View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4846-Insertion-1 (Length: 981)

Name: NF4846-Insertion-1
Description: NF4846
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4846-Insertion-1
NF4846-Insertion-1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (8-981)||(39955053-39956014)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 681; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 681; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 8 - 981
Target Start/End: Complemental strand, 39956014 - 39955053
Alignment:
Q  8 ataggaactgcagagctgtgagatataaaacatgaggtgtttaaagcttggctctttatttttcagtgtatgttacnnnnnnnagtatattataattgta 107  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||    
T  39956014 ataggaactgcagagctgtgagatataaaacatgaggtgtttaaagtttggctctttatttttcagtgtatgttactttttttagtatattataattgta 39955915  T
Q  108 tattcttttgatatctctctttatatggctttaaagtggggaatataccatagaagtttgcaatgcagtgacaacttcctatttatttataaagatcgtt 207  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39955914 tattcttttgatatctct--ttatatggctttaaagtggggaatataccatagaagttagcaatgcagtgacaacttcctatttatttataaagatcgtt 39955817  T
Q  208 ggctttagcaatcaattgaacaatgaatgctttcctctgtggcagaaaagaagcttttaatgactctgcttgttgtgcacttcacattaagatatagggg 307  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39955816 ggctttagcaatcaattgaacaatgaatgctttcctctgtggcagaaaagaagcttttaatgactctgcttgttgtgcacttcacattaagatatagggg 39955717  T
Q  308 aaattaaactttttaggcatgaaaaggagagatgggcacgttgggttgaatacagtattagacaattaaataaaattgtaacatttggaatattgttaag 407  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||   ||    |||   | |||  | || | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39955716 aaattaaacttttgaggcatgaaaaggagagatgaataca---ggtattagaca--aataaataaataaataaaattgtaacatttggaatattgttaag 39955622  T
Q  408 aatattaattagttctgtaataaagtacactaggattggaagacagaacatattttattgatttctaggctactatcataaggcactaacatattacata 507  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39955621 aatattaattagttctgtaataaagtacactaggattggaa------acatattttattgatttctaggctactatcataaggcactaacatattacata 39955528  T
Q  508 tgtatatatcatctttataatattgtttagagaactatatagtattttaaactaattaaaccatatctagagagctacaatactaggcttattccttgga 607  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39955527 tgtatatatcatctttataatattgtttagagaactatatagtattttaaactaattgaaccatatctagagagctacaatactaggcttattccttgga 39955428  T
Q  608 atccccttaagcaatttcccctgagaatgtctcaataagtttgttgaactcaaatggggtcttccatttcttggcagattccttagctatgaagcttctc 707  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39955427 atccccttaagcaatttccc-tgagaatgtttcaataagtttgttgaactcaaatggggtcttccatttcttggcagattccttagctatgaagcttctc 39955329  T
Q  708 attcttacattttcctgcttcagcatatctattgttgaactcagctgtcttattacctctattttctctttgtctttcagcttcagatcattcttctgag 807  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39955328 atttttacattttcctgcttcagcatatctattgttgaactcagctgtcttattacctctattttctctttgtctttcagcttcagatcattcttctgag 39955229  T
Q  808 tccta-tctcttctctaaaactttctcttctcttccatcaacatcaattacttcatcgagatgggtataattcttctaaactttctc-ctcttttgcttc 905  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||   |  ||||| |||||   |||||||||| || |||||||||    
T  39955228 tcctattctcttctctaaaactttctc-tctcttccatcaacatc-attacttcatcacaaatggtat-attctctaaaactttctctcttttttgcttc 39955132  T
Q  906 a-tctc-ttctggggtcttccaaat--ctccctcaacttcattacttcaatggcaagtggtatctttctgcttcagttca 981  Q
    | |||| |||| | ||||| | |||   |||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||||||||||    
T  39955131 attctctttcttgtgtctttctaattcttccctcaacttcattacttc-attgcaaatggtatctttctgcttcagttca 39955053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University