View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4832_high_14 (Length: 314)

Name: NF4832_high_14
Description: NF4832
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4832_high_14
NF4832_high_14
[»] chr5 (20 HSPs)
chr5 (19-313)||(22767368-22767662)
chr5 (42-313)||(15988883-15989154)
chr5 (42-313)||(20204737-20205008)
chr5 (91-301)||(41940920-41941130)
chr5 (42-313)||(8387868-8388139)
chr5 (94-313)||(30222985-30223204)
chr5 (42-200)||(12660211-12660369)
chr5 (88-313)||(27533086-27533312)
chr5 (43-313)||(4267893-4268151)
chr5 (42-235)||(26597591-26597784)
chr5 (43-225)||(27292304-27292486)
chr5 (42-215)||(25730688-25730861)
chr5 (42-191)||(11375647-11375796)
chr5 (152-234)||(16074597-16074679)
chr5 (42-192)||(37448028-37448178)
chr5 (180-313)||(34653864-34653996)
chr5 (232-310)||(12660129-12660207)
chr5 (210-248)||(37447990-37448028)
chr5 (97-162)||(34652442-34652507)
chr5 (280-314)||(25730622-25730656)
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (19-313)||(9328713-9329006)
chr7 (42-311)||(16731717-16731986)
chr7 (42-311)||(17709851-17710120)
chr7 (42-313)||(22289023-22289294)
chr7 (90-313)||(1581397-1581620)
chr7 (41-258)||(17877245-17877462)
chr7 (43-200)||(16098385-16098542)
chr7 (53-313)||(29201100-29201354)
chr7 (90-251)||(30493791-30493952)
chr7 (236-313)||(16098265-16098342)
chr7 (67-168)||(34578437-34578538)
chr7 (102-197)||(30824668-30824763)
chr7 (220-301)||(11745953-11746034)
[»] chr4 (16 HSPs)
chr4 (19-313)||(32577159-32577451)
chr4 (19-313)||(49119511-49119792)
chr4 (19-313)||(28425977-28426259)
chr4 (42-311)||(49951097-49951366)
chr4 (26-313)||(37245970-37246261)
chr4 (42-313)||(21321309-21321580)
chr4 (42-313)||(29655800-29656070)
chr4 (42-314)||(18442279-18442550)
chr4 (42-313)||(28537921-28538190)
chr4 (42-313)||(2064635-2064906)
chr4 (42-309)||(55734795-55735062)
chr4 (19-306)||(51735082-51735370)
chr4 (42-313)||(51259663-51259935)
chr4 (42-313)||(56065411-56065682)
chr4 (57-251)||(43840456-43840650)
chr4 (42-223)||(41835445-41835626)
[»] chr2 (8 HSPs)
chr2 (42-313)||(88341-88612)
chr2 (43-314)||(12130773-12131044)
chr2 (18-313)||(34696014-34696307)
chr2 (18-313)||(34718426-34718719)
chr2 (42-313)||(18345621-18345879)
chr2 (57-248)||(44017467-44017658)
chr2 (42-114)||(9709910-9709982)
chr2 (46-313)||(26198473-26198742)
[»] chr8 (7 HSPs)
chr8 (19-313)||(7127005-7127299)
chr8 (42-313)||(478190-478461)
chr8 (19-311)||(8451234-8451526)
chr8 (42-313)||(40588864-40589120)
chr8 (43-313)||(23853726-23853984)
chr8 (42-205)||(13414913-13415076)
chr8 (19-161)||(185702-185842)
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (19-313)||(36733475-36733772)
chr1 (42-313)||(25682433-25682704)
chr1 (42-313)||(51113097-51113368)
chr1 (42-299)||(48949858-48950115)
chr1 (42-313)||(4394941-4395211)
chr1 (97-313)||(5609121-5609337)
chr1 (61-313)||(24538291-24538544)
chr1 (43-225)||(44527123-44527305)
chr1 (42-225)||(52109324-52109507)
chr1 (42-183)||(48166149-48166290)
chr1 (42-217)||(16816934-16817108)
chr1 (197-245)||(17507308-17507356)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (42-313)||(14679941-14680215)
chr6 (43-313)||(28106921-28107191)
chr6 (20-234)||(15606106-15606320)
chr6 (144-248)||(11731885-11731989)
chr6 (147-313)||(30802209-30802375)
chr6 (42-179)||(15053309-15053446)
chr6 (179-313)||(19364217-19364350)
chr6 (237-313)||(29368365-29368441)
chr6 (43-116)||(30802126-30802199)
[»] chr3 (10 HSPs)
chr3 (42-313)||(42340411-42340681)
chr3 (43-225)||(53496902-53497084)
chr3 (43-248)||(46007148-46007354)
chr3 (42-248)||(55199358-55199564)
chr3 (148-258)||(1070850-1070960)
chr3 (42-247)||(2615341-2615546)
chr3 (93-200)||(48227308-48227415)
chr3 (210-306)||(36310798-36310894)
chr3 (42-182)||(647345-647485)
chr3 (43-175)||(27941129-27941261)
[»] scaffold0446 (1 HSPs)
scaffold0446 (42-258)||(23-239)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 235; Significance: 1e-130; HSPs: 20)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 235; E-Value: 1e-130
Query Start/End: Original strand, 19 - 313
Target Start/End: Original strand, 22767368 - 22767662
Alignment:
Q  19 acatcatcaaagtgaatagaagtgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtc 118  Q
    |||||| |||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  22767368 acatcagcaaagtgaatagcagcgagtaaggctactgcctccccctccaaaacagtcatatttgcccgttgccatttcgtttgagcccgaataaattgcc 22767467  T
Q  119 cctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctc 218  Q
    || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22767468 cccgggaatctctaacacaacacgcaaaagatgtaagatgattactgtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctc 22767567  T
Q  219 ccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22767568 ccaaactgagttgttaccttgcactctattttggccgtgtggcacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 22767662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 42 - 313
Target Start/End: Original strand, 15988883 - 15989154
Alignment:
Q  42 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 141  Q
    |||||||| |||| |||||||||| ||||| ||| ||||||  || | |||||||||||||||||||||||||||  |  |  | ||||| ||| ||||     
T  15988883 gagtaaggttactgcctccccctccaaaactgtcatatttgtccgctgccatttcgtttgagcccgaataaattgctcgcgaaagtctctgacataacac 15988982  T
Q  142 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 241  Q
    ||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15988983 gcaaaagttgtaatatggttgcggtcatggaacgcgacatccatatttcacttcaacaacgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 15989082  T
Q  242 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 313  Q
    ||||||||||  |||||  |||||||  |||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  15989083 ctctattatgctcgtgttgcacaaccgctagtgaaggttgtttatgaacctcttgccattgttgccatgcat 15989154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 42 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 20205008 - 20204737
Alignment:
Q  42 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 141  Q
    ||||||||||||| |||||||||| || || ||| ||||||| |||| |||||||||||||||| | |||||||  ||  |||| |||||| ||||| ||    
T  20205008 gagtaaggctactgcctccccctccaatactgtcatatttgcccgttgccatttcgtttgagcctggataaatttcccgcgggagtctctagcacaaaat 20204909  T
Q  142 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 241  Q
    | ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  20204908 gtaaaagatgtaatatggttatggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcatttggtttctcccaaactgagttattaccttaca 20204809  T
Q  242 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 313  Q
    ||||||| ||   ||||  ||||||||   |||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  20204808 ctctattttgcttgtgttgcacaaccaagggtgagggttgtttatgaacctcttgccattgttgccatgcat 20204737  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 111; E-Value: 5e-56
Query Start/End: Original strand, 91 - 301
Target Start/End: Original strand, 41940920 - 41941130
Alignment:
Q  91 catttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgc 190  Q
    |||||||||||||| ||||||||||  ||  |||| ||| |||||| |||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41940920 catttcgtttgagctcgaataaatttcccacgggagtctttaacactacacacaaaagatgtaagatagttacggtcatggaacgcggcatccacattgc 41941019  T
Q  191 acttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaac 290  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||| || ||||||  ||||||| || | || || |||||||||||    
T  41941020 acttcaaccacatctcgctcggtttctcccaaattgggttgataccttgcactctattctgcccgtgttgcacaaccggtggcgagggttgtttatgaac 41941119  T
Q  291 ctcttgccatt 301  Q
    |||||||||||    
T  41941120 ctcttgccatt 41941130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 42 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 8388139 - 8387868
Alignment:
Q  42 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 141  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| ||||| ||| ||||||  |||| |||||||||||||||| |||| ||||| ||  | || ||||||||||||||     
T  8388139 gagtaaggcaactgcctccccctccaaaactgtcatatttgttcgttgccatttcgtttgagcctgaatgaattgcccacgagagtctctaacacaacac 8388040  T
Q  142 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 241  Q
    || |||||||||| ||  | ||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||| | |||||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  8388039 gcgaaagatgtaatattttaacggtcatgaaacgcggcatccacattgtacttcaaccacgtctcacgcggtttctcccagactgagttgttagcttgca 8387940  T
Q  242 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 313  Q
    ||||||| || ||||||  ||||| |  |  ||| || |||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  8387939 ctctattctgcccgtgttgcacaatcgatgatgagggttgtttatgaacctcctgtcattgctgccatgcat 8387868  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 104; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 94 - 313
Target Start/End: Original strand, 30222985 - 30223204
Alignment:
Q  94 ttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcact 193  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||| | |||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| | ||||  |||||||    
T  30222985 ttcgtttgagcccgaataaattgcccatggaagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaatatggttacagtcatggaacgcgacgtccatgttgcact 30223084  T
Q  194 tcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctc 293  Q
    |  |||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||  ||||||   | |||| || ||||||||||||||    
T  30223085 ttgaccacgtctcgcacggtttctcccaaacagagttgttaccttgcactctattctgcccgtgttgcacaactgttggtgagggctgtttatgaacctc 30223184  T
Q  294 ttgccattgctgccatgcat 313  Q
    ||| ||||| || |||||||    
T  30223185 ttgtcattgttgtcatgcat 30223204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 99; E-Value: 7e-49
Query Start/End: Original strand, 42 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 12660369 - 12660211
Alignment:
Q  42 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 141  Q
    ||||||| ||||| |||||| |||||| || ||| ||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||| ||  | ||||||||||||||     
T  12660369 gagtaagactactgcctcccgctctaacactgtcatatttgcccgctgccatttcgtttgagcccgaataaattgtccatgaaagtctctaacacaacac 12660270  T
Q  142 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaacca 200  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  12660269 gcaaaagatgtaagatggttacgttcatggaacgcggcatccacattgcacttcaacca 12660211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 88 - 313
Target Start/End: Original strand, 27533086 - 27533312
Alignment:
