View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4840_low_1 (Length: 407)

Name: NF4840_low_1
Description: NF4840
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4840_low_1
NF4840_low_1
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (18-397)||(35376558-35376937)
chr5 (18-352)||(35423817-35424151)
chr5 (30-294)||(35754972-35755236)
chr5 (30-293)||(35386170-35386433)
chr5 (30-293)||(35410831-35411094)
chr5 (54-298)||(35367042-35367286)
chr5 (345-397)||(35425849-35425901)
chr5 (58-287)||(35437199-35437428)
chr5 (42-145)||(35388441-35388544)
chr5 (118-161)||(10716904-10716947)
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (18-294)||(10409758-10410034)
chr1 (43-293)||(10415456-10415706)
chr1 (44-298)||(10420338-10420592)
chr1 (117-161)||(39875856-39875900)
chr1 (117-161)||(39883979-39884023)
chr1 (117-161)||(39890933-39890977)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (30-298)||(29622893-29623160)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (40-295)||(30626239-30626493)
chr2 (40-295)||(30663190-30663444)
chr2 (40-295)||(30671870-30672124)
chr2 (118-161)||(17923367-17923410)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (30-182)||(1153904-1154056)
chr3 (249-293)||(1154061-1154105)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (169-294)||(15294046-15294171)
chr8 (169-294)||(15474415-15474540)
chr8 (70-149)||(13564816-13564895)
[»] chr6 (3 HSPs)
chr6 (118-161)||(12932481-12932524)
chr6 (118-161)||(12948846-12948889)
chr6 (120-161)||(12907394-12907435)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 335; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 397
Target Start/End: Original strand, 35376558 - 35376937
Alignment:
Q  18 tctagaaatctgaatctcaatttcacacaaaggttagacattgctctcgacgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatacagagcaagttgtag 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35376558 tctagaaatctgaatctcaatttcacacaaaggttagacattgctctcgacgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatacagagcaagttgtag 35376657  T
Q  118 ttcattgtgatgttaaaccaagcaatgttcttcttgatgatgacggtgtggcccacttaggagactttggcgtagctaggttcctccatggagctacaga 217  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  35376658 ttcattgtgatgttaagccaagcaatgttcttcttgatgatgacggtgtggcccacttaggagactttggcttagctaggttcctccatggagctacaga 35376757  T
Q  218 atattcaagtaaaaatcaagttatttcctccacaattaaaggaactataggatatattcctcctggtaaagttctttctatgatcttannnnnnngctat 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||    
T  35376758 atattcaagtaaaaatcaagttatttcctccacaattaaaggaactataggatatattcctcctggtaaagttctttctatgatcttattttgttgctat 35376857  T
Q  318 atatactttaaaatgtctttcgtgtgtttgtgaccttcctttatctttatctctcacacaattttaatagctttctcatt 397  Q
    | || |||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35376858 acatcctttaaaatgtctttcatgtgcttgtgaccttcctttatctttatctctcacacaattttaatagctttctcatt 35376937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 290; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 18 - 352
Target Start/End: Original strand, 35423817 - 35424151
Alignment:
Q  18 tctagaaatctgaatctcaatttcacacaaaggttagacattgctctcgacgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatacagagcaagttgtag 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35423817 tctagaaatctgaatctcaatttcacacaaaggttagacattgctctcgacgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatacagagcaagttgtag 35423916  T
Q  118 ttcattgtgatgttaaaccaagcaatgttcttcttgatgatgacggtgtggcccacttaggagactttggcgtagctaggttcctccatggagctacaga 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35423917 ttcattgtgatgttaaaccaagcaatgttcttcttgatgatgacggtgtgacccacttaggagactttggcgtagctaggttcctccatggagctacaga 35424016  T
Q  218 atattcaagtaaaaatcaagttatttcctccacaattaaaggaactataggatatattcctcctggtaaagttctttctatgatcttannnnnnngctat 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||    
T  35424017 atattcaagtaaaaatcaagttatttcctccacaattaaaggaactataggatatattcctcctggtaaagttctttctatgatcttattttgttgctat 35424116  T
