttccc 54627330  T
Q  230 tctattgagcgtttgattttgtccaatgacgatgaagaagtcctgactgatgcatgttgggcattctcatatctttctgatggaacaaatgacaaaatcc 329  Q
     || |  || ||||| |||| ||||   | |||||||  |||||||| || |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||| || ||||    
T  54627331 gctctcaagtgtttggttttttcca---aagatgaagtcgtcctgaccgaggcatgttgggcactctcgtatctttctgatggaacaagtgataatatcc 54627427  T
Q  330 aagctgtgatcgaggcaggtgt 351  Q
    |||| |||||||||||||||||    
T  54627428 aagcggtgatcgaggcaggtgt 54627449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 264 - 352
Target Start/End: Complemental strand, 3671806 - 3671718
Alignment:
Q  264 aagaagtcctgactgatgcatgttgggcattctcatatctttctgatggaacaaatgacaaaatccaagctgtgatcgaggcaggtgtt 352  Q
    |||||||| || | |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  3671806 aagaagtcatggcagatgcatgctgggcactctcatatctttctgatggaacaaatgacaaaatccaagcggtgatcgaggcaggtgtt 3671718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 278 - 349
Target Start/End: Complemental strand, 52985656 - 52985585
Alignment:
Q  278 gatgcatgttgggcattctcatatctttctgatggaacaaatgacaaaatccaagctgtgatcgaggcaggt 349  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||| |||||||||    
T  52985656 gatgcatgttgggcaatctcatatctttctgatggaacaaatgacataatccaagaggtgattgaggcaggt 52985585  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 234 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 50191881 - 50191786
Alignment:
Q  234 ttgagcgtttgattttgtccaatgacgatgaagaagtcctgactgatgcatgttgggcattctcatatctttctgatggaacaaatgacaaaatccaag 332  Q
    |||||||||||||||||||    || ||||||||||| ||||| ||||| || ||||| || ||||| || |||||||| |||||||||||||||||||    
T  50191881 ttgagcgtttgattttgtcg---gaggatgaagaagttctgacagatgcctgctgggctttatcatacctatctgatggcacaaatgacaaaatccaag 50191786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 19 - 120
Target Start/End: Complemental strand, 3671969 - 3671868
Alignment:
Q  19 tgatcccgctgttaacccagttgaatgagcaagcaaagctttctatgctgagagttgccacgtggaccctgtcaagcttttgcaaaggcaagccaccacc 118  Q
    |||||||||||||| |||| ||||||||||   || |  ||||||||||||||||||| ||| | |||||||||| ||||||||  ||||| |||| |||    
T  3671969 tgatcccgctgttatcccacttgaatgagcttacagatatttctatgctgagagttgcaacgcgaaccctgtcaaacttttgcatgggcaaaccacaacc 3671870  T
Q  119 cc 120  Q
    ||    
T  3671869 cc 3671868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 126; Significance: 7e-65; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 126; E-Value: 7e-65
Query Start/End: Original strand, 19 - 351
Target Start/End: Original strand, 9889619 - 9889949
Alignment:
Q  19 tgatcccgctgttaacccagttgaatgagcaagcaaagctttctatgctgagagttgccacgtggaccctgtcaagcttttgcaaaggcaagccaccacc 118  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||| |||| |  |||||||||||||| |||| ||| | |||||||||| |||||| |  ||||| || | |||    
T  9889619 tgatcccgctgttatcccacttgaatgagctagcagatatttctatgctgagaattgcaacgcgaaccctgtcaaacttttgtaggggcaaaccgcaacc 9889718  T
Q  119 cccaattgagcaggtagttgttgtttttgttaaattaaaattgaacctgcaa--gacatttgtctctgtattaatactaggttttttatggacaggtgag 216  Q
    ||   |||||||||||||||||||||||||| ||||||||   | |||  ||  ||| ||| | | |||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  9889719 cctgtttgagcaggtagttgttgtttttgttgaattaaaaaa-acccttaaaaagacctttatttgtgtattaatactagattttttatggacagttgag 9889817  T
Q  217 gccagcgctgccctctattgagcgtttgattttgtccaatgacgatgaagaagtcctgactgatgcatgttgggcattctcatatctttctgatggaaca 316  Q
