View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4830-Insertion-11 (Length: 334)

Name: NF4830-Insertion-11
Description: NF4830
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4830-Insertion-11
NF4830-Insertion-11
[»] chr2 (31 HSPs)
chr2 (8-333)||(9065471-9065789)
chr2 (14-332)||(8573384-8573700)
chr2 (14-325)||(9061020-9061329)
chr2 (102-321)||(9328557-9328776)
chr2 (8-324)||(9315974-9316279)
chr2 (126-333)||(16269035-16269242)
chr2 (102-321)||(9320940-9321156)
chr2 (127-315)||(9284180-9284368)
chr2 (125-328)||(9291894-9292091)
chr2 (13-321)||(10353067-10353361)
chr2 (13-258)||(12012430-12012667)
chr2 (14-323)||(12018767-12019074)
chr2 (99-257)||(10335866-10336024)
chr2 (8-324)||(10347740-10348042)
chr2 (108-330)||(9274470-9274692)
chr2 (13-243)||(12006002-12006224)
chr2 (8-324)||(7115518-7115832)
chr2 (126-251)||(10371886-10372011)
chr2 (108-245)||(9364662-9364799)
chr2 (14-323)||(11987372-11987673)
chr2 (159-244)||(7611974-7612059)
chr2 (8-67)||(9321168-9321227)
chr2 (159-244)||(17566105-17566190)
chr2 (8-67)||(9328788-9328847)
chr2 (172-242)||(8579522-8579592)
chr2 (126-179)||(8576398-8576451)
chr2 (8-92)||(9292098-9292182)
chr2 (8-67)||(9274707-9274766)
chr2 (8-73)||(16269272-16269337)
chr2 (279-324)||(10335811-10335856)
chr2 (7-76)||(10336024-10336093)
[»] scaffold0667 (1 HSPs)
scaffold0667 (8-333)||(4417-4734)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (126-326)||(37462442-37462645)
chr3 (182-325)||(39427594-39427740)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (135-322)||(45243656-45243843)
chr7 (144-303)||(45230408-45230570)
chr7 (170-322)||(45237907-45238059)
[»] chr1 (5 HSPs)
chr1 (108-325)||(29453275-29453492)
chr1 (108-325)||(29467751-29467968)
chr1 (141-321)||(29443325-29443505)
chr1 (108-321)||(29423223-29423436)
chr1 (15-60)||(29423467-29423512)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (126-258)||(26574882-26575014)
chr4 (161-228)||(561273-561340)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (125-330)||(41966693-41966898)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (165-243)||(36224454-36224532)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 258; Significance: 1e-143; HSPs: 31)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 8 - 333
Target Start/End: Original strand, 9065471 - 9065789
Alignment:
Q  8 ccttctttaattgttgcatttaacctcacacttgaaattttcaat-gaggttccccttcctcctgaaataggaggtgaagaggttaatagtaaattagta 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||        |    
T  9065471 ccttctttaattgttgcatttaacctcacacttgaaattttcaattgaggttccccttcctgctgaaataagaggtgaagaggttaatagt--------a 9065562  T
Q  107 atgagagttttcaaatgactgttgctgctttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaata 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  9065563 atgagagttttcaaatgactgttgctgttttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaatattgatggttgggtgatgaaagaata 9065662  T
Q  207 tggatctagagatagttggtgtaaactttttactttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacagcttcgaggcctttaggttattccagtgatgga 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  9065663 tggatctagagatagttggtgtaaactttttactttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacagcttcgaggcctctaggttattccggtgatgga 9065762  T
Q  307 agtaaggttgtgttggaaggaattgag 333  Q
    ||||||||| ||||||||| |||||||    
T  9065763 agtaaggttctgttggaagcaattgag 9065789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 164; E-Value: 1e-87
Query Start/End: Original strand, 14 - 332
Target Start/End: Original strand, 8573384 - 8573700
Alignment:
Q  14 ttaattgttgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttccccttcctcctgaaataggaggtgaagaggttaatagtaaattagtaatgagag 113  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| ||||||  |||| ||| ||||||||||||||| |||||  |||||||| |||    
T  8573384 ttaattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttctacgaggttcctcttcctgttgaattagaaggtgaagaggttaacagtaa--tagtaatgggag 8573481  T
Q  114 ttttcaaatgactgttgctgctttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatct 213  Q
    |||| || |   | |||||| |||||| |||||||||||||||  | ||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||    
T  8573482 ttttaaatttcgtcttgctgttttgggtgggtgtctttgtatgtctgtgaattatgaaaccactgaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggttct 8573581  T
Q  214 agagatagttggtgtaaactttttactttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacagcttcgaggcctttaggttattccagtgatggaagtaagg 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||  | ||||||| | | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  8573582 agagatagttggtgtaaactttttactttcgttaaatcgtgtttcactccacattttaaatcttcgaggcctttaggttattctagtgatggaagtaagg 8573681  T
Q  314 ttgtgttggaaggaattga 332  Q
    || ||||||||||||||||    
T  8573682 ttctgttggaaggaattga 8573700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 153; E-Value: 5e-81
Query Start/End: Original strand, 14 - 325
Target Start/End: Original strand, 9061020 - 9061329
Alignment:
Q  14 ttaattgttgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttccccttcctcctgaaataggaggtgaagaggttaatagtaaattagtaatgagag 113  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||   |||| ||| ||||||||||||||| |||||  |||||||| |||    
