View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4837-Insertion-6 (Length: 717)

Name: NF4837-Insertion-6
Description: NF4837
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4837-Insertion-6
NF4837-Insertion-6
[»] chr1 (12 HSPs)
chr1 (8-717)||(9229171-9229880)
chr1 (12-700)||(9161381-9162069)
chr1 (8-700)||(9118383-9119075)
chr1 (8-700)||(9199770-9200462)
chr1 (8-700)||(9218286-9218978)
chr1 (8-688)||(9155465-9156145)
chr1 (12-700)||(9170207-9170895)
chr1 (8-697)||(1868398-1869087)
chr1 (8-697)||(1842789-1843478)
chr1 (8-495)||(1815555-1816042)
chr1 (8-697)||(1856803-1857489)
chr1 (571-697)||(1816115-1816241)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (591-694)||(40568360-40568463)
chr3 (576-694)||(40579418-40579536)
chr3 (576-694)||(40572961-40573079)
chr3 (591-700)||(40591260-40591369)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (576-694)||(2015258-2015376)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (243-285)||(31629327-31629369)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 670; Significance: 0; HSPs: 12)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 670; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 717
Target Start/End: Original strand, 9229171 - 9229880
Alignment:
Q  8 catagccacttctttcatgctaggtctttcctcgcctttaagtctcaagcaccttgctgcaagaatagcaacttccttaatctcctccttgttctcatca 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9229171 catagccacttctttcatgctaggtctttcctcgcctttaagtctcaagcaccttgcagcaagaatagcaacttccttaatctcctccttgttctcatca 9229270  T
Q  108 ttcaaaataccaacttgaagaacttcagacacatgattctctcttaaacaagataagaagtgaattgcaaggcttctgttctcttctggtctattaaaag 207  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9229271 ttcaaaataccaacttgaagaacttcagacacatgattctctcttaaacaagataagaagtgaattgcaaggcttctgttttcttctggtctattaaaag 9229370  T
Q  208 aaataggtttctcccccgttaagatctctgccagcactaccccgaagctataaacatcacttttctctgttagttggtgtgtttgcatatattctggatc 307  Q
    ||||||||||||||||||||| || ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9229371 aaataggtttctcccccgttaggagctctgccagtactaccccgaagctataaacatcacttttctctgttagttggtgtgtttgcatatattctggatc 9229470  T
Q  308 taaatagccaagagttccttgtaccacagtggctatcgtagtatggtcaagtggaaccaatcttgaagcaccaaaatcagacacttttgcagtgtaattg 407  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9229471 taaatagccaagagttccttgtaccacagtggctatcatagtatgatcaagtggaaccaatcttgaagcaccaaaatcagacacttttgcagtgtaattg 9229570  T
Q  408 tcatccaagagaatgttggcacttttgacatctctatggataattggtaaggatgcagatgaatgtagatatgataaagctcctgctatttccgctgcta 507  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9229571 tcatccaagagaatgttggcacttttgacatctctatggataattggtaaggatgcagatgaatgtagatatgataaagctcctgctatttccgctgcta 9229670  T
Q  508 tccttaaacgcgttttccatattgcattatttgccttctcaatactagtgtgcatcaaatcgaaaagggtaccattgctaataaattcataaactagtaa 607  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9229671 tccttaaacgcgttttccatattgcattattttccttttcaatactagtgtgcatcaaatcgaaaagggtaccattgctaataaattcataaactagtaa 9229770  T
Q  608 aggaacttgtgtctccaaacaacatcccaagagtttgacaacatttctatgatttatttgggacagaacaaccacctcatttatgaattgctctacttgg 707  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9229771 aggaacttgtgtctccaaacaacatcccaagagtttgacaacatttctatgatttatttgggacaaaacaaccacctcatttatgaattgctctacttgg 9229870  T
Q  708 gtggcatcca 717  Q
    ||||||||||    
T  9229871 gtggcatcca 9229880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 285; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 12 - 700
Target Start/End: Original strand, 9161381 - 9162069
Alignment:
Q  12 gccacttctttcatgctaggtctttcctcgcctttaagtctcaagcaccttgctgcaagaatagcaacttccttaatctcctccttgttctcatcattca 111  Q
    |||||||| ||||||||||| ||||| || ||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |    
T  9161381 gccacttccttcatgctaggcctttcatcccctcttagtctcaaacaccttgctgcaagaatagcaacctccttaatctcctccttgttttcatcattta 9161480  T
Q  112 aaataccaacttgaagaacttcagacacatgattctctcttaaacaagataagaagtgaattgcaaggcttctgttctcttctggtctattaaaagaaat 211  Q
    ||||||||||||||| | ||||| | |    ||  | | |||||||||| || ||||| || ||||| ||  | ||||||||||| |||||||||||||     
