View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4849_low_3 (Length: 720)

Name: NF4849_low_3
Description: NF4849
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4849_low_3
NF4849_low_3
[»] chr6 (6 HSPs)
chr6 (11-703)||(24189046-24189738)
chr6 (12-703)||(24179240-24179931)
chr6 (11-692)||(24112700-24113381)
chr6 (17-682)||(24168825-24169490)
chr6 (11-677)||(24152003-24152669)
chr6 (10-646)||(24107621-24108260)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 633; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 633; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 703
Target Start/End: Complemental strand, 24189738 - 24189046
Alignment:
Q  11 atcatcatttagaattggagacttttttgacaaaatccttgacttgcataatcaactgagtagattcaggaaaatcaggaaaaacatgaaaaccatgaac 110  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24189738 atcatcatttagaattggacactttgttgataaaatccttgacttgcataatcaactgagtagattcaggaaaatcaggaaaaacatgaaaaccatgaac 24189639  T
Q  111 catgtttggatattcaatcaactcagcttttttcccacatttcttcaaccaatcataatacctcttttgccaatcaatcaaaggatcaaacccaccaaca 210  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24189638 catgtttggatattcaatcaactcagctttttttccacattttttcaaccaatcataatacctcttttgccaatcaatcaaaggatcaaacccaccaaca 24189539  T
Q  211 aaaacaagcgtatcaggataatccaaacccgacaaatcctccgcgttcggcccacatacattaaccgcgccatgatcccggtccgatccctccggtaaaa 310  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  24189538 aaaacaagcgtatccggataatccaaacccgacaaatcctccgcgttcggcccacatacattaaccgcgccatgatcccggtccgatccctctggtaaaa 24189439  T
Q  311 acactttccacatccaatcagtccttgccactgacacaaacggcatcccaactaggcgaatctccgcctccgtccgttcttctcctccgaaaaacgattg 410  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  24189438 acactttccacatccaatcagtccttgccactgacacaaacggcatcccaactaggcgaatctctgcctccgtccgttcttctcctccgaaaaacggttg 24189339  T
Q  411 gatcaatattgacccaataacacggatattctggagccccgctttgcatgccctaaccgcaacatggtgtgccaaatttccaccggcgctatctccggct 510  Q
    ||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  24189338 gatcaatattgacccgataacacagatattctggagccccgctttgcatgccctaaccgcaacatggtgtaccaaatttccaccggcgctatctccggct 24189239  T
Q  511 aggaaacattttgacacatcagtatttgccggtaaaactgttacgttctcgtcaaggaatctcagtactgcttctccgtcttcatattgcgacggatagc 610  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24189238 aggaaacattttgacacgtcagtattttccggtaaaactgttacgttctcgtcaaggaatctcagtactgcttctccgtcttcatattgcgacggatagc 24189139  T
Q  611 gatgctctggtgcaagtcggtagttgacggagacaatgacagcggagatttcccggcagagtctacgacaaaccgcatcgtagaggttcgagg 703  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  24189138 gatgctctggtgcaagtcggtagttgacggagacaatgacagcggagatttcccggcagagtctacgacaaaccgcatcgtagaggtttgagg 24189046  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 528; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 703
Target Start/End: Complemental strand, 24179931 - 24179240
Alignment:
Q  12 tcatcatttagaattggagacttttttgacaaaatccttgacttgcataatcaactgagtagattcaggaaaatcaggaaaaacatgaaaaccatgaacc 111  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24179931 tcatcatttagaattggacactttgttgataaaatccttgacttgcataatcaactgagtagattcaggaaaatcaggaaaaacatgaaaaccatgaacc 24179832  T
Q  112 atgtttggatattcaatcaactcagcttttttcccacatttcttcaaccaatcataatacctcttttgccaatcaatcaaaggatcaaacccaccaacaa 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24179831 atgtttggatattcaatcaactcagcttttttcccacattttttcaaccaatcataatacctcttttgccaatcaatcaaaggatcaaacccaccaacaa 24179732  T
Q  212 aaacaagcgtatcaggataatccaaacccgacaaatcctccgcgttcggcccacatacattaaccgcgccatgatcccggtccgatccctccggtaaaaa 311  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  24179731 aaacaagcgtatccggataatccaaacccgacaaatcctccgcgttcgggccgcatacattaaccgcaccatgatcccggtccgatccctctggtaaaaa 24179632  T