T  9061020 ttaattgtcgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcccgttgaattagaaggtgaagaggttaacagtaa--tagtaatgggag 9061117  T
Q  114 ttttcaaatgactgttgctgctttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatct 213  Q
    |||| ||||   |||||||| |||||| ||||||||||| |||  | ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  9061118 ttttaaaattcgtgttgctgttttgggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatggatct 9061217  T
Q  214 agagatagttggtgtaaactttttactttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacagcttcgaggcctttaggttattccagtgatggaagtaagg 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| |||||| ||||     || |||||| ||| ||||||| ||||||||| ||||||    
T  9061218 agagatagttggtgtaaactttttactttggttaaatcgtgtttcaattcacctttggactttttgaggccgttatgttattctagtgatggaggtaagg 9061317  T
Q  314 ttgtgttggaag 325  Q
    || |||||||||    
T  9061318 ttctgttggaag 9061329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 116; E-Value: 6e-59
Query Start/End: Original strand, 102 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 9328776 - 9328557
Alignment:
Q  102 tagtaatgagagttttcaaatgactgttgctgctttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaa 201  Q
    ||||||| |||||||| ||||   ||||| || |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||    
T  9328776 tagtaataagagttttgaaattgatgttgatgttttgggagggtgtctttgcatgactttgaattatgaaactactgaaattgatgtttgggtgatgaaa 9328677  T
Q  202 gaatatggatctagagatagttggtgtaaactttttactttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacagcttcgaggcctttaggttattccagtg 301  Q
     ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||| || ||||| | ||| |||||||||||||||||  ||||    
T  9328676 caatatggatatagagatagttggtgtaaactttttactatggttaaatcgtgtttccatttacctttgaaatctttgaggcctttaggttatttgagtg 9328577  T
Q  302 atggaagtaaggttgtgttg 321  Q
    ||||||  |||||| |||||    
T  9328576 atggaaaaaaggttttgttg 9328557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 8 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 9316279 - 9315974
Alignment:
Q  8 ccttctttaattgttgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttccccttcctcctgaaataggaggtgaagaggttaatagtaaattagtaa 107  Q
    |||| ||| ||||| || |||||||| |||||||| |||||||||| |||||| |||||| ||||||||| | ||  ||||||||||||| | |          
T  9316279 ccttgtttcattgtcgcgtttaacctaacacttgagattttcaatgtggttcctcttcctgctgaaatagaaagtatagaggttaatagtgagtg----- 9316185  T
Q  108 tgagagttttcaaatgactgttgctgctttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatat 207  Q
    |||||||||||||||  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||    
T  9316184 tgagagttttcaaattgctgttgctgttttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatcaaactactaaaactgatgtttgggtgatgaaagactat 9316085  T
Q  208 ggatctagagatagttggtgtaaactttttactttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacagcttcgaggcctttaggttattccagtgatggaa 307  Q
    |||||      ||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||  || |  |||||    || || ||||||||||||||| ||||| ||||    
T  9316084 ggatc------tagttggtgtaaactttttactttggttaattcatgtttcactttatctttgaattttttgaagcctttaggttattctagtgacggaa 9315991  T
Q  308 gtaaggttgtgttggaa 324  Q
    |||||||| | ||||||    
T  9315990 gtaaggttctattggaa 9315974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 104; E-Value: 8e-52
Query Start/End: Original strand, 126 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 16269242 - 16269035
Alignment:
Q  126 tgttgctgctttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttgg 225  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  16269242 tgttgctgttttgggaggatgtctttgtataactgtgaattatgaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaagagtatggatatagagatagttgg 16269143  T
Q  226 tgtaaactttttactttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacagcttcgaggcctttaggttattccagtgatggaagtaaggttgtgttggaag 325  Q
    || ||||||||||| ||||| ||||| ||||||  ||||||||||  |  ||| |  ||| |||||||||| |||||||||||||||||| | || ||||    
T  16269142 tgcaaactttttaccttggttaaatcgtgtttcacttcacatttgcgatattcaaatcctataggttattctagtgatggaagtaaggttctctttgaag 16269043  T
Q  326 gaattgag 333  Q
    ||||||||    
T  16269042 gaattgag 16269035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 102 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 9321156 - 9320940
Alignment:
Q  102 tagtaatgagagttttcaaatgactgttgctgctttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaa 201  Q
    |||||||||||||||| ||||   ||||| || |||||||||||||||||| |||| ||   |||| |||||||| ||| |||||| |||||||||||||    
T  9321156 tagtaatgagagttttgaaattgatgttgatgttttgggagggtgtctttgcatgactt---attacgaaactacaaaagttgatgtttgggtgatgaaa 9321060  T
Q  202 gaatatggatctagagatagttggtgtaaactttttactttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacagcttcgaggcctttaggttattccagtg 301  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||| | ||| || ||||| | ||| |||||||||||||||||| ||||    
T  9321059 gaatatggttctagagatagttggtgtaaactttttactatggttaaatcgtgttacgatttacctttgaaatctttgaggcctttaggttattcgagtg 9320960  T
