View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4836-Insertion-6 (Length: 719)

Name: NF4836-Insertion-6
Description: NF4836
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4836-Insertion-6
NF4836-Insertion-6
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (341-711)||(41381971-41382341)
chr2 (7-256)||(41381634-41381883)
chr2 (31-133)||(43854448-43854550)
chr2 (642-709)||(43853134-43853201)
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (359-711)||(7971590-7971942)
chr6 (359-711)||(8041746-8042098)
chr6 (348-709)||(8031869-8032230)
chr6 (7-256)||(7971197-7971446)
chr6 (7-256)||(8042267-8042516)
chr6 (7-256)||(8032363-8032612)
chr6 (504-711)||(7979303-7979510)
chr6 (7-171)||(7978130-7978294)
[»] scaffold0531 (2 HSPs)
scaffold0531 (348-709)||(3102-3463)
scaffold0531 (5-256)||(2493-2744)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (32-187)||(14198106-14198261)
chr7 (418-709)||(14198614-14198905)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 347; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 341 - 711
Target Start/End: Original strand, 41381971 - 41382341
Alignment:
Q  341 ttgacatatataccaaaaggacataactgctgcaacaaaagatacactagaaagggagttgaggtttggtagatgacacaatacaaattgagcagaggca 440  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41381971 ttgacatatataccaaaaggacataactgctgcaacaaaagatacactagaaagggagttgaggttgggtagatgacacaatacaaattgagcagaggca 41382070  T
Q  441 aagatcataatgaaaaaattcaatttgattggtttgcaacttggacacagtgtattgtgaaatttttgcaatgatgcacctccggtgaccatgtagacaa 540  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41382071 aagatcataatgaaaaagctcaatttgattggtttgcaacttggacaaactgtattgtgaaatttttgcaatgatgcacctccggtgaccatgtagacaa 41382170  T
Q  541 tgtccaccccaacttgtaccacaagttgttgaggcatcacaatccacaaccctaacttttcaccaaacgcatgttggcccaattcattatatgtatcaag 640  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41382171 tgtccaccccaacttgtaccacaagttgttgaggcatcacaatccacaaccctaacttttcaccaaacgcatgttggcccaattcattatatgtatcaag 41382270  T
Q  641 acgttttcccggaaccatctcatgcatctcaaccatttgccacaaggtgtagagagtgatgatccatgaaa 711  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  41382271 acgttttcccggaaccatctcatgcatctcaaccatttgccacagggtgtagagagtgatgatccatgaaa 41382341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 7 - 256
Target Start/End: Original strand, 41381634 - 41381883
Alignment:
Q  7 agcaacaaccatgtaggcaaagataactcctttccacattggacccttagatggtttctcaggtgtagatgggattgtagattgaatttccaacaccaca 106  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41381634 agcaacaaccatgtaggcaaagataactcctttccacattggacccttagatggtttctcaggtgtagatgggattgtagattgaatttccaacaccaca 41381733  T
Q  107 ttgtgacctgcataggcaaaagcaacagaaccaagtgcattaaagaaattaaagacagatcctgcactagtcgtggctttgctagtatattctacatttg 206  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  41381734 ttgtgtcctgcataggcaaaagcaacagaaccaagtgcattaaagaaattaaagacagatcctgcactagtcgtggctttgctagtatattgtacatttg 41381833  T
Q  207 cttgtactcccttgtgtacactaccagcccaagcaattgcagagtaactg 256  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  41381834 cttgtactcccttgtgtacactaccaacccaagcaattgcagagtaactg 41381883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 59; E-Value: 1e-24
Query Start/End: Original strand, 31 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 43854550 - 43854448
Alignment:
Q  31 aactcctttccacattggacccttagatggtttctcaggtgtagatgggattgtagattgaatttccaacaccacattgtgacctgcataggcaaaagca 130  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||||| | |||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||| |||    