T  9161481 aaataccaacttgaatagcttcaaaaattctatcttgttttaaacaagacaaaaagtgcatagcaagactgatattctcttctggcctattaaaagaaag 9161580  T
Q  212 aggtttctcccccgttaagatctctgccagcactaccccgaagctataaacatcacttttctctgttagttggtgtgtttgcatatattctggatctaaa 311  Q
    |||||| || ||||| |  | |||||| || ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||     
T  9161581 aggtttgtctcccgtaagaagctctgcaagaactacaccaaagctataaacatcacttttctctgttagttgatgtgtttgcatatactccggatctaag 9161680  T
Q  312 tagccaagagttccttgtaccacagtggctatcgtagtatggtcaagtggaaccaatcttgaagcaccaaaatcagacacttttgcagtgtaattgtcat 411  Q
    || |||||||||||||||||||  || ||||||   || || |||||||||||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||    
T  9161681 taaccaagagttccttgtaccattgttgctatctcggtttgatcaagtggaaccaacctcgaagctccaaaatcagaaacttttgcattgtaattgtcat 9161780  T
Q  412 ccaagagaatgttggcacttttgacatctctatggataattggtaaggatgcagatgaatgtagatatgataaagctcctgctatttccgctgctatcct 511  Q
    | ||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||| | || ||||||||| |    
T  9161781 ctaagagaatgttggtactcttaacatctctatggataataggtattgatgcagatgaatgtaaatacgataaagctccggctgtctctgctgctatctt 9161880  T
Q  512 taaacgcgttttccatattgcattatttgccttctcaatactagtgtgcatcaaatcgaaaagggtaccattgctaataaattcataaactagtaaagga 611  Q
    |||||| ||||||||| ||| ||| ||||| || ||  || || | || || ||||||||||| |||||||||||||  |||||||| || |   |||||    
T  9161881 taaacgtgttttccatgttggattgtttgctttatctttagtattatgtatgaaatcgaaaagtgtaccattgctaacgaattcatacaccaacgaagga 9161980  T
Q  612 acttgtgtctccaaacaacatcccaagagtttgacaacatttctatgatttatttgggacagaacaaccacctcatttatgaattgctc 700  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| |||||    
T  9161981 acttctgtctctaaacaacatcccaagagtttgacaacatttctatgatttatttgggacagaacaactacctcgttaatgaactgctc 9162069  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 237; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 8 - 700
Target Start/End: Complemental strand, 9119075 - 9118383
Alignment:
Q  8 catagccacttctttcatgctaggtctttcctcgcctttaagtctcaagcaccttgctgcaagaatagcaacttccttaatctcctccttgttctcatca 107  Q
    |||||| | ||| ||||| |||||||||||||| |||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||    
T  9119075 catagctatttccttcatactaggtctttcctctcctcgaagtctcaaacaccttgctgcaagaatagcaacctccttaatctcttccttgttatcatca 9118976  T
Q  108 ttcaaaataccaacttgaagaacttcagacacatgattctctcttaaacaagataagaagtgaattgcaaggcttctgttctcttctggtctattaaaag 207  Q
    |||||||| |||||||||| | ||||| | |  | ||  | | |||||||||| |||||||| || ||||| ||  || |||||||||| || ||||||     
T  9118975 ttcaaaattccaacttgaatagcttcaaaaagtttatcttgttttaaacaagacaagaagtgcatagcaagactaatggtctcttctggcctgttaaaat 9118876  T
Q  208 aaataggtttctcccccgttaagatctctgccagcactaccccgaagctataaacatcacttttctctgttagttggtgtgtttgcatatattctggatc 307  Q
     || |||||| || || ||||  | |||||| || ||||| || ||||||||||||||||||||||| |||| ||| || |||||||| || ||||| ||    
T  9118875 caagaggtttgtcacctgttagaagctctgcaagaactactccaaagctataaacatcacttttctcggttaattgatgcgtttgcatgtactctgggtc 9118776  T
Q  308 taaatagccaagagttccttgtaccacagtggctatcgtagtatggtcaagtggaaccaatcttgaagcaccaaaatcagacacttttgcagtgtaattg 407  Q
    ||| || ||||| |||||||||||||| || ||||||   || || ||||||||||||||| | ||||| || ||||| || ||||||||||||||||||    
T  9118775 taagtatccaagtgttccttgtaccactgttgctatctcggtttgatcaagtggaaccaatttggaagctccgaaatcggaaacttttgcagtgtaattg 9118676  T
Q  408 tcatccaagagaatgttggcacttttgacatctctatggataattggtaaggatgcagatgaatgtagatatgataaagctcctgctatttccgctgcta 507  Q
    ||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | || |||||||    
T  9118675 tcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctatggataattggaaatgatgcagatgaatgtagatacgataaagctccagctgtctctgctgcta 9118576  T
Q  508 tccttaaacgcgttttccatattgcattatttgccttctcaatactagtgtgcatcaaatcgaaaagggtaccattgctaataaattcataaactagtaa 607  Q
    |||||| ||| |||| |||| ||| |||||||   || |   || || | || || ||||||||||| ||||| | |||||  |||||||| || |   |    
T  9118575 tccttagacgtgtttcccatcttggattatttattttattcttagtattttgtatgaaatcgaaaagtgtaccgtggctaacgaattcatagaccaagga 9118476  T
Q  608 aggaacttgtgtctccaaacaacatcccaagagtttgacaacatttctatgatttatttgggacagaacaaccacctcatttatgaattgctc 700  Q
