View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF4842-Insertion-1 (Length: 1020)
Name: NF4842-Insertion-1
Description: NF4842
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF4842-Insertion-1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 932; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 932; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1002
Target Start/End: Original strand, 37531928 - 37532923
Alignment:
| Q |
8 |
aaatcctgattcttcttcatcttcagatgttgaatgaggtggcagatcttcctcatttttgcatgatttagacaattggaatccacacaacattgtattt |
107 |
Q |
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37531928 |
aaatcctgattcttcttcatcttcagatgttgaatgaggtggcagatcttcctcatttttgcatgatttagacaattggaatccacacaacattgtattt |
37532027 |
T |
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| Q |
108 |
ccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagttca |
207 |
Q |
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| T |
37532028 |
ccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagttca |
37532127 |
T |
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| Q |
208 |
aatttgtcaaagccacaggaatctcacccttcaattggttgcatgagaggtccaaccactccaaatttctcaaatgactcaaagattgtggaatgctacc |
307 |
Q |
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| T |
37532128 |
aatttgtcaaagccacaggaatctcacccttcaattggttgcatgagaggtccaaccactccaaatttctcaaatgacttaaagattgtggaatgctacc |
37532227 |
T |
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| Q |
308 |
tgtgattccattgtttgaaaggttaagtcctttgagagaatttaattctccaatgacttgtggaatttcaccttcaaacatgttatttgataaatcaata |
407 |
Q |
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| T |
37532228 |
tgtgattccattgtttgaaaggttaagtcctttgagagaatttaattctccaatgacttgtggaatttcaccttcaaacatgttatttgataaatcaata |
37532327 |
T |
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| Q |
408 |
gttgtgaaagtagtcaatatctttgttagctccatagaaaaacctttcattgtgaccaccacagaatcattatagtaataacccacacccttgtattgca |
507 |
Q |
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37532328 |
gttgtgaaagtagtcaatatctttgttagctccatagaaaaacctttcattgtgaccaccacagaatcattatagtaataacccgcacccttgtattgca |
37532427 |
T |
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508 |
aaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaat |
607 |
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37532428 |
aaccaatttggctgtcattcacattcatcattcctttaaagttcttgatgcatgatattggcaagggcccactaaaattgttgttagaaacatcaaaaat |
37532527 |
T |
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608 |
tctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgtagagtttct |
707 |
Q |
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| T |
37532528 |
tctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgtagagtttct |
37532627 |
T |
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| Q |
708 |
agccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaataaacagtgagacaaagactgtggtaatggtccttccaatt |
807 |
Q |
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37532628 |
agccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaatgaacagtgagacaaagactggggtaatggtccttccaatt |
37532727 |
T |
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| Q |
808 |
ggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttgg-aaaggttctaggaatgtttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaag |
906 |
Q |
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| T |
37532728 |
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37532827 |
T |
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| Q |
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1002 |
Q |
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37532828 |
agaagttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaattgagaacattcaggtaacttgcattgcagaatgttga |
37532923 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 924; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1002
Target Start/End: Original strand, 37593032 - 37594027
Alignment:
| Q |
8 |
aaatcctgattcttcttcatcttcagatgttgaatgaggtggcagatcttcctcatttttgcatgatttagacaattggaatccacacaacattgtattt |
107 |
Q |
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| T |
37593032 |
aaatccggattcttcttcatcttcagatgttgaatgaggtggcagatcttcctcatttttgcatgatttagacaattggaatccacacaacattgtattt |
37593131 |
T |
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| Q |
108 |
ccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagttca |
207 |
Q |
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| T |
37593132 |
ccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagttca |
37593231 |
T |
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| Q |
208 |
aatttgtcaaagccacaggaatctcacccttcaattggttgcatgagaggtccaaccactccaaatttctcaaatgactcaaagattgtggaatgctacc |
307 |
Q |
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| T |
37593232 |
aatttgtcaaagccacaggaatctcacccttcaattggttgcatgagaggtccaaccactccaaatttctcaaatgactcaaagattgtggaatgctacc |
37593331 |
T |
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| Q |
308 |
tgtgattccattgtttgaaaggttaagtcctttgagagaatttaattctccaatgacttgtggaatttcaccttcaaacatgttatttgataaatcaata |
407 |
Q |
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| T |
37593332 |
tgtgattccattgtttgaaaggttaagtcctttgagagaatttaattctccaatgacttgtggaatttcaccttcaaacatgttatttgataaatcaata |
37593431 |
T |
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408 |
