View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4838-Insertion-2 (Length: 812)

Name: NF4838-Insertion-2
Description: NF4838
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4838-Insertion-2
NF4838-Insertion-2
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (372-810)||(6326047-6326483)
chr6 (372-810)||(6333003-6333439)
chr6 (386-810)||(6348297-6348719)
chr6 (8-357)||(6347895-6348249)
chr6 (8-357)||(6325677-6326013)
chr6 (8-357)||(6332633-6332969)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (440-749)||(6490029-6490339)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 368; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 368; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 372 - 810
Target Start/End: Original strand, 6326047 - 6326483
Alignment:
Q  372 taatgagtagaataatctaattagtacctgattcaatgttgtgtgtagcaagaacaacagatccttttccattagcaaacttctcaagcaaataagatga 471  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6326047 taatgagtaaaataatctaattagtacctgattcaatgttgtgtgtagcaagaacaacagatccttttccattagcaaacttctcaagcaaataagatga 6326146  T
Q  472 acaatcattgaagcaattatgtgtatcttcaatagtatcatgaattggcgacttagacccaaaagactcagccaatgtactttctgtagacatataagca 571  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  6326147 acaatcattgaagcaattatgtgtatcttcaatagtatcatgaattggtgacttagacccaaaagattcagccaatgtactttctgtggacatataagca 6326246  T
Q  572 cctctaaccaatttaaatcccataggaattccaatttcttcagcagcttttgttgc-agaaacaatctctccttagcatctttcaaataagtttgaattg 670  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6326247 cctctaaccaatttaaatcccataggaattccaatttcttcagcagcttttgttgcaagaaacaatctctccttagcatctttcaaataagtttgaattg 6326346  T
Q  671 taccaaacacaattggattatcatctttattatgcacaattgctgatgagtatgtgaagtaatcaatagctggttgaacagtagtgtgtttcagcaccaa 770  Q
    | ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |    
T  6326347 ttccaaacacaataggattatcatctttattatgcataattgctgaagagtatgtgaagtaatcaatagctggttgaacagtagtgtg-ttcagcatc-a 6326444  T
Q  771 accattaagggcatggtttgcttcaacacattttttacaa 810  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  6326445 accaataagggcat-gtttgcttcaacacattttttacaa 6326483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 372 - 810
Target Start/End: Original strand, 6333003 - 6333439
Alignment:
Q  372 taatgagtagaataatctaattagtacctgattcaatgttgtgtgtagcaagaacaacagatccttttccattagcaaacttctcaagcaaataagatga 471  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6333003 taatgagtaaaataatctaattagtacctgattcaatgttgtgtgtagcaagaacaacagatccttttccattagcaaacttctcaagcaaataagatga 6333102  T
Q  472 acaatcattgaagcaattatgtgtatcttcaatagtatcatgaattggcgacttagacccaaaagactcagccaatgtactttctgtagacatataagca 571  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  6333103 acaatcattgaagcaattatgtgtatcttcaatagtatcatgaattggtgacttagacccaaaagattcagccaatgtactttctgtggacatataagca 6333202  T
Q  572 cctctaaccaatttaaatcccataggaattccaatttcttcagcagcttttgttgc-agaaacaatctctccttagcatctttcaaataagtttgaattg 670  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6333203 cctctaaccaatttaaatcccataggaattccaatttcttcagcagcttttgttgcaagaaacaatctctccttagcatctttcaaataagtttgaattg 6333302  T
Q  671 taccaaacacaattggattatcatctttattatgcacaattgctgatgagtatgtgaagtaatcaatagctggttgaacagtagtgtgtttcagcaccaa 770  Q
    | ||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |    
T  6333303 ttccaaacacaatagggttatcatctttattatgcataattgctgaagagtatgtgaagtaatcaatagctggttgaacagtagtgtg-ttcagcatc-a 6333400  T
Q  771 accattaagggcatggtttgcttcaacacattttttacaa 810  Q