    |||||||| |||||| |||||||| || || |||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||| |||||||| |||||||||||    
T  9118475 aggaacttctgtctctaaacaacaccctaaaagtttgacaacattcctatgatttatttgggacagaataactacctcattaatgaattgctc 9118383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 233; E-Value: 1e-128
Query Start/End: Original strand, 8 - 700
Target Start/End: Original strand, 9199770 - 9200462
Alignment:
Q  8 catagccacttctttcatgctaggtctttcctcgcctttaagtctcaagcaccttgctgcaagaatagcaacttccttaatctcctccttgttctcatca 107  Q
    |||||| |||||  |||| ||||||||||| || ||| ||||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| | |||||| ||||||    
T  9199770 catagctacttccctcatactaggtctttcatcacctctaagtcttaaacaccttgcagcaagaatagcaacctccttaatctctttcttgttttcatca 9199869  T
Q  108 ttcaaaataccaacttgaagaacttcagacacatgattctctcttaaacaagataagaagtgaattgcaaggcttctgttctcttctggtctattaaaag 207  Q
    | |||||| |||||||||| | | ||| | |  | ||  | | |||||||||| || ||||| || ||||| ||  || | |||||| | || |||||||    
T  9199870 tccaaaattccaacttgaatagcatcaaaaagtttatcttgttttaaacaagacaaaaagtgcatagcaagactaatggtttcttcttgcctgttaaaag 9199969  T
Q  208 aaataggtttctcccccgttaagatctctgccagcactaccccgaagctataaacatcacttttctctgttagttggtgtgtttgcatatattctggatc 307  Q
    ||| |||||| || || ||||  | |||||| || || || || ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| || |||||    
T  9199970 aaagaggtttgtcacctgttagaagctctgcaagaaccactccaaagctataaacatcacttttctcggttagttgatgtgtttgcatatactcgggatc 9200069  T
Q  308 taaatagccaagagttccttgtaccacagtggctatcgtagtatggtcaagtggaaccaatcttgaagcaccaaaatcagacacttttgcagtgtaattg 407  Q
    ||| || ||||| |||||||| ||||  || ||||||   || || ||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||||    
T  9200070 taagtatccaagtgttccttgcaccattgttgctatctctgtttgatcaagtggaaccaatctggaagctccaaagtcagaaacttttgcggtgtaattg 9200169  T
Q  408 tcatccaagagaatgttggcacttttgacatctctatggataattggtaaggatgcagatgaatgtagatatgataaagctcctgctatttccgctgcta 507  Q
    ||||||||||||||||||| ||| || |||||||| ||||||||||| |  ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||| | ||||||||||    
T  9200170 tcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctgtggataattggaattgatgcagctgaatgtagatatgataaagctccagctgtctccgctgcta 9200269  T
Q  508 tccttaaacgcgttttccatattgcattatttgccttctcaatactagtgtgcatcaaatcgaaaagggtaccattgctaataaattcataaactagtaa 607  Q
    |||||||||| ||||||||| ||| ||||||||  || ||  || |  | || || ||||||||||| ||||| ||||||| |||||| || |||| | |    
T  9200270 tccttaaacgtgttttccatgttggattatttgttttatctttagtgctttgtatgaaatcgaaaagtgtaccgttgctaacaaattcgtacactaatga 9200369  T
Q  608 aggaacttgtgtctccaaacaacatcccaagagtttgacaacatttctatgatttatttgggacagaacaaccacctcatttatgaattgctc 700  Q
    |||||||| |||||| | |||||| || | ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  9200370 aggaacttctgtctctagacaacagcctaggagtttgacaacattcctatgatttatttgggtcagaacaactacctcattaatgaattgctc 9200462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 229; E-Value: 1e-126
Query Start/End: Original strand, 8 - 700
Target Start/End: Original strand, 9218286 - 9218978
Alignment:
Q  8 catagccacttctttcatgctaggtctttcctcgcctttaagtctcaagcaccttgctgcaagaatagcaacttccttaatctcctccttgttctcatca 107  Q
    |||||| |||||  |||| ||||||||||| || ||| ||||||| || |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||| | |||||| ||||||    
T  9218286 catagctacttccctcatactaggtctttcatcacctctaagtcttaaacaccttgcagcaagaatagaaacctccttaatctctttcttgttttcatca 9218385  T
Q  108 ttcaaaataccaacttgaagaacttcagacacatgattctctcttaaacaagataagaagtgaattgcaaggcttctgttctcttctggtctattaaaag 207  Q
    || ||||| |||||||||| | | ||| | |  | ||  | | |||||||||| || ||||| || ||||| ||  || |||||||||| || |||||||    
T  9218386 ttgaaaattccaacttgaatagcatcaaaaagtttatcttgttttaaacaagacaaaaagtgcatagcaagactaatggtctcttctggcctgttaaaag 9218485  T
Q  208 aaataggtttctcccccgttaagatctctgccagcactaccccgaagctataaacatcacttttctctgttagttggtgtgtttgcatatattctggatc 307  Q
    ||| ||||||  | || ||||  | |||||| || ||||| || |||||||| ||||||||||| || |||| ||| |||||||||||||| ||||||||    