gttgtgaaagtagtcaatatctttgttagctccatagaaaaacctttcattgtgaccaccacagaatcattatagtaataacccacacccttgtattgca |
507 |
Q |
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37593432 |
gttgtgaaagcagtcaatatccttgttagctcaatgaaaaaacctttcactgtgaccacaacagaatcattatagtaataacccacacccttgtattgca |
37593531 |
T |
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| Q |
508 |
aaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaat |
607 |
Q |
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| T |
37593532 |
aaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaat |
37593631 |
T |
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| Q |
608 |
tctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgtagagtttct |
707 |
Q |
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| T |
37593632 |
tctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgtagagtttct |
37593731 |
T |
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| Q |
708 |
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807 |
Q |
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| T |
37593732 |
agccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaatgaacagtgagacaaagactgtggtaatggtccttccaatt |
37593831 |
T |
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| Q |
808 |
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906 |
Q |
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| T |
37593832 |
ggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttggaaaaggttctaggaatgtttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaag |
37593931 |
T |
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| Q |
907 |
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1002 |
Q |
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| T |
37593932 |
agaagttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctgttaaattgttgtgagccaaattgagaacattcaggtaacttgcattgcagaatgttga |
37594027 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 840; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1002
Target Start/End: Original strand, 37695423 - 37696418
Alignment:
| Q |
8 |
aaatcctgattcttcttcatcttcagatgttgaatgaggtggcagatcttcctcatttttgcatgatttagacaattggaatccacacaacattgtattt |
107 |
Q |
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| T |
37695423 |
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37695522 |
T |
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| Q |
108 |
ccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagttca |
207 |
Q |
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| T |
37695523 |
ccttcataggaatcatttccaaacgtattaaactgttgacctttaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaagttttaagactgagaggaagttca |
37695622 |
T |
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| Q |
208 |
aatttgtcaaagccacaggaatctcacccttcaattggttgcatgagaggtccaaccactccaaatttctcaaatgactcaaagattgtggaatgctacc |
307 |
Q |
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| T |
37695623 |
aatttgtcaaagccacaggaatctctcccgtcaattggttacatgagaggtccaaccactccaattttctcaaatgacccaaagattgtggaatactacc |
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T |
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| Q |
308 |
tgtgattccattgtttgaaaggttaagtcctttgagagaatttaattctccaatgacttgtggaatttcaccttcaaacatgttatttgataaatcaata |
407 |
Q |
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| T |
37695723 |
tgtgattccattgtttgaaaggttaagtcctttgagagaatttaattctccaatgacttgtggaatttcaccttcaaacatgttatttgataaatcaata |
37695822 |
T |
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| Q |
408 |
gttgtgaaagtagtcaatatctttgttagctccatagaaaaacctttcattgtgaccaccacagaatcattatagtaataacccacacccttgtattgca |
507 |
Q |
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| T |
37695823 |
gttgtgaaagcagtcaatatccttgttagctcaatgaaaaaacctttcactgtgaccacaacagaatcattatagtaataaccgtcacccttgtattgca |
37695922 |
T |
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| Q |
508 |
aaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaat |
607 |
Q |
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| T |
37695923 |
aaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaat |
37696022 |
T |
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| Q |
608 |
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707 |
Q |
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| T |
37696023 |
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37696122 |
T |
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| Q |
708 |
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807 |
Q |
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| T |
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T |
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| Q |
808 |
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906 |
Q |
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| T |
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T |
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| Q |
907 |
agaagttaatgttcccaggcattgtgggatcatacctgtaaaattgttgtgagcccaattgaagaccctcaggtaacttgcattgcagaatgttga |
1002 |
Q |
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37696418 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 771; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 961
Target Start/End: Original strand, 37638574 - 37639528
Alignment:
| Q |
8 |