Q  318 atatactttaaaatgtctttcgtgtgtttgtgacc 352  Q
    | || |||||||||||||||| |||| ||| ||||    
T  35424117 acatcctttaaaatgtctttcatgtgcttgcgacc 35424151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 30 - 294
Target Start/End: Original strand, 35754972 - 35755236
Alignment:
Q  30 aatctcaatttcacacaaaggttagacattgctctcgacgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatacagagcaagttgtagttcattgtgatg 129  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||     
T  35754972 aatctcaacctcacacaaaggttagacattgctcttgatgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatacagaacaagtcgtagttcactgtgata 35755071  T
Q  130 ttaaaccaagcaatgttcttcttgatgatgacggtgtggcccacttaggagactttggcgtagctaggttcctccatggagctacagaatattcaagtaa 229  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||   ||| |||||||| |||||||||||| |||||||| || | ||||||||||||||| ||||||||||    
T  35755072 ttaagccaagcaatgttcttcttgatgatgaaattgtagcccacttgggagactttggcctagctaggctcattcatggagctacagaacattcaagtaa 35755171  T
Q  230 aaatcaagttatttcctccacaattaaaggaactataggatatattcctcctggtaaagttcttt 294  Q
    | ||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  35755172 agatcaagttaattcctctacaattaagggaactataggatatgttcctcctggtaaagttcttt 35755236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 140; E-Value: 3e-73
Query Start/End: Original strand, 30 - 293
Target Start/End: Original strand, 35386170 - 35386433
Alignment:
Q  30 aatctcaatttcacacaaaggttagacattgctctcgacgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatacagagcaagttgtagttcattgtgatg 129  Q
    ||||||||  ||||| ||||||||||||||||||| || |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| ||||||     
T  35386170 aatctcaacctcacataaaggttagacattgctcttgatgtagctcatgcacttgattatcttcacaatgatacagagcaagccgtagttcactgtgatc 35386269  T
Q  130 ttaaaccaagcaatgttcttcttgatgatgacggtgtggcccacttaggagactttggcgtagctaggttcctccatggagctacagaatattcaagtaa 229  Q
    |||| |||||||| ||||||||||| ||||||  ||| |||||||| |||||||||||| | |||||| || | | |||| | |||||  ||||||||||    
T  35386270 ttaagccaagcaacgttcttcttgacgatgactttgtagcccacttgggagactttggcttggctaggatcattcttggaaccacagagcattcaagtaa 35386369  T
Q  230 aaatcaagttatttcctccacaattaaaggaactataggatatattcctcctggtaaagttctt 293  Q
    | |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35386370 agatcaagttatttcctctactattaaaggaactataggatatattcctcctggtaaagttctt 35386433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 30 - 293
Target Start/End: Original strand, 35410831 - 35411094
Alignment:
Q  30 aatctcaatttcacacaaaggttagacattgctctcgacgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatacagagcaagttgtagttcattgtgatg 129  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| | ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||     
T  35410831 aatctcaacctcacacaaaggttagacattgctcttgatgtagctcatgcacttgattatcttcacaatgagacagagcaagctgtagttcactgtgatc 35410930  T
Q  130 ttaaaccaagcaatgttcttcttgatgatgacggtgtggcccacttaggagactttggcgtagctaggttcctccatggagctacagaatattcaagtaa 229  Q
    |||| || ||||| ||||||||||| ||||||  ||| |||||||| |||||||||||| | |||||| || | | |||| | |||||  ||||||||||    
T  35410931 ttaagccgagcaacgttcttcttgacgatgactttgtagcccacttgggagactttggcttggctaggctcattcttggaaccacagagcattcaagtaa 35411030  T
Q  230 aaatcaagttatttcctccacaattaaaggaactataggatatattcctcctggtaaagttctt 293  Q
    | ||||||||||||  || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  35411031 agatcaagttattttttctacaattaaaggaactataggatatattcctcctggtaaagctctt 35411094  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 101; E-Value: 6e-50
Query Start/End: Original strand, 54 - 298
Target Start/End: Original strand, 35367042 - 35367286
Alignment:
Q  54 gacattgctctcgacgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatacagagcaagttgtagttcattgtgatgttaaaccaagcaatgttcttcttg 153  Q
    ||||||||||| || |||||||||||| | |||||||||||||||| ||||||| ||    ||||||| |||||| |||| || ||||| |||||||| |    
T  35367042 gacattgctcttgatgtagctcatgcactcgattatcttcacaatggtacagagaaatccatagttcactgtgatattaagccgagcaacgttcttctgg 35367141  T