Q  302 atggaagtaaggttgtgttg 321  Q
    ||||||  |||||| |||||    
T  9320959 atggaaaaaaggttttgttg 9320940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 97; E-Value: 1e-47
Query Start/End: Original strand, 127 - 315
Target Start/End: Original strand, 9284180 - 9284368
Alignment:
Q  127 gttgctgctttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggt 226  Q
    ||||||| ||| ||||| |||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  9284180 gttgctgttttaggaggttgtcttagtatgattgtgaattatcaaactactaaaattgacgtttgggtgatgaaagaatatggttctagagatagttggt 9284279  T
Q  227 gtaaactttttactttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacagcttcgaggcctttaggttattccagtgatggaagtaaggtt 315  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||  | |||  || || ||||| | ||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  9284280 gtaaaatttttactttggttaaatcacggttcactttacgtttgaaatctttgaggcctttaggttattctagtgatggtagtaaggtt 9284368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 125 - 328
Target Start/End: Complemental strand, 9292091 - 9291894
Alignment:
Q  125 ctgttgctgctttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttg 224  Q
    ||||||||| ||| |||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  9292091 ctgttgctgttttaggagagtgtctttgtatgactgtgaattatgaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaacaatatggttctagagatagttg 9291992  T
Q  225 gtgtaaactttttactttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacagcttcgaggcctttaggttattccagtgatggaagtaaggttgtgttggaa 324  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||      |  ||||| ||||| | ||| |||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| |||||||     
T  9291991 gtgtaaactttttactttggttaaatc-----gcggttcac-tttgaaatctttgaggcctttatgttattctagggatggaagtaaggttctgttggac 9291898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 13 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 10353361 - 10353067
Alignment:
Q  13 tttaattgttgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttccccttcctcctgaaataggaggtgaagaggttaatagtaaattagtaatgaga 112  Q
    ||||||| | || |||||||| |||||||| | ||||||||||||||| ||||||  ||||||| |||  ||||| ||||||||||           |||    
T  10353361 tttaattctcgcgtttaacctaacacttgagactttcaatgaggttcctcttcctgatgaaata-gag--gaagaagttaatagta-----------aga 10353276  T
Q  113 gttttcaaatgactgttgctgctttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatc 212  Q
    ||||| ||||   |||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||| ||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||     
T  10353275 gttttaaaattcgtgttgctgctttaggagggtgtctttgtatgattgtggattataaagatactaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatg 10353176  T
Q  213 tagagatagttggtgtaaactttttactttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacagcttcgaggcctttaggttattccagtgatggaagtaag 312  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||| ||| || ||||  | ||| ||||| |||||||||||| |||||| |||  |||    
T  10353175 tagagagagttggtgtaaactttttactgtggttaaatcttctttcgatttacctttgcaatctttgaggcttttaggttattcgagtgatagaaaaaag 10353076  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 13 - 258
Target Start/End: Original strand, 12012430 - 12012667
Alignment:
Q  13 tttaattgttgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttccccttcctcctgaaataggaggtgaagaggttaatagtaaattagtaatgaga 112  Q
    ||||||||| || |||||||| ||||||||  ||||||||||||||||  |||||  ||||||| ||||||||||||||| | ||||  |||||          
T  12012430 tttaattgtcgcgtttaacctaacacttgagcttttcaatgaggttccatttcctgatgaaatatgaggtgaagaggttatttgtaa--tagta------ 12012521  T
Q  113 gttttcaaatgactgttgctgctttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatc 212  Q
    ||||| ||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||| |||||||  | |||||||||||||||||| |     
T  12012522 gttttgaaatttctgttgctgatttgggagggtgtctttgtatgattgtgaatcatcaaactactaagattgatgtattggtgatgaaagaatatggttg 12012621  T
Q  213 tagagatagttggtgtaaactttttactttggtcaaatcttgtttc 258  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||    
T  12012622 taaagatagttggtgtaaactttttactttggtggaatcgtgtttc 12012667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 96; E-Value: 5e-47
Query Start/End: Original strand, 14 - 323
Target Start/End: Original strand, 12018767 - 12019074
Alignment:
Q  14 ttaattgttgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttccccttcctcctgaaataggaggtgaagaggttaatagtaaattagtaatgagag 113  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||| || |||||||||| |   ||        ||    
T  12018767 ttaattgtcgcatttaacctcacactcgatattttcaatgaggttcctcttcctactaaaataggaggtaaaaaggttaataggagtata--------ag 12018858  T
Q  114 ttttcaaatgactgttgctgctttgggagggtgtctttgtatgattttgaatt------atgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatat 207  Q
    |||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||      || ||| |||||| || | || |||||||||||||||||||    
T  12018859 ttttcaaattgctgttgctgatttgggagggtgtctttgtttgattatgaattatcgaaatcaaattactaagataggtgtttgggtgatgaaagaatat 12018958  T