aaatcctgattcttcttcatcttcagatgttgaatgaggtggcagatcttcctcatttttgcatgatttagacaattggaatccacacaacattgtattt |
107 |
Q |
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| T |
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T |
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| Q |
108 |
ccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagttca |
207 |
Q |
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| T |
37638674 |
ccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggtatgattccctcaagatggttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagttca |
37638773 |
T |
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| Q |
208 |
aatttgtcaaagccacaggaatctcacccttcaattggttgcatgagaggtccaaccactccaaatttctcaaatgactcaaagattgtggaatgctacc |
307 |
Q |
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| T |
37638774 |
aatttgtcaaagccacaggaatctcacccttcaattggttgcatgagaggtccaaccactccaaatttctcaaatgactcaaagattgtggaatgctacc |
37638873 |
T |
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| Q |
308 |
tgtgattccattgtttgaaaggttaagtcctttgagagaatttaattctccaatgacttgtggaatttcaccttcaaacatgttatttgataaatcaata |
407 |
Q |
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| T |
37638874 |
tatgattccattgtttgaaaggttaagtcctttgagagaatttaattctccaatgacttgtggaatttcaccttcaaacatgttatttgataaatcaata |
37638973 |
T |
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| Q |
408 |
gttgtgaaagtagtcaatatctttgttagctccatagaaaaacctttcattgtgaccaccacagaatcattatagtaataacccacacccttgtattgca |
507 |
Q |
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| T |
37638974 |
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37639073 |
T |
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| Q |
508 |
aaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaat |
607 |
Q |
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| T |
37639074 |
aaccagtgttattgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgttagagacatcaaaaat |
37639173 |
T |
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| Q |
608 |
tctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgtagagtttct |
707 |
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| T |
37639174 |
tctcaacttgggaaatgtatgcttggtgctagaacaggtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaaacttatcacctgtaactctggtagagtttct |
37639273 |
T |
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| Q |
708 |
agccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaataaacagtgagacaaagactgtggtaatggtccttccaatt |
807 |
Q |
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| T |
37639274 |
agccaatcaggaaatgtatcctcaacgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatatgaacagttagccaaagattgtggtaatggtccttccaatt |
37639373 |
T |
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| Q |
808 |
ggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttgga-aaggttctaggaatgtttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaag |
906 |
Q |
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| T |
37639374 |
ggttgccattcaactttatagtctcaaatgcatttcctttggagaaggttctaggaatgcttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacagtaag |
37639473 |
T |
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| Q |
907 |
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961 |
Q |
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| T |
37639474 |
agaagttaatgttcccaggcattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagcc |
37639528 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 755; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 961
Target Start/End: Original strand, 37822732 - 37823686
Alignment:
| Q |
8 |
aaatcctgattcttcttcatcttcagatgttgaatgaggtggcagatcttcctcatttttgcatgatttagacaattggaatccacacaacattgtattt |
107 |
Q |
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| T |
37822732 |
aaatcctgattcttcttcatcttcagatgttgaatgaggtggccgatcttcctcatttttgcatgatttagacaatggaaatccacataacattgtattt |
37822831 |
T |
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| Q |
108 |
ccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagttca |
207 |
Q |
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906 |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #6
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Target Start/End: Complemental strand, 37402330 - 37401335
Alignment:
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T |
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207 |
Q |
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T |
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| Q |
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Q |
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T |
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| Q |
308 |
tgtgattccattgtttgaaaggttaagtcctttgagagaatttaattctccaatgacttgtggaatttcaccttcaaacatgttatttgataaatcaata |
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Q |
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T |
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Q |
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T |
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Q |
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T |
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Target: chr5; HSP #7
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207 |
Q |
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| T |