Q  88 taccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaaaa-gatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccaca 186  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| |||||||||||||| |||||| |||||||  |||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  27533086 taccatttcgtttgagcccgaataaattgcccacgggagtctctaacacaacacgcaaaaagatgtaaactggttacgatcatggaacgcgacatccaca 27533185  T
Q  187 ttgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttat 286  Q
    || |||||||  |  ||||||| || ||||||||||||| |  | |||||||||||| |||| || | ||||  ||||||| || |||| ||||||||||    
T  27533186 ttacacttcagtcgcgtctcgcgcgatttctcccaaactaaactattaccttgcactatattctgtctgtgttgcacaaccggtggtgagggatgtttat 27533285  T
Q  287 gaacctcttgccattgctgccatgcat 313  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||    
T  27533286 gaacctcttgtcattgttgccatgcat 27533312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 43 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 4268151 - 4267893
Alignment:
Q  43 agtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatg 142  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||| || | |||||| ||||||||| |||||||||| ||  | || |||||||||||||| |    
T  4268151 agtaaggctactgcctccccctccaaaactgtcatatttgcccgctgccattttgtttgagcctgaataaattgcccacgagagtctctaacacaacacg 4268052  T
Q  143 caaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcac 242  Q
    |||||||||||| ||||||||  ||| | |||||||| ||||| |||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||            |||||||    
T  4268051 caaaagatgtaatatggttacaatcaagaaacgcggcgtccacgttgcactttaaccatgactcgttcggtttctcccaaa------------cttgcac 4267964  T
Q  243 tctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 313  Q
    |||||| || ||||||  |||||||  | ||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4267963 tctattctgcccgtgttgcacaaccgatggtgaacgatttttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 4267893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 42 - 235
Target Start/End: Original strand, 26597591 - 26597784
Alignment:
Q  42 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 141  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| ||||  ||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| ||||||||||||||     
T  26597591 gagtaaggcaactgcctccccctccaaaattgtcatatttgctcgttgccatttcgtttgagcccgaatgaattgtccacgggagtctctaacacaacac 26597690  T
Q  142 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttac 235  Q
    || |||||||||| ||| | | | ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||  | || |||||||||||||| ||||||||    
T  26597691 gcgaaagatgtaatatgttgatgatcatgaaacgcggcatccacattgcacttcaaccacgtcttacacgatttctcccaaactgtgttgttac 26597784  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 43 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 27292486 - 27292304
Alignment:
Q  43 agtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatg 142  Q
    |||||||||| | |||||||||  |||||| |  ||||||  || | |||||| |||||||||||||||||||| ||  | || ||||||||||||||||    
T  27292486 agtaaggctattgcctcccccttcaaaacaataatatttgtccgctgccattttgtttgagcccgaataaattgcccacgagagtctctaacacaacatg 27292387  T
Q  143 caaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaact 225  Q
    ||||| |||||| ||||||||  |||||||||| | |||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  27292386 caaaatatgtaatatggttactatcatggaacgtgacatccacattgcacttcaaccatgactcgttcggtttctcccaaact 27292304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 42 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 25730861 - 25730688
Alignment:
Q  42 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 141  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||| || | ||||||||||||||| ||||||||||  ||  | ||  |||||||||||||     
T  25730861 gagtaaggctactgcctccccctccaaaactgtcatatttgcccgctgccatttcgtttgagctcgaataaatttcccgcgtgagactctaacacaacac 25730762  T
Q  142 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggttt 215  Q
    |  |||  ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  25730761 gtgaaaattgtaatatggttacggtcatggaacgcggaatccacattgcacttcaaccacgtctcgctcggttt 25730688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 42 - 191
Target Start/End: Original strand, 11375647 - 11375796
Alignment:
Q  42 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 141  Q
    |||||||||||||  ||||||||| ||||| ||| ||||| | || | |||||||||||||| ||||||||||   |   | || |||||||||||||||    
T  11375647 gagtaaggctactgtctccccctccaaaactgtcatatttactcgctgccatttcgtttgagtccgaataaatcacctgcgagagtctctaacacaacat 11375746  T
Q  142 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgca 191  Q
    ||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  11375747 gcaaaagttgtaatatggttacgttcatggaacgcagcatccacattgca 11375796  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 152 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 16074679 - 16074597
Alignment:
Q  152 taagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgtta 234  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||||||| |||||||||| ||||| ||||||||    
T  16074679 taagatggttacgttcatggaacgcggcatccacattgcactttgaccacgtctcgcacggtttctcctaaactaagttgtta 16074597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 51; E-Value: 3e-20
Query Start/End: Original strand, 42 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 37448178 - 37448028
Alignment:
Q  42 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 141  Q
    ||||||||||||  ||||||| |  || || ||| | |||||||| | |||||| ||||||| ||||||| |||||||  | || |||||||||||||||    
T  37448178 gagtaaggctaccgcctcccctttcaacactgtcatgtttgcacgctgccattttgtttgagtccgaatacattgtccacgagagtctctaacacaacat 37448079  T
Q  142 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcac 192  Q
      ||| ||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||| ||||    
T  37448078 ataaacgatgtaagatggttatggtcatggaacacgacatccacatcgcac 37448028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 180 - 313
Target Start/End: Original strand, 34653864 - 34653996
Alignment:
Q  180 atccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatgga 279  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||  |||||||||||||||| ||||||| || ||||||||||| ||  |||||  ||||||  ||  ||| ||     
T  34653864 atccacattgcacttcaaccacgtctcgtgcggtttctcccaaacttagttgttgcc-tgcactctattctgcacgtgttgcacaactggtgttgagggt 34653962  T
Q  280 tgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 313  Q
    |||||||||| || ||||||||| ||||||||||    
T  34653963 tgtttatgaatcttttgccattgttgccatgcat 34653996  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 232 - 310
Target Start/End: Complemental strand, 12660207 - 12660129
Alignment:
Q  232 ttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatg 310  Q
    |||||||||||||||||||| || |||  ||||||| || || |||  |||||||||| ||||||||||| ||||||||    
T  12660207 ttaccttgcactctattatgtccatgttgcacaaccggtggtaatgcctgtttatgaatctcttgccattactgccatg 12660129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 210 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 37448028 - 37447990
Alignment:
Q  210 cggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctatt 248  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  37448028 cggtttctcccaaactgagctgttaccttgcactctatt 37447990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 97 - 162
Target Start/End: Original strand, 34652442 - 34652507
Alignment:
Q  97 gtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggtta 162  Q
    ||||||| ||| |||||||| ||  |||| ||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  34652442 gtttgagaccggataaattgcccacgggagtctctaacacaacacacaaaagatgtaagatggtta 34652507  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 280 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 25730656 - 25730622
Alignment:
Q  280 tgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcata 314  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  25730656 tgtttatgaacctcttggcattgctgccatgcata 25730622  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 219; Significance: 1e-120; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 219; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 19 - 313
Target Start/End: Original strand, 9328713 - 9329006
Alignment:
Q  19 acatcatcaaagtgaatagaagtgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtc 118  Q
    |||||| |||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||| | |||| ||||||||||||||| |||||||||||||    
T  9328713 acatcagcaaagtgaatagcagcgagtaaggctactgcctccccctccaaaacagtcatattttcccgttgccatttcgtttgagctcgaataaattgtc 9328812  T
Q  119 cctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctc 218  Q
    || ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  9328813 cc-gggaatctctaacacaacacgcaaatgatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattacacttcaaccatgtctcgctcggtttctc 9328911  T
Q  219 ccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 313  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9328912 ccaaactgagttgttaccttgcactctattctagccgtgtggcacaaccagtagtgatggatgtttatgaacatcttgccattgctgccatgcat 9329006  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 42 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 16731986 - 16731717
Alignment:
Q  42 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 141  Q
    ||||||||||||| |||||||||| || || ||| ||||||| |  | ||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||    
T  16731986 gagtaaggctactgcctccccctccaatactgtcatatttgccctctgccatttcgtttgagcccgaataaattgcccgcgggaatctctaacacaacat 16731887  T
Q  142 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 241  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16731886 gcaaaagatgtaatatggttgcggtcatggaacacggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 16731787  T
Q  242 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgc 311  Q
    ||||||||||   ||||  ||||||  || ||||  | ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  16731786 ctctattatgcatgtgttgcacaactggtggtgagtgttgtttatgaacctcttgccattgttgccatgc 16731717  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 42 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 17710120 - 17709851
Alignment:
Q  42 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 141  Q
    ||||||||||||| |||||||||| || || ||| ||||||| |  | ||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||||||    
T  17710120 gagtaaggctactgcctccccctccaatactgtcatatttgccctctgccatttcgtttgagcccgaataaattgcccgcgggaatctctaacacaacat 17710021  T
Q  142 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 241  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17710020 gcaaaagatgtaatatggttgcggtcatggaacacggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 17709921  T