Q  154 atgatgacggtgtggcccacttaggagactttggcgtagctaggttcctccatggagctacagaatattcaagtaaaaatcaagttatttcctccacaat 253  Q
    | ||||||  ||| |||||||| |||||||||||| |||||||| || | | |||| | | |||  ||||||||||| ||||||||| ||| ||||||||    
T  35367142 acgatgacactgtagcccacttgggagactttggcttagctaggctcattcttggaaccagagaccattcaagtaaagatcaagttaattcttccacaat 35367241  T
Q  254 taaaggaactataggatatattcctcctggtaaagttctttctat 298  Q
    ||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  35367242 taagggaactataggatatgttcctcctggtaaagttctttctat 35367286  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 345 - 397
Target Start/End: Original strand, 35425849 - 35425901
Alignment:
Q  345 ttgtgaccttcctttatctttatctctcacacaattttaatagctttctcatt 397  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35425849 ttgtgaccttcctttatctttatctctcacacaattttaatagctttctcatt 35425901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 58 - 287
Target Start/End: Original strand, 35437199 - 35437428
Alignment:
Q  58 ttgctctcgacgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatacagagcaagttgtagttcattgtgatgttaaaccaagcaatgttcttcttgatga 157  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| || || |  |  ||| ||||||||| |||||| |||| ||||| ||||||||||| || ||    
T  35437199 ttgctctcgatgtagcccatgcattggattatcttcaccataattcccatgaagctgtagttcactgtgatattaagccaagtaatgttcttctcgacga 35437298  T
Q  158 tgacggtgtggcccacttaggagactttggcgtagctaggttcctccatggagctacagaatattcaagtaaaaatcaagttatttcctccacaattaaa 257  Q
    ||||  | | ||  |||||||||| |||||  |||| ||||||||  |||| |||||||    ||| |||||| ||||||||| |||  |  ||||| ||    
T  35437299 tgacattattgcttacttaggagattttgggttagcaaggttccttaatggggctacagggagttccagtaaagatcaagttagttcagctgcaattcaa 35437398  T
Q  258 ggaactataggatatattcctcctggtaaa 287  Q
    ||||| ||||||||| |||| || ||||||    
T  35437399 ggaaccataggatatgttcccccaggtaaa 35437428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 42 - 145
Target Start/End: Original strand, 35388441 - 35388544
Alignment:
Q  42 acacaaaggttagacattgctctcgacgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatacagagcaagttgtagttcattgtgatgttaaaccaagca 141  Q
    ||||||||||||   ||||||||| | |||||||   | |||||||||||||||||| ||   ||||||| |||||||||||||||| |||| |||| ||    
T  35388441 acacaaaggttaagtattgctctcaatgtagctcgcacgttggattatcttcacaataattttgagcaagctgtagttcattgtgatattaagccaaaca 35388540  T
Q  142 atgt 145  Q
    ||||    
T  35388541 atgt 35388544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 118 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 10716947 - 10716904
Alignment:
Q  118 ttcattgtgatgttaaaccaagcaatgttcttcttgatgatgac 161  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||    
T  10716947 ttcattgtgatcttaagccaagcaatgtccttcttgatgatgac 10716904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 173; Significance: 7e-93; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 173; E-Value: 7e-93
Query Start/End: Original strand, 18 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 10410034 - 10409758
Alignment:
Q  18 tctagaaatctgaatctcaatttcacacaaaggttagacattgctctcgacgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatacagagcaagttgtag 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| || |    
T  10410034 tctagaaatctgaatctcaatttcacacaaaggttagacattgttctcaacgtagctcatgcattggattatcttcacattgatgcagagcaagtggtgg 10409935  T
Q  118 ttcattgtgatgttaaaccaagcaatgttcttcttgatgatgacggtgtggcccacttaggagactttggcgtagctaggttcctccatggagctacaga 217  Q
    ||||| |||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||| || |||||||||||||||||| |||||||| |  | | ||||||||||||    
T  10409934 ttcatagtggcgttaaaccaagcaatgttcttctcgatgatgacaatgtagctcacttaggagactttggcttagctaggctaattcgtggagctacaga 10409835  T
Q  218 atattcaagtaaaaatcaagttatttcctccacaattaaaggaactataggatatattcctcctggtaaagttcttt 294  Q
    | ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  10409834 acattcaagtaaagatcaagttatttcctctacaattaagggaactataggatatgttcctcccggtaaagttcttt 10409758  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 131; E-Value: 8e-68