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T |
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| Q |
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aatttgtcaaagccacaggaatctcacccttcaattggttgcatgagaggtccaaccactccaaatttctcaaatgactcaaagattgtggaatgctacc |
307 |
Q |
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aatttgtcaaagccacaggaatctcacccttcaattggttgcatgagaggtccaaccactccaaatttctcaaatgactcaaagattgtggaatgctact |
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T |
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308 |
tgtgattccattgtttgaaaggttaagtcctttgagagaatttaattctccaatgacttgtggaatttcaccttcaaacatgttatttgataaatcaata |
407 |
Q |
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Q |
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| Q |
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Q |
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T |
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agccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaataaacagtgagacaaagactgtggtaatggtccttccaatt |
807 |
Q |
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T |
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808 |
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906 |
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37711132 |
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T |
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1002 |
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T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 589; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 1002
Target Start/End: Complemental strand, 37394218 - 37393214
Alignment:
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8 |
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107 |
Q |
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ccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagttca |
207 |
Q |
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T |
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| Q |
208 |
aatttgtcaaagccacaggaatctcacccttcaattggttgcatgagaggtccaaccactccaaatttctcaaatgactcaaagattgtggaatgctacc |
307 |
Q |
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| Q |
308 |
tgtgattccattgtttgaaaggttaagtcctttgagagaatttaattctccaatgacttgtggaatttcaccttcaaacatgttatttgataaatcaata |
407 |
Q |
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| T |
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tgtgattccattgtttgagaggttaaggcctttgagagaatttaattctccaatgacttctgaaatttctccatcaaacttgttatttgataaatcaata |
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T |
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| Q |
408 |
gttgtgaaagtagtcaatatctttgttagctccatagaaaaacctttcattgtgaccaccacagaatcattatagtaataa---------cccacaccct |
498 |
Q |
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gttgtaaaagtagtcaatatcctcgttaactctatggaaagacctttcattatgatcaccacagaatcattatagtaattaaagtatctggctttaccca |
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T |
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| Q |
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Q |
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T |
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| Q |
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| Q |
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Q |
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T |
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| Q |
799 |
cttccaattggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctttgg-aaaggttctaggaatgtttccatagaggttgttcatttgcatatccaa |
897 |
Q |
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T |
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| Q |
898 |
tacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtgggatcatacctgtaaaattgttgtgagcccaattgaagaccctcaggtaacttgcattgcagaat |
997 |
Q |
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aatagagagataagaaaatgttcctagacattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaattgaggatataaagggaactagcattgcagaat |
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T |
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37393218 |
gttga |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 589; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 1002
Target Start/End: Original strand, 37701527 - 37702506
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catttccaaatgtattaaactgttgacctttaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagttcaaatttgtcaaagc |
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221 |
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Q |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 504; E-Value: 0
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Target Start/End: Complemental strand, 37383658 - 37382667
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Q |
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Target: chr5; HSP #11
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Target Start/End: Original strand, 37434538 - 37435499
Alignment:
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706 |
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Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 672
Target Start/End: Original strand, 37427878 - 37428543
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207 |