Q  312 cactttccacatccaatcagtccttgccactgacacaaacggcatcccaactaggcgaatctccgcctccgtccgttcttctcctccgaaaaacgattgg 411  Q
     |||||||| ||||| || ||| ||||||| |||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||| || | ||||    
T  24179631 tactttccagatccagtcggtctttgccaccgacacaaatggcatcccaactaggttaatctccgcctccgtccgttcttctccaccgaagaatggttgg 24179532  T
Q  412 atcaatattgacccaataacacggatattctggagccccgctttgcatgccctaaccgcaacatggtgtgccaaatttccaccggcgctatctccggcta 511  Q
    ||||||||| |||| ||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  24179531 atcaatattaacccgataacccggatgttctggagccccgttttgcatgccctaaccacaacatcgtgtgccaaatttccaccggcactatctcctgcta 24179432  T
Q  512 ggaaacattttgacacatcagtatttgccggtaaaactgttacgttctcgtcaaggaatctcagtactgcttctccgtcttcatattgcgacggatagcg 611  Q
    |||||||||||||||  |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||    
T  24179431 ggaaacattttgacaggtcagcatttgccggtaaaacggttacgttctcgtcaaggaatctcagtactgcttctccgtcttcatattgtgacggataccg 24179332  T
Q  612 atgctctggtgcaagtcggtagttgacggagacaatgacagcggagatttcccggcagagtctacgacaaaccgcatcgtagaggttcgagg 703  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||||||    
T  24179331 atgctctggtgtaagtcggtagttgacggagacaatgacagcggagatttcccggcagagtctacggcaaacagcgtcgtagaggttcgagg 24179240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 287; E-Value: 1e-160
Query Start/End: Original strand, 11 - 692
Target Start/End: Complemental strand, 24113381 - 24112700
Alignment:
Q  11 atcatcatttagaattggagacttttttgacaaaatccttgacttgcataatcaactgagtagattcaggaaaatcaggaaaaacatgaaaaccatgaac 110  Q
    ||||| || |||||||||| |||||  |||  |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||||||||| || |||| ||||||     
T  24113381 atcataatctagaattggacactttgctgatgaaatccttgacttgcataatcaactgaccagattcaggcaaatcaggaaaaatataaaaagcatgaat 24113282  T
Q  111 catgtttggatattcaatcaactcagcttttttcccacatttcttcaaccaatcataatacctcttttgccaatcaatcaaaggatcaaacccaccaaca 210  Q
    ||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||| |    
T  24113281 catatttggatattgaattaactcagcttttttcccacatttcttcaaccaatcataatacctcttttgccaatcatttaaaggatcaaatccaccaata 24113182  T
Q  211 aaaacaagcgtatcaggataatccaaacccgacaaatcctccgcgttcggcccacatacattaaccgcgccatgatcccggtccgatccctccggtaaaa 310  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  24113181 aaaacaagcgtatccggataatccaaacccgacaaatcctccgcgttcggcccacatacattaaccgcgccatgatcccggtctgatccctccggtaaaa 24113082  T
Q  311 acactttccacatccaatcagtccttgccactgacacaaacgg-catcccaactaggcgaatctccgcctccgtccgttcttctcctccgaaaaacgatt 409  Q
    || |||||||||||||||| ||||| ||||  ||||| || ||  |||||  | || | |||||||||||||||||  || || ||||| |||||||  |    
T  24113081 acgctttccacatccaatccgtcctcgccatcgacactaagggtgatccc-tcgagcctaatctccgcctccgtcctctcctcccctccaaaaaacggct 24112983  T
Q  410 ggatcaatattgacccaataacacggatattctggagccccgctttgcatgccctaaccgcaacatggtgtgccaaatttccaccggcgctatctccggc 509  Q
    ||||  |||   |||||||||| ||||| | | ||||||||||||| ||  ||| |||||||||||| ||||| |||||| ||||||| || ||||||||    
T  24112982 ggatggataccaacccaataacccggatttcccggagccccgctttacaaacccgaaccgcaacatgatgtgctaaatttgcaccggcactgtctccggc 24112883  T
Q  510 taggaaacattttgacacatcagtatttgccggtaaaactgttacgttctcgtcaaggaatctcagtactgcttctccgtcttcatattgcgacggatag 609  Q
     ||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||| |||   |||||||| |   || |||  || |||||||||||||| |||||||| |||||     
T  24112882 gaggaaacattttgacacgtcagcattttccggtaaaaccgttttattctcgtccaaatatttcaaaacagcttctccgtcttcgtattgcgatggatac 24112783  T
Q  610 cgatgctctggtgcaagtcggtagttgacggagacaatgacagcggagatttcccggcagagtctacgacaaaccgcatcgta 692  Q
    |||||||| ||||   | ||||||||||||||||| |  |||||   ||||| |||||||| ||| || ||||| ||||||||    
T  24112782 cgatgctccggtgtgtgacggtagttgacggagacgacaacagcattgattttccggcagaatctccggcaaacagcatcgta 24112700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 259; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 17 - 682