Query Start/End: Original strand, 43 - 293
Target Start/End: Complemental strand, 10415706 - 10415456
Alignment:
Q  43 cacaaaggttagacattgctctcgacgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatacagagcaagttgtagttcattgtgatgttaaaccaagcaa 142  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||  ||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||||  |||||||    
T  10415706 cacaaaggttagacatcgctcttgatctagctcatgcacttgattatcttcacaatgatacagagcaagccgtagttcactgtgatgttaagtcaagcaa 10415607  T
Q  143 tgttcttcttgatgatgacggtgtggcccacttaggagactttggcgtagctaggttcctccatggagctacagaatattcaagtaaaaatcaagttatt 242  Q
     ||||||||||| ||||||| ||| |||||||| |||||||||||| |||||||| || | | |||||| |||||  ||||||||||| ||||||| |||    
T  10415606 cgttcttcttgacgatgacgttgtagcccacttgggagactttggcttagctaggctcattcttggagccacagagcattcaagtaaagatcaagtcatt 10415507  T
Q  243 tcctccacaattaaaggaactataggatatattcctcctggtaaagttctt 293  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  10415506 tcctctactattaaaggaactataggatatattcctactggtaaagctctt 10415456  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 44 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 10420592 - 10420338
Alignment:
Q  44 acaaaggttagacattgctctcgacgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatacagagcaagttgtagttcattgtgatgttaaaccaagcaat 143  Q
    ||||||| | ||||||||||| || |||||||||||| |  ||||||||||||||| |||||||||||   ||||||| |||||| |||| || |||||     
T  10420592 acaaagggttgacattgctcttgatgtagctcatgcacttaattatcttcacaatggtacagagcaagccatagttcactgtgatattaagccgagcaac 10420493  T
Q  144 gttcttcttgatgatgacggtgtggcccacttaggagactttggcgtagctaggttcctccatggagctacagaatattcaagtaaaaatcaagttattt 243  Q
    |||||||| || ||||||  ||| || ||||| |||||||||||| |||||||| || | | |||| | | |||  ||||||||||| ||||||||| ||    
T  10420492 gttcttctggacgatgacattgtagctcacttgggagactttggcttagctaggctcattcttggaaccagagaccattcaagtaaagatcaagttaatt 10420393  T
Q  244 cctccacaattaaaggaactataggatatattcctcctggtaaagttctttctat 298  Q
    | |||||||| || |||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  10420392 cttccacaatcaagggaagtataggatatgttcctcctggtaaagttctttctat 10420338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 117 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 39875900 - 39875856
Alignment:
Q  117 gttcattgtgatgttaaaccaagcaatgttcttcttgatgatgac 161  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  39875900 gttcattgtgatttaaaaccaagcaatgtccttcttgacgatgac 39875856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 117 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 39884023 - 39883979
Alignment:
Q  117 gttcattgtgatgttaaaccaagcaatgttcttcttgatgatgac 161  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  39884023 gttcattgtgatttaaaaccaagcaatgtccttcttgacgatgac 39883979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 117 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 39890977 - 39890933
Alignment:
Q  117 gttcattgtgatgttaaaccaagcaatgttcttcttgatgatgac 161  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  39890977 gttcattgtgatttaaaaccaagcaatgtccttcttgaagatgac 39890933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 129; Significance: 1e-66; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 30 - 298
Target Start/End: Complemental strand, 29623160 - 29622893
Alignment:
Q  30 aatctcaatttcacacaaaggttagacattgctctcgacgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatacagagcaagttgtagttcattgtgatg 129  Q
    ||||||||  ||||||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||| |||||||    
T  29623160 aatctcaacctcacacaaaggatagacattgctcttgatgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatatagaacaagctgtagttcactgtgatg 29623061  T
Q  130 ttaaaccaagcaatgttcttcttgatgatgacggtgtggcccacttaggagactttggcgtagctaggttcctccatggagctacagaatattcaagtaa 229  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||| |||||||||||  |||||||| || |  ||||| |  || |  ||||||||||    