Q |
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Q |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 595 - 957
Target Start/End: Complemental strand, 37413910 - 37413547
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T |
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893 |
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ggtccttccaattgatttccgttcaactttatcatctcaaatgtatttcctttggaaaaggttctaggaaagcttccatacaagttgttcatttgcatat |
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T |
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ccaatatagaaagagaaggaaatgttcctaggcattgtggaatcatgcctgttaaattgttgtg |
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T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 173; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 8 - 348
Target Start/End: Original strand, 37439898 - 37440238
Alignment:
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8 |
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T |
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ccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagttca |
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Q |
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ccttcataggaatcatttccaaatgtaccaaactgttgacctgcaggtatgattccctcatggtggttttgtgaaaggtttaagacagagaggaaattca |
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T |
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aatttgtcaaagccacaggaatctcacccttcaattggttgcatgagaggtccaaccactccaaatttctcaaatgactcaaagattgtggaatgctacc |
307 |
Q |
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| T |
37440098 |
aatttgtcaaagtcacgggaatttcaccggtcaattggtttcttgagaggtccgaccactctaaatttctcaatttactcaaagattgtggaatggtact |
37440197 |
T |
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| Q |
308 |
tgtgattccattgtttgaaaggttaagtcctttgagagaat |
348 |
Q |
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| T |
37440198 |
tttgattccattttttaagaggttaaggcctttaagagaat |
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T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 39; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 323 - 477
Target Start/End: Original strand, 26450832 - 26450986
Alignment:
| Q |
323 |
tgaaaggttaagtcctttgagagaatttaattctccaatgacttgtggaatttcaccttcaaacatgttatttgataaatcaatagttgtgaaagtagtc |
422 |
Q |
| |
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| T |
26450832 |
tgaaaggttaagtcctatgagtgacttcaactctccaatgatcgttggaatctctccttcaaatttattgtttgataaatcaagagttgtgaaagtagtc |
26450931 |
T |
|
| Q |
423 |
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477 |
Q |
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| T |
26450932 |
aagatcctctctagctctaaatcgaacccttttattgtgaccacaacagaatcat |
26450986 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 323 - 424
Target Start/End: Original strand, 26437463 - 26437564
Alignment:
| Q |
323 |
tgaaaggttaagtcctttgagagaatttaattctccaatgacttgtggaatttcaccttcaaacatgttatttgataaatcaatagttgtgaaagtagtc |
422 |
Q |
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| T |
26437463 |
tgaaagattaagtcctatgagtgacttcaactctccaatgattattggaatctctccttcaaatttattctttgataaatcaagagttgtgaaagtagtc |
26437562 |
T |
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| Q |
423 |
aa |
424 |
Q |
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| T |
26437563 |
aa |
26437564 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4 (Bit Score: 660; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:
Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 660; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 966
Target Start/End: Complemental strand, 16844328 - 16843369
Alignment:
| Q |
8 |
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107 |
Q |
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| T |
16844328 |
aaatcctgattcttcttcatcttcagatgttgaatgttgtggcagatcttcctcatttttgcatgaattagagaatggcaatccacacaacattgtattc |
16844229 |
T |
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| Q |
108 |
ccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagttca |
207 |
Q |
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| T |
16844228 |
ccttgataggaatcatttccaaatgtattaaattgttgacctgtaggtatgattcctttaaagtggttttgtgaaaggtttaagaaagaaaggaaattca |
16844129 |
T |
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| Q |
208 |
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307 |
Q |
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| T |
16844128 |
aatttgccaaagcctcaagaatctctcccgtcaattggttgcatgagaggtccaaccactccaaatttctcaaatgactcaaagattgtggaatgctacc |
16844029 |
T |
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| Q |
308 |
tgtgattccattgtttgaaaggttaagtcctttgagagaatttaattctccaatgacttgtggaatttcaccttcaaacatgttatttgataaatcaata |
407 |
Q |
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| T |
16844028 |
cgtgattccattttttgaaaggttaagtccaatgagagaatataactctccaatgacttgtggaatttcaccttcaaacatgttatttgataaatcaata |
16843929 |
T |
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| Q |
408 |
gttgtgaaagtagtcaatatctttgttagctccatagaaaaacctttcattgtgaccaccacagaatcattatagtaataacccacacccttgtattgca |
507 |
Q |
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| T |
16843928 |
gttgtgaaagtagtcaatatccttgttagctccatagaaaaacctttcactatgaccaccacagaatcgttgtagtaattgtccgtgcccatgtattgca |
16843829 |
T |
