View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4826-Insertion-1 (Length: 947)

Name: NF4826-Insertion-1
Description: NF4826
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4826-Insertion-1
NF4826-Insertion-1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (7-947)||(36929544-36930502)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 797; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 797; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 947
Target Start/End: Original strand, 36929544 - 36930502
Alignment:
Q  7 aattttacctgcaaatgacttttaacatgggaaatggatagcaaatttgatttcatcatatctagtatagccttaggctttgcctctgcaattataatca 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36929544 aattttacctgcaaatgacttttaacatgggaaatggatagcaaatttgatttcatcatatctagtatagccttaggctttgcctctgcaattataatca 36929643  T
Q  107 atgaattaattgaatttgcttatgagtaactaatgctattacttagtagttaattacttactttctggaccaccaaggtgatcaacgatgatcatgaatg 206  Q
    ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36929644 atgaattaattgaattttcttatgtgtaactaatgctattacttagtagttaattacttactttctggaccaccaaggtgatcaacgatgatcatgaatg 36929743  T
Q  207 attcatgcagatcctctgtccatcttactcttcttttacatgttggagctttcctgttagaagtggcacacattccataaagttgaggagtctgcttttg 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36929744 attcatgcagatcctctgtccatcttactcttcttttacatgttggagctttcctgttagaagtggcacacattccataaagttgaggagtctgcttttg 36929843  T
Q  307 tgactttgtagatgagcctgactatagaaagtcacggattgtagcttattagaaagnnnnnnnncaaataagaaggcatagattacaattgcttttaatt 406  Q
    ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36929844 tgattttgtagatgagcctgactatagaaagtcatggattgtagcttattagaaagaaaaaaa-caaataagaaggcatagattacaattgcttttaatt 36929942  T
Q  407 gatgagttggagaacttgttaggttagcacttagcagtagcacttaaccagaataaat------------------cctcgtgttttcgcacatgtatca 488  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||                  ||||||||||||||||||||||||    
T  36929943 gatgagttggagaacttgttaggttagcacttagcagtagcacttaaccagaataaatatagattactagtaaaatcctcgtgttttcgcacatgtatca 36930042  T
Q  489 ctttaggcaaaatacatcctgcgacccttttaatcgatctaatagtatcatactagtccttttagttttccatccaactccgataaatcgatgtttatgt 588  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  36930043 ctttaggcaaaatacatcctgcgacccttttaatcgatctaatagtatcatactagtccttttagttttccgtccaactccgataaatcgatgtttatgt 36930142  T
Q  589 ggttgtcttaatgttaatgtgcactttatgtgcttatgttgcctctaaaattacaattgactcattatgttatctgattcctccccaattcattattgtc 688  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36930143 ggttgtcttaatgttaatgtgcactttatgtgcttatgttgcctctaaaattacaattgactcattatgttatctgattcctccccaattcattattgtc 36930242  T
Q  689 cccttcacaaaaccctaaatttcataattagattcattgcatttatggaagaaaaatcaaaacattaatttcaatctcatattatatcaccttcttatac 788  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  36930243 cccttcacaaaaccctaaatttcataattagattcattgcatttatggaagaaaaatcaaaacattaatttcaatctcatattatatcaccttcttattg 36930342  T
Q  789 tccatatcaccatcaacccaacacaattcaccattcacaaatagatg-aaccattnnnnnnnnncaaaatccatgaaatacttaaaggactaatctaatc 887  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36930343 tccataacaccatcaacccaacacaattcaccattcacaaatagatgaaaccattaaaaaaaaacaaaatccatgaaatacttaaaggactaatctaatc 36930442  T
Q  888 taatactataattaaagaagttatgagtgcacaaggattacttaagggactaatccaata 947  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  36930443 taatactataattaaagaagttatgagtgcacaaagattacttaaaggactaatccaata 36930502  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University