Q  242 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgc 311  Q
    ||||||||||   ||||  ||||||  || ||||  | ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  17709920 ctctattatgcatgtgttgcacaactggtggtgagtgttgtttatgaacctcttgccattgttgccatgc 17709851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 124; E-Value: 9e-64
Query Start/End: Original strand, 42 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 22289294 - 22289023
Alignment:
Q  42 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 141  Q
    ||||||||| || ||||||||||| ||||| ||| ||||||| |||| ||||||||| |||| |||||| ||||| ||  |||||||||||||||||||     
T  22289294 gagtaaggcaaccacctccccctccaaaactgtcatatttgctcgttgccatttcgtctgagtccgaatgaattgcccacgggaatctctaacacaacac 22289195  T
Q  142 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 241  Q
    || |||||||||| ||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| | ||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  22289194 gcgaaagatgtaatatgttgacggtcatgaaacgcggcatccacattgcacttaaaccacgtctcacgcggcttctcccaaactgagttgttagcttgca 22289095  T
Q  242 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 313  Q
    ||||||| || ||||||  |||||||  |  ||| || |||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  22289094 ctctattctgcccgtgttgcacaaccgatgatgagggttgtttatgaacctcctgtcattgctgccatgcat 22289023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 104; E-Value: 7e-52
Query Start/End: Original strand, 90 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 1581620 - 1581397
Alignment:
Q  90 ccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattg 189  Q
    |||||||||||||||||| ||||| | |||   ||| |||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  1581620 ccatttcgtttgagcccggataaactatccgctggagtctctagcacaacacgcaaaagatgtaatatggttatggtcatggaacgcagcatccacattg 1581521  T
Q  190 cacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaa 289  Q
    |||||||||||  |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| || | ||  |||||   ||||||  | |||| |||||||||||||    
T  1581520 cacttcaaccacatctcgctcagtttctcccaaactgagttgttacgttgcactatactttgttcgtgttgtacaaccgatggtgagggatgtttatgaa 1581421  T
Q  290 cctcttgccattgctgccatgcat 313  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||    
T  1581420 cctcttgccattgttgccaagcat 1581397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 41 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 17877462 - 17877245
Alignment:
Q  41 tgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaaca 140  Q
    |||||||||||||| |||||||||| || || ||| ||||| | || | | ||||||||||||| ||||| || |  || ||||| ||| |||| | |||    
T  17877462 tgagtaaggctacttcctccccctccaatactgtcatatttccccgctgcgatttcgtttgagcacgaatgaacttcccatgggagtctataacgccaca 17877363  T
Q  141 tgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgc 240  Q
     |||| | |||||| ||||||||  |||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  17877362 cgcaacaaatgtaatatggttacaatcatggaacgcgacatccacattgcatttcaaccacgtctcgctcggtttctcccaaattgagttgttaccttgc 17877263  T
Q  241 actctattatggccgtgt 258  Q
    |||| |||||| ||||||    
T  17877262 actcgattatgcccgtgt 17877245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 43 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 16098542 - 16098385
Alignment:
Q  43 agtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatg 142  Q
    ||||||||||||||||| ||||| ||||  ||| ||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||||||||||| |    
T  16098542 agtaaggctactacctctccctccaaaattgtcatatttgttcgtttccatttcgtttgagcccgaataaattgcctatgggagtctctaacacaacacg 16098443  T
Q  143 caaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaacca 200  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||    
T  16098442 caaaagaagtaatatggttacggtcatggaacgatgcgtccacattgcacttcaacca 16098385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 75; E-Value: 2e-34
Query Start/End: Original strand, 53 - 313
Target Start/End: Original strand, 29201100 - 29201354
Alignment:
Q  53 ctacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgg--gaatctctaacacaacatgcaaaagat 150  Q
    ||||||||||||| ||||| ||| ||||||  || |  ||||||||||||||||||||||| || ||      || ||||||| ||||||||||||||||    
T  29201100 ctacctccccctccaaaactgtcatatttgtccgctgtcatttcgtttgagcccgaataaactggccacacatgagtctctaatacaacatgcaaaagat 29201199  T
Q  151 gtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattat 250  Q
     ||| ||||        |||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||| |    
T  29201200 ataatatgg--------atggaaagcggcatcaacattgcacttcaaccacgtctcgtgcggtttctcccaaactgagctattaccttgcactgtatttt 29201291  T
Q  251 ggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 313  Q
    | ||||||  |||||||  | |||| || ||||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  29201292 gtccgtgttgcacaaccgatggtgagggctgtttatgaacctcttgtcattgctgtcatgcat 29201354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 74; E-Value: 6e-34
Query Start/End: Original strand, 90 - 251
Target Start/End: Original strand, 30493791 - 30493952
Alignment:
Q  90 ccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattg 189  Q
    |||||||||||||||| || ||||||| || || |||| |||||||||||| |||||| ||||||| ||||||| ||||||||| ||| |||||| ||||    
T  30493791 ccatttcgtttgagcctgagtaaattgcccatgagaatttctaacacaacacgcaaaatatgtaagttggttacagtcatggaatgcgacatccatattg 30493890  T
Q  190 cacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattatg 251  Q
    ||||| ||||| || ||| ||| ||||| |||||||| ||||||| |||||||| |||||||    
T  30493891 cactttaaccacgtttcgttcgatttcttccaaactgtgttgttatcttgcactttattatg 30493952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 236 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 16098342 - 16098265
Alignment:
Q  236 cttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 313  Q
    |||||||||||||||| ||||||  ||||||| || ||||  |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  16098342 cttgcactctattatgcccgtgttgcacaaccggtggtgaatgatgtttaggaacctcttgccattgatgccatgcat 16098265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 67 - 168
Target Start/End: Original strand, 34578437 - 34578538
Alignment:
Q  67 aaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggt 166  Q
    ||||| ||| ||||||| ||||  |||||||| ||||||||||||||||| ||  |||||| || ||||||||| ||||||||||||| ||| | |||||    
T  34578437 aaaactgtcatatttgctcgttgtcatttcgtctgagcccgaataaattgcccacgggaatttcgaacacaacacgcaaaagatgtaatatgttaacggt 34578536  T
Q  167 ca 168  Q
    ||    
T  34578537 ca 34578538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 102 - 197
Target Start/End: Original strand, 30824668 - 30824763
Alignment:
Q  102 agcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaa 197  Q
    |||||||||||||| | |  || | |||||||||||||||||||||||||||| |||  ||| |||||| || |  ||||||||||||||||||||    
T  30824668 agcccgaataaattattcgcggcagtctctaacacaacatgcaaaagatgtaatatgactacagtcatgaaatgtagcatccacattgcacttcaa 30824763  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 220 - 301
Target Start/End: Original strand, 11745953 - 11746034
Alignment:
Q  220 caaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccatt 301  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||| || | ||||  ||||||| || |||| || |||||||| |||| ||||||||    
T  11745953 caaactgagttgttactttgcactctattctgtctgtgttgcacaaccggtggtgagggttgtttatgcacctgttgccatt 11746034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 195; Significance: 1e-106; HSPs: 16)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 195; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 19 - 313
Target Start/End: Original strand, 32577159 - 32577451
Alignment:
Q  19 acatcatcaaagtgaatagaagtgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtc 118  Q
    |||||| |||||| ||||| || ||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| |    
T  32577159 acatcagcaaagtaaatagcagcgagtaaggctagtacctccccctccaaaacagtcatatttgcccgttgccatttcgtttgagcccgaataaattgcc 32577258  T
Q  119 cctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctc 218  Q
    || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  32577259 cc-gggaatctctaacacaacacgcaaaagatgtaagatggttaaggtcatggaacgcagcatccacattgcacttcaaccatgtctc-ctcggtttctc 32577356  T
Q  219 ccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||  ||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  32577357 ccaaactgagttgttaccttgcactatattctggccgtgttgcacaaacggtagtgacggatgtttatgaacctcttgccattgccgccatgcat 32577451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 175; E-Value: 3e-94
Query Start/End: Original strand, 19 - 313
Target Start/End: Original strand, 49119511 - 49119792
Alignment:
Q  19 acatcatcaaagtgaatagaagtgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtc 118  Q
    |||||| |||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||  ||| ||||||||||||||||||||             
T  49119511 acatcagcaaagtgaatagcagcgagtaaggctactgcctccccctccaaaacagtcatatttgcctgttgccatttcgtttgagcccgaa--------- 49119601  T
Q  119 cctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctc 218  Q
        ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||    
T  49119602 ----ggaatctctaacacaacacacaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcagccatgtctcgcttggtttatc 49119697  T
Q  219 ccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 313  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49119698 ccaaactgggttgttaccttacactctattctggccgtgtggcacaaccaatagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 49119792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 168; E-Value: 5e-90
Query Start/End: Original strand, 19 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 28426259 - 28425977
Alignment:
Q  19 acatcatcaaagtgaatagaagtgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtc 118  Q
    |||||| |||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||| ||||||||| |||||||  ||| ||||||||||||||||||||             
T  28426259 acatcagcaaagtgaatagcagcgagtaaggctactgcctccccctccaaaacagtcatatttgcctgttgccatttcgtttgagcccgaa--------- 28426169  T
Q  119 cctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctc 218  Q
        ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||    
T  28426168 ----ggaatctctaacacaacacacaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcagccatgtctcgcttggtttatc 28426073  T
Q  219 ccaaact-gagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 313  Q