Q  208 ggatctagagatagttggtgtaaactttttactttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacagcttcgaggcctttaggttattccagtgatggaa 307  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||| ||||||  || || ||| | |  || ||| |||||||||||||| ||||||||||    
T  12018959 ggatgtagagatagttggtgtaaactttttactttgatggaatcgtgtttcgttttaccttttagatttttgagccctttaggttattcgagtgatggaa 12019058  T
Q  308 gtaaggttgtgttgga 323  Q
      |||||| |||||||    
T  12019059 aaaaggttttgttgga 12019074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 99 - 257
Target Start/End: Complemental strand, 10336024 - 10335866
Alignment:
Q  99 aattagtaatgagagttttcaaatgactgttgctgctttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatg 198  Q
    ||||||||||||||||||| ||||  || |||||| ||||||||||||||||||| ||  | |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10336024 aattagtaatgagagttttaaaatttctattgctgttttgggagggtgtctttgtttgcctgtgaattatcaaactactaaaattgatgtttgggtgatg 10335925  T
Q  199 aaagaatatggatctagagatagttggtgtaaactttttactttggtcaaatcttgttt 257  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| |||||    
T  10335924 aaagaatatggctgtagagatagttggtgtaaacattttactttggttaaatcgtgttt 10335866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 93; E-Value: 3e-45
Query Start/End: Original strand, 8 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 10348042 - 10347740
Alignment:
Q  8 ccttctttaattgttgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttccccttcctcctgaaataggaggtgaagaggttaatagtaaattagtaa 107  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||   |||||| |||||| ||              
T  10348042 ccttctttaattgtcgcgtttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctgatgaaatagg---tgaagaagttaatggt---------- 10347956  T
Q  108 tgagagttttcaaatgactgttgctgctttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatat 207  Q
     ||||||||| || |   |||||||| ||||||||||||||||||||| | | |  ||||| ||  |||||||||||||| |||||| ||||||||||||    
T  10347955 -gagagttttgaagttcatgttgctgttttgggagggtgtctttgtatcactgtcgattataaagatactaaaattgatgtttgggtcatgaaagaatat 10347857  T
Q  208 ggatctagagatagttggtgtaaactttttactttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacagcttcgaggcctttaggttattccagtgatggaa 307  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||   | || |||||| ||| || ||||| |   | ||||||  || ||||||| ||||||||||    
T  10347856 ggatgtagagatagttggtgtaaactttttactatggctgagtcgtgtttcgatttacctttgaaattgttgaggcccatatgttattctagtgatggaa 10347757  T
Q  308 gtaaggttgtgttggaa 324  Q
    |||||||| ||||||||    
T  10347756 gtaaggttctgttggaa 10347740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 91; E-Value: 5e-44
Query Start/End: Original strand, 108 - 330
Target Start/End: Complemental strand, 9274692 - 9274470
Alignment:
Q  108 tgagagttttcaaatgactgttgctgctttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatat 207  Q
    |||||||||| |||| | ||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||  || |||| || |||| | |||||||||||||||||||    
T  9274692 tgagagttttgaaattaatgttgttgttttggaagggtgtctttgtatgactttgaattatcgaaatactgaatttgaagtttgggtgatgaaagaatat 9274593  T
Q  208 ggatctagagatagttggtgtaaactttttactttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacagcttcgaggcctttaggttattccagtgatggaa 307  Q
    || |||| |||||||||||||||||||||||||||| |  || ||||||||| |  | |||||  |  ||  ||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  9274592 ggttctacagatagttggtgtaaactttttactttgatggaaccttgtttccttgtagatttggaaatttttaggcctttatgttattctagtgatggaa 9274493  T
Q  308 gtaaggttgtgttggaaggaatt 330  Q
    |||||||| ||||||||||||||    
T  9274492 gtaaggttctgttggaaggaatt 9274470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 13 - 243
Target Start/End: Original strand, 12006002 - 12006224
Alignment:
Q  13 tttaattgttgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttccccttcctcctgaaataggaggtgaagaggttaatagtaaattagtaatgaga 112  Q
    ||||||| | || |||||||| ||||||||  ||||||| ||||||||  |||||  ||||||| |||||||||||||||        || |||||  ||    
T  12006002 tttaattttcgcgtttaacctaacacttgaggttttcaacgaggttccttttcctgatgaaataagaggtgaagaggtta--------tttgtaatcgga 12006093  T
Q  113 gttttcaaatgactgttgctgctttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatc 212  Q
    ||||| |||| | |||||||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||| |     
T  12006094 gttttgaaattaatgttgctgatttgggagggtgtctttgtttgattgtgaattatcaaactactaagattgatgtatgggtgatgaaagaatatggttg 12006193  T
Q  213 tagagatagttggtgtaaactttttactttg 243  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  12006194 taaagatagttggtgtaaactttttactttg 12006224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 8 - 324
Target Start/End: Original strand, 7115518 - 7115832
Alignment:
Q  8 ccttctttaattgttgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttccccttcctcctgaaataggaggtgaagaggttaatagtaaattagtaa 107  Q
    |||| ||||||||| || |||||||| ||||||||   ||||| ||||||||| ||||||  |||| ||||||||||| | ||||| ||| |  | ||||    
T  7115518 ccttgtttaattgtcgcgtttaacctaacacttgagcgtttcattgaggttcctcttcctgatgaattaggaggtgaaaaagttaacagtga--tggtaa 7115615  T
Q  108 tgagagttttcaaatgactgttgctgctttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatat 207  Q
    ||   || || || |  || |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||  |||| ||||||||||||| |||||    