T  9218486 aaagaggtttggcacctgttagaagctctgcaagaactactccaaagctatacacatcacttttttcggttaattgatgtgtttgcatatactctggatc 9218585  T
Q  308 taaatagccaagagttccttgtaccacagtggctatcgtagtatggtcaagtggaaccaatcttgaagcaccaaaatcagacacttttgcagtgtaattg 407  Q
    ||| || |||||||||||||||||||  || ||||||   || || ||||||||||||||||||||||| || || || || ||||||||||||||||||    
T  9218586 taagtatccaagagttccttgtaccattgtcgctatctcggtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccgaagtcggaaacttttgcagtgtaattg 9218685  T
Q  408 tcatccaagagaatgttggcacttttgacatctctatggataattggtaaggatgcagatgaatgtagatatgataaagctcctgctatttccgctgcta 507  Q
    ||||||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||| |  ||||||| ||||||||||||||||||||| || ||| | || |||||||    
T  9218686 tcatccaagagaatgttggtactcttaacatctctatggataattggaattgatgcagctgaatgtagatatgataaagcaccagctgtctctgctgcta 9218785  T
Q  508 tccttaaacgcgttttccatattgcattatttgccttctcaatactagtgtgcatcaaatcgaaaagggtaccattgctaataaattcataaactagtaa 607  Q
    |||||||||| |||||||||  || ||| ||||| || ||  ||| | | || || ||||| ||||| || || ||||||| ||||||||| || |   |    
T  9218786 tccttaaacgtgttttccatgctggattgtttgctttatctttacaattttgtatgaaatcaaaaagtgttccgttgctaacaaattcatacaccaacga 9218885  T
Q  608 aggaacttgtgtctccaaacaacatcccaagagtttgacaacatttctatgatttatttgggacagaacaaccacctcatttatgaattgctc 700  Q
    |||||||| ||||||||||||||| || || ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  9218886 aggaacttctgtctccaaacaacaccctaaaagtttgacaacgttcctatgatttatttgggacagaacaactacctcattaatgaattgctc 9218978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 221; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 8 - 688
Target Start/End: Original strand, 9155465 - 9156145
Alignment:
Q  8 catagccacttctttcatgctaggtctttcctcgcctttaagtctcaagcaccttgctgcaagaatagcaacttccttaatctcctccttgttctcatca 107  Q
    |||||| | ||| ||||| |||||||||||||| |||  |||||  || |||| |||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||    
T  9155465 catagctatttccttcatactaggtctttcctcacctcgaagtcgtaaacaccgtgctgccagaatagcaacctctttaatctcctccttgttttcatca 9155564  T
Q  108 ttcaaaataccaacttgaagaacttcagacacatgattctctcttaaacaagataagaagtgaattgcaaggcttctgttctcttctggtctattaaaag 207  Q
    || || ||||||||||||| | ||||| | |    ||  | | |||||||||| || ||||| |||||||| ||  |  |||||||||| ||||||||||    
T  9155565 tttaagataccaacttgaatagcttcaaaaattctatcttgttttaaacaagacaaaaagtgcattgcaagactaatactctcttctggcctattaaaag 9155664  T
Q  208 aaataggtttctcccccgttaagatctctgccagcactaccccgaagctataaacatcacttttctctgttagttggtgtgtttgcatatattctggatc 307  Q
    | | |||||| || || || |  | ||| || |||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||| ||| || ||||||||||| ||||||||    
T  9155665 atagaggtttatctcctgtcagaagctccgcaagcactactccaaagctatagacatcacttttctcggttaattgatgagtttgcatatactctggatc 9155764  T
Q  308 taaatagccaagagttccttgtaccacagtggctatcgtagtatggtcaagtggaaccaatcttgaagcaccaaaatcagacacttttgcagtgtaattg 407  Q
    ||  || |||||||||||||| ||||  || ||||||   || || ||||||||||| || || ||||| |||||||| || ||||| || |||||||||    
T  9155765 taggtatccaagagttccttgaaccattgttgctatctcggtttgatcaagtggaactaacctcgaagctccaaaatcggaaactttcgctgtgtaattg 9155864  T
Q  408 tcatccaagagaatgttggcacttttgacatctctatggataattggtaaggatgcagatgaatgtagatatgataaagctcctgctatttccgctgcta 507  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | || |||||||    
T  9155865 tcatccaagagaatgttggtacttttgacatctctatggataatcggtattgatgcagatgaatgtagatacgataaagctccggctgtctctgctgcta 9155964  T
Q  508 tccttaaacgcgttttccatattgcattatttgccttctcaatactagtgtgcatcaaatcgaaaagggtaccattgctaataaattcataaactagtaa 607  Q
    || ||||||| ||||||||| ||| ||| ||||  || ||  || || | || || ||||| ||||| |||||||||||||  ||||||||||| |   |    
T  9155965 tctttaaacgggttttccatgttggattgtttgttttatctttagtactatgtatgaaatcaaaaagtgtaccattgctaacgaattcataaaccaagga 9156064  T
Q  608 aggaacttgtgtctccaaacaacatcccaagagtttgacaacatttctatgatttatttgggacagaacaaccacctcatt 688  Q
    |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||||||||    
T  9156065 aggaacttctgtctctaaacaacatcccaagagtttgacaacatttctgtgatttatttgggataggacaactacctcatt 9156145  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 217; E-Value: 1e-119
Query Start/End: Original strand, 12 - 700
