View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF4850_high_4 (Length: 686)

Name: NF4850_high_4
Description: NF4850
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF4850_high_4
NF4850_high_4
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (23-663)||(31768637-31769281)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 567; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 567; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 663
Target Start/End: Complemental strand, 31769281 - 31768637
Alignment:
Q  23 caattctaaacactaaatatatgagaagtctacgatttgttaaggttgttaactgtgcggcgggagaatgtgtatgatagaagtgcacatttctttaatt 122  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31769281 caattctaaacactaaatatatgagaagtctaagatttgttaaggtggttaactgtgcggcgggagaatgtgtatgatagaagtgcacatttctttaatt 31769182  T
Q  123 aatcaagattatataacttggactgacaaatataattagcatcattttgttaacacaacaaaaagattgttttagtggccaaatcaagcgcctatttaag 222  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31769181 aatcaagattatataacttggactgacaaatataattagcatccttttgttaacacaacaaaaagattgttttagtggccaaatcaagcgcctatttaag 31769082  T
Q  223 caacctgattcaaattagcgaccttatgaacccgaacagagtgt----ggaaccactaaaccaagtttagtttcttttcattttcttttcgttagaacta 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31769081 caacctgattcaaattagcgaccttatgaacccgaacagagtgtggacggaaccactaaaccaagtttagtttcttttcattttcttttcgttagaacta 31768982  T
Q  319 cttaaccactatatatggtgatgggccgaaatacannnnnnngagccatgtgttgtagcccgacctcgattagctttggtctggccctgttcaaatgaac 418  Q
    ||||||||||||||||| |||||||||||||||||       | ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||    
T  31768981 cttaaccactatatatgatgatgggccgaaatacatttttttgggccatgtgttgtagcccgacctcgatgggctttggtctggccctgttcaaatgaac 31768882  T
Q  419 tttgagaatgtatatataattgagtgcacctcacgattggtattgaagagaaggacagtagtgaccacttataattgagtataatggattagggggtttg 518  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31768881 tttgagaatgtatatataattgagtgcacctcacgattggtattgaagagaaggacagtagtgaccacttataattgagtataatggattagggggtttg 31768782  T
Q  519 acagaagtcaataatgctatttgtaagctatcattcgacaacaaccatgtgttttatctggttttggagtttttcacattatattattatgctgctgtca 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||    
T  31768781 acagaagtcaataatgctatttgtaagctatcattcgacaacaaccatgtgttttatctggttttggagtttttcacattatattattatgttgcgatca 31768682  T
Q  619 tgtttcttaattttctgtgttattttcccaacaactgaaatcagg 663  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  31768681 tgtttcttaattttctgtgttattttcccaacaactgaaatcagg 31768637  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University