T  7115616 tg---gtattgaactttctattgctgttttgggagggtgtctttgtatgattgtgaattatagaactactaaaacagatgtttgggtgatgaaacaatat 7115712  T
Q  208 ggatctagagatagttggtgtaaactttttactttggtcaaatcttgtttccattcacatttg---aca-gcttcgaggcctttaggttattccagtgat 303  Q
    ||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| || || |||||| ||| |  ||||   ||| | ||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  7115713 ggatctagagacagctggtgtaaactttttacattggttaattcgtgtttcgatttatctttgattacatggttc-aggcctttaggttattctagtgat 7115811  T
Q  304 ggaagtaaggttgtgttggaa 324  Q
    ||||| |||||| | ||||||    
T  7115812 ggaagcaaggttctattggaa 7115832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 126 - 251
Target Start/End: Complemental strand, 10372011 - 10371886
Alignment:
Q  126 tgttgctgctttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttgg 225  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||| | || ||||| ||||||||||  |||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  10372011 tgttgctgttttaggagggtgtctttgtatgactgtggattataaaactactaacgttgatatttgggtgatgaaagaatatggttctagagatagttgg 10371912  T
Q  226 tgtaaactttttactttggtcaaatc 251  Q
    |||||||||||||||||||| |||||    
T  10371911 tgtaaactttttactttggttaaatc 10371886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 108 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 9364799 - 9364662
Alignment:
Q  108 tgagagttttcaaatgactgttgctgctttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatat 207  Q
    |||||||||| ||||   |||||| | |||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9364799 tgagagttttgaaatcgatgttgcggttttgggagggtgtcttagtatgattgtgaattatcaaactactcaaattgatgtttgggtgatgaaagaatat 9364700  T
Q  208 ggatctagagatagttggtgtaaactttttactttggt 245  Q
    ||||  | |||||||||||||||| | |||||||||||    
T  9364699 ggattaaaagatagttggtgtaaattgtttactttggt 9364662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 14 - 323
Target Start/End: Original strand, 11987372 - 11987673
Alignment:
Q  14 ttaattgttgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttccccttcctcctgaaataggaggtgaagaggttaatagtaaattagtaatgagag 113  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| ||  ||||||||||||||||  |||||| ||||||||||||     |||| || ||   | || || ||  ||    
T  11987372 ttaattgtcgcatttaacctaacactcgaggttttcaatgaggttccttttcctcatgaaataggagg-----aggtgaagaggttactaatagtgcaag 11987466  T
Q  114 ttttcaaatgactgttgctgctttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatct 213  Q
    |||| ||||   |||||||| ||||||||||||||||||| ||| | ||||| || |   |||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||| |    
T  11987467 ttttgaaattgatgttgctgttttgggagggtgtctttgtttgactgtgaatcatca---tactaagattgatatttgggtgatgaaagaatatggatgt 11987563  T
Q  214 agagatagttggtgtaaactttttactttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacagcttcgaggcctttaggttattccagtgatggaagtaagg 313  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||| |  |||| ||||||  || || ||||| | ||| ||| ||||| |||||||| |||||||| |  ||||    
T  11987564 agagatagttggtgtaaacttttcacattgatggaatcgtgtttcgttttacctttgaaatctttgagccctttgggttattcgagtgatggtaaaaagg 11987663  T
Q  314 ttgtgttgga 323  Q
    || |||||||    
T  11987664 ttttgttgga 11987673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 159 - 244
Target Start/End: Complemental strand, 7612059 - 7611974
Alignment:
Q  159 tttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaactttttactttgg 244  Q
    ||||||||||||||||| |||  |||||| |||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||| | ||||||||||    
T  7612059 tttgaattatgaaactattaagtttgatgtttgggtgatgaaagaatatggattaaaagatagttggtgtaaattgtttactttgg 7611974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 8 - 67
Target Start/End: Complemental strand, 9321227 - 9321168
Alignment:
Q  8 ccttctttaattgttgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttccccttcct 67  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  9321227 ccttctttaattgttgcatttaacctaacacttgaaattttcaatgtggttcctcttcct 9321168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #23
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 159 - 244
Target Start/End: Original strand, 17566105 - 17566190
Alignment:
Q  159 tttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaactttttactttgg 244  Q
    |||||||||| ||||||||||  |||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||| | ||||| ||||    
T  17566105 tttgaattatcaaactactaatgttgatgtttgggtgattaaagaatatggatttagagataattggtgtaaattgtttaccttgg 17566190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #24
Raw Score: 44; E-Value: 5e-16
Query Start/End: Original strand, 8 - 67
Target Start/End: Complemental strand, 9328847 - 9328788
Alignment:
Q  8 ccttctttaattgttgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttccccttcct 67  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||| ||||||    
T  9328847 ccttctttaattgttgcgtttaacctaacacttgaaattttcaatgtggttcctcttcct 9328788  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #25
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000005
Query Start/End: Original strand, 172 - 242