Target Start/End: Original strand, 9170207 - 9170895
Alignment:
Q  12 gccacttctttcatgctaggtctttcctcgcctttaagtctcaagcaccttgctgcaagaatagcaacttccttaatctcctccttgttctcatcattca 111  Q
    |||||||| ||||| | ||||||||| || ||| ||||||| || |||||||  |||||||||||||| ||||||||||| | |||||| ||||| ||||    
T  9170207 gccacttccttcatacaaggtctttcatcccctctaagtcttaaacaccttgaagcaagaatagcaacctccttaatctctttcttgttatcatcgttca 9170306  T
Q  112 aaataccaacttgaagaacttcagacacatgattctctcttaaacaagataagaagtgaattgcaaggcttctgttctcttctggtctattaaaagaaat 211  Q
     ||  |||||||||| | ||||| | |  | ||  | | |||||||||| || ||||| || ||||| ||  || |||||||||| |||||||||||||     
T  9170307 caaatccaacttgaatagcttcaaaaaatttatcttgttttaaacaagacaaaaagtgcatagcaagactaatggtctcttctggcctattaaaagaaag 9170406  T
Q  212 aggtttctcccccgttaagatctctgccagcactaccccgaagctataaacatcacttttctctgttagttggtgtgtttgcatatattctggatctaaa 311  Q
    |||||| || || ||||  | |||||| || ||||| || |||||||||||||||||||| || |||| ||  |||||||||||||| || ||||||||     
T  9170407 aggtttgtcacctgttagaagctctgcaagaactactccaaagctataaacatcacttttttcggttaatttatgtgtttgcatatactcgggatctaag 9170506  T
Q  312 tagccaagagttccttgtaccacagtggctatcgtagtatggtcaagtggaaccaatcttgaagcaccaaaatcagacacttttgcagtgtaattgtcat 411  Q
    || ||||| |||||||| ||||  || ||||||   || || ||||||||||||||||||||||| || || || || ||||| ||||||||||||||||    
T  9170507 tatccaagtgttccttgcaccattgttgctatctctgtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccgaagtcggaaactttggcagtgtaattgtcat 9170606  T
Q  412 ccaagagaatgttggcacttttgacatctctatggataattggtaaggatgcagatgaatgtagatatgataaagctcctgctatttccgctgctatcct 511  Q
    ||||||||||||||| ||| || |||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | || |||||||||||    
T  9170607 ccaagagaatgttggtactcttaacatctctatggataattggaattgatgcagatgaatgtagatacgataaagctccagctgtctctgctgctatcct 9170706  T
Q  512 taaacgcgttttccatattgcattatttgccttctcaatactagtgtgcatcaaatcgaaaagggtaccattgctaataaattcataaactagtaaagga 611  Q
    ||| || ||||||||| ||| ||||||||  || ||  || |  | || || ||||||||||| ||||| ||||||| |||||| || || | | |||||    
T  9170707 taagcgggttttccatgttggattatttgttttatctttagtgctttgtatgaaatcgaaaagtgtaccgttgctaacaaattcgtacaccaatgaagga 9170806  T
Q  612 acttgtgtctccaaacaacatcccaagagtttgacaacatttctatgatttatttgggacagaacaaccacctcatttatgaattgctc 700  Q
    |||| |||||| | |||||| || | ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  9170807 acttctgtctctagacaacaccctaggagtttgacaacattcctatgatttatttgggtcagaacaactacctcattaatgaattgctc 9170895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 154; E-Value: 3e-81
Query Start/End: Original strand, 8 - 697
Target Start/End: Complemental strand, 1869087 - 1868398
Alignment:
Q  8 catagccacttctttcatgctaggtctttcctcgcctttaagtctcaagcaccttgctgcaagaatagcaacttccttaatctcctccttgttctcatca 107  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||| || ||| |||||||||| ||| | || ||||||| ||| || ||||| ||||| |  ||||| || |||    
T  1869087 catagccacttccttcatgcttggtctttcttcccctctaagtctcaaacacttcgccgcaagaacagccacctccttgatctcttgtttgttttcttca 1868988  T
Q  108 ttcaaaataccaacttgaagaacttcagacacatgattctctcttaaacaagataagaagtgaattgcaaggcttctgttctcttctggtctattaaaag 207  Q
    ||| | | |||| |||||| ||||||| | |||| ||  | | | || |||||||  || || |||||||| |||||  | ||||| || |||  ||||     
T  1868987 ttccacaaaccatcttgaataacttcaaatacattatcttttttcaatcaagatagtaaatgcattgcaagacttcttctttcttccggcctaccaaaac 1868888  T
Q  208 aaataggtttctcccccgttaagatctctgccagcactaccccgaagctataaacatcacttttctctgttagttggtgtgtttgcatatattctggatc 307  Q
    ||| ||||||||||||||| |  | |||| | || ||||| || |||||||| ||||||||||| || |||| |||   |||||||||||| ||||||||    
T  1868887 aaaaaggtttctcccccgtcagcaactctacaagaactactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattgacttgtttgcatatactctggatc 1868788  T
Q  308 taaatagccaagagttccttgtaccacagtggctatcgtagtatggtcaagtggaaccaatcttgaagcaccaaaatcagacacttttgcagtgtaattg 407  Q
    ||| ||||||| ||||||||| ||||  ||||||||   ||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||| || ||||   |     
T  1868787 taagtagccaatagttccttgcaccattgtggctatttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatccgatactttggcggtgttggtt 1868688  T