    |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  6333401 accaataagggcat-gtttgcttcaacacattttttacaa 6333439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 338; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 386 - 810
Target Start/End: Original strand, 6348297 - 6348719
Alignment:
Q  386 atctaattagtacctgattcaatgttgtgtgtagcaagaacaacagatccttttccattagcaaacttctcaagcaaataagatgaacaatcattgaagc 485  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6348297 atctaataagtacctgattcaatgttgtgtgtagcaagaacaacagatccttttccattagcaaacttctcaagcaaataagatgaacaatcattgaagc 6348396  T
Q  486 aattatgtgtatcttcaatagtatcatgaattggcgacttagacccaaaagactcagccaatgtactttctgtagacatataagcacctctaaccaattt 585  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  6348397 aattatgtgtatctttaatagtatcatgaattggtgacttagacccaaaagattcagccaatgtactttctgttgacatataagcacctctaaccaattt 6348496  T
Q  586 aaatcccataggaattccaatttcttcagcagcttttgttgc-agaaacaatctctccttagcatctttcaaataagtttgaattgtaccaaacacaatt 684  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||     
T  6348497 aaatcccataggaattccaattttttcagcagcttttgttgcaagaaacaatctctccttagcatctttcaaataagtttgaattgttccaaacacaata 6348596  T
Q  685 ggattatcatctttattatgcacaattgctgatgagtatgtgaagtaatcaatagctggttgaacagtagtgtgtttcagcaccaaaccattaagggcat 784  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | ||||| ||  |||||    
T  6348597 ggattatcatctttattatgcataattgctgaagagtatgtgaagtaatcaatagctggttgaacagtagtgtg-ttcagcatc-aaccaatattggcat 6348694  T
Q  785 ggtttgcttcaacacattttttacaa 810  Q
     |||||||||||||||||||||||||    
T  6348695 -gtttgcttcaacacattttttacaa 6348719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 243; E-Value: 1e-134
Query Start/End: Original strand, 8 - 357
Target Start/End: Original strand, 6347895 - 6348249
Alignment:
Q  8 tgatcgatgtgggtcaatgtctgataccgacatatgttgttacatttattcgcatacattttcttaaaatatttccaatgtctatgtatcggtgtcaata 107  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  6347895 tgatcgatgtgggtcaatgactgataccgacatatattgttacatttattcgcatacattttcttgaaatatttccaatgtctacgtatcggtgtcaata 6347994  T
Q  108 tcatatatgttttctatgtatgcgtcaatgctacataccattcaatctaaagattgacacttcatattaatg-----tatgtccggcatgcgacgacacc 202  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||      ||||| | |||||||| |||||    
T  6347995 tcatatatgttgtctatgtatgcgtcaatgctacataccattcaatttaaagattgacacttcatattaatgggtctgatgtctgacatgcgacaacacc 6348094  T
Q  203 aacacatatgattacattttcttaaaatattattaatgttcgacatgcgacggcaccgacacatatgattacattttcttaaaatattatcagtgtaaat 302  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6348095 gacacatatgattacattttcttaaaatattatcaatgtccgacatgcgacgacatagacacatatgattacattttcttaaaatattatcagtgtaaat 6348194  T
Q  303 gttctttcaagtgttcatgtatgtgtcggtgcttcatacattagtctataaagtc 357  Q
     || ||| | |||||||||||||| || ||||||||||||||| |||||||||||    
T  6348195 attattttaggtgttcatgtatgtttccgtgcttcatacattattctataaagtc 6348249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 8 - 357
Target Start/End: Original strand, 6325677 - 6326013
Alignment:
Q  8 tgatcgatgtgggtcaatgtctgataccgacatatgttgttacatttattcgcatacattttcttaaaatatttccaatgtctatgtatcggtgtcaata 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  | || |||||||| ||||||||| |||||||| || || |||||||||    
T  6325677 tgatcgatgtgggtcaatgtctgataccgacatatgtagttacatttatttacttatattttcttgaaatatttctaatgtctacgtgtcagtgtcaata 6325776  T
Q  108 tcatatatgttttctatgtatgcgtcaatgctacataccattcaatctaaagattgacacttcatattaatgtatgtccggcatgcgacgacaccaacac 207  Q