Target Start/End: Original strand, 8579522 - 8579592
Alignment:
Q  172 actactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaactttttacttt 242  Q
    ||||||||  |||| | ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  8579522 actactaaggttgaggtttgggtgatgaaaaaatatggatttagagatagttggtgtaaattgtttacttt 8579592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #26
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 126 - 179
Target Start/End: Original strand, 8576398 - 8576451
Alignment:
Q  126 tgttgctgctttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaa 179  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  8576398 tgttgctgtttttggagggtgtctttgtatgagtgtgaattatgaaactactaa 8576451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #27
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000008
Query Start/End: Original strand, 8 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 9292182 - 9292098
Alignment:
Q  8 ccttctttaattgttgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttccccttcctcctgaaataggaggtgaagaggtta 92  Q
    |||| ||| ||||| || |||||||| |||||||| | |||||||| ||||||  ||||| ||||||||| ||||||||||||||    
T  9292182 ccttgtttcattgtcgcttttaacctaacacttgagactttcaatgtggttccttttcctgctgaaatagaaggtgaagaggtta 9292098  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #28
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 8 - 67
Target Start/End: Complemental strand, 9274766 - 9274707
Alignment:
Q  8 ccttctttaattgttgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttccccttcct 67  Q
    |||| |||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||||| |||||| ||||||    
T  9274766 ccttgtttaattgttgcgtttaacctaacacttgatattttcaatgtggttcctcttcct 9274707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #29
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 8 - 73
Target Start/End: Complemental strand, 16269337 - 16269272
Alignment:
Q  8 ccttctttaattgttgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttccccttcctcctgaa 73  Q
    ||||||||||| || || |||||||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||| |||||    
T  16269337 ccttctttaatcgtcgcgtttaacctaacacttgagattttcaacgaggttcctcttcctgctgaa 16269272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #30
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 279 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 10335856 - 10335811
Alignment:
Q  279 gaggcctttaggttattccagtgatggaagtaaggttgtgttggaa 324  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||| | ||||||    
T  10335856 gaggcctttaggttattgtagtgatggaagtaaggttctattggaa 10335811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #31
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 7 - 76
Target Start/End: Complemental strand, 10336093 - 10336024
Alignment:
Q  7 accttctttaattgttgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttccccttcctcctgaaata 76  Q
    ||||| |||||||| ||| ||||| ||  ||||||| ||||||||||||||||| ||||||  |||||||    
T  10336093 accttgtttaattgctgcgtttaatctatcacttgagattttcaatgaggttcctcttcctgatgaaata 10336024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0667 (Bit Score: 128; Significance: 4e-66; HSPs: 1)
Name: scaffold0667
Description:

Target: scaffold0667; HSP #1
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 8 - 333
Target Start/End: Complemental strand, 4734 - 4417
Alignment:
Q  8 ccttctttaattgttgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttccccttcctcctgaaataggaggtgaagaggttaatagtaaattagtaa 107  Q
    |||||| ||||||| || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||   |||||||| |  ||||||||||||      | |  ||    
T  4734 ccttctctaattgtcgcttttaacctaacacttgaaattttcaatgaggttcctcttcctgacgaaataggtgaagaagaggttaat------tca--aa 4643  T
Q  108 tgagagttttcaaatgactgttgctgctttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatat 207  Q
    ||| ||| || ||||   |||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||    
T  4642 tgacagtgttgaaattgatgttgctgctttgggaggatgtctttgtatgactgtgaattatgaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaacaatat 4543  T
Q  208 ggatctagagatagttggtgtaaactttttactttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacagcttcgaggcctttaggttattccagtgatggaa 307  Q
    ||||  | ||||||||||||||||||||||||| || | ||||| ||| ||  ||||||||||| | ||||||| |||||| ||||||| ||||||||||    
T  4542 ggattaaaagatagttggtgtaaactttttactatgatgaaatcgtgtgtcacttcacatttgaaatcttcgagtcctttatgttattctagtgatggaa 4443  T
Q  308 gtaaggttgtgttggaaggaattgag 333  Q
    |||||||| || | ||||||||||||    
T  4442 gtaaggttctgattgaaggaattgag 4417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 106; Significance: 5e-53; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 126 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 37462645 - 37462442
Alignment:
Q  126 tgttgctgctttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaa---ctactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagt 222  Q
    |||||||| ||||||||| ||||||||||||| | |||||||| |||   |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37462645 tgttgctgttttgggaggctgtctttgtatgactgtgaattataaaaaaactactaaatttgatgtttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagt 37462546  T
