View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4838-Insertion-1 (Length: 845)

Name: NF4838-Insertion-1
Description: NF4838
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4838-Insertion-1
NF4838-Insertion-1
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (7-845)||(49962393-49963230)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 782; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 782; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 845
Target Start/End: Complemental strand, 49963230 - 49962393
Alignment:
Q  7 agtccacaaacaaaacatttcgaatcctataggtggaagaaacaaggcccccctaaatcgggtcattttctgtcactgttatgtgcatgtatgccaatcc 106  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  49963230 agtccacaaacaaaacatttcgaatcctataggtggaagaaacaaggcccccctaaatcgggtcattttctgtcactgttatgtgcatgtatgccaattc 49963131  T
Q  107 ttttaggagtaaaaaccaaaagaccgacactataatctgagctttatgtccggaaaaaccacatgccatgctagggaatgaatgacttctttgccaatat 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  49963130 ttttaggagtaaaaaccaaaagaccgacactataatctgagctttatgtccggaaaaaccacatgccatgctagggaataaatgacttctttgccaatat 49963031  T
Q  207 aacgataaagcacatcatgcacgaagccaattttaaaaactaccactcaaaccactagtacatttatataactcagcaaaacatttcttgtcgtatgttt 306  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49963030 aatgataaagcacatcatgcacgaagccaattttaaaaactaccactcaaaccactagtacatttatataactcagcaaaacatttcttgtcgtatgttt 49962931  T
Q  307 tttgttgttattcctgttattactaaccaaagaatttggtgaaagtaatagttttggatg--acagtgaaaaccaaaattctcagctcaactatttgact 404  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49962930 tttgttgttattcctgttattactaaccaaagaatttggtgaaagtaatagttttggatgacacagtgaaaaccaaaattctcagctcaactatttgact 49962831  T
Q  405 ttaaaaactaaataaatgtacaaatacgtgttgttgcaataaattcaaagaaaaataagagtaatgctgaattgacaattccatctgttgcagtcaacat 504  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49962830 ttaaaaactaaataaatgtacaaatacgtgttgttgcaataaattcaaagaaaaatgagagtaatgctgaattgacaattccatctgttgcagtcaacat 49962731  T
Q  505 acttacgtggacaaaaactagctttacaaaagggatgtggttatcttcaggtagctatgatgccagctacttgattagcattgctcacactttgtaaaaa 604  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  49962730 acttacgtggacaaaaactagctttacaaaagggatgtggttatcttcaggtagctatgatgccagctacttgattagcattgctcacactaagtaaaaa 49962631  T
Q  605 gatttataccttactcataggaccacatgcactacaaaatatgtggtgggctgtcatgtcacagatagagatctaatcccaaattattgatagggaagta 704  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49962630 gatttataccttactcataggaccacatgcactac-aaatatgtggt-ggctgtcatgtcacagatagagatctaatcccaaattattgatagggaagta 49962533  T
Q  705 ttctaccactgtccatacatgtaaacaaaaatacctatctgcctcaaatctcgctaaaatccaccaagactttgagacacaaaaacattcatgtttttta 804  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  49962532 ttctaccactgtccatacatgtaaacaaaaatacctatctgcctcaaatctcgctaaaatccaccaagactttgagacacaaaaacattcatgtttttta 49962433  T
Q  805 acatgacctgccctaaatttttaagacaaatatatccacaa 845  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  49962432 acatgacctgccct-aatttttaagacaaatatatccacaa 49962393  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University