    ||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  6325777 tcatatatgttgtctatgtatgtatcaatgctacataccattcaatctaaagattgacacttcatattaatggatgtccggcatgcgacgacaccaacac 6325876  T
Q  208 atatgattacattttcttaaaatattattaatgttcgacatgcgacggcaccgacacatatgattacattttcttaaaatattatcagtgtaaatgttct 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             |||||||    
T  6325877 atatgattacattttcttaaaatattatcagtgttcgacatgcgacggcaccgacacatatgattacattttcttaaaat-------------atgttct 6325963  T
Q  308 ttcaagtgttcatgtatgtgtcggtgcttcatacattagtctataaagtc 357  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6325964 ttcaggtgttcatgtatgtgtcggtgcttcatacattagtctataaagtc 6326013  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 238; E-Value: 1e-131
Query Start/End: Original strand, 8 - 357
Target Start/End: Original strand, 6332633 - 6332969
Alignment:
Q  8 tgatcgatgtgggtcaatgtctgataccgacatatgttgttacatttattcgcatacattttcttaaaatatttccaatgtctatgtatcggtgtcaata 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  | || |||||||| ||||||||| |||||||| || || |||||||||    
T  6332633 tgatcgatgtgggtcaatgtctgataccgacatatgtagttacatttatttacttatattttcttgaaatatttctaatgtctacgtgtcagtgtcaata 6332732  T
Q  108 tcatatatgttttctatgtatgcgtcaatgctacataccattcaatctaaagattgacacttcatattaatgtatgtccggcatgcgacgacaccaacac 207  Q
    ||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  6332733 tcatatatgttgtctatgtatgtatcaatgctacataccattcaatctaaagattgacacttcatattaatggatgtccggcatgcgacgacaccaacac 6332832  T
Q  208 atatgattacattttcttaaaatattattaatgttcgacatgcgacggcaccgacacatatgattacattttcttaaaatattatcagtgtaaatgttct 307  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||             |||||||    
T  6332833 atatgattacattttcttaaaatattatcagtgttcgacatgcgacggcaccgacacatatgattacattttcttaaaat-------------atgttct 6332919  T
Q  308 ttcaagtgttcatgtatgtgtcggtgcttcatacattagtctataaagtc 357  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6332920 ttcaggtgttcatgtatgtgtcggtgcttcatacattagtctataaagtc 6332969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 99; Significance: 2e-48; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 440 - 749
Target Start/End: Complemental strand, 6490339 - 6490029
Alignment:
Q  440 ccattagcaaacttctcaagcaaataagatgaacaatcattgaagcaattatgtgtatcttcaatagtatcatgaattggcgacttagacccaaaagact 539  Q
    |||||||||| |||||||||||  |||  ||||||||||||||| || ||||||||||| | |||||| | ||||||||| ||   | | || |||        
T  6490339 ccattagcaatcttctcaagcatgtaatctgaacaatcattgaaacacttatgtgtatccttaatagtgttatgaattggtgaagcatatcccaaatcag 6490240  T
Q  540 cagccaatgtactttctgtagacatataagcacctctaaccaatttaaatcccataggaattccaatttcttcagcagcttttgttgcaga-aacaatct 638  Q
    |||||||| | |||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || || || ||||  |||||||| |||| |||  | |||| |||    
T  6490239 cagccaattttctttcactagacatataagcacctctaaccaacttaaatcccattggtatccccattttctcagcagcctttgatgccaacaacattct 6490140  T
Q  639 ctccttagcatctttcaaataagtttgaattgtaccaaacacaattggattatcatctttattatgcacaattgctgatgagtatgtgaagtaatcaata 738  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||| | || || ||| |||| ||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  6490139 ctccttagcgtctttcaaataagtttgaatggttccaaacacagtagggttttcacctttgttatgcaaaattgctgaagagtatgtaaagtaatcaata 6490040  T
Q  739 gctggttgaac 749  Q
    || ||||||||    
T  6490039 gcaggttgaac 6490029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University