T  43854550 aactcctctccacattggacccttggatggtttctctggtgtggaagggattgttgcttgaatctccaacaccacattgtgtccagcataggcaaatgca 43854451  T
Q  131 aca 133  Q
    |||    
T  43854450 aca 43854448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000007
Query Start/End: Original strand, 642 - 709
Target Start/End: Complemental strand, 43853201 - 43853134
Alignment:
Q  642 cgttttcccggaaccatctcatgcatctcaaccatttgccacaaggtgtagagagtgatgatccatga 709  Q
    |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||| |  |||||||| ||||| ||||||||    
T  43853201 cgttttcctggaaccatttcatgcatttcaaccatttgccatagagtgtagagggtgattatccatga 43853134  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 253; Significance: 1e-140; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 359 - 711
Target Start/End: Original strand, 7971590 - 7971942
Alignment:
Q  359 ggacataactgctgcaacaaaagatacactagaaagggagttgaggtttggtagatgacacaatacaaattgagcagaggcaaagatcataatgaaaaaa 458  Q
    |||||| || ||||| || ||||||||||  |||| |||||| | ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||     
T  7971590 ggacatgacggctgccaccaaagatacaccggaaatggagttcaagtttggtagatgagacaatacaaaatgagcagaggcaaagatcataatgaaaaag 7971689  T
Q  459 ttcaatttgattggtttgcaacttggacacagtgtattgtgaaatttttgcaatgatgcacctccggtgaccatgtagacaatgtccaccccaacttgta 558  Q
     |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| || ||||    
T  7971690 ctcaatttgattggtttgcaacttggacagactgtattgtgaaatttttgcaatgatgcacctccggtgaccatgtagacaatgtccgacccgacctgta 7971789  T
Q  559 ccacaagttgttgaggcatcacaatccacaaccctaacttttcaccaaacgcatgttggcccaattcattatatgtatcaagacgttttcccggaaccat 658  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  7971790 ccacaagttgttgaggcatcacaatccacaaccctaacttttcaccaaaagcatgttgccctaattcattatatgtatcaagacgttttcctggaaccat 7971889  T
Q  659 ctcatgcatctcaaccatttgccacaaggtgtagagagtgatgatccatgaaa 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  7971890 ctcatgcatctcaaccatttgccacaaggtgtacagtgtgatgatccatgaaa 7971942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 253; E-Value: 1e-140
Query Start/End: Original strand, 359 - 711
Target Start/End: Complemental strand, 8042098 - 8041746
Alignment:
Q  359 ggacataactgctgcaacaaaagatacactagaaagggagttgaggtttggtagatgacacaatacaaattgagcagaggcaaagatcataatgaaaaaa 458  Q
    |||||| || ||||| || ||||||||||  |||| |||||| | ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||     
T  8042098 ggacatgacggctgccaccaaagatacaccggaaatggagttcaagtttggtagatgagacaatacaaaatgagcagaggcaaagatcataatgaaaaag 8041999  T
Q  459 ttcaatttgattggtttgcaacttggacacagtgtattgtgaaatttttgcaatgatgcacctccggtgaccatgtagacaatgtccaccccaacttgta 558  Q
     |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| || ||||    
T  8041998 ctcaatttgattggtttgcaacttggacagactgtattgtgaaatttttgcaatgatgcacctccggtgaccatgtagacaatgtccgacccgacctgta 8041899  T
Q  559 ccacaagttgttgaggcatcacaatccacaaccctaacttttcaccaaacgcatgttggcccaattcattatatgtatcaagacgttttcccggaaccat 658  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  8041898 ccacaagttgttgaggcatcacaatccacaaccctaacttttcaccaaaagcatgttgccctaattcattatatgtatcaagacgttttcctggaaccat 8041799  T
Q  659 ctcatgcatctcaaccatttgccacaaggtgtagagagtgatgatccatgaaa 711  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||    
T  8041798 ctcatgcatctcaaccatttgccacaaggtgtacagtgtgatgatccatgaaa 8041746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 178; E-Value: 1e-95
Query Start/End: Original strand, 348 - 709
Target Start/End: Complemental strand, 8032230 - 8031869
Alignment:
Q  348 atataccaaaaggacataactgctgcaacaaaagatacactagaaagggagttgaggtttggtagatgacacaatacaaattgagcagaggcaaagatca 447  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||||| || |||||||  |||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8032230 atataccaaatggacatgactgctgcaaccaaggatacaccggaaatggagttcaagtttggtagatgacacaatacaaattgagcagaggcaaagatca 8032131  T
Q  448 taatgaaaaaattcaatttgattggtttgcaacttggacacagtgtattgtgaaatttttgcaatgatgcacctccggtgaccatgtagacaatgtccac 547  Q
    |||||||| |  ||||||||||   ||||||||||| ||||| ||||||||| || ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |    
T  8032130 taatgaaataggtcaatttgatatttttgcaacttgaacacactgtattgtggaacttccgcaatgatgcacctccggtgaccatgtagacaatgtcgcc 8032031  T
Q  548 cccaacttgtaccacaagttgttgaggcatcacaatccacaaccctaacttttcaccaaacgcatgttggcccaattcattatatgtatcaagacgtttt 647  Q
    |||||||| ||| | |||||||||||| | ||||||  | |  ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||  ||| |||||| |||||||    
T  8032030 cccaacttctactataagttgttgaggaaccacaatataaaggcctaacttttcgccaaacgcatgttgacctaattcatggtatctatcaaaacgtttt 8031931  T
Q  648 cccggaaccatctcatgcatctcaaccatttgccacaaggtgtagagagtgatgatccatga 709  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||| |||||||    
T  8031930 cccggaatcatttcatgcatctcaaccatttgccacaatgtatacagagtgatggtccatga 8031869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 146; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 7 - 256
Target Start/End: Original strand, 7971197 - 7971446
Alignment:
Q  7 agcaacaaccatgtaggcaaagataactcctttccacattggacccttagatggtttctcaggtgtagatgggattgtagattgaatttccaacaccaca 106  Q
    ||||||||| ||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| | ||| || |||| ||||||     
T  7971197 agcaacaacaatgtatgcaacaataactcctttccacattggacccttagatggtttctcaggtgtagacggaattgttgcttggatctccagcaccacg 7971296  T
Q  107 ttgtgacctgcataggcaaaagcaacagaaccaagtgcattaaagaaattaaagacagatcctgcactagtcgtggctttgctagtatattctacatttg 206  Q
    ||||| || ||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| || ||||||||| |||||| |||||||     
T  7971297 ttgtgtccggcaaaggcaaatgcaacagagccaagtgcattaaagaaattaaagacagatcctgcagtagttgtagctttgctactatattgtacatttt 7971396  T
Q  207 cttgtactcccttgtgtacactaccagcccaagcaattgcagagtaactg 256  Q
    || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  7971397 ctagtactcccttgtgtatactaccagcccaagcaattgtagagtaactg 7971446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 134; E-Value: 2e-69
Query Start/End: Original strand, 7 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 8042516 - 8042267
Alignment:
Q  7 agcaacaaccatgtaggcaaagataactcctttccacattggacccttagatggtttctcaggtgtagatgggattgtagattgaatttccaacaccaca 106  Q
    ||||||||  ||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| | ||| || |||| |||||||    
T  8042516 agcaacaataatgtaggcaacaacaactcctttccacattggacccttagatggtttctccggtgtagacggaattgttgcttggatctccagcaccaca 8042417  T
Q  107 ttgtgacctgcataggcaaaagcaacagaaccaagtgcattaaagaaattaaagacagatcctgcactagtcgtggctttgctagtatattctacatttg 206  Q
     |||| || ||| ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| || ||||||||| |||||| |||||||     
T  8042416 atgtgtccagcaaaggcaaatgcaacagagccaagtgcattaaagaaataaaagacagatcctgcagtagttgtagctttgctactatattgtacatttt 8042317  T
Q  207 cttgtactcccttgtgtacactaccagcccaagcaattgcagagtaactg 256  Q
    || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  8042316 ctagtactcccttgtgtatactaccagcccaagcaattgtagagtaactg 8042267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 114; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 7 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 8032612 - 8032363
Alignment:
Q  7 agcaacaaccatgtaggcaaagataactcctttccacattggacccttagatggtttctcaggtgtagatgggattgtagattgaatttccaacaccaca 106  Q