    ||||||| | ||||||||||| ||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28426072 ccaaactggggttgttaccttacactctattctggccgtgtggcacaaccaatagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 28425977  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 158; E-Value: 4e-84
Query Start/End: Original strand, 42 - 311
Target Start/End: Complemental strand, 49951366 - 49951097
Alignment:
Q  42 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 141  Q
    ||||||||||||| |||||||||| || || ||| ||||||| || | ||||||||||||||||||||||||||| ||  | |||||||||||||| |||    
T  49951366 gagtaaggctactgcctccccctccaatactgtcatatttgcccgctgccatttcgtttgagcccgaataaattggccgcgagaatctctaacacagcat 49951267  T
Q  142 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 241  Q
    ||||||||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  49951266 gcaaaagatgtaatatggttgcggtcatggaatgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctccaaaactgagttgttaccttgca 49951167  T
Q  242 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgc 311  Q
    |||||||||| | ||||  ||||||  || ||||  | ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  49951166 ctctattatgcctgtgttgcacaactggtggtgagcgttgtttatgaacctcttgccattgttgccatgc 49951097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 156; E-Value: 7e-83
Query Start/End: Original strand, 26 - 313
Target Start/End: Original strand, 37245970 - 37246261
Alignment:
Q  26 caaagtgaatagaagtgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccct-ggg 124  Q
    |||||||||||| |  ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||    
T  37245970 caaagtgaatagcatcgagtaaggctactgcctccccctccaaaactgtcatatttgcccgtttccatttcgtttgtgcccgaataaatt-tccctcggg 37246068  T
Q  125 aatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaac 224  Q
    | |||||||||||||||||| | ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37246069 agtctctaacacaacatgcagaggatgtaagacgattacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaac 37246168  T
Q  225 tgagttgttac----cttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 313  Q
    | |||||||||    ||||||| |||||  || | |||  ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  37246169 taagttgttacgtaccttgcaccctattccggtcatgttgcacaaccggtagtgagggatgtttatgaacctcatgccattgctgccatgcat 37246261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 42 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 21321580 - 21321309
Alignment:
Q  42 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 141  Q
    ||||||||||| |  ||||||||| ||||| ||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||  ||  | || ||||||| |||||||    
T  21321580 gagtaaggctattgtctccccctccaaaactgtcatatttgcccgttgccatttcgtttgagcccgaataaatttcccgcgagagtctctaatacaacat 21321481  T
Q  142 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 241  Q
    ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||||||||||| |||||| |||||||    
T  21321480 gcaaaagttgtaatatggttacggtcatggaacgcaacatccacattgcacttcaaccacgtttcgctcgatttctcccaaactgtgttgttgccttgca 21321381  T
Q  242 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 313  Q
    ||||||||||  |||||   |||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  21321380 ctctattatgctcgtgttgtacaaccggtagtgagggatgtttatgaacatcttgccattgctgccaagcat 21321309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 42 - 313
Target Start/End: Original strand, 29655800 - 29656070
Alignment:
Q  42 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 141  Q
    ||||||||||||| |||| ||||| ||||||||| ||||||| || | |||||| |||||||||||||||||||| ||  ||||  |||||||||||||     
T  29655800 gagtaaggctactgcctctccctccaaaacagtcatatttgcccgctgccattttgtttgagcccgaataaattgcccacgggagcctctaacacaacaa 29655899  T
Q  142 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 241  Q
     |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| | ||||||||||    
T  29655900 -caaaagatgtaagagggttacgatcatggaacgcggcatccacattacacttcaaccatgtctcactcggtttcttccaaactgagatattaccttgca 29655998  T
Q  242 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 313  Q
     ||||||||| || |||  |||| || || |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  29655999 ttctattatgcccatgttgcacacccggtggtgatgaatgtttatgaacctctttccattgctgccatgcat 29656070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 42 - 314
Target Start/End: Original strand, 18442279 - 18442550
Alignment:
Q  42 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 141  Q
    ||||||||||||| |||||||||| || || ||| ||||| | || | ||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||     
T  18442279 gagtaaggctactgcctccccctccaatactgtcatattttcccgcttccatttcgtttgagcccgaataaattgcccatgggagtctctaacacaacac 18442378  T
Q  142 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 241  Q
    ||||||| ||||| |||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  18442379 gcaaaagttgtaatatggttgcggtcatggaacgcgacatccgcattgcacttcaaccacgtctcgctcggtttctcccaaacagagttgttaccttgca 18442478  T
Q  242 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcata 314  Q
    ||||||| || | || |  ||||||| ||  ||| || ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||    
T  18442479 ctctattttgtctgtattgcacaaccggtgatga-ggttgtttatgaacatcttgccattgttgccatgcata 18442550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 129; E-Value: 9e-67
Query Start/End: Original strand, 42 - 313
Target Start/End: Original strand, 28537921 - 28538190
Alignment:
Q  42 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 141  Q
    ||||||||||||| ||||||||||  ||||  || ||||| | || | ||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||     
T  28537921 gagtaaggctactgcctccccctc--aaactatcatattttcccgctgccatttcgtttgagcccgaataaattgcccgtgggagtctctaacacaacac 28538018  T
Q  142 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 241  Q
    |||||| |||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  28538019 gcaaaatatgtaatatggttacgatcatggaacgcagcatccacattgcacttcaaccacgtctcgttcggtttctcccaaactgaattgttaccttgca 28538118  T
Q  242 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 313  Q
    ||||| | || ||||||   |||| | || ||||  | ||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  28538119 ctctactgtgcccgtgttgtacaatcggtggtgagtggtgtttatgaacctcttgccattgttgacatgcat 28538190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 128; E-Value: 4e-66
Query Start/End: Original strand, 42 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 2064906 - 2064635
Alignment:
Q  42 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 141  Q
    ||||||||||||| |||||||||  || || ||| ||||||| || |  ||||| ||||||||||||||||||| |||  |||| ||||||||||||||     
T  2064906 gagtaaggctactgcctcccccttcaatactgtcatatttgcccgctgtcattttgtttgagcccgaataaattatccgcgggagtctctaacacaacac 2064807  T
Q  142 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 241  Q
    ||| | ||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2064806 gcagaggatgtaatatggttacggtcatggaacgtggcgtccacattgcacttcaaccacgactcgctcagtttctcccaaactgagttgttaccttgca 2064707  T
Q  242 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 313  Q
    ||||||| || ||||||  |||||||  | |||| || |||||| |||||||||||||||| || |||||||    
T  2064706 ctctattttgtccgtgttgcacaaccgatggtgaaggttgtttacgaacctcttgccattgttgtcatgcat 2064635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 124; E-Value: 9e-64
Query Start/End: Original strand, 42 - 309
Target Start/End: Complemental strand, 55735062 - 55734795
Alignment:
Q  42 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 141  Q
    ||||||||||||| |||||||||| || || ||| ||||||| || | |||||||||||||||||||| ||||||  | ||||| ||||||||||||||     
T  55735062 gagtaaggctactgcctccccctccaatactgtcatatttgctcgcttccatttcgtttgagcccgaacaaattgctcatgggagtctctaacacaacac 55734963  T
Q  142 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 241  Q
    ||||||||||||| ||||||  | ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  55734962 gcaaaagatgtaatatggttgagatcatggagcgcgacatccacattgcacttcaaccacatctcgctcggtttctcccaaaccgagttgttaccttgca 55734863  T
Q  242 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccat 309  Q
    ||||||| || | || |  |||||||  |  |||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  55734862 ctctattttgtctgtattgcacaaccgatgatgatggttgtttatgaacatcttgccattgttgccat 55734795  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 121; E-Value: 5e-62
Query Start/End: Original strand, 19 - 306
Target Start/End: Original strand, 51735082 - 51735370
Alignment:
Q  19 acatcatcaaagtgaatagaagtgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtc 118  Q
    |||||| |||||||||| | |  ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| |||||||||| |  |||||||||| |||||||||||||||||    
T  51735082 acatcagcaaagtgaatggcatcgagtaaggctactgcctccccctccaaaactgtcatatttgcacgctgtcatttcgtttaagcccgaataaattgtc 51735181  T
Q  119 cctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctc 218  Q
       || | ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |    
T  51735182 aacggaagtctctaacacaacacacaaaagatgtaagatggttacaatcatggaacgcggcatccacgttgcacttcaaccacgtctcgctcggtttcgc 51735281  T
Q  219 ccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaa-ccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgc 306  Q
    |||||||||| |||||| |||||| ||||| || |  |||  ||||| | |   | || ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  51735282 ccaaactgagatgttacattgcaccctattctgcctatgttgcacaatcgatgggggagggatgtttatgaacctcttgccattgctgc 51735370  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 42 - 313
Target Start/End: Original strand, 51259663 - 51259935
Alignment:
Q  42 gagtaaggctactacctccccc-tctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaaca 140  Q
    ||||||||| ||| |||||||| || ||||| ||| ||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||  | || ||||||||||||||    
T  51259663 gagtaaggcaactgcctcccccctccaaaactgtcatatttgctcgttgccatttcgtttgagcccgaatgaattgcccacgagagtctctaacacaaca 51259762  T
Q  141 tgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgc 240  Q
    | | |||||||||| ||| | ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  51259763 tacgaaagatgtaatatgttgacggtcatgaaacgcggcatccacattgcagttcaaccacgtctcacgcggtttctcccaaactgagttgttagcttgc 51259862  T
Q  241 actctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 313  Q
    |||||||| || ||||||  | ||| |  |  ||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  51259863 actctattctgcccgtgttgcgcaatcgatgatgagggttgtttatgaacctcctgccattgctgccatgcat 51259935  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 42 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 56065682 - 56065411
Alignment:
Q  42 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 141  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| ||||| ||| ||||||| ||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||  |||| ||||||| ||||||     
T  56065682 gagtaaggcaactgcctccccctccaaaactgtcatatttgctcgttgtcatttcgtttgagcccgaatgaattgcccacgggagtctctaaaacaacac 56065583  T
Q  142 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 241  Q
    || |||||||||| ||| | ||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||| ||||| | | ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  56065582 gcgaaagatgtaatatgttgacggtcatgaaacacgacatccacattgcacttcaaccacgtctcacacagtttctcccaaactgagttgttagcttgca 56065483  T
Q  242 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 313  Q
    ||||||| || ||||||  ||||| |  |   || || |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  56065482 ctctattctgcccgtgttgcacaatcgatgacgagggttgtttatgaacctcctgccattgctgccatgcat 56065411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 57 - 251
Target Start/End: Original strand, 43840456 - 43840650
Alignment:
Q  57 ctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaaga 156  Q
    ||||||||| || || ||| ||||||  || | ||||||||||||| ||||||||||||||||  |||| |||||||||||| | |||||||||||||||    
T  43840456 ctccccctccaacactgtcatatttgtccgctgccatttcgtttgaccccgaataaattgtccacgggagtctctaacacaaaacgcaaaagatgtaaga 43840555  T
Q  157 tggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattatg 251  Q
    |||||| | |||| ||||||||||||||| ||| |||||||||| ||||||  |||| ||||||||||| |||||||  ||||||||||||||||    
T  43840556 tggttatgctcatagaacgcggcatccacgttgaacttcaaccacgtctcgtgcggtctctcccaaactaagttgttgtcttgcactctattatg 43840650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 42 - 223
Target Start/End: Original strand, 41835445 - 41835626
Alignment:
Q  42 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 141  Q
    ||||||||||||| | |||||||| ||||| ||| |||||||  | |  ||||| ||||||||||||||||||||||   | || ||||||||||||||     
T  41835445 gagtaaggctactgcatccccctccaaaactgtcatatttgccagctgtcattttgtttgagcccgaataaattgtctgcgagagtctctaacacaacac 41835544  T
Q  142 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaa 223  Q
    ||||||| ||||| ||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||    
T  41835545 gcaaaagttgtaatatggttacgttcaaggaacgtggcatccacattgcacttcaaccacgtctcgctcgatttctcccaaa 41835626  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 160; Significance: 3e-85; HSPs: 8)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 160; E-Value: 3e-85
Query Start/End: Original strand, 42 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 88612 - 88341
Alignment:
Q  42 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 141  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||| | || ||||||| ||||||||||||||||||| ||  | || |||||||||||||||    
T  88612 gagtaaggctactgcctccccctccaaaactgtcatatttgcccattgccatttcatttgagcccgaataaattgcccgcgagagtctctaacacaacat 88513  T
Q  142 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 241  Q
    ||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||    
T  88512 gcaaaagttgtaatatggttacggtcatggaacgcagcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgtgttgttgccttgca 88413  T
Q  242 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 313  Q
    ||||||||||  |||||   |||||| ||||||| |||||||||||||| ||||||||||| || |||||||    
T  88412 ctctattatgctcgtgttgtacaaccggtagtgagggatgtttatgaacatcttgccattgttgtcatgcat 88341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 43 - 314
Target Start/End: Original strand, 12130773 - 12131044
Alignment:
Q  43 agtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatg 142  Q
    |||||||||||| |||||||||| || ||  || ||||||| || |  |||||||||||||||||||||| ||| ||  |||| ||||||||||||||      
T  12130773 agtaaggctactgcctccccctccaacactatcatatttgctcgctgtcatttcgtttgagcccgaataatttgcccgcgggagtctctaacacaacacc 12130872  T
Q  143 caaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcac 242  Q
    ||||||||  || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  12130873 caaaagatagaatatggttacggtcatggaacggggcatccacattgcacttcaaccacgtctcgctcgatttctcccaaattgagttgttaccttgcac 12130972  T
Q  243 tctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcata 314  Q
    ||| ||    ||||||  ||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  12130973 tctgtttgtcccgtgttgcacaaccggtggtgatggttgtttatgaacctcttgccattgttgccatgcata 12131044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 8e-55
Query Start/End: Original strand, 18 - 313
Target Start/End: Original strand, 34696014 - 34696307
Alignment:
Q  18 gacatcatcaaagtgaatagaagtgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgt 117  Q
    ||||||| |||||||||| |   |||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||| || | ||||  || ||||||||||||||||||     
T  34696014 gacatcagcaaagtgaatggccttgagtaaggctactgcctccccctccaaaactgtcatatttgcccgctgccat--cgattgagcccgaataaattgc 34696111  T
Q  118 ccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttct 217  Q
    ||  |||| |||||||| ||||| ||||||||||||| ||| ||| |||||||||| | ||||||||| ||| |||||||||| | ||||| | ||||||    
T  34696112 ccacgggagtctctaacgcaacacgcaaaagatgtaatatgcttatggtcatggaatgtggcatccacgttgtacttcaaccacgactcgcgcagtttct 34696211  T
Q  218 cccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 313  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||   |||   || | ||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  34696212 cccaaactgagttgttaccttgcattctattatgttcgtgatgcaccggcaatggtgatggttgtgtatgaacctcttgccattgttgccatgcat 34696307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 109; E-Value: 8e-55
Query Start/End: Original strand, 18 - 313
Target Start/End: Original strand, 34718426 - 34718719
Alignment:
Q  18 gacatcatcaaagtgaatagaagtgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgt 117  Q
    ||||||| |||||||||| |   |||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||| || | ||||  || ||||||||||||||||||     
T  34718426 gacatcagcaaagtgaatggccttgagtaaggctactgcctccccctccaaaactgtcatatttgcccgctgccat--cgattgagcccgaataaattgc 34718523  T
Q  118 ccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttct 217  Q
    ||  |||| |||||||| ||||| ||||||||||||| ||| ||| |||||||||| | ||||||||| ||| |||||||||| | ||||| | ||||||    
T  34718524 ccacgggagtctctaacgcaacacgcaaaagatgtaatatgcttatggtcatggaatgtggcatccacgttgtacttcaaccacgactcgcgcagtttct 34718623  T
Q  218 cccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 313  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||   |||   || | ||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  34718624 cccaaactgagttgttaccttgcattctattatgttcgtgatgcaccggcaatggtgatggttgtgtatgaacctcttgccattgttgccatgcat 34718719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 42 - 313
Target Start/End: Original strand, 18345621 - 18345879
Alignment:
Q  42 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 141  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||  |||||||||||||||||||  | ||||||||  ||  || | ||||||||||||||     
T  18345621 gagtaaggctactgcctccccctc-aaaactgtcatatttgtccgttaccatttcgtttgagttcaaataaattacccacggaagtctctaacacaacac 18345719  T
Q  142 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 241  Q
    |||||||| |||| ||||||||| ||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||            ||||||    
T  18345720 gcaaaagaagtaatatggttacgctcatggaacgttgcgtccacattgcacttcaaccatgtctcgttcggtttcttccaaa------------cttgca 18345807  T
Q  242 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 313  Q
    ||||||| || ||||||  ||||||| || ||||  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  18345808 ctctattctgcccgtgttgcacaaccggtggtgaatgatgtttatgaacctcttgccattactgccatgcat 18345879  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 57 - 248
Target Start/End: Original strand, 44017467 - 44017658
Alignment:
Q  57 ctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaaga 156  Q
    ||||||||| ||||| ||| |||||||||| |  |||||  ||||||||||||||||||| ||  |||| |||||||||||||| || ||||||||||||    
T  44017467 ctccccctccaaaactgtcatatttgcacggtgtcattttatttgagcccgaataaattgcccacgggagtctctaacacaacacgcgaaagatgtaaga 44017566  T
Q  157 tggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctatt 248  Q
    |||| | | |||  |||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||| |||| | ||||| || |||||||||||||| ||||    
T  44017567 tggtcatgatcacagaacgcggaattcgcattgcacttcaaccatgtctcgctcggcttcttcaaaacttagctgttaccttgcactttatt 44017658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 42 - 114
Target Start/End: Complemental strand, 9709982 - 9709910
Alignment:
Q  42 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaat 114  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| ||||| ||| ||||||  |||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  9709982 gagtaaggcaactgcctccccctccaaaactgtcatatttgttcgttgccatttcgtttgagcctgaataaat 9709910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 46 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 26198742 - 26198473
Alignment:
Q  46 aaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaa 145  Q
    ||||||||| | |||||||| ||||| ||| ||||||  || ||||||||  ||||||| ||||||||||| ||    || ||||||||||| ||  |||    
T  26198742 aaggctactgcatccccctccaaaactgtcatatttgttcgctaccattttatttgagctcgaataaattgcccacatgagtctctaacacagcacacaa 26198643  T
Q  146 aagatgtaagatggttacggtcatg------gaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttg 239  Q
    |||||| || ||| ||| ||| |||      ||||||| |||||||| | ||||||||||| ||||||  |  |||||||| |||| || |||||| |||    
T  26198642 aagatgcaatatgattatggtaatgaaaatggaacgcgacatccacaatacacttcaaccacgtctcgtgcaatttctcccgaactaagctgttactttg 26198543  T
Q  240 cactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 313  Q
    || |||||| ||  |||||  |||| ||||| |||| |||   |||||||||||||| ||||| || |||||||    
T  26198542 cattctattctgttcgtgttgcacacccagtggtga-gga---ttatgaacctcttgtcattgatgtcatgcat 26198473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 159; Significance: 1e-84; HSPs: 7)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 159; E-Value: 1e-84
Query Start/End: Original strand, 19 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 7127299 - 7127005
Alignment:
Q  19 acatcatcaaagtgaatagaagtgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtc 118  Q
    |||||| |||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||| |||||  || ||||||| |||| ||||||| |||| || ||||||||||  |    
T  7127299 acatcagcaaagtgaatagcatcgagtaaggctactacctccccctccaaaactttcatatttgcccgtttccatttcatttgtgcacgaataaatttcc 7127200  T
