View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4826-Insertion-2 (Length: 763)

Name: NF4826-Insertion-2
Description: NF4826
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4826-Insertion-2
NF4826-Insertion-2
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (8-763)||(41358391-41359134)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 550; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 550; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 763
Target Start/End: Original strand, 41358391 - 41359134
Alignment:
Q  8 ggactaaccacttacgcttgatttcaagaatctttccctcaagtgttagtctacatcacttcacttgcatcttcattaacaaccaattaaacacaccttc 107  Q
    ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  41358391 ggactaaccacttacgcttgaatgcaagaatctttccctcaagtgttagtctacatcacctcacttgcatcttcattaccaaccaattaaacacaccttc 41358490  T
Q  108 tgactatactctcaagaagactttcgacacatggatccaatatcatatttcccttctgctctcccaccaaggtgagctataaggctctggtaccacttgt 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41358491 tgactatactctcaagaagactttcgacacatggatccaatatcatatttctcttctgctctcccaccaaggtgagctataaggctctggtaccacttgt 41358590  T
Q  208 ttccgagtgaggggaagcgccgagagcaacagactaatgatagaggatcatcgatacaccacatctttaaccaaaactttcgatattgagtatataaatt 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  41358591 ttccgagtgaggggaagcgccgagagcaacaggctaatgatagaggatcatcgatacaccacatctttaaccaaaaccttcgatattgagtatatagatt 41358690  T
Q  308 acctctctatctaatatccgagttcattcataaatagtttcctaaagcttgtatatttcttatgaattaaatgtgagttccatgacttgagaaatttttt 407  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||    
T  41358691 acctctctatctaatatccgagttcattcataaatagtttcctaaagcatgtatatttcttatgaattaaatgcgatttccatgacttgagaaatttttt 41358790  T
Q  408 gagttccgtatcaannnnnnnnnnaaacaagtatatatatagagtagtataatccaacagagtacctataatatttgttaattttagttttactaacctg 507  Q
    ||||||||||||||          ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41358791 gagttccgtatcaa-ttttttttaaaacaa--atatatatagagtagtataatccaacagagtacctataatatttgttaattttagttttactaacctg 41358887  T
Q  508 tgtgtctaaatcagatgaagaatttgt---agaaggagaatcactgagcaaggtgttaaatgacattgatccagagttgttccaattactaacaatctcc 604  Q
    |||||||||||||||||||||||||||   ||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  41358888 tgtgtctaaatcagatgaagaatttgtagaagaagaagaaccactaagcaaggtgttaaatgacattgatccagagttgttcccattactaacaatctcc 41358987  T
Q  605 atccttgcatgcagtggctgtaaacccagtagccacccctcattctaacatcaaatccattgtat-nnnnnnnnnncatgaatacaatgaaaattcatga 703  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||           ||||||||||||                
T  41358988 atccttgcatgcagtggctgtaaacccagtggccacccctcattctaacatcaaatccattgtataaaaaaaaaaacatgaatacaat------------ 41359075  T
Q  704 ggaaaattccaaaaactaacatatgaatataatagtcaaaagagtacctgttgagccatg 763  Q
     |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41359076 -gaaaattccaaaaactaatatatgaatataatagtcaaaagagtacctgttgagccatg 41359134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University