Target Start/End: Complemental strand, 24169490 - 24168825
Alignment:
Q  17 atttagaattggagacttttttgacaaaatccttgacttgcataatcaactgagtagattcaggaaaatcaggaaaaacatgaaaaccatgaaccatgtt 116  Q
    ||||||||  ||||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| || |||| |||||| ||| ||    
T  24169490 atttagaaccggagactttgttgacaaactccttgacttgcacaatcaactgagtagattcaggcaaatcaggaaaaatataaaaagcatgaatcatatt 24169391  T
Q  117 tggatattcaatcaactcagcttttttcccacatttcttcaaccaatcataatacctcttttgccaatcaatcaaaggatcaaacccaccaacaaaaaca 216  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||| ||||||| |||||||    
T  24169390 tggatattgaatcaactcagcttttttcccacatttcttcaaccaatcataatacctcttttgccaatcatttaaaggatcaaatccaccaataaaaaca 24169291  T
Q  217 agcgtatcaggataatccaaacccgacaaatcctccgcgttcggcccacatacattaaccgcgccatgatcccggtccgatccctccggtaaaaacactt 316  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | ||||||||| || ||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |    
T  24169290 agcgtatccggataatccaaacccgacaaatcctccgcattcggcccgcttacattaacagcaccatgatcccggttcgatccctccggtcaaaacacct 24169191  T
Q  317 tccacatccaatcagtccttgccactgacacaaacgg-catcccaactaggcgaatctccgcctccgtccgttcttctcctccgaaaaacgattggatca 415  Q
    |||||  |||||| |||||| |||   |||| |||||  |||||  | ||   |||||||||||| ||| |||| || || || |||||||  || ||||    
T  24169190 tccaccaccaatccgtcctttccatcaacaccaacggagatccc-tcaagtttaatctccgcctcggtctgttcctccccgccaaaaaacggctgaatca 24169092  T
Q  416 atattgacccaataacacggatattctggagccccgctttgcatgccctaaccgcaacatggtgtgccaaatttccaccggcgctatctccggctaggaa 515  Q
    |||   |||| ||||  ||||| | |||||||||  |||| ||  ||||||| ||||  || |||||||||||| ||||||| || |||||||| |||||    
T  24169091 ataccaacccgataatccggatttcctggagcccttctttacaaaccctaactgcaaggtgatgtgccaaatttgcaccggcactgtctccggcgaggaa 24168992  T
Q  516 acattttgacacatcagtatttgccggtaaaactgttacgttctcgtcaaggaatctcagtactgcttctccgtcttcatattgcgacggatagcgatgc 615  Q
    |||||||||||| |||| |||| ||||||||||  ||   ||||| || |   || |||  || |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  24168991 acattttgacacgtcagcattttccggtaaaaccattttattctcctccaaatatttcaaaacagcttctccgtcttcgtattgcgacggatagcaatgc 24168892  T
Q  616 tctggtgcaagtcggtagttgacggagacaatgacagcggagatttcccggcagagtctacgacaaa 682  Q
    || ||||  || ||||||||||| |||||||  ||| |||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  24168891 tccggtgtgaggcggtagttgacagagacaacaacaacggatatttcccggcagagtctacggcaaa 24168825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 231; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 11 - 677
Target Start/End: Complemental strand, 24152669 - 24152003
Alignment:
Q  11 atcatcatttagaattggagacttttttgacaaaatccttgacttgcataatcaactgagtagattcaggaaaatcaggaaaaacatgaaaaccatgaac 110  Q
    ||||| || |||||||||| |||||  |||  ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| || |||| |||||||    
T  24152669 atcataatctagaattggacactttgctgatgaaatccttgacttgcataatcaattgagtagattcaggcaaatcaggaaaaatataaaaaacatgaac 24152570  T
Q  111 catgtttggatattcaatcaactcagcttttttcccacatttcttcaaccaatcataatacctcttttgccaatcaatcaaaggatcaaacccaccaaca 210  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||| |    
T  24152569 catgtttgggtattcaatcaactcagctttttttccacattttttcaaccaattataatacctcttttgccaatcatttaaaggatcaaacccaccaata 24152470  T
Q  211 aaaacaagcgtatcaggataatccaaacccgacaaatcctccgcgttcggcccacatacattaaccgcgccatgatcccggtccgatccctccggtaaaa 310  Q
    ||||||| ||| || ||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||| | ||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  24152469 aaaacaatcgtctccggaaaatccaaacccgataaatcctccgcattcggcccgcttacattaacggcgccatgatcccggtttgatccctccggtaaaa 24152370  T
Q  311 acactttccacatccaatcagtccttgccactgacacaaacggcatcccaactaggcgaatctccgcctccgtccgttcttctcctccgaaaaacgattg 410  Q