Q  119 cctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctc 218  Q
    || | || |||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  7127199 cccgagagtctctaacacaacatgcagaggatgtaagacggttacgttcatggaacgcggcatccacattccacttcaaccatgtctcgctcggcttctc 7127100  T
Q  219 ccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 313  Q
    ||||||| |||||||||||||| | ||||| |||| ||||  ||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  7127099 ccaaactaagttgttaccttgccccctattctggctgtgttgcacaaccggtagtgagggatgtttatgaacctcatgccattgctgccatgcat 7127005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 42 - 313
Target Start/End: Original strand, 478190 - 478461
Alignment:
Q  42 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 141  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||| |||| |||||| ||||||||||| |||||||| || ||| ||||||||||||||||     
T  478190 gagtaaggctactgcctccccctccaaaactgtcatatttgcccgttgccattttgtttgagcccggataaattgaccatggaaatctctaacacaacac 478289  T
Q  142 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 241  Q
     |||||||||| ||||||||  ||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||  ||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||| |    
T  478290 acaaaagatgttagatggttgtggtcatggaacgttgcatccacattacacttcaaccacatctcgcttggtttctcccaaattgagatgttaccttgga 478389  T
Q  242 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 313  Q
    ||||||| || | ||||  |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  478390 ctctattttgcctgtgttgcacaaccactggtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 478461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 129; E-Value: 9e-67
Query Start/End: Original strand, 19 - 311
Target Start/End: Original strand, 8451234 - 8451526
Alignment:
Q  19 acatcatcaaagtgaatagaagtgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtc 118  Q
    |||||| | |||||||| |||  |||||| |||||| |||||||||| || || ||| ||||||| || | || ||| ||||||||||||||||||||||    
T  8451234 acatcagcgaagtgaatggaatcgagtaaagctactgcctccccctccaacactgtcatatttgcccgcttcctttttgtttgagcccgaataaattgtc 8451333  T
Q  119 cctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctc 218  Q
    |    || ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||    
T  8451334 cacaagagtctctaacacaacatccaaaagatgtaaaatggttacggtcatggaacgcggcatccacattacacttcaaccacgtctcgcacggtttctc 8451433  T
Q  219 ccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgc 311  Q
    ||||| |||  | | ||||||||||||||| ||   ||||  ||||||| || ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  8451434 ccaaattgaactatgaccttgcactctattttgctggtgttgcacaacctgtggtgatggctgtttatgaacctcttgccattgttgccatgc 8451526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 109; E-Value: 8e-55
Query Start/End: Original strand, 42 - 313
Target Start/End: Original strand, 40588864 - 40589120
Alignment:
Q  42 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 141  Q
    ||||| ||||||| |||||||||| ||||| ||  ||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||  ||||             | |||     
T  40588864 gagtacggctactgcctccccctccaaaactgttatatttgcccgctgccatttcgtttgagcccgaataaattg--cctg-------------ctacaa 40588948  T
Q  142 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 241  Q
    ||||||| ||| | ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  40588949 gcaaaagttgttatatggttacgttcatggaacgcggcatccacgttgcacttcaaccacgtctcactcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 40589048  T
Q  242 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 313  Q
    |||| ||||| ||||||  ||||||| || |||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  40589049 ctctgttatgcccgtgttgcacaaccggtggtgagggctgtttatgaacctcttgccattgttgccatgcat 40589120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 43 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 23853984 - 23853726
Alignment:
Q  43 agtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatg 142  Q
    |||||||||||| |||| ||||| ||||| ||| |||||   || |  |||||||||||| ||||||||||||| ||  |||| ||||||||| |||| |    
T  23853984 agtaaggctactgcctcaccctccaaaactgtcatatttttccgctgtcatttcgtttgaacccgaataaattgcccacgggagtctctaacataacacg 23853885  T
Q  143 caaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcac 242  Q
    |||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||||            |||||||    
T  23853884 caaaagatgtaatatagttacggtcatggaacgcggcgtccacatcgcacttcaaccacgtctcgttcggtttctcccaaa------------cttgcac 23853797  T
Q  243 tctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 313  Q
    ||||||||| | ||||  ||||||| || ||||   |||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  23853796 tctattatgcctgtgttgcacaacctgtggtgaataatgtttatgaacctcttgccattgttgtcatgcat 23853726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 42 - 205
Target Start/End: Complemental strand, 13415076 - 13414913
Alignment:
Q  42 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 141  Q
    ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||  || | ||||||||||||||||||||||||||| ||  |  | ||||||| | ||||     
T  13415076 gagtaaggctactgcctccccctccaaaactgtcatatttgtccgctgccatttcgtttgagcccgaataaattgcccgcgaaagtctctaaaaaaacac 13414977  T
Q  142 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtct 205  Q
     |||||| ||||| ||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||    
T  13414976 acaaaagttgtaatatggttacgttcatggaacacgacatccacattgcacttcaaccacgtct 13414913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 19 - 161
Target Start/End: Original strand, 185702 - 185842
Alignment:
Q  19 acatcatcaaagtgaatagaagtgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtc 118  Q
    |||||| |||||||||||| |  ||||||||||||| ||||||| || ||||| ||| ||||||| |||| |||||||||||||||||  ||||||| ||    
T  185702 acatcaacaaagtgaatagtatcgagtaaggctacttcctcccc-tccaaaactgtcatatttgcccgtttccatttcgtttgagcccagataaatt-tc 185799  T
Q  119 cctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggtt 161  Q
    ||| ||| ||||| ||||||| |||| ||||||||||| ||||    
T  185800 cctcggagtctcttacacaacgtgcagaagatgtaagacggtt 185842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 139; Significance: 1e-72; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 19 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 36733772 - 36733475
Alignment:
Q  19 acatcatcaaagtgaatagaagtgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtc 118  Q
    |||||| |||||||||||  | |||||||| ||||| |||||||||| ||||| | | ||||| | ||||  ||||| ||||||||||||||||||||||    
T  36733772 acatcagcaaagtgaataacattgagtaagactactgcctccccctccaaaactgccatatttacccgttgtcattttgtttgagcccgaataaattgtc 36733673  T
Q  119 cctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccac--attgcacttcaaccatgtctcgctcggtttc 216  Q
    |  | || ||||||||||||||  |||||| |||||||||||||  |||||| ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36733672 cacgagagtctctaacacaacacacaaaaggtgtaagatggttatagtcatgaaacgcggcatccacatattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttc 36733573  T
Q  217 tcccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtga-tggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 313  Q
    ||| ||||| |||| |||||||||| |||||| ||||| |||  ||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36733572 tccgaaactcagttattaccttgcattctattttggccttgttgcacaaccggtagtgaggggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 36733475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 124; E-Value: 9e-64
Query Start/End: Original strand, 42 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 25682704 - 25682433
Alignment:
Q  42 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 141  Q
    ||||||||||||| |||||||||| || || ||| ||||||| |||| |||||||||||||||||  |||||||| ||  |||| ||||||||||||||     
T  25682704 gagtaaggctactgcctccccctccaacactgtcatatttgcccgttgccatttcgtttgagcccagataaattgcccacgggagtctctaacacaacac 25682605  T
Q  142 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 241  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||| || |||||||    
T  25682604 gcaaaagatgtaagatggttacgttcatgaaacacggcatccacattgcacttcaaccatgtctcacacggtttctcccaaattgagttcttgccttgca 25682505  T
Q  242 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 313  Q
    ||||||| |  || |||  ||||| | |   | | || |||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  25682504 ctctattctacccatgttgcacaatcggcgataagggttgtttatgaatctcttgccattgctgccatgcat 25682433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 5e-59
Query Start/End: Original strand, 42 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 51113368 - 51113097
Alignment:
Q  42 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 141  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| ||||| ||  ||||||| |||| |||||||||||||| |||||| ||||| ||  |||| ||||||||||||||     
T  51113368 gagtaaggcaactgcctccccctccaaaacggttatatttgctcgttgccatttcgtttgagtccgaatgaattgcccacgggagtctctaacacaacac 51113269  T
Q  142 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 241  Q
    || |||||||||| ||| | ||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||| | || |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  51113268 gcgaaagatgtaatatgttgacggtcatgaaacacggcatccacattgcactttaaccacgtctcacacgatttctcccaaactgagttgttagcttgca 51113169  T
Q  242 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 313  Q
    ||||||| || ||||||  ||||| |  |  ||| || |||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  51113168 ctctattctgcccgtgttgcacaatcgatgatgagggctgtttatgaacctcctgccattgctgccatgcat 51113097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 110; E-Value: 2e-55
Query Start/End: Original strand, 42 - 299
Target Start/End: Original strand, 48949858 - 48950115
Alignment:
Q  42 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 141  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| |||||  || ||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||| |   |||| ||||||||||||||     
T  48949858 gagtaaggcaactgcctccccctccaaaactttcatatttgctcgttgccatttcgtttgagcccgaatgaattgccaacgggagtctctaacacaacac 48949957  T
Q  142 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 241  Q
    || |||||||||| ||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||| ||||||||||| ||||||    
T  48949958 gcgaaagatgtaatatgttgacggtcatgaaacgcggcatccacattgcacttcaaccacgtctcacgcggtttctcccaatctgagttgttagcttgca 48950057  T
Q  242 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgcca 299  Q
    ||||||| || ||||||  ||||| |  |  ||| || |||||||||||||| |||||    
T  48950058 ctctattctgcccgtgttgcacaatcgatgatgagggttgtttatgaacctcctgcca 48950115  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 42 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 4395211 - 4394941
