View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4839-Insertion-2 (Length: 926)

Name: NF4839-Insertion-2
Description: NF4839
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4839-Insertion-2
NF4839-Insertion-2
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (8-926)||(32724596-32725515)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (54-185)||(24256355-24256480)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 732; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 732; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 926
Target Start/End: Complemental strand, 32725515 - 32724596
Alignment:
Q  8 gttaggtgaggtagggtttaggggagttccggtgagctttgcaaatcattgtcaagcgaagctgttgttagggctttttaatgatgggtatagggttgaa 107  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32725515 gttaggtgaggtagggtttaggggagttccggtgagctttgcaaatcattgtcaagcaaagctgttgttagggctttttaatgatgggtatagggttgaa 32725416  T
Q  108 gaggtgggtgtgggtagtaataagttggtgttggattggaaatcaagacgtttgctttctgcttccctttggacttgttcttcttcagattctgatttat 207  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32725415 gaggtgggtgtgggtagtaataagttggtgttggattggaaatcaagacgtttgctttctgcttccctttggacttgttcttcttcagattctgatttat 32725316  T
Q  208 aggatgctgattaattaagtgctaatctatactagctaaacaatcaattattcatgccatgtgcctttctaattgttttttatttactgaccctctaaaa 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32725315 aggatgctgattaattaagtgctaatctatactagctaaacaatcaattattcatgccatgtgcctttctaattgttttttatttactgaccctctaaaa 32725216  T
Q  308 atggagacaattattggtttaatgtctcatgttaagttccacttatggtagttttttgatcgttgaaggatctcaaattttgttgacaaatgtgactgat 407  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  32725215 atggaaacaattattggtttaatgtctcatgttaagttccacttatggtagttttttgatcgttgaaggatcttaaattttgttgacaaatgtgactgat 32725116  T
Q  408 gtctgattgtctgtgcgttttggtttgtaataaaaaattctcacatgaaattaatttcataaaatgtatattttagtttagt-ttttacttc----tata 502  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    ||||    
T  32725115 gtctgattgtgtgtgcgttttggtttgtaataaaaaattctcacatgaaattaatttcataaaatgtatattttagtttagttttttacttctatatata 32725016  T
Q  503 tatgctggttttatagcacagttttagaagatcaggtgtaaacgtgagaggttcaaattgctcaaaacaaagaggatcgaaatcgataaactgaaaaaac 602  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32725015 tatgctggttttatagcacagttttagatgatcaggtgtaaacgtgagaggttcaaattgctcaaaacaaagaggatcgaaatcgataaactgaaaaaac 32724916  T
Q  603 tatgggagcaaaagatgcaaggggtattcaaaactcata-gaaagagagtcaaccacttnnnnnnnnnnnngggagagtcaaccactaaacatacaagct 701  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||            |||||||||||||||||||||||||||||    
T  32724915 tatgggagcaaaagatgcaa-gggtattcaaaactcataggaaagagagtcaaccactt---aaaaaaaaagggagagtcaaccactaaacatacaagct 32724820  T
Q  702 aaaggggttattgcaccaacaagaaaatgctaggccaannnnnnngttcttaaaataataaacccaagaaataactttgatgctattgctatgatcaact 801  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  32724819 aaa-gggttattgcaccaacaagaaaatgctaggccaaattttttgttcttaaaataataaa-ccaagaaataactttgatgctattcctatgatcaact 32724722  T
Q  802 tttgaaggatctcccacttgcacgttaaaaag-atatacagcgtttttcaaccttagaaacatctcccacctggcccgttaaaatatatcgtttttcact 900  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||||||    
T  32724721 tttgaaagatctcccacttgcacgttaaaaagaatatatagcgtttttcaactttagaaacatctccca-cttgcccgttaaaaaatatcatttttcact 32724623  T
Q  901 c-ttttaaccttattggcattagaaag 926  Q
    | ||||||||||||| |||||||||||    
T  32724622 ctttttaaccttatttgcattagaaag 32724596  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 45; Significance: 4e-16; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 45; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 54 - 185
Target Start/End: Complemental strand, 24256480 - 24256355
Alignment:
Q  54 cattgtcaagcgaagctgttgttagggctttttaatgatgggtatagggttgaagaggtgggtgtgggtagtaataagttggtgttggattggaaatcaa 153  Q
    ||||||||||| ||| |||| || ||  | ||||| |||||||||||||| |||||| |||||      |  |||||||||||||| | |||||||||||    
T  24256480 cattgtcaagcaaagttgttattgggtttatttaacgatgggtatagggtggaagagttgggt------aacaataagttggtgttaggttggaaatcaa 24256387  T
Q  154 gacgtttgctttctgcttccctttggacttgt 185  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||||||    
T  24256386 gacgtttgctttctgcttctgtttggacttgt 24256355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University