Q  408 tcatccaagagaatgttggcacttttgacatctctatggataattggtaaggatgcagatgaatgtagatatgataaagctcctgctatttccgctgcta 507  Q
      ||| |||||||||||  |||| ||||||||||||||||| || ||||  || ||| |||||||||||||||| |||||| | ||||  || || ||||    
T  1868687 ctatctaagagaatgttatcactcttgacatctctatggatgatgggtattgaggcatatgaatgtagatatgacaaagcttcagctacctctgcggcta 1868588  T
Q  508 tccttaaacgcgttttccatattgcattatttgccttctcaatactagtgtgcatcaaatcgaaaagggtaccattgctaataaattcataaactagtaa 607  Q
    || | | ||| ||||||||| || |||||||  |||| | | |    ||||| || ||| |  ||||||| |||||| ||| |||||||||||| |  ||    
T  1868587 tcttaagacgagttttccatgtttcattattcaccttattactttgtgtgtgtataaaaccagaaagggtgccattggtaacaaattcataaaccaacaa 1868488  T
Q  608 aggaacttgtgtctccaaacaacatcccaagagtttgacaacatttctatgatttatttgggacagaacaaccacctcatttatgaattg 697  Q
    |||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||    
T  1868487 aggaacttctgtctctaaacaacaccccaagagtttgacaacattcctatgatttatttgagagagaacaaccacctcattaatgaattg 1868398  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 146; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 8 - 697
Target Start/End: Complemental strand, 1843478 - 1842789
Alignment:
Q  8 catagccacttctttcatgctaggtctttcctcgcctttaagtctcaagcaccttgctgcaagaatagcaacttccttaatctcctccttgttctcatca 107  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||| || ||| |||||||||| ||| | || ||||||| ||| || ||||| ||||| |  ||||| || |||    
T  1843478 catagccacttccttcatgcttggtctttcttcccctctaagtctcaaacacttcgccgcaagaacagccacctccttgatctcttgtttgttttcttca 1843379  T
Q  108 ttcaaaataccaacttgaagaacttcagacacatgattctctcttaaacaagataagaagtgaattgcaaggcttctgttctcttctggtctattaaaag 207  Q
    ||| | | |||| |||||| ||||||| |||||| ||  | | | || |||||||  || |  |||||||| |||||  ||||||| || |||  ||||     
T  1843378 ttccacaaaccatcttgaataacttcaaacacattatcttttttcaatcaagatagtaaattcattgcaagacttcttctctcttccggcctaccaaaac 1843279  T
Q  208 aaataggtttctcccccgttaagatctctgccagcactaccccgaagctataaacatcacttttctctgttagttggtgtgtttgcatatattctggatc 307  Q
    ||| |||||||||||||||||  | |||| | || ||||| || |||||||| ||||||||||| || |||| |||   |||||||||||| ||||||||    
T  1843278 aaaaaggtttctcccccgttagcaactctacaagaactactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattgacttgtttgcatatactctggatc 1843179  T
Q  308 taaatagccaagagttccttgtaccacagtggctatcgtagtatggtcaagtggaaccaatcttgaagcaccaaaatcagacacttttgcagtgtaattg 407  Q
    ||| ||||||| ||||||||| ||||  ||||||||   ||| || |||| |||||||||||||||||| |||||||| || ||||| || ||||   |     
T  1843178 taagtagccaatagttccttgcaccattgtggctatttcagtttgatcaattggaaccaatcttgaagctccaaaatctgatactttggctgtgttggtt 1843079  T
Q  408 tcatccaagagaatgttggcacttttgacatctctatggataattggtaaggatgcagatgaatgtagatatgataaagctcctgctatttccgctgcta 507  Q
      ||| |||||||||||  |||| ||||||||||||||||| |||||||  || ||| |||||||||||||||| |||| | | ||||  || || ||||    
T  1843078 ctatctaagagaatgttatcactcttgacatctctatggattattggtattgaggcatatgaatgtagatatgacaaagtttcagctacctctgcggcta 1842979  T
Q  508 tccttaaacgcgttttccatattgcattatttgccttctcaatactagtgtgcatcaaatcgaaaagggtaccattgctaataaattcataaactagtaa 607  Q
    || | | ||| ||||||||| || |||||||  |||| | | |    ||||| || ||| |  ||||||| |||||| ||| |||||||||||| |  ||    
T  1842978 tcttaagacgagttttccatgtttcattattcaccttattactttgtgtgtgtataaaaccagaaagggtgccattggtaacaaattcataaaccaacaa 1842879  T
Q  608 aggaacttgtgtctccaaacaacatcccaagagtttgacaacatttctatgatttatttgggacagaacaaccacctcatttatgaattg 697  Q
    |||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| || |||| ||  |||||||| ||||||||    
T  1842878 aggaacttctgtctctaaacaacaccccaagagtttgacaacattcctatgatttatttgagagagaataattacctcattaatgaattg 1842789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 8 - 495
Target Start/End: Original strand, 1815555 - 1816042
Alignment:
Q  8 catagccacttctttcatgctaggtctttcctcgcctttaagtctcaagcaccttgctgcaagaatagcaacttccttaatctcctccttgttctcatca 107  Q
    |||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||| |||||||||| ||  | || ||||||| ||| || ||| | ||| | |  ||||| || |||    
T  1815555 catagccacttccttcatgcttggtctttcctcccctataagtctcaaacagttcgccgcaagaacagccacctccatgatcacttgtttgttttcttca 1815654  T
