View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4827-Insertion-2 (Length: 647)

Name: NF4827-Insertion-2
Description: NF4827
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4827-Insertion-2
NF4827-Insertion-2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (8-647)||(55374185-55374827)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 576; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 576; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 647
Target Start/End: Original strand, 55374185 - 55374827
Alignment:
Q  8 gttgaggtatggtttgttagtgttatagtagttctctttggaataggcattaacaaagcttagaacaattggtagtaagaagcatgaaagtaagaggagt 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55374185 gttgaggtatggtttgttagtgttatagtagttctctttggaataggcattaacaaagcttagaacaattggtagtaagaagcatgaaagtaagaggagt 55374284  T
Q  108 gaagttgaaatggccatgattaagtgattgtgttgaggttgaagtaattacaaagggaacaatgtgctcatttaataggtgaggagaaggttgtgcatac 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55374285 gaagttgaaatggccatgattaagtgattgtgttgaggttgaagtaattacaaagggaacaatgtgctcatttaataggtgaggagaaggttgtgcatac 55374384  T
Q  208 attttaggagcttgacttaaacattttttgagtttagttaacattaaacgtggttgcacgagcttggttagttgacttactatacaatttcttaaacttt 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55374385 attttaggagcttgacttaaacattttttgagtttagttaacattaaacgtggttgcacgagcttggttagttgacttactatacaatttcttaaacttt 55374484  T
Q  308 gatacaaaagttatacttcca---nnnnnnnnnnnaaagtgttgtgttattagaataaaatgatgatgattcaatggacataggaagttaattagtgttt 404  Q
    |||||||||||||||||||||              |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55374485 gatacaaaagttatacttccattttatttttttttaaagtggtgtgttattagaataaaatgatgatgattcaatggacataggaagttaattagtgttt 55374584  T
Q  405 acaatagaaagctcctcagaaatctatatatttggacggcttttaagtaggacaagcacgtcttgtgaaattgtcatgcttggattcaatataataactt 504  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  55374585 acaatagaaagctcctcagaaatctatatatttggacggcttttaagtaggacaagcacgtcttgtgaaattctcatgcttggattcaatataataactt 55374684  T
Q  505 atatttaagtcaaaagctaagtaaaattagaatttagttctaaatatttaacaaatttgtcaattatgctagaagttacaatggagcctagtttagatta 604  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  55374685 atatttaagtcaaaagctaagtaaaattagaatttagttttaaatatttaactaatttgtcaattatgctagaagttacaatggagcctaatttagatta 55374784  T
Q  605 actttaattcgtttatgaaaacttatcaacttacataagtata 647  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55374785 actttaattcgtttatgaaaacttatcaacttacataagtata 55374827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University