    ||||||||| ||||||||||  | ||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||| || || | |||||||    
T  8032612 agcaacaacaatgtaggcaacaacaacacctctccacattggacccttagatggtttctcaggtgtagatggaattgttgcttggatctcgagcaccaca 8032513  T
Q  107 ttgtgacctgcataggcaaaagcaacagaaccaagtgcattaaagaaattaaagacagatcctgcactagtcgtggctttgctagtatattctacatttg 206  Q
    || || || ||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||| ||||| || | || || |||||| |||||| |||||||     
T  8032512 ttatgtccagcataggcaaatgcaacagagccgagtgcattaaagaaattaaagactgattctgcagtatttgtagccttgctactatattgtacatttt 8032413  T
Q  207 cttgtactcccttgtgtacactaccagcccaagcaattgcagagtaactg 256  Q
    |||||||||||||||||||||||  || ||||||||||| ||| ||||||    
T  8032412 cttgtactcccttgtgtacactagtagtccaagcaattgtagaataactg 8032363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 504 - 711
Target Start/End: Original strand, 7979303 - 7979510
Alignment:
Q  504 ttttgcaatgatgcacctccggtgaccatgtagacaatgtccaccccaacttgtaccacaagttgttgaggcatcacaatccacaaccctaacttttcac 603  Q
    |||||||||||||  || || |||||||| || |||||||  || |||| || |||||||||||||||||||| ||||||  | |  ||||| ||||  |    
T  7979303 ttttgcaatgatgttcccccagtgaccatataaacaatgttaacaccaatttctaccacaagttgttgaggcaccacaatataaagacctaattttttcc 7979402  T
Q  604 caaacgcatgttggcccaattcattatatgtatcaagacgttttcccggaaccatctcatgcatctcaaccatttgccacaaggtgtagagagtgatgat 703  Q
    |||| |||||||| || |||||||  ||| ||||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |  |||||||  ||||||||    
T  7979403 caaaagcatgttgacctaattcatggtatctatcaaagcgttttcccggaaccatttcatgcatctcaaccatttgccaaagtgtgtagaatgtgatgat 7979502  T
Q  704 ccatgaaa 711  Q
    ||||||||    
T  7979503 ccatgaaa 7979510  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 61; E-Value: 8e-26
Query Start/End: Original strand, 7 - 171
Target Start/End: Original strand, 7978130 - 7978294
Alignment:
Q  7 agcaacaaccatgtaggcaaagataactcctttccacattggacccttagatggtttctcaggtgtagatgggattgtagattgaatttccaacaccaca 106  Q
    ||||||||| ||||| ||||  | ||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||| ||||| || || ||||| | ||| || || |||||||||    
T  7978130 agcaacaacaatgtatgcaacaacaactcctctccacattggaaccttggatggtttctccggtgtcgacggaattgttgcttggatctctaacaccaca 7978229  T
Q  107 ttgtgacctgcataggcaaaagcaacagaaccaagtgcattaaagaaattaaagacagatcctgc 171  Q
    ||||| || |||||||||||||||| ||  ||||||||||||||||| | |||||| | ||||||    
T  7978230 ttgtgtccagcataggcaaaagcaatagtgccaagtgcattaaagaagtcaaagactgttcctgc 7978294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0531 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 2)
Name: scaffold0531
Description:

Target: scaffold0531; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 348 - 709
Target Start/End: Original strand, 3102 - 3463
Alignment:
Q  348 atataccaaaaggacataactgctgcaacaaaagatacactagaaagggagttgaggtttggtagatgacacaatacaaattgagcagaggcaaagatca 447  Q
    |||||||||| |||||| |||||||| || |||||||||| ||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3102 atataccaaatggacatgactgctgccaccaaagatacaccagaaatggagttcaagtttggtagatgacacaatacaaattgagcagaggcaaagatca 3201  T
Q  448 taatgaaaaaattcaatttgattggtttgcaacttggacacagtgtattgtgaaatttttgcaatgatgcacctccggtgaccatgtagacaatgtccac 547  Q
    |||||||| |  ||||||||||   ||||||||||||||||| ||||||||| || ||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||    
T  3202 taatgaaatatgtcaatttgatatttttgcaacttggacacactgtattgtggaactttcgcagtgatgcacctccggtgaccatgtaaacaatgttcac 3301  T
Q  548 cccaacttgtaccacaagttgttgaggcatcacaatccacaaccctaacttttcaccaaacgcatgttggcccaattcattatatgtatcaagacgtttt 647  Q