Q  223 tggtgtaaactttttactttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacagcttcgaggcctttaggttattccagtgatggaagtaaggttgtgttgg 322  Q
    ||||||||||||| |||| |||  ||||| ||||||  ||||| ||||| | ||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||    
T  37462545 tggtgtaaactttgtactgtggataaatcgtgtttcacttcacctttgaaatctttgaggcctttatgttattctagtgatggaagtaaggttttgttgg 37462446  T
Q  323 aagg 326  Q
    ||||    
T  37462445 aagg 37462442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 1e-16
Query Start/End: Original strand, 182 - 325
Target Start/End: Complemental strand, 39427740 - 39427594
Alignment:
Q  182 ttgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaactttttactttggt---caaatcttgtttccattcacatttgacagcttc 278  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| | |||||||| ||     |||  |||||| |||||| ||| |   |||     
T  39427740 ttgatgtttgggtgatgaaagaatatggatatagatatagttggtgtaaattgtttacttttgtaggggaatggtgtttcaattcacctttaatgtcttt 39427641  T
Q  279 gaggcctttaggttattccagtgatggaagtaaggttgtgttggaag 325  Q
    || ||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||    
T  39427640 gaagcctttatgttattccagtgatagaagtaaagttctgttggaag 39427594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 100; Significance: 2e-49; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 135 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 45243843 - 45243656
Alignment:
Q  135 tttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaactt 234  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  45243843 tttgggagagtgtctttgtatgattgtgaattatcaaactaatgaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggttctagagatatttggtgtaaactt 45243744  T
Q  235 tttactttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacagcttcgaggcctttaggttattccagtgatggaagtaaggttgtgttgg 322  Q
    ||||||||||| ||||| |||||| |||  ||||||  | ||| |||||||||| ||||||| |||||| ||||||| ||| ||||||    
T  45243743 tttactttggttaaatcgtgtttcaattttcatttggaatctttgaggcctttatgttattcgagtgatcgaagtaaagttctgttgg 45243656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 144 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 45230570 - 45230408
Alignment:
Q  144 gtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggt---tgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaactttttact 240  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||| |   |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45230570 gtgtctttgtatgattgtgaattatcaaactaataaaattgatgatgtttgggtgatgaaagaatatggttctagagatagttggtgtaaactttttact 45230471  T
Q  241 ttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacagcttcgaggcctttaggttattccagtgat 303  Q
    ||||| ||||| || ||| |||  ||||||  | ||| ||| |||||| ||||||| ||||||    
T  45230470 ttggttaaatcgtggttcaattttcatttggtatctttgagacctttatgttattcgagtgat 45230408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 6e-31
Query Start/End: Original strand, 170 - 322
Target Start/End: Complemental strand, 45238059 - 45237907
Alignment:
Q  170 aaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaactttttactttggtcaaatcttgtttccattcacattt 269  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| |||||| |||  ||| |    
T  45238059 aaactactcaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaactttttactttagttgaatcgtgtttcaattttcatct 45237960  T
Q  270 gacagcttcgaggcctttaggttattccagtgatggaagtaaggttgtgttgg 322  Q
    || |   | |||||||||| ||||||| || ||| ||||||| ||| ||||||    
T  45237959 gaaattgttgaggcctttatgttattcaagcgatcgaagtaaagttctgttgg 45237907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 90; Significance: 2e-43; HSPs: 5)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 108 - 325
Target Start/End: Original strand, 29453275 - 29453492
Alignment:
Q  108 tgagagttttcaaatgactgttgctgctttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatat 207  Q
    |||||||||| ||||   |||||| | ||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  29453275 tgagagttttgaaattggtgttgcggttttggaagggtgtctttgtatgattgtgaattatcaaactgttaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatat 29453374  T
Q  208 ggatctagagatagttggtgtaaactttttactttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacagcttcgaggcctttaggttattccagtgatggaa 307  Q
    |||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||   |||| ||||||  || || ||||| | ||| | ||||||||| |||||| || |||||||    
T  29453375 ggatgtagagatagctggtgtgaactttttactttggcggaatcatgtttcattttacctttgaaaactttgtggcctttagcttattcgagcgatggaa 29453474  T
Q  308 gtaaggttgtgttggaag 325  Q
    ||| |||| |||||||||    
T  29453475 gtatggttctgttggaag 29453492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 108 - 325
Target Start/End: Original strand, 29467751 - 29467968
Alignment:
Q  108 tgagagttttcaaatgactgttgctgctttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatat 207  Q
    |||||||||| ||||   |||||| | |||||||||||||||||   ||||| |||||||| |||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  29467751 tgagagttttaaaattgatgttgcggttttgggagggtgtctttagttgattgtgaattatcaaactagtaaaattgatgtttggttgatgaaagaatat 29467850  T