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| Q |
508 |
aaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaat |
607 |
Q |
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| T |
16843828 |
aaccaatctggctatcatccacattcatcattccttgaaagttctggatgcatgatgttggcaaggtgccactaaaattgttgttagagacatcaaaaat |
16843729 |
T |
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| Q |
608 |
tctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgtagagtttct |
707 |
Q |
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| T |
16843728 |
tctcaacttaggaaatggatgcttggtgctagaacaagtgattactccatgaagattattagatcgtaaaacgagtacctgtaactcttgtagagtttca |
16843629 |
T |
|
| Q |
708 |
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807 |
Q |
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| T |
16843628 |
agccaactgggaaatgtatcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatatgaacagtgagacaaagactgtggtaatggtccttccaatt |
16843529 |
T |
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| Q |
808 |
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906 |
Q |
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| T |
16843528 |
ggtttccattcaactttatagtctgaaatgcatttcctttggaaaaggttttaggaatgcttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaag |
16843429 |
T |
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| Q |
907 |
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966 |
Q |
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| T |
16843428 |
agaagttaatgttcctaggcattgtggaatcatacctgtcaaattgttgtgagccaaatt |
16843369 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 493; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 36 - 999
Target Start/End: Complemental strand, 16846966 - 16846000
Alignment:
| Q |
36 |
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135 |
Q |
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| T |
16846966 |
gttgaatgtggtggcagatcttcctcatttttt-atgatttagacgatgggaatccacacaacattgtatttccttcataggaatcatttccaaatgtag |
16846868 |
T |
|
| Q |
136 |
taaactgttgacctttaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagttcaaatttgtcaaagccacaggaatctcacc |
235 |
Q |
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| T |
16846867 |
aaaattgttgacctgtaggtatgactccctcaaggtggttttttgaaaggttcaagaaagaaaggaaattcaaatttgtcaaagccacaggaatctctcc |
16846768 |
T |
|
| Q |
236 |
cttcaattggttgcatgagaggtccaaccactccaaatttctcaaatgactcaaagattgtggaatgctacctgtgattccattgtttgaaaggttaagt |
335 |
Q |
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| T |
16846767 |
cgtcatttggttccttgagaggtccaaccactccaaatgtctcaatttactcaaagattgtggaatggtacctgtgattctattgtttgaaaggttaaga |
16846668 |
T |
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| Q |
336 |
cctttgagagaatttaattctccaatgacttgtggaatttcaccttcaaacatgttatttgataaatcaatagttgtgaaagtagtcaatatctttgtta |
435 |
Q |
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| T |
16846667 |
cctttgagagaatttaattctccaatgacctctggaatttttccttcaaacatgttatttgataaatcaatagttgtgaaaatagtcaatatccttgtta |
16846568 |
T |
|
| Q |
436 |
gctccatagaaaaacctttcattgtgaccaccacagaatcattatagtaataacccacacccttgtattgcaaaccaatttggctgtcattcacattcat |
535 |
Q |
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| T |
16846567 |
actccatagaaaaacctttcactatgaccaccacagaatcattatagtaattgacctttcccatgtactgcaaaccagttttattatcattcgcgttcat |
16846468 |
T |
|
| Q |
536 |
cattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgatagaa-acatcaaaaattctcaacttaggaaatgaatgcttggt |
634 |
Q |
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| T |
16846467 |
cattccttgaaaattcttgatacatgatgttggcaacggtccactgaatttgtt-atcgaagatgtccaaaattctcaa-tttggaaatggatgcttggt |
16846370 |
T |
|
| Q |
635 |
gctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgtagagtttctagccaatttggaaatgtgtcctctatg |
734 |
Q |
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| T |
16846369 |
gctagaacatgtgattgaaccataaagtttatttgaccttaaactgagtacatgtaactcttgtagagtttcaagccaactgggaaatgtatcctctatg |
16846270 |
T |
|
| Q |
735 |
ttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaataaacagtgagacaaagactgtggtaatggtccttccaattggtttccattcaactttatagtctgaa |
834 |
Q |
| |
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| T |
16846269 |
ttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagatatgaacagttagctaaagaccgtggtaatggtccttccaattggttgccattcaactttatagtgacaa |
16846170 |
T |
|
| Q |
835 |
atgcattttctttgg-aaaggttctaggaatgtttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcccaggcattgtgg |
933 |
Q |
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| T |
16846169 |
acacatttcctttggaaaaggttctaggaatgcttccaaagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaagttaatgttcccaagcattgtgg |
16846070 |
T |
|
| Q |
934 |
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999 |
Q |
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|
|
| T |
16846069 |
aatatatcatacatattaaattgttgtgagccaaattgagaacaatcaggaaacttgcactgcagaatgt |
16846000 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 415; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 993
Target Start/End: Complemental strand, 24219063 - 24218077
Alignment:
| Q |
8 |
aaatcctgattcttcttcatcttcagatgttgaatgaggtggcagatcttcctcatttttgcatgatttagacaattggaatccacacaacattgtattt |
107 |
Q |
| |
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| T |
24219063 |
aaatcccgattcctcgtcatcattagacgttgaatatggtggccgatcttcatcatttttgcatgattttgacaatggaaatccacataacattgcattt |