T  29623060 ttaagccaagcaatgttcttcttgatgatgacattgtagcccacttgggagactttggattagctaggctcattaatggatcctcaaaccattcaagtaa 29622961  T
Q  230 aaatcaagttatttcctccacaattaaaggaactataggatatattcctcctggtaaagttctttctat 298  Q
      ||||| ||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  29622960 tgatcaaattacttcttccacaattaagggaactataggatatgttcctcctggt-aagttctttctat 29622893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 120; Significance: 3e-61; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 40 - 295
Target Start/End: Original strand, 30626239 - 30626493
Alignment:
Q  40 tcacacaaaggttagacattgctctcgacgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatacagagcaagttgtagttcattgtgatgttaaaccaag 139  Q
    ||||||||||| | ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| | ||||||||||| |||||||| |||||||     
T  30626239 tcacacaaagggttgacattgctcttgatgtagctcatgcattggattatcttcacaatggtactgagaatgttgtagttcaatgtgatgtgaaaccaaa 30626338  T
Q  140 caatgttcttcttgatgatgacggtgtggcccacttaggagactttggcgtagctaggttcctccatggagctacagaatattcaagtaaaaatcaagtt 239  Q
    ||||||||||||||||||||||   || |||||||| |||||||||||  | || |||||  | |||||||| |||| ||||||||||  | ||||||||    
T  30626339 caatgttcttcttgatgatgacatggtagcccacttgggagactttggattggcaaggttaattcatggagccacagcatattcaagtgtagatcaagtt 30626438  T
Q  240 atttcctccacaattaaaggaactataggatatattcctcctggtaaagttctttc 295  Q
    | ||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  30626439 aattcgtccacaattaagggaactataggatatgttcctcctggt-aagttctttc 30626493  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 40 - 295
Target Start/End: Original strand, 30663190 - 30663444
Alignment:
Q  40 tcacacaaaggttagacattgctctcgacgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatacagagcaagttgtagttcattgtgatgttaaaccaag 139  Q
    ||||||||||| | ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| | ||||||||||| |||||||| |||||||     
T  30663190 tcacacaaagggttgacattgctcttgatgtagctcatgcattggattatcttcacaatggtactgagaatgttgtagttcactgtgatgtgaaaccaaa 30663289  T
Q  140 caatgttcttcttgatgatgacggtgtggcccacttaggagactttggcgtagctaggttcctccatggagctacagaatattcaagtaaaaatcaagtt 239  Q
    ||||||||||||||||||||||   || |||||||| |||||||||||  | || |||||  | |||||||| |||| ||||||||||  | ||||||||    
T  30663290 caatgttcttcttgatgatgacatggtagcccacttgggagactttggattggcaaggttaattcatggagccacagcatattcaagtgtagatcaagtt 30663389  T
Q  240 atttcctccacaattaaaggaactataggatatattcctcctggtaaagttctttc 295  Q
    | ||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  30663390 aattcgtccacaattaagggaactataggatatgttcctcctggt-aagttctttc 30663444  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 40 - 295
Target Start/End: Original strand, 30671870 - 30672124
Alignment:
Q  40 tcacacaaaggttagacattgctctcgacgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatacagagcaagttgtagttcattgtgatgttaaaccaag 139  Q
    ||||||||||| | ||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| | ||||||||||| |||||||| |||||||     
T  30671870 tcacacaaagggttgacattgctcttgatgtagctcatgcattggattatcttcacaatggtactgagaatgttgtagttcactgtgatgtgaaaccaaa 30671969  T
Q  140 caatgttcttcttgatgatgacggtgtggcccacttaggagactttggcgtagctaggttcctccatggagctacagaatattcaagtaaaaatcaagtt 239  Q
    ||||||||||||||||||||||   || |||||||| |||||||||||  | || |||||  | |||||||| |||| ||||||||||  | ||||||||    
T  30671970 caatgttcttcttgatgatgacatggtagcccacttgggagactttggattggcaaggttaattcatggagccacagcatattcaagtgtagatcaagtt 30672069  T
Q  240 atttcctccacaattaaaggaactataggatatattcctcctggtaaagttctttc 295  Q
    | ||| ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||    
T  30672070 aattcgtccacaattaagggaactataggatatgttcctcctggt-aagttctttc 30672124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 118 - 161
Target Start/End: Complemental strand, 17923410 - 17923367
Alignment:
Q  118 ttcattgtgatgttaaaccaagcaatgttcttcttgatgatgac 161  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  17923410 ttcattgtgatctaaaaccaagcaatgtccttcttgatgatgac 17923367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 65; Significance: 2e-28; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 30 - 182
Target Start/End: Original strand, 1153904 - 1154056
Alignment:
Q  30 aatctcaatttcacacaaaggttagacattgctctcgacgtagctcatgcattggattatcttcacaatgatacagagcaagttgtagttcattgtgatg 129  Q
    ||||||||  ||||| ||||| ||||  ||||||| ||  ||||||||||| | |||| |||||||||||||||| ||||||||  |||||| ||||||     
T  1153904 aatctcaagctcacaaaaagggtagattttgctcttgatatagctcatgcacttgattttcttcacaatgatacaaagcaagttacagttcactgtgata 1154003  T
Q  130 ttaaaccaagcaatgttcttcttgatgatgacggtgtggcccacttaggagac 182  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||  ||| |||||||| ||||||    
T  1154004 ttaagccaagcaatgttcttcttgatgatgacaatgtagcccacttgggagac 1154056  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 249 - 293
Target Start/End: Original strand, 1154061 - 1154105
Alignment:
Q  249 acaattaaaggaactataggatatattcctcctggtaaagttctt 293  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1154061 acaattaaaggaacaataggatatattcctcctggtaaagttctt 1154105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 58; Significance: 3e-24; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 169 - 294
Target Start/End: Original strand, 15294046 - 15294171
Alignment:
Q  169 cccacttaggagactttggcgtagctaggttcctccatggagctacagaatattcaagtaaaaatcaagttatttcctccacaattaaaggaactatagg 268  Q
    ||||||| |||||||||||| | |||||| || | |||||| | | |||  ||||||||||| || |||||||| |||| |  |||||||||||||||||    
T  15294046 cccacttgggagactttggcttggctaggctcattcatggaaccatagagcattcaagtaaagataaagttattgcctctaagattaaaggaactatagg 15294145  T
Q  269 atatattcctcctggtaaagttcttt 294  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  15294146 atatattcctcctggtaaagttcttt 15294171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 58; E-Value: 3e-24
Query Start/End: Original strand, 169 - 294
Target Start/End: Original strand, 15474415 - 15474540
Alignment:
Q  169 cccacttaggagactttggcgtagctaggttcctccatggagctacagaatattcaagtaaaaatcaagttatttcctccacaattaaaggaactatagg 268  Q
    ||||||| |||||||||||| | |||||| || | |||||| | | |||  ||||||||||| || |||||||| |||| |  |||||||||||||||||    
T  15474415 cccacttgggagactttggcttggctaggctcattcatggaaccatagagcattcaagtaaagataaagttattgcctctaagattaaaggaactatagg 15474514  T
Q  269 atatattcctcctggtaaagttcttt 294  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  15474515 atatattcctcctggtaaagttcttt 15474540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 70 - 149
Target Start/End: Original strand, 13564816 - 13564895
Alignment:
Q  70 tagctcatgcattggattatcttcacaatgatacagagcaagttgtagttcattgtgatgttaaaccaagcaatgttctt 149  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||   ||| ||||||||||||||| || ||||| ||||||    
T  13564816 tagcttatgcattggattatcttcacaatgatgtagagcaagccttaggtcattgtgatgttaagccgagcaacgttctt 13564895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000009; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 118 - 161
Target Start/End: Original strand, 12932481 - 12932524
Alignment:
Q  118 ttcattgtgatgttaaaccaagcaatgttcttcttgatgatgac 161  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  12932481 ttcattgtgatctaaaaccaagcaatgtccttcttgatgatgac 12932524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 118 - 161
Target Start/End: Original strand, 12948846 - 12948889
Alignment:
Q  118 ttcattgtgatgttaaaccaagcaatgttcttcttgatgatgac 161  Q
    ||||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  12948846 ttcattgtgatctaaaaccaagcaatgtccttcttgatgatgac 12948889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 120 - 161
Target Start/End: Original strand, 12907394 - 12907435
Alignment:
Q  120 cattgtgatgttaaaccaagcaatgttcttcttgatgatgac 161  Q
    ||||||||| | |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  12907394 cattgtgatctaaaaccaagcaatgtccttcttgatgatgac 12907435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University