Alignment:
Q  42 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 141  Q
    ||||||||||| | ||||||| || |||||  || ||||||| || | |||||||| ||||||||| |||||||| ||  | || ||||||||||| |||    
T  4395211 gagtaaggctagtgcctccccttc-aaaactctcatatttgcccgctgccatttcgattgagcccggataaattgcccacgagagtctctaacacagcat 4395113  T
Q  142 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 241  Q
    ||||||| ||| | |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  4395112 gcaaaagttgtgatatggttacggtcatggaacgcggcttccacattgcacttcagccacgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttgtcttgca 4395013  T
Q  242 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 313  Q
    |||| |||||   ||||  ||  ||| |||| || |||||||||| ||||||||||||||| || |||||||    
T  4395012 ctctgttatgcatgtgttgcattaccggtagcgagggatgtttataaacctcttgccattgttgtcatgcat 4394941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 101; E-Value: 5e-50
Query Start/End: Original strand, 97 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 5609337 - 5609121
Alignment:
Q  97 gtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttca 196  Q
    ||||||||||||||||||||  | || || |||||| |||| || || |||| ||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5609337 gtttgagcccgaataaattgctcgtgtgagtctctagcacagcacgcgaaagttgtaatatggttacagtcatggaacgcgacatccacattgcacttca 5609238  T
Q  197 accatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttg 296  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | ||||   |  |||  |||||  ||  ||||||||||||||||    
T  5609237 accacgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttgccttgcactctattatgcctgtgttgtattaccgatagtggaggccgtttatgaacctcttg 5609138  T
Q  297 ccattgctgccatgcat 313  Q
    |||||||| ||||||||    
T  5609137 ccattgctaccatgcat 5609121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 98; E-Value: 3e-48
Query Start/End: Original strand, 61 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 24538544 - 24538291
Alignment:
Q  61 ccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggt 160  Q
    ||||| ||||| |||||||||||  | | ||| |||||||||||||||||||||| |||  |||| ||||||||||||||  |||||||| |||  ||||    
T  24538544 ccctccaaaactgtcgtatttgcctgctgccaattcgtttgagcccgaataaattatccacgggagtctctaacacaacacacaaaagatctaacttggt 24538445  T
Q  161 tacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtga 260  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||| || |||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| || |  |||      
T  24538444 tacggttatagaacgcggcatccacattgcatttcgaccaggtctcacttggtttctctcaaactgagatgttaccttgcactctattctgcctatgttg 24538345  T
Q  261 cacaaccagtagtgatggatgtttatg-aacctcttgccattgctgccatgcat 313  Q
    ||||||  || |||| ||||||||||| ||||||||||||||| || |||||||    
T  24538344 cacaactggtggtgagggatgtttatgaaacctcttgccattgttgtcatgcat 24538291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 43 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 44527305 - 44527123
Alignment:
Q  43 agtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatg 142  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||||||  || | |||||| |||||||||||||||||||| ||    || |||||||||||||| |    
T  44527305 agtaaggctactgcctccccctccaaaactgtcatatttgtccgctgccattttgtttgagcccgaataaattgcccacaagagtctctaacacaacacg 44527206  T
Q  143 caaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaact 225  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  44527205 caaaagatgtaatatggttacagtcatggaacgcggcgtccacattgcactttaaccatgactcggtcggtttctcccaaact 44527123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 80; E-Value: 2e-37
Query Start/End: Original strand, 42 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 52109507 - 52109324
Alignment:
Q  42 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 141  Q
    ||||||||||||| | |||||||| ||||   || ||||||| || | |||||||||||||||| |||||||||||||   ||| |||||||||||||||    
T  52109507 gagtaaggctactgcatccccctccaaaatgatcatatttgcccgctgccatttcgtttgagcctgaataaattgtccacaggagtctctaacacaacat 52109408  T
Q  142 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaact 225  Q
    ||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |  | |||||||| ||||||||||| ||||   |||||||||||||||||    
T  52109407 gcaaaagatataagatgattacggtcatggaacacaacgtccacattacacttcaaccacgtctttgtcggtttctcccaaact 52109324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 42 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 48166290 - 48166149
Alignment:
Q  42 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 141  Q
    ||||||||||| |  ||||| ||| ||||| ||| ||||||| || | ||||||| ||||||||||||||||||| ||  |||| ||||||||||||||     
T  48166290 gagtaaggctattgtctcccactccaaaactgtcatatttgctcgctgccatttcatttgagcccgaataaattgaccacgggagtctctaacacaacac 48166191  T
Q  142 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatcc 183  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  48166190 acaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgtggcatcc 48166149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 2e-18
Query Start/End: Original strand, 42 - 217
Target Start/End: Original strand, 16816934 - 16817108
Alignment:
Q  42 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 141  Q
    ||||||||||||| ||||||| || ||||  ||| ||||||| |  | |||||| | |||||| |||||||||||  |  | || ||||||| |||| |     
T  16816934 gagtaaggctactgcctcccc-tccaaaattgtcatatttgcccactgccattttgattgagctcgaataaattgcacgcgagagtctctaaaacaatac 16817032  T
Q  142 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttct 217  Q
     |||||||||||| |||||||| | ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||  |||| ||||||||||    
T  16817033 acaaaagatgtaatatggttacagacatggaacgcggcgtccgcattgcacttcaaccacatctcactcggtttct 16817108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 197 - 245
Target Start/End: Complemental strand, 17507356 - 17507308
Alignment:
Q  197 accatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactct 245  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||    
T  17507356 accatgtctcgctcggtttctcccaaactgagatattaccttgcactct 17507308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 133; Significance: 4e-69; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 4e-69
Query Start/End: Original strand, 42 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 14680215 - 14679941
Alignment:
Q  42 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccct---gggaatctctaacacaa 138  Q
    ||||||||||||| |||||||||| || || ||| ||||| | || | ||||||| ||||||||  ||||||||| ||     |||| ||||||||||||    
T  14680215 gagtaaggctactgcctccccctccaatactgtcatattttcccgctgccatttcatttgagccataataaattgcccgccgcgggagtctctaacacaa 14680116  T
Q  139 catgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttacctt 238  Q
    ||||||||||||||||  ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14680115 catgcaaaagatgtaatgtggttgcggtcatggaacgcggtatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttacctt 14680016  T
Q  239 gcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 313  Q
    |||||||||||||  |||||  |||||| ||| ||||  | |||||||||||||||| ||||||  |||||||||    
T  14680015 gcactctattatgctcgtgttgcacaactagtggtgagagttgtttatgaacctctttccattgtggccatgcat 14679941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 43 - 313
Target Start/End: Complemental strand, 28107191 - 28106921
Alignment:
Q  43 agtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatg 142  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||| ||| ||| ||  || | |||||||||||||||| |||||||||||||  |||| ||||||||||||||      
T  28107191 agtaaggctactgcctccccctccaaaactgtcatatctgtccgctgccatttcgtttgagcctgaataaattgtccacgggagtctctaacacaacaca 28107092  T
Q  143 caaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcac 242  Q
    | |||||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||| | |||||||||||||| |||||| | |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  28107091 cgaaagatgtaagatggttacgatcatggaacgtggcttcctcgttgcacttcaaccacgtctcgtttggtttctcccaaactgagatgttaccttgcac 28106992  T
Q  243 tctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 313  Q
    |||||| ||   ||||  |||||||| | ||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  28106991 tctattttgcatgtgttgcacaaccaatggtgaaagatgtttatgaacctcttgccattgttgccatgcat 28106921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 20 - 234
Target Start/End: Original strand, 15606106 - 15606320
Alignment:
Q  20 catcatcaaagtgaatagaagtgagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtcc 119  Q
    ||||| |||||||||| | |  ||||||||||||| |||||||||| ||||| ||| | ||| | || | |||||| |||||||||||||||| ||| ||    
T  15606106 catcaacaaagtgaatggcatcgagtaaggctactgcctccccctccaaaactgtcatgttttcccgctgccattttgtttgagcccgaataagttgccc 15606205  T
Q  120 ctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcc 219  Q
     ||||| |||||||||||||| | ||||||||||| ||||||||| || || || |||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  15606206 atgggagtctctaacacaacacgaaaaagatgtaatatggttacgatcgtgaaatgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgtgcggtttctcc 15606305  T
Q  220 caaactgagttgtta 234  Q
    |||||||||||||||    
T  15606306 caaactgagttgtta 15606320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 144 - 248
Target Start/End: Original strand, 11731885 - 11731989
Alignment:
Q  144 aaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcact 243  Q
    ||||||||||| || ||||| ||||||||| ||| |||| |||||||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  11731885 aaaagatgtaatattgttacagtcatggaatgcgtcatctacattgcacttccaccacgtctcgctcagtttctcccaagctgagttgttaccttgcact 11731984  T
Q  244 ctatt 248  Q
     ||||    
T  11731985 atatt 11731989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 147 - 313
Target Start/End: Original strand, 30802209 - 30802375
Alignment:
Q  147 agatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactcta 246  Q
    |||||||||||||||||  |||| ||| |||||||||||| ||||||| ||| |  |||||||  |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  30802209 agatgtaagatggttacattcattgaatgcggcatccacaatgcactttaactacctctcgcttagtttttcccaaactgagttggtaccttgcactcta 30802308  T
Q  247 ttatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 313  Q
    || || | ||||  |||||||  | |||| || ||||||||||  |||| |||||| || |||||||    
T  30802309 ttctgcctgtgttccacaaccgttggtgagggctgtttatgaatgtcttaccattgttgtcatgcat 30802375  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 42 - 179
Target Start/End: Original strand, 15053309 - 15053446
Alignment:
Q  42 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 141  Q
    ||||||||||||| |||||||||| || ||  || ||||| | || |  ||| | |||||||||||||||||||||||   | | ||||||||||||||     
T  15053309 gagtaaggctactgcctccccctccaacactatcatatttacccgctgtcatcttgtttgagcccgaataaattgtccactgaagtctctaacacaacac 15053408  T
Q  142 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggc 179  Q
    |||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||    
T  15053409 gcaaaagatgtaagatggttaccgacatgaaacgcggc 15053446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 8e-18
Query Start/End: Original strand, 179 - 313
Target Start/End: Original strand, 19364217 - 19364350
Alignment:
Q  179 catccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatgg 278  Q
    |||||||| ||||||| |||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||  |||||  ||||  |  | |||| ||    
T  19364217 catccacaatgcactttaaccac-tctcgctcagtttctcccaaactgagttgttaccttgcactcgattttgctcgtgttgcacatgcgttggtgaggg 19364315  T
Q  279 atgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 313  Q
     ||||||||||||||| ||||||| || |||||||    
T  19364316 ttgtttatgaacctctcgccattgttgtcatgcat 19364350  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000007
Query Start/End: Original strand, 237 - 313
Target Start/End: Original strand, 29368365 - 29368441
Alignment:
Q  237 ttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 313  Q
    |||||||||||| ||  ||||| ||||||||  || |||  |||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  29368365 ttgcactctattgtgctcgtgttacacaaccgataatgaatgatgtttatgaacctcttgccattgctgtcatgcat 29368441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000004
Query Start/End: Original strand, 43 - 116
Target Start/End: Original strand, 30802126 - 30802199
Alignment:
Q  43 agtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattg 116  Q
    |||||||||||| |||||||| | ||||| ||| ||||||| || | |||||| |||| |||||||||||||||    
T  30802126 agtaaggctactgcctcccccaccaaaactgtcatatttgcccgctgccattttgtttaagcccgaataaattg 30802199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 100; Significance: 2e-49; HSPs: 10)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 42 - 313
Target Start/End: Original strand, 42340411 - 42340681
Alignment:
Q  42 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 141  Q
    ||||| ||||| | |||||||||| || || ||| ||| ||| || | |||||| |||||||||||||||||||||||  | || ||||||||||||||     
T  42340411 gagtagggctattgcctccccctccaacactgtcatatctgcccgctgccattttgtttgagcccgaataaattgtccacgagagtctctaacacaacac 42340510  T
Q  142 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 241  Q
    |||||||||||||||||||| | | ||| |||| |  |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||  |    
T  42340511 gcaaaagatgtaagatggttgccgacatagaac-caacatccacattgcacttcaaccacgtctcgcacggtttctctcaaactgagttgttgccttaga 42340609  T
Q  242 ctctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgccatgcat 313  Q
    ||||||| ||  |||||  ||||||| || |||| || |||||||||| |||||||||||| || |||||||    
T  42340610 ctctattctgcacgtgttgcacaaccggtggtgagggctgtttatgaatctcttgccattgttgtcatgcat 42340681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 91; E-Value: 4e-44
Query Start/End: Original strand, 43 - 225
Target Start/End: Complemental strand, 53497084 - 53496902
Alignment:
Q  43 agtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatg 142  Q
    |||||||||||| |||||||||| ||||| |||  |||||  || |  ||||| |||||||||||||||||||| ||    || |||||||||||||| |    
T  53497084 agtaaggctactgcctccccctcaaaaactgtcacatttgtccgctgtcattttgtttgagcccgaataaattgcccacaagagtctctaacacaacacg 53496985  T
Q  143 caaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaact 225  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||||||    
T  53496984 caaaagatgtaatatggttacggtcatggaacgcggcgtccacattgcactttaaccatgactcggtcggtttctcccaaact 53496902  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 43 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 46007354 - 46007148
Alignment:
Q  43 agtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaa-cacaacat 141  Q
    ||||||||||||  ||||||||  ||||  ||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||| |||  | || ||||||| || ||||     
T  46007354 agtaaggctactgtctccccctaaaaaattgtcgtatttgcccgctgccatttcgtttgagcccgaataaattttccacgagagtctctaaacaaaacac 46007255  T
Q  142 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 241  Q
    ||||||||| ||||||||||||  | ||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| |||||||||||||||||| | ||||    
T  46007254 gcaaaagatataagatggttacaataatggaacacggcatccacattgcacttcaaccacgtctcgctttgtttttcccaaactgagttgttatcctgca 46007155  T
Q  242 ctctatt 248  Q
    || ||||    
T  46007154 ctttatt 46007148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 42 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 55199564 - 55199358
Alignment:
Q  42 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 141  Q
    ||||||||| ||| |||||||||| ||||| ||| |||||    | |  |||||||||||||||||||| ||||| ||  |||| ||||||||||||||     
T  55199564 gagtaaggcaactgcctccccctccaaaactgtcatatttatcagctgtcatttcgtttgagcccgaatgaattgcccacgggagtctctaacacaacac 55199465  T
Q  142 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 241  Q
    || |||||||||| ||  | ||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||  |||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  55199464 gcgaaagatgtaatatattgacggtcatgaaacgtggcatccacattgcacgtcaaccacatctcacgcggtttctcccaaactgagttgttagcttgca 55199365  T
Q  242 ctctatt 248  Q
    || ||||    
T  55199364 ctttatt 55199358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 67; E-Value: 9e-30
Query Start/End: Original strand, 148 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 1070960 - 1070850
Alignment:
Q  148 gatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctat 247  Q
    ||||||||||||||||| |||||||| ||  ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |||||||| | ||||||||| ||||||    
T  1070960 gatgtaagatggttacgatcatggaaggcaacatccacattgcagttcaaccatgtctcgcgcggtttctcctaaactgaggttttaccttgctctctat 1070861  T
Q  248 tatggccgtgt 258  Q
    |||| ||||||    
T  1070860 tatgtccgtgt 1070850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 62; E-Value: 9e-27
Query Start/End: Original strand, 42 - 247
Target Start/End: Complemental strand, 2615546 - 2615341
Alignment:
Q  42 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 141  Q
    ||||||||||||| |||||||||| |||||  || ||||||| || | ||| ||||||||||||||||| ||||| ||     |  ||||||||||||      
T  2615546 gagtaaggctactgcctccccctccaaaactatcatatttgcccgctgccaattcgtttgagcccgaatgaattgcccacaaaagcctctaacacaacgc 2615447  T
Q  142 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 241  Q
     ||||| |||||| ||||||| | ||||| ||||||| |||||||||||| |||||||| |||| || || |||||||||||||||   ||||| |||||    
T  2615446 acaaaaaatgtaatatggttatgatcatgaaacgcggtatccacattgcatttcaaccacgtcttgcacgatttctcccaaactgaaccgttactttgca 2615347  T
Q  242 ctctat 247  Q
    ||||||    
T  2615346 ctctat 2615341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 93 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 48227415 - 48227308
Alignment:
Q  93 tttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcac 192  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||  | || |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||| || ||||||||||||||| ||    
T  48227415 tttcgtttaagcccgaataaattgcccgcgagagtctctaacacaacacgcaaaagatgtaacatggttacggtaatgaaatgcggcatccacattgtac 48227316  T
Q  193 ttcaacca 200  Q
    ||||||||    
T  48227315 ttcaacca 48227308  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 57; E-Value: 8e-24
Query Start/End: Original strand, 210 - 306
Target Start/End: Original strand, 36310798 - 36310894
Alignment:
Q  210 cggtttctcccaaactgagttgttaccttgcactctattatggccgtgtgacacaaccagtagtgatggatgtttatgaacctcttgccattgctgc 306  Q
    ||||||||  |||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||  ||||| |||| |||| || |||||||||||||||||||||||||||    
T  36310798 cggtttctttcaaactgaattgtcaccttgcactctattatggccgtgttgcacaatcagttgtgagggttgtttatgaacctcttgccattgctgc 36310894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 54; E-Value: 5e-22
Query Start/End: Original strand, 42 - 182
Target Start/End: Original strand, 647345 - 647485
Alignment:
Q  42 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaa-tctctaacacaaca 140  Q
    |||||||||| || |||||||||| | ||| ||| |||| || || | |||||||||||||||||| | |||||| ||  | ||| ||||||||||||||    
T  647345 gagtaaggctgctgcctccccctccataactgtcatattagcccgctgccatttcgtttgagcccggaaaaattg-cctagagaagtctctaacacaaca 647443  T
Q  141 tgcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatc 182  Q
     ||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||    
T  647444 cgcaaaagatgtaatatggttacgctcatggaacgcggcatc 647485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 49; E-Value: 5e-19
Query Start/End: Original strand, 43 - 175
Target Start/End: Original strand, 27941129 - 27941261
Alignment:
Q  43 agtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacatg 142  Q
    |||||||||||| |||||||||| |||||  || ||||||  || | |||||| ||||||| |||||||||||||||  | |||||||||| |||||| |    
T  27941129 agtaaggctactgcctccccctccaaaactatcatatttgtccgctgccattttgtttgagtccgaataaattgtcctcgagaatctctaatacaacacg 27941228  T
Q  143 caaaagatgtaagatggttacggtcatggaacg 175  Q
    ||||| || ||| ||||||||| ||||| ||||    
T  27941229 caaaaaatataatatggttacgatcatgaaacg 27941261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0446 (Bit Score: 78; Significance: 2e-36; HSPs: 1)
Name: scaffold0446
Description:

Target: scaffold0446; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 42 - 258
Target Start/End: Complemental strand, 239 - 23
Alignment:
Q  42 gagtaaggctactacctccccctctaaaacagtcgtatttgcacgttaccatttcgtttgagcccgaataaattgtccctgggaatctctaacacaacat 141  Q
    ||||||||| ||| ||||||||||  |||| ||| ||||||| ||||  |||||||||||||||||||| ||||| ||  |||| ||||||| ||||||     
T  239 gagtaaggcaactgcctccccctcccaaactgtcatatttgctcgttgtcatttcgtttgagcccgaatgaattgcccacgggagtctctaaaacaacac 140  T
Q  142 gcaaaagatgtaagatggttacggtcatggaacgcggcatccacattgcacttcaaccatgtctcgctcggtttctcccaaactgagttgttaccttgca 241  Q
    || ||||||   | ||| | ||||||||| ||| || |||||||||||||||||||||| ||||| | | ||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  139 gcgaaagatngtatatgttgacggtcatgaaacacgacatccacattgcacttcaaccacgtctcacacagtttctcccaaactgagttgttagcttgca 40  T
Q  242 ctctattatggccgtgt 258  Q
     ||| || || ||||||    
T  39 gtctgttctgcccgtgt 23  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University