24218964 |
T |
|
| Q |
108 |
ccttcaaaagaatcatttccaaatgtattaaactgttgacctttaggtatgattccctcaaggtggttttgtgaaaggtttaagactgagaggaagttca |
207 |
Q |
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| T |
24218963 |
ccttcataggaatcatttccaaatgtgttaaattgttggccggtaggtatgattcccttgagatggttttgtgaaaggtttaaaaaagagaggaaattca |
24218864 |
T |
|
| Q |
208 |
aatttgtcaaagccacaggaatctcacccttcaattggttgcatgagaggtccaaccactccaaatttctcaaatgactcaaagattgtggaatgctacc |
307 |
Q |
| |
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| T |
24218863 |
aatttgtcaaagccataggaatcttaccactcaagttgtttcttgagaggtccaaccactccaaatttcgcaaattactcaaagattgtggaatggtacc |
24218764 |
T |
|
| Q |
308 |
tgtgattccattgtttgaaaggttaagtcctttgagagaatttaattctccaatgacttgtggaatttcaccttcaaacatgttatttgataaatcaata |
407 |
Q |
| |
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| ||||| ||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |
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| T |
24218763 |
tatgatttgattgtgtgaaaggttaaggcctttgagaaaatttaatttcccaatgacttgtggaatttctccttcaaacatgttattcgataaatcaatc |
24218664 |
T |
|
| Q |
408 |
gttgtgaaagtagtcaatatctttgttagctccatagaaaaacctttcattgtgaccaccacagaatcattatagtaataacccacacccttgtattgca |
507 |
Q |
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| T |
24218663 |
gttgtgaaagtagtcagtatcctcgttagctctatagaaaagcctttcattatgatcaccacagaatcattataataattggccttacccatgtattgca |
24218564 |
T |
|
| Q |
508 |
aaccaatttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaat |
607 |
Q |
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| T |
24218563 |
aaccagatttattgacattcacattaatcattccttgaaaattcttgaggcaagatgttggcacggggccacggaaattattaccagagacatcgtaaat |
24218464 |
T |
|
| Q |
608 |
tctcaacttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgtagagtttct |
707 |
Q |
| |
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| T |
24218463 |
tctcatcttcggaaatgattgtttggtgctagaacaagtgattccaccatgaagatgatttgatcgtaaactgagtacctgtaactcttgcagaacttct |
24218364 |
T |
|
| Q |
708 |
agccaatttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaataaacagtgagacaaagactgtggtaatggtccttccaatt |
807 |
Q |
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| T |
24218363 |
aaccaattgggaaatgtatcgtttatgatgttgtctccaaggtccaaaacttcaagttgtgtgcagtgagccaaagactgtggtaatggtccctccaatt |
24218264 |
T |
|
| Q |
808 |
ggtttccattcaactttatagtctgaaatgcattttctt-tggaaaggttctaggaatgtttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaag |
906 |
Q |
| |
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| T |
24218263 |
ggttgccattcaactttatagtctcgaatgcatttccttccgaaaatgttttaggcatgcttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacagaaag |
24218164 |
T |
|
| Q |
907 |
agaagttaatgttcccaggcattgtgggatcatacctgtaaaattgttgtgagcccaattgaagaccctcaggtaacttgcattgca |
993 |
Q |
| |
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| ||| |||||||||||||||||||| ||| | ||||| |||||||||| |||| |||||| | ||||| ||||||||||||| |
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|
| T |
24218163 |
ataaggaaatgttcccaggcattgtggaatcgttcctgttaaattgttgttagccaaattgagcaaattcagggaacttgcattgca |
24218077 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr3 (Bit Score: 305; Significance: 1e-171; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:
Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 305; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 422 - 968
Target Start/End: Original strand, 14552605 - 14553161
Alignment:
| Q |
422 |
caatatctttgttagctccatagaaaaacctttcattgtgaccaccacagaatcattatagtaataac---------ccacacccttgtattgcaaacca |
512 |
Q |
| |
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|
| T |
14552605 |
caatatccttgtaagatccatagaaagacctttcattacgaccaccacagaatcattatagtaattatagtagctggctttacccatgtattgcaaacca |
14552704 |
T |
|
| Q |
513 |
atttggctgtcattcacattcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaagggcccactaaaattgttgatagaaacatcaaaaattctca |
612 |
Q |
| |
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| T |
14552705 |
atttggctgtcattcacgttcatcattccttgaaagttcttgatgcatgatgttggcaaggtgccactaaaattgttgttagagacatcaaaaattctca |
14552804 |
T |
|
| Q |
613 |
acttaggaaatgaatgcttggtgctagaacaagtgattgcaccatgaagattatttgatcgtaagcttagaacttgtaactcttgtagagtttctagcca |
712 |
Q |
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| T |
14552805 |
acttaggaaatgaatgcttgatgctagaacaggtgattgctccgtgaagatgatttgatcgtaaacttagcacttgtaactcttgtagagtttctagcca |
14552904 |
T |
|
| Q |
713 |
atttggaaatgtgtcctctatgttgttgtcaccaaggtccaaaacttcaagaaataaacagtgagacaaagactgtggtaatggtccttccaattggttt |
812 |
Q |
| |
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| T |
14552905 |
attgggaaatgtatcctctatgctgttgtcaccaaggtctaatacttcaagatttgaacagtgagccaatgactgtggtagtggtcctttcaattggttt |
14553004 |
T |
|
| Q |
813 |
ccattcaactttatagtctgaaatgcattttc-tttggaaaggttctaggaatgtttccatagaggttgttcatttgcatatccaatacattaagagaag |
911 |
Q |
| |
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| T |
14553005 |
ccattcaactttatagtctcaaatgcatttccttttgaaaaggttctaggaatgattccatagaggttgttcatttgcatatccaaaatagagagaagag |
14553104 |
T |
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| Q |
912 |
ttaatgttcccaggcattgtgggatcatacctgtaaaattgttgtgagcccaattga |
968 |
Q |
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| T |
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