    |||||| || ||| || | |||| ||||||||| ||||||||   ||||||||||||| | |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  9889818 gccagcacttcccactctcgagcttttgattttttccaatga---tgaagaagtcctggcagatgcatgctgggcactctcatatctttctgatggaaca 9889914  T
Q  317 aatgacaaaatccaagctgtgatcgaggcaggtgt 351  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9889915 aatgacaaaatccaagcggtgatcgaggcaggtgt 9889949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 114; Significance: 1e-57; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 18 - 351
Target Start/End: Original strand, 13401511 - 13401850
Alignment:
Q  18 ctgatcccgctgttaacccagttgaatgagcaagcaaagctttctatgctgagagttgccacgtggaccctgtcaagcttttgcaaaggcaagccaccac 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||  |||||| ||||| ||||||| ||||||||  |||||||||| ||    
T  13401511 ctgatcccgctgttaacccagttgaatgagcaggcaaagctttcaatgctgagaaatgccacatggactctgtcaaacttttgcaggggcaagccacaac 13401610  T
Q  118 ccccaattgagcaggtagttgttgttttt-gt--taaattaaaattgaacctgcaa---gacatttgtctctgtattaatactaggtt---ttttatgga 208  Q
    | ||| |||| |||||||||||||||||| ||  ||||| | || ||||| |||||   | | ||  | | |||||||||| ||  |    ||| |||||    
T  13401611 ctccatttgatcaggtagttgttgttttttgtaataaatcataactgaacatgcaaacgggccttcttttgtgtattaataataattgaactttgatgga 13401710  T
Q  209 caggtgaggccagcgctgccctctattgagcgtttgattttgtccaatgacgatgaagaagtcctgactgatgcatgttgggcattctcatatctttctg 308  Q
    |||||||||||||| || ||  || ||||||||||| |||| || |||||   ||||||||||||||| |||||||| |||||| |||| ||||||||||    
T  13401711 caggtgaggccagcacttccggctcttgagcgtttggttttttcaaatga---tgaagaagtcctgacagatgcatgctgggcactctcttatctttctg 13401807  T
Q  309 atggaacaaatgacaaaatccaagctgtgatcgaggcaggtgt 351  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  13401808 atggaacaaatgacaaaatccaagcggtgattgaggcaggtgt 13401850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 45; Significance: 1e-16; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 260 - 332
Target Start/End: Complemental strand, 46154721 - 46154649
Alignment:
Q  260 gatgaagaagtcctgactgatgcatgttgggcattctcatatctttctgatggaacaaatgacaaaatccaag 332  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||||||| | |||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||    
T  46154721 gatgaagaagtcttgactgatgcctgttgggcactttcatatctttctgatggtgcaaatgacaaaattcaag 46154649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000004; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 260 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 37310597 - 37310521
Alignment:
Q  260 gatgaagaagtcctgactgatgcatgttgggcattctcatatctttctgatggaacaaatgacaaaatccaagctgt 336  Q
    |||||||||||| |||||||||| || |||||| | ||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||    
T  37310597 gatgaagaagtcttgactgatgcctgctgggcactatcatatctttctgatggtacaaacgataaaattcaagctgt 37310521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 263 - 336
Target Start/End: Complemental strand, 22514553 - 22514480
Alignment:
Q  263 gaagaagtcctgactgatgcatgttgggcattctcatatctttctgatggaacaaatgacaaaatccaagctgt 336  Q
    ||||||||| | |||||||| || |||||| | ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||    
T  22514553 gaagaagtcgtcactgatgcctgctgggcactatcatatctttctgatggtacaaatgaaaaaattcaagctgt 22514480  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University