View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4835-Insertion-4 (Length: 890)

Name: NF4835-Insertion-4
Description: NF4835
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4835-Insertion-4
NF4835-Insertion-4
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (8-887)||(32080512-32081385)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 721; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 721; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 887
Target Start/End: Complemental strand, 32081385 - 32080512
Alignment:
Q  8 tgtagtaccatttttaatgaaacagtgatgtagcaatttggtttggtatttgtaagtttttaacttgatgaatgttttggaacaggttgttactgattat 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32081385 tgtagtaccatttttaatgaaacagtgatgtagcaatttggtttggtatttgtaagtttt-aacttgatgaatgttttggaacaggttgttactgattat 32081287  T
Q  108 gctaaggataggcctattatattctcaacttttcagcctgatgcagcgatacttgttcgtaaattgcaaagcacatatccggtgagtttttaataagtct 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||    
T  32081286 gctaaggataggcctattatattctcaacttttcagcctgatgcagcgatacttgttcgtaaattgcaaagcacatatccggtgagtttttaa---gtct 32081190  T
Q  208 ttttgtttagaacaaatttaactatgatgaagttgnnnnnnn-ggttattgtgtgagattctaacatgagttggtgattttttggtggcaggttttcttt 306  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||        |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32081189 ttttgtttagaacaaatttaactatgatgaagttgttttttttggttattgtgtgagttt-taacatgagttggtgattttttggtggcaggttttcttt 32081091  T
Q  307 ttaactaatggagggtgtgaaatctatgaagatttgagaaggaactctttagaggaggctttgaaactcagtttggagaatggattggaaggaattgttt 406  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32081090 ttaactaatggagggtgtgaaatctatgaagatttgagaaggaactctttagaggaggctttgaaactcagtttggagaatggattggaaggaattgttt 32080991  T
Q  407 ctgagattaaagggatctttagaaatcctggagctgtaagcaagatcaaggagtctaatctctctcttctaacatatggaaaattaaagtatgtttcgtc 506  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32080990 ctgagattaaagggatctttagaaatcctggagctgtaagcaagatcaaggagtccaatctctctcttctaacatatggaaaattaaagtatgtttcgtc 32080891  T
Q  507 ttttccactttcatgttacatgttattggtctttcgtagtccaannnnnnnaccataattgtgttgaatgtaatgtttttgttactgatttttgctggtt 606  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32080890 ttttccactttcatgttacatgttattggtctttcgtagtccaatttttttaccataattgtgttgaatgtaatgtttttgttactgatttttgctggtt 32080791  T
Q  607 tggtcatgatgacagtaatgttccagaagcggtttacatgcagcacttaat-ggaattgatggggtgatagtagattttgtgcaagaaataacagaggcg 705  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32080790 tggtcatgatgacagtaatgttccagaagcggtttacatgcagcacttaatgggaattgatggggtgatagtagattttgtgcaagaaataacagaggcg 32080691  T
Q  706 attgcggatatgatgaagccagcaaagattggggaggaagagggtttgactgaagggatt-ggaagaactcaaagcctcaatttttcacagcaggagctt 804  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  32080690 gttgcggatatgatgaagccagcaaagattggggaggaagagggtttgactgaagggattgggaagaactcaaagcctcaa-ttttcacagcaggagctt 32080592  T
Q  805 tccttttctttacaagctcattccacaattgctattgctttnnnnnnngaagagattgggttttaatttgatttgggggacac 887  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  32080591 t-cttttctttacaagctcattccacaattgctattgcttt-aaaaaagaagagatt-ggttttaatttgatttggggaacac 32080512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University