Q  208 ggatctagagatagttggtgtaaactttttactttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacagcttcgaggcctttaggttattccagtgatggaa 307  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||| ||||||  || ||| |||  | ||| |||||||||||||||||| || |||||||    
T  29467851 ggatgtagagatagttggcgtaaactttttactttggttagatcgtgtttcactttacagttggaatctttgaggcctttaggttattcgagcgatggaa 29467950  T
Q  308 gtaaggttgtgttggaag 325  Q
    ||| |||| |||| ||||    
T  29467951 gtatggttctgtttgaag 29467968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 89; E-Value: 7e-43
Query Start/End: Original strand, 141 - 321
Target Start/End: Original strand, 29443325 - 29443505
Alignment:
Q  141 agggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaactttttact 240  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  29443325 agggtgtctttgtatgattgtgaattatcaaactgctaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagctggtgtaaactttttact 29443424  T
Q  241 ttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacagcttcgaggcctttaggttattccagtgatggaagtaaggttgtgttg 321  Q
    ||||   |||| ||||||  || || ||||| ||||| ||||  |||||||||||| || ||| |||||| |||| |||||    
T  29443425 ttggctgaatcgtgtttcagtttacctttgagagctttgaggattttaggttattcgagcgatagaagtatggttctgttg 29443505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 108 - 321
Target Start/End: Complemental strand, 29423436 - 29423223
Alignment:
Q  108 tgagagttttcaaatgactgttgctgctttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatat 207  Q
    |||||||||| ||||   |||||| | | ||| |||||| |||||||||| | |||||||| |||||  ||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  29423436 tgagagttttgaaattggtgttgcggttctggaagggtgcctttgtatgactgtgaattatcaaactgttaaaattgatgtttggctgatgaaagaatat 29423337  T
Q  208 ggatctagagatagttggtgtaaactttttactttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacagcttcgaggcctttaggttattccagtgatggaa 307  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||   |||| ||||||   | || ||||| ||||| ||||| ||||| |||||| || ||||||     
T  29423336 ggatgtagagatagctggtgtaaactttttactttggcagaatcgtgtttcaccttacctttgaaagctttgaggcttttagcttattcgagcgatggag 29423237  T
Q  308 gtaaggttgtgttg 321  Q
    ||| |||| |||||    
T  29423236 gtatggttctgttg 29423223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 15 - 60
Target Start/End: Complemental strand, 29423512 - 29423467
Alignment:
Q  15 taattgttgcatttaacctcacacttgaaattttcaatgaggttcc 60  Q
    |||||||||| |||||||| |||| ||| |||||||||||||||||    
T  29423512 taattgttgcgtttaacctaacacatgagattttcaatgaggttcc 29423467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 81; Significance: 4e-38; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 4e-38
Query Start/End: Original strand, 126 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 26575014 - 26574882
Alignment:
Q  126 tgttgctgctttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttgg 225  Q
    |||||||| ||| ||||||||||||||||||| | || ||||| ||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  26575014 tgttgctgatttaggagggtgtctttgtatgactgtggattataaagatactaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagttgg 26574915  T
Q  226 tgtaaactttttactttggtcaaatcttgtttc 258  Q
    ||||||||||||||| |||| ||||| ||||||    
T  26574914 tgtaaactttttactgtggttaaatcgtgtttc 26574882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 161 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 561340 - 561273
Alignment:
Q  161 tgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgt 228  Q
    ||||| || ||||||||||  |||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  561340 tgaataataaaactactaaggttgatgtttgggtaatgaaagaatatggatttagagatagttggtgt 561273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 78; Significance: 3e-36; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 125 - 330
Target Start/End: Original strand, 41966693 - 41966898
Alignment:
Q  125 ctgttgctgctttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttg 224  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||| || || ||||| ||||||   |  |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||    
T  41966693 ctgtttctgttttgggagggtgtctttgtatggttgtggattatcaaactagcgatgttgatgtttgggtgatgaaagaatatcgatctagagatagctg 41966792  T
Q  225 gtgtaaactttttactttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacagcttcgaggcctttaggttattccagtgatggaagtaaggttgtgttggaa 324  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||  ||||| | | | | ||  |||||||| ||| || |||||||| |||||| ||||| ||    
T  41966793 gtgtaaactttttactttggttaaatcttgtttcacttcatctttgaaatccttgggggttttaggttgttctagcgatggaaggaaggttctgttgcaa 41966892  T
Q  325 ggaatt 330  Q
    ||||||    
T  41966893 ggaatt 41966898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 51; Significance: 3e-20; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 165 - 243
Target Start/End: Complemental strand, 36224532 - 36224454
Alignment:
Q  165 ttatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaactttttactttg 243  Q
    ||||| ||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  36224532 ttatggaactaataaatttgatgtttgggtgatgaaagaatatggatttagagatagttggtgtaaattgtttactttg 36224454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University