Q  108 ttcaaaataccaacttgaagaacttcagacacatgattctctcttaaacaagataagaagtgaattgcaaggcttctgttctcttctggtctattaaaag 207  Q
    ||| | | |||| |||||| ||||||| |||||| || || | | || |||||||| |||||  | ||||| |||||  ||||||| || |||  ||||     
T  1815655 ttccacaaaccatcttgaataacttcaaacacattatcctttttcaagcaagataaaaagtgcgtagcaagacttcttctctcttccggcctaccaaaac 1815754  T
Q  208 aaataggtttctcccccgttaagatctctgccagcactaccccgaagctataaacatcacttttctctgttagttggtgtgtttgcatatattctggatc 307  Q
    ||| |||||||||||||||||  | |||  | || ||||| || |||||||| |||||||||||||| |||| ||||  |||||||||||| ||||||||    
T  1815755 aaaaaggtttctcccccgttagcagctccacaagaactactccaaagctatatacatcacttttctcagttaattggcttgtttgcatatactctggatc 1815854  T
Q  308 taaatagccaagagttccttgtaccacagtggctatcgtagtatggtcaagtggaaccaatcttgaagcaccaaaatcagacacttttgcagtgtaattg 407  Q
     || ||||||| ||||||||| ||||  |||||||    ||| || |||||||||| ||| ||||| || |||||||| |||||||| || ||||   |     
T  1815855 caagtagccaatagttccttgcaccattgtggctacttcagtttgatcaagtggaatcaaccttgatgctccaaaatctgacactttagcggtgttggtt 1815954  T
Q  408 tcatccaagagaatgttggcacttttgacatctctatggataattggtaaggatgcagatgaatgtagatatgataaagctcctgcta 495  Q
     |||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||  || |||| |||||| |||||||| | |||||| ||||    
T  1815955 ccatctaagagaatgttagcactcttgacatctctatggataatgggtattgaggcagctgaatgcagatatgacagagctccagcta 1816042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 104; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 8 - 697
Target Start/End: Complemental strand, 1857489 - 1856803
Alignment:
Q  8 catagccacttctttcatgctaggtctttcctcgcctttaagtctcaagcaccttgctgcaagaatagcaacttccttaatctcctccttgttctcatca 107  Q
    |||||||||||| |||||||| |||||||| || ||| |||||||||| ||| | || ||||||| ||| || ||||| ||||| |  ||||| || |||    
T  1857489 catagccacttccttcatgcttggtctttcttcccctctaagtctcaaacacttcgccgcaagaacagccacctccttgatctcttgtttgttttcttca 1857390  T
Q  108 ttcaaaataccaacttgaagaacttcagacacatgattctctcttaaacaagataagaagtgaattgcaaggcttctgttctcttctggtctattaaaag 207  Q
    ||| | | |||| |||||| ||||||| | |||| || || | | || |||||||  || || || ||||| |||||  | ||||| || |||  ||||     
T  1857389 ttccacaaaccatcttgaataacttcaaatacattatcctttttcaagcaagatagaaaatgcatagcaagacttcttctttcttccggcctaccaaaac 1857290  T
Q  208 aaataggtttctcccccgttaagatctctgccagcactaccccgaagctataaacatcacttttctctgttagttggtgtgtttgcatatattctggatc 307  Q
    ||| ||||||||||||||| |  | |||  | || ||||| || |||||||| ||||||||||| || |||| |||   |||||||||||| ||||||||    
T  1857289 aaaaaggtttctcccccgtcagcaactccacaagaactactccaaagctatagacatcacttttttcagttaattgacttgtttgcatatactctggatc 1857190  T
Q  308 taaatagccaagagttccttgtaccacagtggctatcgtagtatggtcaagtggaaccaatcttgaagcaccaaaatcagacacttttgcagtgtaattg 407  Q
    ||| ||||||| ||||||||| ||||  ||||||||   ||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| || ||||   |     
T  1857189 taagtagccaatagttccttgcaccattgtggctatttcagtttgatcaagtggaaccaatcttgaagctccaaaatccgacactttggcggtgttggtt 1857090  T
Q  408 tcatccaagagaatgttggcacttttgacatctctatggataattggtaaggatgcagatgaatgtagatatgataaagctcctgctatttccgctgcta 507  Q
     |||| |||||||||||  |||| ||||||||||||||||| || |||   || ||| |||||||||||||||| | |||  | ||||  || || ||||    
T  1857089 ccatctaagagaatgttatcactcttgacatctctatggatgatgggtgttgaggcatatgaatgtagatatgacagagcctcagctacctctgcggcta 1856990  T
Q  508 tccttaaacgcgttttccatattgcattatttgccttctcaatactagtgtgcatcaaatcgaaaagggtaccattgctaataaattcataaactagtaa 607  Q
    || | | ||| || |||||  ||| || |||   | ||| |    | ||||| || || ||  |||| ||||||||||||| ||| |||||||| |  ||    
T  1856989 tcttaagacgagtcttccaagttggatcatt---cgtcttaccttttgtgtgaataaattcagaaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaa 1856893  T
Q  608 aggaacttgtgtctccaaacaacatcccaagagtttgacaacatttctatgatttatttgggacagaacaaccacctcatttatgaattg 697  Q
    |||||||| ||| || | |||||| || ||||||||||| |||||||| ||||||||||| || | |||| |||||||||| ||||||||    
T  1856892 aggaacttctgtttctagacaacaccctaagagtttgaccacatttctgtgatttatttgagagacaacatccacctcattaatgaattg 1856803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 571 - 697