    |||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||  | |  ||||||||||| |||||||| ||||| |||| |||||  ||  |||||| |||||||    
T  3302 cccaacttctactacaagttgttgaggcaccacaatataaaggcctaacttttcgccaaacgcgtgttgtcccagttcatggtacctatcaaaacgtttt 3401  T
Q  648 cccggaaccatctcatgcatctcaaccatttgccacaaggtgtagagagtgatgatccatga 709  Q
    || |||||||| |||||||||||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||    
T  3402 ccaggaaccatttcatgcatctcaaccatttgccacaatgtatacagagtgatgatccatga 3463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0531; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 6e-42
Query Start/End: Original strand, 5 - 256
Target Start/End: Original strand, 2493 - 2744
Alignment:
Q  5 acagcaacaaccatgtaggcaaagataactcctttccacattggacccttagatggtttctcaggtgtagatgggattgtagattgaatttccaacacca 104  Q
    ||||||||||| ||||||||||  | ||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| | ||| || ||||  ||||    
T  2493 acagcaacaacaatgtaggcaacaacaacacctctccacattggacccttagatggtttctcaggtgtagacggaattgttgcttggatctccagtacca 2592  T
Q  105 cattgtgacctgcataggcaaaagcaacagaaccaagtgcattaaagaaattaaagacagatcctgcactagtcgtggctttgctagtatattctacatt 204  Q
    ||||||| || ||||||||||| || | ||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    ||||| || || ||| |||||| ||||||    
T  2593 cattgtgtccggcataggcaaacgcgatagagccaagtgcattaaagaaattaaagactgattctgcggccgtcgtagcgtttctactatattgtacatt 2692  T
Q  205 tgcttgtactcccttgtgtacactaccagcccaagcaattgcagagtaactg 256  Q
    | ||  ||||||||||||| |||   ||| ||||||||| | ||||||||||    
T  2693 ttctattactcccttgtgtgcaccggcagtccaagcaatagtagagtaactg 2744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 56; Significance: 8e-23; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 32 - 187
Target Start/End: Original strand, 14198106 - 14198261
Alignment:
Q  32 actcctttccacattggacccttagatggtttctcaggtgtagatgggattgtagattgaatttccaacaccacattgtgacctgcataggcaaaagcaa 131  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| | ||| ||||| |||||||| ||||| || ||||| |||||||| |    
T  14198106 actcctctccacattggacccttagatggtttttccggtgtagatggaattgttgcttggatttctaacaccacgttgtgtccggcataagcaaaagcca 14198205  T
Q  132 cagaaccaagtgcattaaagaaattaaagacagatcctgcactagtcgtggctttg 187  Q
    ||   ||||| ||||| ||||||  |||||||| |||||   ||||||| ||||||    
T  14198206 catctccaagggcattgaagaaaccaaagacagttcctggggtagtcgtagctttg 14198261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 8e-23
Query Start/End: Original strand, 418 - 709
Target Start/End: Original strand, 14198614 - 14198905
Alignment:
Q  418 acaatacaaattgagcagaggcaaagatcataatgaaaaaattcaatttgattggtttgcaacttggacacagtgtattgtgaaatttttgcaatgatgc 517  Q
    |||| ||||| ||| |||||||||| ||||| || ||| || |||||||||||  |||||||   | |||||  ||||  ||||| || ||||| |||      
T  14198614 acaagacaaagtgaacagaggcaaaaatcattataaaataagtcaatttgatttttttgcaatcggaacacacggtatcatgaaacttctgcaaagattt 14198713  T
Q  518 acctccggtgaccatgtagacaatgtccaccccaacttgtaccacaagttgttgaggcatcacaatccacaaccctaacttttcaccaaacgcatgttgg 617  Q
     |||||||| ||||||||||||||||  || || ||||  || | ||||||||| ||||  |||||  |||  || |||||||||||||| |||| |||     
T  14198714 tcctccggttaccatgtagacaatgttaacgccgacttcaacaataagttgttgtggcacaacaatatacagacccaacttttcaccaaaagcatattga 14198813  T
Q  618 cccaattcattatatgtatcaagacgttttcccggaaccatctcatgcatctcaaccatttgccacaaggtgtagagagtgatgatccatga 709  Q
    |||| ||||| |||| |||| | |||||| || || ||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||| |  ||||||| ||||||    
T  14198814 cccagttcatgatatctatcgaaacgtttcccgggtaccatttcatgcatctcaaccatttgccataacgtgtataatgtgatgaaccatga 14198905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University