View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4850_high_1 (Length: 896)

Name: NF4850_high_1
Description: NF4850
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4850_high_1
NF4850_high_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (11-883)||(52850310-52851180)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 809; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 809; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 11 - 883
Target Start/End: Complemental strand, 52851180 - 52850310
Alignment:
Q  11 caatgatagaacgaaacctagaagataaaagtagaagtaaactgcaacactaatttaaccgacctgagtttgaattgctgaaatgtcccctttttccccc 110  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  52851180 caatgatagaacgaaacctagaagataaaagtagaagtaaactgcaacactaatttaaccgacctgaatttaaattgctgaaatgtcccctttttccccc 52851081  T
Q  111 ctcaagctagctctattaaagggtagacattgtgtccttccaactaagggattttatgctcttacgtcggcttaagaagccaaatccaaaagttttcttt 210  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52851080 -tcaagctagctctattaaagggtagacattgtgtccttccaactaagggattttatgctcttacgtcggcttaagaagccaaatccaaaagttttcttt 52850982  T
Q  211 gaggtctcggccgtgttaataaaaccaaccaactttgcaacaagcgcagcactttctcttatgtggttcaaatctcttgtatccgtccatatgagccatg 310  Q
    ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52850981 gaggtctcacccgtgttaataaaaccaaccaactttgcaacaagcgcagcactttctcttatgtggttcaaatctcttgtatccgtccatatgagccatg 52850882  T
Q  311 ccaattgtatacttctgtgttttgtcttcaaatcaataccccacttcaggtatagttcctctcttcccttcctcgaaaacttcttatgcacttgcttact 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52850881 ccaattgtatacttctgtgttttgtcttcaaatcaataccccacttcaggtatagttcctctcttcccttcctcgaaaacttcttatgcacttgcttact 52850782  T
Q  411 gagcattttcctctcacgggttagagacagcaggctgttcagtaattgtggcatgaaaatagtgtgaaaacttgatatatgacataaaaatagcatataa 510  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52850781 gagcattttcctctcacgggttagagacagcaggctgttcagtaattgtggcatgaaaatagtgtgaaaacttgatatatgacataaaaatagcatataa 52850682  T
Q  511 ttgtgactttatgcaagtgtttgatgtaaagtattcaaagtgaaacaccagccattatgtttcatctcatgggatgatcacatgcttcatattttcagtg 610  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52850681 ttgtgactttatgcaagtgtttgatgtaaagcattcaaagtgaaacaccagccattatgtttcatctcatgggatgatcacatgcttcatattttcagtg 52850582  T
Q  611 aaacatcggtcattatgtcttgcaccatatataacaaaaatatgacacatgcaaaataaactaatttgtccggtgaaaatcaatgaacatggttgatcat 710  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52850581 aaacatcagtcattatgtcttgcaccatatataacaaaaatatgacacatgcaaaataaactaacttgtccggtgaaaatcaatgaacatggttgatcat 52850482  T
Q  711 gtttacaaatgtaaatgcgaattgtatttcaaaagctactcgagaagcagcaaatttattttacctcgaattgggtgtaacatcatgaccttctactcct 810  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  52850481 gtttacaaatgtaactgcgaattgtatttcaaaatctactcgagaagcagcaaa-atattttacctcgaattgggtgtgacatcatgaccttctactcct 52850383  T
Q  811 gtagttcgatttccactagaaaaagtgtcctttaaaaaggacaaacgtctgagctctacatccaagtacacag 883  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  52850382 gtagtttgatttccactagaaaaagtgtcctttaaaaaggacaaacgtctgagctctacatccaagtacacag 52850310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University