Target Start/End: Original strand, 1816115 - 1816241
Alignment:
Q  571 aaagggtaccattgctaataaattcataaactagtaaaggaacttgtgtctccaaacaacatcccaagagtttgacaacatttctatgatttatttggga 670  Q
    |||| ||||||||||||| ||| |||||||| |  |||||||||| ||| || | |||||| |||||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||    
T  1816115 aaagagtaccattgctaacaaactcataaaccaacaaaggaacttctgtttctagacaacaccccaagagtttgaccacattcctgtgatttatttgaga 1816214  T
Q  671 cagaacaaccacctcatttatgaattg 697  Q
     | |||| ||||||| || ||||||||    
T  1816215 gacaacatccacctcgttaatgaattg 1816241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 44; Significance: 0.000000000000001; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 591 - 694
Target Start/End: Complemental strand, 40568463 - 40568360
Alignment:
Q  591 aattcataaactagtaaaggaacttgtgtctccaaacaacatcccaagagtttgacaacatttctatgatttatttgggacagaacaaccacctcattta 690  Q
    ||||||||||| || || ||||||| |||||| |||||||| |||||||| || || ||||||||||| || |||||||| ||||| ||||| ||||| |    
T  40568463 aattcataaacaagcaagggaacttctgtctctaaacaacaacccaagagctttaccacatttctatggttgatttgggaaagaacgaccacttcattga 40568364  T
Q  691 tgaa 694  Q
    ||||    
T  40568363 tgaa 40568360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 576 - 694
Target Start/End: Complemental strand, 40579536 - 40579418
Alignment:
Q  576 gtaccattgctaataaattcataaactagtaaaggaacttgtgtctccaaacaacatcccaagagtttgacaacatttctatgatttatttgggacagaa 675  Q
    |||||||||  ||||||||| ||||| ||||| ||||||| |||||| |||||||| ||||| |  || || |||||||||||||| |||||||| ||||    
T  40579536 gtaccattgggaataaattcgtaaacaagtaacggaacttctgtctctaaacaacaacccaaaatctttaccacatttctatgattgatttgggaaagaa 40579437  T
Q  676 caaccacctcatttatgaa 694  Q
      ||||| ||||| |||||    
T  40579436 tgaccacttcattgatgaa 40579418  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 576 - 694
Target Start/End: Complemental strand, 40573079 - 40572961
Alignment:
Q  576 gtaccattgctaataaattcataaactagtaaaggaacttgtgtctccaaacaacatcccaagagtttgacaacatttctatgatttatttgggacagaa 675  Q
    |||||||||  |||||||||||| || | ||| ||||||| |||||| |||||||| |||||||  || || ||||||||||| || |||||||| || |    
T  40573079 gtaccattgggaataaattcatacacaactaagggaacttctgtctctaaacaacagcccaagatctttaccacatttctatggttgatttgggaaagta 40572980  T
Q  676 caaccacctcatttatgaa 694  Q
    | ||||| ||||| |||||    
T  40572979 cgaccacttcattgatgaa 40572961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 34; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 591 - 700
Target Start/End: Complemental strand, 40591369 - 40591260
Alignment:
Q  591 aattcataaactagtaaaggaacttgtgtctccaaacaacatcccaagagtttgacaacatttctatgatttatttgggacagaacaaccacctcattta 690  Q
    ||||||||||| || || ||||||| |||||| |||||||| ||||| | | | || ||||||||||| || ||||| || ||||| ||||| ||||| |    
T  40591369 aattcataaacaagcaatggaacttctgtctctaaacaacaacccaaaattcttaccacatttctatggttgatttgagaaagaacgaccacttcattga 40591270  T
Q  691 tgaattgctc 700  Q
    ||||| ||||    
T  40591269 tgaatggctc 40591260  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000004; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 576 - 694
Target Start/End: Original strand, 2015258 - 2015376
Alignment:
Q  576 gtaccattgctaataaattcataaactagtaaaggaacttgtgtctccaaacaacatcccaagagtttgacaacatttctatgatttatttgggacagaa 675  Q
    |||||||||  ||| ||||| ||||| ||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||| || || ||||||||||| || ||||| || || |    
T  2015258 gtaccattgggaatgaattcgtaaacaagtaaaggaacttctgtctctaaacaacaacccaagagctttaccacatttctatggttgatttgtgaaagca 2015357  T
Q  676 caaccacctcatttatgaa 694  Q
    ||| ||| ||||| |||||    
T  2015358 caatcacttcattgatgaa 2015376  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000006; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000006
Query Start/End: Original strand, 243 - 285
Target Start/End: Original strand, 31629327 - 31629369
Alignment:
Q  243 actaccccgaagctataaacatcacttttctctgttagttggt 285  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||    
T  31629327 actacgccgaagctataaacatcacttttgtctgtgagttggt 31629369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University