    |||| ||||||  |||||| ||||||||||  ||||| ||||||   ||| | ||   |||||||||||| ||||  || || || || |||||||  ||    
T  24152369 acaccttccaccaccaatccgtccttgccatagacaccaacggcgatccatcaagtttaatctccgcctcagtcctctcctccccgccaaaaaacggctg 24152270  T
Q  411 gatcaatattgacccaataacacggatattctggagccccgctttgcatgccctaaccgcaacatggtgtgccaaatttccaccggcgctatctccggct 510  Q
     ||| |||   |||| ||||  ||||| | | ||||||| ||||| ||  ||||||| | || ||||||||| |||||| |||| |  || ||||||||     
T  24152269 aatcgataccaacccgataatccggatttcccggagccctgctttacaaaccctaactgtaagatggtgtgctaaatttgcaccagaactgtctccggca 24152170  T
Q  511 aggaaacattttgacacatcagtatttgccggtaaaactgttacgttctcgtcaaggaatctcagtactgcttctccgtcttcatattgcgacggatagc 610  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||| |||   ||||| || |  ||| |||| || || ||||| || ||||||||||||||||| |    
T  24152169 aggaaacattttgacacgtcagcattttccggtaaaaccgttttattctcttccaaaaatttcagcacagcctctccatcatcatattgcgacggatatc 24152070  T
Q  611 gatgctctggtgcaagtcggtagttgacggagacaatgacagcggagatttcccggcagagtctacg 677  Q
     |||||| |||| ||| ||||||||||| ||||| |  |||||| | | ||||| ||||||||||||    
T  24152069 tatgctccggtgtaaggcggtagttgacagagacgacaacagcgaaaacttccctgcagagtctacg 24152003  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 122; E-Value: 3e-62
Query Start/End: Original strand, 10 - 646
Target Start/End: Complemental strand, 24108260 - 24107621
Alignment:
Q  10 catcatcatttagaattggagact---tttttgacaaaatccttgacttgcataatcaactgagtagattcaggaaaatcaggaaaaacatgaaaaccat 106  Q
    ||||||||| || |||||||||||   || |||| |||||| |||| ||||| |||||| |||| ||  || |||| || ||||||  ||| ||||||||    
T  24108260 catcatcatataaaattggagactctattgttgataaaatctttgatttgcaaaatcaattgagaagcctcgggaacattaggaaacgcataaaaaccat 24108161  T
Q  107 gaaccatgtttggatattcaatcaactcagcttttttcccacatttcttcaaccaatcataatacctcttttgccaatcaatcaaaggatcaaacccacc 206  Q
    | | ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| || | |||||||| ||||||||||||||||||||||||   ||    || ||||||||    
T  24108160 gcatcatgtttggatattcaatcaactgagctttttttccagatattttcaaccattcataatacctcttttgccaatcatataacccgtccaacccacc 24108061  T
Q  207 aacaaaaacaagcgtatcaggataatccaaacccgacaaatcctccgcgttcggcccacatacattaaccgcgccatgatcccggtccgatccctccggt 306  Q
     ||||||||||||||||| |||||||| || |  || ||||||||||| ||||||||||  |||||| | |||   ||||| |||| ||| ||||| ||     
T  24108060 cacaaaaacaagcgtatctggataatctaatcgggataaatcctccgcattcggcccactaacattagctgcgttgtgatctcggttcgaaccctctggc 24107961  T
Q  307 aaaaacactttccacatccaatcagtccttgccactgacacaaacggcatcccaactaggcgaatctccgcctccgtccgttcttctcctccgaaaaacg 406  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||| ||||  || |  | |  |   ||  | ||||||||||| || || || || || || || || |||||||    
T  24107960 aaaaacaccttccacatccaatctgtcctcgccatcgaaatcatcaacgatccttcaaggcgaatctctgcttctgttcgctcctcgccaccaaaaaacg 24107861  T
Q  407 attggatcaatattgacccaataacacggatattctggagccccgctttgcatgccctaaccgcaacatggtgtgccaaatttccaccggcgctatctcc 506  Q
     ||| ||  | ||  ||||    || |||||  |||||||||| |||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||| |||| ||||| |||||    
T  24107860 gttgcattgaaatcaacccggctacccggattctctggagccctgctttgcaagcccgaaccgcaacatgatgtgccaaatttgcacccgcgctgtctcc 24107761  T
Q  507 ggctaggaaacattttgacacatcagtatttgccggtaaaactgttacgttctcgtcaaggaatctcagtactgcttctccgtcttcatattgcgacgga 606  Q
     ||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||| | |  ||| |||||||||||| ||| | | | |||||| ||||| ||||| | |||     
T  24107760 agctaggaaacattttgacacatcaacattttccggtaaaacggatttgttttcgtcaaggaatttcaatgcggtttctccatcttcgtattgtgtcggg 24107661  T
Q  607 tagcgatgctctggtgcaagtcggtagttgacggagacaa 646  Q
    || |||| ||| ||||   | |||||||||||||||||||    
T  24107660 taacgatactccggtgtgcggcggtagttgacggagacaa 24107621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University